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Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding Scientia Agricola
Lima,Leísa Pires; Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Viana,José Marcelo Soriano; Oliveira,Eder Jorge de.
ABSTRACT: Genome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: G-BLUP; BLASSO; Genomic prediction; Genomic heritability.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162019001500368
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Toona ciliata genotype selection with the use of individual BLUP with repeated measures Scientia Agricola
Ferreira,Rulfe Tavares; Viana,Alexandre Pio; Barroso,Déborah Guerra; Resende,Marcos Deon Vilela de; Amaral Júnior,Antônio Teixeira do.
The increasing demand for raw material for multiple uses of forest products and by-products has attracted the interest for fast growing species, such as the Australian Cedar (Toona ciliata), which presents high productive and economic potential. This study aimed at estimating genotypic parameters and values for the species through the use of the BLUP procedure, at individual level, with repeated measures, by means of the conventional evaluation procedures and the introduction of innovative digitalization of the measurements by digital camera with the images provided by the Imagej software system. The main objective is to subsidize the beginning of a breeding program for the species. The assays were carried out in private properties, in plantations located...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Australian Cedar; Mixed models.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162012000300006
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Genetic evaluation of grain sorghum hybrids in Brazilian environments using the REML/BLUP procedure Scientia Agricola
Almeida Filho,Janeo Eustáquio de; Tardin,Flávio Dessaune; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Granato,Ítalo Stefanine Correia; Menezes,Cicero Beserra de.
When it comes to recommending sorghum (Sorghum bicolor) cultivars, it is essential to carry out a genetic evaluation of the agronomic traits of promising genotypes from several common environments where the crop is cultivated. This study consisted of a genetic evaluation of 52 experimental grain sorghum hybrids and eight commercial cultivars. Hybrids were evaluated in 19 experiments representing the most varied cultivation conditions in Brazil. Traits of agronomic interest such as grain yield, flowering and plant height were analysed. Genotypic evaluation was performed following the REML/BLUP (Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Predictor) procedure; the MHPRVG (Harmonic Mean of Relative Performance of Genotypic Values) method was also...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162014000200009
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Breeding new sugarcane clones by mixed models under genotype by environmental interaction Scientia Agricola
Gonçalves,Gustavo Menezes; Viana,Alexandre Pio; Amaral Junior,Antônio Teixeira do; Resende,Marcos Deon Vilela de.
Sugarcane (Saccharum spp.) is one of the most important crops cultivated in the tropics and subtropics and plays a significant economic and environmental role in Brazil. Twentyfour new clones were evaluated in different locations as potential models for recommendation as new varieties. The mixed model methodology, using the harmonic mean of the relative performance of genetic values (MHPRVG), facilitated the analysis of genotypic stability and adaptability, culminating in the recommendation of clones for each location. MHPRVG ranked clones RB92579, RB867515, SP81-3250, RB947520 and RB931530 as the best five, and, additionally, clones with greater genotypic potential were identified for each test in the six localities.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162014000100009
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Genetic analysis for sooty mold resistance and heart of palm yield in Archontophoenix Scientia Agricola
Bovi,Marilene Leão Alves; Resende,Marcos Deon Vilela de; Sáes,Luís Alberto; Uzzo,Roberta Pierry.
Archontophoenix palms, utilized both as ornamental species and as a source of high-quality heart of palm, are susceptible to sooty mold, a disease coupled with aphid infestation, which affects photosynthesis and causes unpleasant, darkish palm appearance. Scoring rates for sooty mold resistance and three growth traits were assessed under field conditions in 24 open-pollinated half-sibs families, 28 months after planting, aiming to identify genetic variability for sooty mold resistance; estimate genetic parameters for this trait and plant height, diameter and number of leaves; estimate genetic and phenotypic correlation for the four traits and evaluate selection methods for heart of palm production through multi-trait index selection based on growth traits....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capnodium; Cerataphis; Genetic gain; Heritability; King palm.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162004000200009
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves Scientia Agricola
Silva,Fabyano Fonseca e; Zambrano,Maria Fernanda Betancur; Varona,Luis; Glória,Leonardo Siqueira; Lopes,Paulo Sávio; Silva,Marcos Vinícius Gualberto Barbosa; Arbex,Wagner; Lázaro,Sirlene Fernandes; Resende,Marcos Deon Vilela de; Guimarães,Simone Eliza Facioni.
