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Genetic diversity among maize (Zea mays L.) landraces assessed by RAPD markers Genet. Mol. Biol.
Carvalho,Valdemar P.; Ruas,Claudete F.; Ferreira,Josué M.; Moreira,Rosângela M.P.; Ruas,Paulo M..
The genetic relationships among 81 maize accessions consisting 79 landraces and two improved varieties, maintained by farmers in southern Brazil were investigated using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Thirty-two highly informative primers amplified 255 markers of which 184 (72.2%) were polymorphics. Based on the RAPD markers, a dendrogram was constructed using the UPGMA method. The range of genetic similarity was from 0.78 to 0.91. The molecular data grouped the accessions into two main clusters, which were correlated according to kernel colors. Small clusters were seen associated to characteristics, such as kernel morphology. The analysis of the molecular data revealed that maize management adopted by small-scale farmers has contributed to the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Corn landrace; Genetic variability; Molecular genetic markers; RAPD.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000200017
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Genetic variation among species, races, forms and inbred lines of lac insects belonging to the genus Kerria (Homoptera, Tachardiidae) Genet. Mol. Biol.
Ranjan,Sanjeev Kumar; Mallick,Chandana Basu; Saha,Dipnarayan; Vidyarthi,Ambarish S; Ramani,Ranganathan.
The lac insects (Homoptera: Tachardiidae), belonging to the genus Kerria, are commercially exploited for the production of lac. Kerria lacca is the most commonly used species in India. RAPD markers were used for assessing genetic variation in forty-eight lines of Kerria, especially among geographic races, infrasubspecific forms, cultivated lines, inbred lines, etc., of K. lacca. In the 48 lines studied, the 26 RAPD primers generated 173 loci, showing 97.7% polymorphism. By using neighbor-joining, the dendrogram generated from the similarity matrix resolved the lines into basically two clusters and outgroups. The major cluster, comprising 32 lines, included mainly cultivated lines of the rangeeni form, geographic races and inbred lines of K. lacca. The...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: DNA fingerprinting; Genetic variation; Kerria; Lac insects; RAPD; Tachardiidae.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572011000300023
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Comparison of similarity coefficients used for cluster analysis with dominant markers in maize (Zea mays L) Genet. Mol. Biol.
Meyer,Andréia da Silva; Garcia,Antonio Augusto Franco; Souza,Anete Pereira de; Souza Jr.,Cláudio Lopes de.
The objective of this study was to evaluate whether different similarity coefficients used with dominant markers can influence the results of cluster analysis, using eighteen inbred lines of maize from two different populations, BR-105 and BR-106. These were analyzed by AFLP and RAPD markers and eight similarity coefficients were calculated: Jaccard, Sorensen-Dice, Anderberg, Ochiai, Simple-matching, Rogers and Tanimoto, Ochiai II and Russel and Rao. The similarity matrices obtained were compared by the Spearman correlation, cluster analysis with dendrograms (UPGMA, WPGMA, Single Linkage, Complete Linkage and Neighbour-Joining methods), the consensus fork index between all pairs of dendrograms, groups obtained through the Tocher optimization procedure and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic divergence; Heterotic groups; AFLP; RAPD; Multivariate analysis.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000100014
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Intraspecific genetic diversity of Drechslera tritici-repentis as detected by random amplified polymorphic DNA analysis Genet. Mol. Biol.
Santos,Ana Maria Pujol Vieira dos; Matsumura,Aida T. Santos; Van Der Sand,Sueli Teresinha.
The phytopathogenic fungus Drechslera tritici-repentis causes tan spot, an important disease of wheat in the southern Brazilian state of Rio Grande do Sul. Twelve D. tritici-repentis isolates were obtained from wheat seeds from different locations in the state. Their colony morphology on potato dextrose agar and polymorphisms in genomic DNA by the random amplified polymorphic DNA (RAPD) method were investigated. For the RAPD method, 23 primers were tested of which nine were selected for use in the study of D. tritici-repentis polymorphisms. The degree of similarity between isolates was calculated using a simple matching coefficient and dendrograms constructed by the unweighted pair-group method with arithmetical averages (UPGMA). The morphological and RAPD...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Drechslera tritici-repentis; RAPD; DNA; Polymorphism; Genetic diversity.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000200020
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Genetic polymorphism among 14 elite Coffea arabica L. cultivars using RAPD markers associated with restriction digestion Genet. Mol. Biol.
Sera,Tumoru; Ruas,Paulo Maurício; Ruas,Claudete de Fátima; Diniz,Leandro Eugênio Cardamone; Carvalho,Valdemar de Paula; Rampim,Leandro; Ruas,Eduardo Augusto; Silveira,Sheila Recepute da.
Knowledge of the genetic variability among genotypes is important for the transfer of useful genes and to maximize the use of available germplasm resources. This study was carried out to assess the genetic variability of 14 elite Coffea arabica cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) associated with a prior digestion of genomic DNA with restriction endonucleases. The accessions were obtained from the Coffea collection maintained at the Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR), located in Londrina, Paraná, Brazil. Twenty-four informative RAPD primers, used in association with restriction enzymes, yielded 330 reproducible and scorable DNA bands, of which 224 (68%) were polymorphic. The amplified products were used to estimate the genetic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea arabica; RAPD; Restriction endonucleases.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000100010
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Use of AFLP and RAPD molecular genetic markers and cytogenetic analysis to explore relationships among taxa of the Patagonian Bromus setifolius complex Genet. Mol. Biol.
García,Ana M.; Schrauf,Gustavo E.; González,Graciela; Poggio,Lidia; Naranjo,Carlos A.; Dupal,Marck P.; Spangenberg,Germán C.; Forster,John W..
Bromus setifolius var. pictus (Hook) Skottsb., B. setifolius var. setifolius Presl. and B. setifolius var. brevifolius Ness are three native Patagonian taxa in the section Pnigma Dumort of the genus Bromus L. AFLP and RAPD analysis, in conjunction with genetic distance measurements and statistical techniques, revealed variation within this group and indicated that B. setifolius var. brevifolius was closely related to B. setifolius var. pictus, with both taxa being more distantly related to B. setifolius var. setifolius. Cytogenetic analysis confirmed the chromosomal number of B. setifolius var. pictus (2n = 70) and B. setifolius var. setifolius (2n = 28) and showed for the first time that B. setifolius var. brevifolius had 2n = 70. The combination of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Argentina; Bromus setifolius complex; Cytogenetics; Patagonia; RAPD.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572009000200018
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Genetic instability of sugarcane plants derived from meristem cultures Genet. Mol. Biol.
Zucchi,Maria Imaculada; Arizono,Hideto; Morais,Vicente Alberto; Fungaro,Maria Helena Pelegrinelli; Vieira,Maria Lúcia Carneiro.
The RADP (Random amplified polymorphic DNA) technique was used to detect tissue-culture-induced variations in sugarcane. Plants of the Brazilian variety RB83-5486 propagated via rhizomes and via meristem cultures were studied. The polymorphism rate for 98 RAPD loci was 6.93% when the plants derived from meristems. Besides, in order to evaluate the influence of the number of subcultures on the generation of somaclonal variation, field-grown RB83-5486 plants derived from 10 meristems were studied after five subcultivations. Although different rates of polymorphism were observed, there was no direct association with the stage of subcultivation. The analysis of plants of two sugarcane varieties cultivated in vitro from meristems showed that variety RB83-5486...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Sugarcane; Somaclonal variation; Meristem cultures; Phenotypic instability; RAPD.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000100017
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Hypothesis testing of genetic similarity based on RAPD data using Mantel tests and model matrices Genet. Mol. Biol.
Rodrigues,Flávia Melo; Diniz-Filho,José Alexandre Felizola; Bataus,Luiz Artur Mendes; Bastos,Rogério Pereira.