ABSTRACT: Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162017000100001
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New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods Scientia Agricola
Lima,Leísa Pires; Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Suela,Matheus Massariol; Nascimento,Moysés; Viana,José Marcelo Soriano.
ABSTRACT: Genome-wide selection (GWS) is based on a large number of markers widely distributed throughout the genome. Genome-wide selection provides for the estimation of the effect of each molecular marker on the phenotype, thereby allowing for the capture of all genes affecting the quantitative traits of interest. The main statistical tools applied to GWS are based on random regression or dimensionality reduction methods. In this study a new non-parametric method, called Delta-p was proposed, which was then compared to the Genomic Best Linear Unbiased Predictor (G-BLUP) method. Furthermore, a new selection index combining the genetic values obtained by the G-BLUP and Delta-p, named Delta-p/G-BLUP methods, was proposed. The efficiency of the proposed...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genomic prediction; Selection index; Genetic gain; Asian rice.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162019001400290
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Variabilidade genética para caracteres morfométricos de matrizes de castanha-do-brasil da Amazônia Mato-grossense Acta Amazonica
Camargo,Flora Ferreira; Costa,Reginaldo Brito da; Resende,Marcos Deon Vilela de; Roa,Raul Alffonso Rodrigues; Rodrigues,Natasha Brianez; Santos,Leonardo Vivaldini dos; Freitas,Ana Carla Almeida de.
O presente estudo objetivou estudar a variabilidade genética de matrizes de Bertholletia excelsa através da estimação de parâmetros e ganhos genéticos para os caracteres peso/ouriço (g), peso de sementes/ouriço (g) e número de sementes/ouriço no pré-melhoramento da espécie. Foram utilizadas 90 matrizes de polinização aberta, sendo 30 matrizes de cada tipo, denominadas localmente de rajada, mirim e rosa, no município de Cotriguaçu, noroeste de Mato Grosso, região amazônica. O experimento foi estabelecido sob delineamento inteiramente ao acaso, com 90 tratamentos (matrizes) e seis ouriços por matriz, com suas respectivas sementes. As variáveis foram analisadas usando-se a metodologia de modelo linear misto do software SELEGEN-REML/BLUP. Os coeficientes de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bertholletia excelsa; Parâmetros genéticos; Ganho com seleção; Amazônia.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0044-59672010000400010
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Genetic divergence among cupuaçu accessions by multiscale bootstrap resampling Bragantia
Santos,Vinicius Silva dos; Martins Filho,Sebastião; Alves,Rafael Moysés; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e.
This study aimed at investigating the genetic divergence of eighteen accessions of cupuaçu trees based on fruit morphometric traits and comparing usual methods of cluster analysis with the proposed multiscale bootstrap resampling methodology. The data were obtained from an experiment conducted in Tomé-Açu city (PA, Brazil), arranged in a completely randomized design with eighteen cupuaçu accessions and 10 repetitions, from 2004 to 2011. Genetic parameters were estimated by restricted maximum likelihood/best linear unbiased prediction (REML/BLUP) methodology. The predicted breeding values were used in the study on genetic divergence through Unweighted Pair Cluster Method with Arithmetic Mean (UPGMA) hierarchical clustering and Tocher’s optimization method...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Clustering; UPGMA; Tocher; Theobroma grandiflorum.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052015000200169
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Procedimento Blupis e seleção massal em cana-de-açúcar Bragantia
Oliveira,Ricardo Augusto de; Daros,Edelclaiton; Resende,Marcos Deon Vilela de; Bespalhok-Filho,João Carlos; Zambon,José Luis Camargo; Souza,Tiago Rodrigues de; Lucius,Ana Selena Fernandez.
O objetivo deste trabalho foi comparar a seleção via procedimento BLUP individual simulado (BLUPIS) versus seleção massal em famílias de irmãos-completos de cana-de-açúcar. Foram utilizadas 80 famílias originadas de cruzamentos biparentais da série RB03. O experimento foi desenvolvido em área experimental, localizado no Município de São Tomé, Paraná. O delineamento experimental foi em blocos incompletos, com cinco repetições por família. Para seleção considerou-se a variável tonelada de sólidos solúveis por hectare (TSH). Utilizou-se o modelo 35 do programa computacional Selegen REML/BLUP, via procedimento BLUPIS para a indicação do número de clones potenciais a serem selecionados. Estes resultados foram correlacionados com o número de clones selecionados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Saccharum spp; Estratégias de seleção; REML/BLUP; BLUP indidividual simulado; Modelos mistos.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052011000400010
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Estabilidade de cultivares e linhagens de feijoeiro em diferentes ambientes no estado de São Paulo Bragantia
Carbonell,Sérgio Augusto Morais; Chiorato,Alisson Fernando; Resende,Marcos Deon Vilela de; Dias,Luiz Antônio dos Santos; Beraldo,Ana Luiza Ahern; Perina,Eliana Francischinelli.
O presente trabalho teve como objetivos realizar a avaliação genotípica de linhagens de feijoeiro no Estado de São Paulo pela estimativa dos valores genotípicos das linhagens para cada local e também para o ambiente médio de todos os locais. Estudos da adaptabilidade e estabilidade dos valores genotípicos preditos foram realizados pelo procedimento BLUP. A cultivar Graúna e a linhagem GEN 96A31 apresentaram superioridade média de 10% sobre a média geral dos 15 ambientes. Os valores foram computados já penalizando as linhagens pela instabilidade através dos locais e ao mesmo tempo capitalizando a capacidade de resposta (adaptabilidade) à melhoria do ambiente, usando propriedades intrínsecas ao método MHPRVG (Média Harmônica da Performance Relativa dos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: BLUP; MHPRVG; Phaseolus vulgaris; Melhoramento; Adaptabilidade.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052007000200003
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Eficiência da seleção de progênies de café F4 pela metodologia de modelos mistos (REML/BLUP) Bragantia
Pereira,Thamiris Bandoni; Carvalho,João Paulo Felicori; Botelho,César Elias; Resende,Marcos Deon Vilela de; Rezende,Juliana Costa de; Mendes,Antônio Nazareno Guimarães.
Objetivou-se verificar a eficiência da seleção de cafeeiros em geração F4 para características agronômicas e resistência a doenças mediante o emprego da metodologia de modelos mistos de Henderson. O experimento foi instalado na Fazenda Experimental da EPAMIG, em Machado, MG, sendo utilizadas progênies F4 derivadas do cruzamento entre cultivares do grupo Icatu com Catuaí Amarelo IAC 62 e IAC 17 e com as progênies IAC 5002 e IAC 5010. O delineamento experimental utilizado foi o látice com quatro repetições e as avaliações foram realizadas ao longo de dois anos (2010 e 2011). Foram avaliadas as seguintes características: produção (litros planta-1), reação à ferrugem, vigor vegetativo e reação à cercosporiose. Foram utilizados o procedimento REML/BLUP para...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea arabica; Seleção precoce; Icatu; Melhoramento genético.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052013000300005
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Melhoramento genético de erva-mate nativa do Estado de Mato Grosso do Sul Bragantia
Costa,Reginaldo Brito da; Resende,Marcos Deon Vilela de; Roa,Raul Alffonso Rodrigues; Bungenstab,Davi José; Martins,Wagner José; Roel,Antonia Railda.