Clustering and ordination procedures in multivariate analyses have been widely used to describe patterns of genetic distances. However, in some cases, such as when dealing with Jaccard coefficients based on RAPD data, these techniques may fail to represent genetic distances because of the high dimensionality of the genetic distances caused by stochastic variation in DNA fragments among the units analyzed (species or populations). In this note, we show how Mantel tests can be used to test hypotheses about genetic distances and avoid problems with multivariate data representation. The procedure is illustrated with RAPD data comparing 20 anuran species from the cerrado, in which Jaccard genetic distances were compared to three model matrices linking the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Anura; Clustering; Genetic distances; Mantel test; RAPD.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000400013
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Intraspecific differentiation of Chilean isolates of the entomopathogenic fungi Metarhizium anisopliae var. anisopliae as revealed by RAPD, SSR and ITS markers Genet. Mol. Biol.
Becerra Velásquez,Viviana; Paredes Cárcamo,Mario; Rojo Meriño,Carmen; France Iglesias,Andrés; Franco Durán,Jorge.
The genus Metarhizium consists of a diverse group of asexual entomopathogenic fungi, which have a wide geographical distribution. The Chilean National Agricultural Research Institute (Instituto de Investigaciones Agropecuarias - INIA, Quilamapu Chile) has collected about 350 isolates of Metarhizium anisopliae var. anisopliae from central and southern Chile. These isolates have been partially characterized using morphological traits such as conidia size and shape, colony color, growth pattern and the efficiency of the isolates in controlling specific pests. However, further characterization with molecular markers could detect differences in DNA which could help to better understand the genetic diversity and structure of Chilean populations of this fungus....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Metarhizium; Genetic diversity; RAPD; SSR; ITS markers.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000100017
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Identification of Astyanax altiparanae (Teleostei, Characidae) in the Iguaçu River, Brazil, based on mitochondrial DNA and RAPD markers Genet. Mol. Biol.
Prioli,Sônia M.A.P.; Prioli,Alberto J.; Júlio Jr.,Horácio F.; Pavanelli,Carla S.; Oliveira,Alessandra V. de; Carrer,Helaine; Carraro,Dirce M.; Prioli,Laudenir M..
Astyanax fishes are among the most important food-web components of South America rivers. In the Iguaçu River basin, the Astyanax genus is represented mainly by endemic species. For millions of years, that hydrographic basin has been geographically isolated from the Paraná River basin by the Iguaçu Falls. Recently, a species from the Upper Paraná River basin identified as Astyanax bimaculatus was revised and described as a new species named Astyanax altiparanae Garutti & Britski, 2000. Fauna endemism and geographic isolation triggered interest in investigations to evaluate the identification and genetic relatedness among two A. altiparanae populations from the Upper Paraná River basin and the population identified as A. bimaculatus in the Iguaçu...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Astyanax; Fish; D-loop; Control region; Mitochondrial DNA; RAPD.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572002000400011
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Predicting performance of soybean populations using genetic distances estimated with RAPD markers Genet. Mol. Biol.
Barroso,Paulo Augusto Vianna; Geraldi,Isaias Olívio; Vieira,Maria Lúcia Carneiro; Pulcinelli,Carlos Eduardo; Vencovsky,Roland; Dias,Carlos Tadeu dos Santos.
In order to verify whether genetic distance (GD) is associated with population mean (PM), genetic variance (GV) and the proportion of superior progenies generated by each cross in advanced generations of selfing (PS), the genetic distances between eight soybean lines (five adapted and three non-adapted) were estimated using 213 polymorphic RAPD markers. The genetic distances were partitioned according to Griffing's Model I Method 4 for diallel analysis, i.e., GDij = GD+ GGDi+ GGDj + SGDij. Phenotypic data were recorded for seed yield and plant height for 25 out of 28 populations of a diallel set derived from the eight soybean lines and evaluated from F2:8 to F2:11 generations. No significant correlation for seed yield was detected between GD and GV, while...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Soybean; Genetic distance; Molecular markers; RAPD; Prediction.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300020
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Intraspecific variation and population structure of the Velvetbean Caterpillar, Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818 (Insecta: Lepidoptera: Noctuidae) Genet. Mol. Biol.