O presente estudo objetivou avaliar geneticamente as melhores progênies de erva-mate, quanto aos caracteres de crescimento, provenientes de plantas nativas da área indígena de Caarapó, Mato Grosso do Sul. O teste de progênie foi instalado sob delineamento de blocos ao acaso com 30 tratamentos, 5 repetições e 10 plantas por parcela em linhas simples, no espaçamento 3 x 2 m. Aos 14 meses de idade, as progênies foram avaliadas quanto aos caracteres altura total das mudas e diâmetro do coleto. A herdabilidade individual no sentido restrito para os caracteres estudados pode ser considerada de média a alta magnitude (0,15 e 0,28), respectivamente, para altura e diâmetro. Os ganhos genéticos estimados com a seleção individual variaram para altura de 5,23 a 8,51...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ilex paraguariensis; Variabilidade genética; Progênies; Ganho genético.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052009000300007
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Seleção simultânea para porte reduzido e alta produção de látex em seringueira Bragantia
Costa,Reginaldo Brito da; Resende,Marcos Deon Vilela de; Gonçalves,Paulo de Souza; Oliveira,Lincoln Carlos Silva de; Ítavo,Luís Carlos Vinhas; Roa,Raul Alffonso Rodrigues.
Os objetivos deste trabalho foram avaliar a variabilidade genética e a possibilidade de sucesso na seleção simultânea para porte baixo e alta produção de látex considerando as variáveis relacionais: produtividade de látex por unidade de altura (PBA) e produtividade de látex por área basal das plantas (PBB) como novos caracteres no melhoramento da seringueira (Hevea brasiliensis). A seleção baseada nas referidas variáveis permitem a identificação de novos materiais genéticos destinados a plantios adensados. Vinte e duas progênies de meios-irmãos foram estabelecidas no município de Votuporanga (SP), sob delineamento de blocos ao acaso com 22 tratamentos, cinco repetições e dez plantas por parcela, no espaçamento de 3 x 2 m em linhas simples. Aos três anos de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Hevea brasiliensis; Melhoramento genético; Produção de borracha; Porte reduzido.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052008000300013
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Selection and genetic parameters for interpopulation hybrids between kouilou and robusta coffee Bragantia
Carvalho,Humberto Fanelli; Silva,Felipe Lopes da; Resende,Marcos Deon Vilela de; Bhering,Leonardo Lopes.
ABSTRACT Selection of hybrid coffee plants coming from crosses between divergent populations is particularly relevant for the success of breeding programs. This study aimed to outline the best selection strategy in a hybrid population of Coffea canephora var. kouilou and robusta by estimating intrapopulation genetic parameters. Twenty full-sib progenies obtained by North Caroline II were installed in a randomized complete blocks design, with one plant per elementary plot. The following traits were evaluated: vegetative vigor, reaction to rust, plant height, diameter of canopy projection, maturity time, and bean yield. Significant individual genotypic variance and heritability estimates lead to an effective selection. The multi-trait selection index carried...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Mixed models; Multi-trait index; Intrapopulation selection; Coffea canephora.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052019000100052
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Estimativas de parâmetros genéticos e ganho de seleção para produção de frutos em progênies de polinização aberta de pupunheira no estado do Pará, Brasil Bragantia
Farias Neto,João Tomé de; Clement,Charles Roland; Resende,Marcos Deon Vilela de.
O estudo objetivou estimar parâmetros e valores genéticos para os caracteres número de cachos (NC), peso médio do cacho (PMC) e peso total do cacho (PTC) aos seis anos, pelo método de modelos mistos (REML/BLUP). O teste de progênies foi estabelecido sob o delineamento de blocos ao acaso com 50 tratamentos (progênies), 10 blocos e uma planta por parcela, no espaçamento de 5 x 5 m, além de uma bordadura externa ao experimento. As estimativas de herdabilidade individual e médias no sentido restrito para PTC (0,213 e 0,360) e NC (0,286 e 0,435), respectivamente, foram de boas magnitudes. O coeficiente de variação genética individual exibiu valores elevados para PTC (19,86) e NC (17,59). A raiz quadrada da herdabilidade ao nível de médias das progênies resulta...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bactris gasipaes; Melhoramento genético; Ganho genético; Teste de progênies; REML/BLUP.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052013000200002
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Variabilidade genética e seleção para caracteres de crescimento da seringueira Bragantia
Costa,Reginaldo Brito da; Resende,Marcos Deon Vilela de; Gonçalves,Paulo de Souza; Chichorro,José Franklim; Roa,Raul Alffonso Rodrigues.
O presente estudo objetivou estimar parâmetros e valores genéticos para os caracteres altura e diâmetro de progênies de seringueira, pelo método de modelos mistos (procedimento REML/BLUP). Progênies de meio-irmãos foram estabelecidas em área do município de Dois Irmãos do Buriti (MS), sob delineamento de blocos ao acaso, com 28 tratamentos (progênies), cinco repetições e dez plantas por parcela. A coleta dos dados foi realizada em março de 2004. Aos 12 meses de idade foram avaliados os caracteres altura e diâmetro. Nas herdabilidades individuais no sentido restrito para altura (0,1877) e diâmetro (0,1809), bem como nas herdabilidades médias no sentido restrito de progênies para altura (0,3385) e diâmetro (0,4124) observaram-se boas magnitudes. Ganhos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Hevea brasiliensis; Parâmetros genéticos; Ganho genético; Procedimento REML/BLUP.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052008000200005
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Predição de parâmetros e valores genéticos para caracteres de crescimento e produção de látex em progênies de seringueira Bragantia
Costa,Reginaldo Brito da; Resende,Marcos Deon Vilela de; Gonçalves,Paulo de Souza; Roa,Raul Alffonso Rodrigues; Feitosa,Kênia Cristine de Oliveira.
O trabalho objetivou estimar parâmetros e valores genéticos para os caracteres altura, diâmetro, produção de látex e produtividade de progênies de seringueira. As progênies meio-irmãos foram estabelecidas sob delineamento de blocos ao acaso, com 28 tratamentos (progênies), cinco repetições e dez plantas por parcela. Aos três anos de idade, as progênies foram avaliadas quanto aos caracteres: a) altura total (cm); b) diâmetro (mm); c) Produção de borracha seca (g) e produtividade (g cm-2). As estimativas dos coeficientes de herdabilidades individuais (0,33; 0,24 e 0,51) para os caracteres altura, diâmetro e produtividade, respectivamente, foram consideradas expressivas. Para o caráter produção de borracha seca, a estimativa do coeficiente de herdabilidade...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Hevea brasiliensis; Parâmetros genéticos; Herdabilidade; Ganho genético.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052010000100007
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Prediction of genotypic values and estimation of genetic parameters in common bean BABT
Chiorato,Alisson Fernando; Carbonell,Sérgio Augusto Morais; Dias,Luiz Antônio dos Santos; Resende,Marcos Deon Vilela de.
Eighteen common bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes were evaluated in 25 environments of the state of São Paulo in 2001 and 2002. The estimation of genetic parameters by the Restricted Maximum Likelihood (REML) and the prediction of genotypic values via Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) were obtained by software Selegen-REML/BLUP. The estimate of the broad-sense heritability was low for the grain yield (0.03), since it took individual plots into consideration and was free of the effects of interaction with years, cultivation periods and site. Nevertheless, the heritability at the level of line means across the various environments was high (0.75), allowing a high accuracy (0.87) in the selection of lines for planting in the environment mean. Among...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: REML; BLUP; Phaseolus vulgaris; Mixed Models.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000300005
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Genetic parameters to production characters of palm heart in half-sibs progenies of palm peach Ciência Rural
Bergo,Celso Luis; Miqueloni,Daniela Popim; Pedrozo,Cássia Ângela; Resende,Marcos Deon Vilela de.
ABSTRACT: The peach palm (Bactris gasipaes) is a palm tree that produces palm heart originated of Amazonia with economic, social and environmental sustainability. To obtain improved cultivars it is necessary the evaluation and selection of genotypes with characteristics that support producers, manufacturing and consumers. In this context, the objective of this study was to estimate genetic parameters for palm heart production traits of peach palm considering half sibs progenies. Twenty progenies of Putumayo macrocarpa race were evaluated in seven cultivation cycles. The experiment was designed in complete randomized blocks, with 40 repetitions and one plant per plot. The genetic parameters were estimated by REML/BLUP methodology. Low genetic variability...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bactris gasipaes; Yield; Palm heart types..
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782019000700202
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