Sosa-Gómez,Daniel R..
The velvetbean caterpillar (VBC), Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818 (Insecta: Lepidoptera: Noctuidae), is one of the most important New World soybean agro-ecosystems pests, occurring from 40° N in the USA to 39° S in Argentina. Information on the migration patterns of the VBC moth may be important for managing the resistance of VBC populations to insecticides or plants carrying the Bacillus thuringiensis insecticide genes, especially since sedentary populations have a higher potential to became resistant than migratory populations. We studied intraspecific variations of geographically distinct VBC populations in order to determine the genetic distance between them and to assess the variability of VBC populations from near the city of Londrina (Paraná (PR)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Molecular marker; RAPD; Gene flow; Soybean pest; Population structure.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572004000300012
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Caracterização morfológica e molecular de acessos de melancia Horticultura Brasileira
Silva,Maria Luciene da; Queiróz,Manoel Abílio de; Ferreira,Maria Aldete J da F; Buso,Gláucia SC.
Acessos de melancia do Banco de Germoplasma da Embrapa Semi-Árido, coletados a partir de sementes de polinização livre na Chapada Diamantina, em Irecê e em Vitória da Conquista, na Bahia, foram caracterizados através de descritores morfológicos e moleculares, adicionando-se ao grupo, como testemunha a cultivar Crimson Sweet. O experimento de campo, em blocos ao acaso com três repetições, foi conduzido na estação experimental da Embrapa Semi-Árido, em Petrolina-PE. Os dados obtidos foram submetidos à análise uni- e multivariada, com agrupamento pelo método de Tocher. Amostras de cinco a oito indivíduos de cada um dos 43 acessos avaliados, foram submetidas à análise molecular utilizando marcadores RAPD, obtidos através de seis primers. O polimorfismo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Citrullus lanatus; Descritores morfológicos; Marcadores moleculares; RAPD; Germoplasma.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362006000400002
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Similaridade genética de cultivares de alho pela comparação de caracteres morfológicos, físico-químicos, produtivos e moleculares Horticultura Brasileira
Mota,José H; Yuri,Jony E; Resende,Geraldo M; Souza,Rovilson José de.
Caracteres morfológicos (altura da planta, largura da folha, número de folhas e ângulo de folhas), físico-químicos (sólidos solúveis, acidez total titulável e pH), produtivos (produção comercial e massa média de bulbos) e molecular (por meio de marcadores moleculares RAPD) foram estudados em alho (Allium sativum L.). Doze cultivares, seis seminobre (Gigante Curitibanos, Gigante Roxo, Gigante Roxão, Gravatá, Amarante e Cateto Roxo) e seis nobre (Caçador, Chonan, Contestado 12, Caçador 30, Caçador 40 e Quitéria 595) foram utilizadas. Os resultados da análise de similaridade entre as cultivares foram equivalentes, quando utilizadas características morfológicas, físico-químicas e produtivas ou moleculares, indicando que os métodos de caracterização tiveram o...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Allium sativum L.; RAPD; Caracterização morfológica; Diversidade genética.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362006000200006
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Caracterização e diversidade genética de cultivares de morangueiro Horticultura Brasileira
Radmann,Elizete Beatriz; Bianchi,Valmor João; Oliveira,Roberto P. de; Fachinello,José Carlos.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genético-molecular, por marcadores RAPD, das dez principais cultivares de morangueiro utilizadas no País: Aromas, Bürkley, Camarosa, Campinas, Dover, Milsei-Tudla, Oso Grande, Santa Clara, Sweet Charlie e Vila Nova. O DNA foi extraído de folhas maduras, as análises RAPD foram realizadas com 26 primers e os produtos de amplificação separados por eletroforese. O coeficiente de Dice foi utilizado para estimar a similaridade genética entre as cultivares e o método UPGMA para gerar o fenograma por meio do NTSYS. Houve amplificação de fragmentos consistentes com 19 primers, tendo sido encontrado polimorfismo em 14. Dos 116 fragmentos gerados, 84 foram polimórficos. As cultivares foram classificadas em dois...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fragaria x ananassa Duch.; RAPD; Fingerprint; Marcador molecular.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362006000100017
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Comparação de caracteres morfológicos e agronômicos com moleculares em morangueiros cultivados no Brasil Horticultura Brasileira
Conti,José Henrique; Minami,Keigo; Tavares,Flavio Cesar Almeida.
Caracteres morfológicos (forma dos dentes, ângulo da base e razão entre o comprimento e a largura do folíolo, cor da folha, posição da inflorescência em relação à folhagem e tamanho do cálice em relação ao fruto), agronômicos (grau de proteção da inflorescência pelas folhas, presença de "pescoço" no fruto, produção, número e peso médio de frutos, teor de sólidos solúveis, pH, textura e cor externa e interna) e moleculares foram estudados em cultivares do morangueiro, para verificar se os dados morfológicos e agronômicos apresentam correlação com os moleculares. Dados experimentais foram obtidos em campo em Atibaia (SP) e Piracicaba (SP), em 1996, no delineamento em blocos ao acaso, com quatro repetições e dezesseis plantas por parcela das cultivares...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Fragaria x ananassa Duch.; RAPD; Similaridade genética; Caracteres morfo-agronômicos.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362002000300004
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Variabilidade genetica de plantas de Stylosanthes guianensis var. vulgaris com base em marcadores RAPD. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; BARCELLOS, A. de O.; ANDRADE, R. P.; KARIA, C. T.; RAMOS, A. K. B.; COELHO, M. H.; PINTO, J. F. N..
bitstream/CPAC-2009/24948/1/p2004_02.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética.; Genetic variation; Genetic markers; Biotechnology; Plant breeding..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/567821
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Fingerprinting analysis of mango (Mangifera indica L.) cultivars introduced or developed in Brazil using RAPD markers. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; CORDEIRO, M. C. R.; PINTO, A. C. Q.; ROSSETTO, C. J.; BELLON, G.; ANDRSDE, S. R. M.; FRAGA, L. M. S.; SOUZA, T. L. P. O..
bitstream/CPAC-2009/24955/1/p2004_08.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Melhoramento genetico; Brasil; Mango.; Biotecnologia; Marcador Genético; Marcador Molecular.; Manga; Mangifera Indica; Brazil; Biotechnology; Genetic markers; Plant breeding..
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/566520
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Variabilidade genética de uma coleção de trabalho de guandu (Cajanus cajan) com base em marcadores moleculares. Infoteca-e
FALEIRO, F. G.; FERNANDES, F. D.; AMABILE, R. F.; RAMOS, A. K. B.; KARIA, C. T.; BELLON, G.; BARBOSA, F.; ANDRADE, R. P.; GODOY, R..
bitstream/CPAC-2009/26856/1/p2005_47.pdf
Tipo: Fôlder / Folheto / Cartilha (INFOTECA-E) Palavras-chave: RAPD; Feed legumes.; Leguminosa Forrageira; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal; Variação Genética.; Genetic markers; Genetic variation; Plant breeding..
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/559907
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Caracterização molecular de uma população de Anthonomous grandis (Coleoptera :Curculionidae) utilizando marcadores moleculares RAPD. Infoteca-e
QUEIROZ, P. R.; MARTINS, E. S.; MONNERAT, R. G.; LIMA, L. H. C..
Indivíduos de uma população de A.grandis foram caracterizados geneticamente por meio da técnica de RAPD-PCR. Para isso foi desenvolvida uma metodologia para extração de DNA e testados diferentes primers. Os primers selecionados foram: OPA-03, OPA-04, OPA-10, OPA-11 e OPA-13. Foi encontrada alta variabilidade genética, apontada por um coeficiente de similaridade que variou de 35 a 90%.
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Anthonomous grandis; RAPD; Caracterização molecular.; Insecta..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187139
Registros recuperados: 233
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