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Mapeo genético y análisis de QTL para carotenos en una población s1 de yuca Acta Agron. (Palmira)
Marín Colorado,Jaime Alberto; Ramírez,Hernando; Fregene,Martin.
La población S1 de la variedad tailandesa de yuca MTAi8 (AM320), la cual presenta patrones de segregación definidos para el contenido de carotenos totales (Beta-caroteno), se sometió a un análisis de agrupamiento segregante (BSA = Bulk Segregant Analysis) empleando 700 marcadores moleculares tipo microsatélites o SSR. Se generaron 25 grupos de ligamiento identificando 3 QTL mayores asociados con una región del genoma de yuca con el contenido de carotenos totales. Tres marcadores SSR explicaron el 37.2% (NS109), 32% (rSSRY251) y 27.7% (rSSRY313) de la varianza fenotipica total, situados en el grupo de ligamiento D fuertemente asociados con el contenido de carotenos totales en la familia AM320 S1, se estableció una fuerte correlación positiva entre color de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Manihot esculenta Crantz; Caroteno; QTL; SSR.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-28122009000100003
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QTL IDENTIFICATION FOR CASSAVA BACTERIAL BLIGHT RESISTANCE UNDER NATURAL INFECTION CONDITIONS Acta biol.Colomb.
SOTO SEDANO,Johana; MORA MORENO,Rubén Eduardo; CALLE,Fernando; LÓPEZ CARRASCAL,Camilo Ernesto.
Cassava, Manihot esculenta Crantz, represents the main food source for more than one billion people. Cassava's production is affected by several diseases, one of the most serious is cassava bacterial blight (CBB) caused by Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). A quantitative trait loci (QTL) analysis for CBB resistance was performed under natural infection conditions, using a mapping population of 99 full-sibs genotypes highly segregant and a SNP-based high dense genetic map. The phenotypic evaluation was carried out in Puerto López, Meta, Colombia, during the rainy season in 2015. Both resistant and susceptible transgressive segregants were detected in the mapping population. Through a non-parametric interval mapping analysis, two QTL were detected,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cassava; Molecular marker; QTL; Resistance; SNPs; Xanthomonas axonopodis pv. manihotis.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-548X2017000100002
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Mapeamento de locos de características quantitativas associados à composição de carcaça, no cromossomo seis de suíno Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Pires,A.V.; Lopes,P.S.; Guimarães,S.E.F.; Guimarães,C.T.; Peixoto,J.O..
Uma população de suínos, composta de 550 animais F2, foi produzida a partir do intercruzamento da geração F1, obtida pelo cruzamento divergente de dois machos da raça nativa brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais. O objetivo do trabalho foi mapear locos de características quantitativas (QTL) associados a cortes de carcaça. Os animais foram genotipados para 13 marcadores microssatélites, distribuídos no cromossomo 6 de suínos. As características avaliadas foram: peso total do pernil, peso do pernil sem pele e sem capa de gordura, peso total da copa, peso da copa sem pele e sem capa de gordura, peso total da paleta, peso da paleta sem pele e sem capa de gordura, peso total do carré, peso do lombo, peso total do bacon, peso das costelas, peso total da...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Suíno; QTL; Cruzamento divergente; Composição de carcaça; Microssatélites.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352008000300030
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Detecção de QTL em dados de famílias estruturadas como as de um núcleo MOET por meio do método da regressão Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Peixoto,M.G.C.D.; Martinez,M.L.; Teodoro,R.L.; Machado,M.A.; Carvalho,M.R.S.; Gomes,F.C.; Verneque,R.S..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão em detectar QTL com base na utilização de dados da estrutura de família (irmãos completos e meios-irmãos), como aqueles gerados em um núcleo MOET. Foram simulados dados fenotípicos e genotípicos em uma estrutura de núcleo MOET fechado de seleção. Três arquivos foram analisados, contendo: a) informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos; b) apenas informações de irmãos completos e c) apenas informações de meios-irmãos. Verificou-se que o método da regressão, para dados discretos ou contínuos, foi capaz de detectar associações entre marcador e QTL em níveis bastante expressivos de significância (P<0.001 e P<0,0001), quando se utilizou o arquivo que continha informações...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Poder de detecção; Marcador molecular; Estrutura de família.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352009000400024
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Seleção, acasalamento e genotipagem seletiva e outras estratégias de amostragem na detecção de QTL Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Jangarelli,M.; Euclydes,R.F.; Carneiro,A.P.S.; Cecon,P.R.; Cruz,C.D..
Foram simuladas diferentes estratégias de seleção para estimar o desempenho fenotípico e a endogamia média na seleção assistida por marcadores, em características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade), e das populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas. Avaliaram-se estratégias de acasalamento entre os genitores selecionados, em diferentes intensidades de seleção (tamanhos populacionais), por meio do acasalamento seletivo entre os melhores e os piores,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Herdabilidade; Seleção estratégica; Simulação; QTL.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352010000400028
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Mapeamento de QTL em famílias de irmãos completos por meio de modelos aleatórios Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Silva,M.V.G.B; Martinez,M.L.; Torres,R.A.; Lopes,P.S.; Euclydes,R.F.; Machado,M.A.; Arbex,W..
Foi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Mapeamento por intervalo; Marcador genético; Método dos pares de irmãos; Modelo aleatório; QTL.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352004000200014
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Quantitative trait loci mapping for meat quality traits in swine chromosome 6 Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Pires,A.V.; Lopes,P.S.; Guimarães,S.E.F.; Guimarães,C.T.; Gomide,L.A.M.; Benevenuto Júnior,A.A.; Carmo,F.M.S..
The current study was carried out to perform QTL mapping on swine chromosome 6 (SSC6) associated to meat quality traits. The F2 population was produced by outbreed crossing using two native Brazilian breed Piau boars and 18 commercial sows. A total of 557 F2 animals were genotyped for 13 microsatellite markers. The traits evaluated on the F2 population were: pH measured 45 minutes and 24 hours post mortem (pH 45, pH24, respectively), drip loss (DL), cooking loss (CL), total loss (TL), intramuscular fat content (IMF), objective tenderness (OT), lightness (L), redness (A), yellowness (B), hue angle (h) and chrome (c). Data were analyzed by multiple regression developed for analysis of outbreed line crosses, using the QTL Express Software. Significant QTL...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Outbreed cross; Genetic; Molecular marker; Animal breeding.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352005000500006
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Endogamia e limite de seleção em populações sob seleção assistida por marcadores moleculares Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Jangarelli,M.; Euclydes,R.F..
Foram utilizados diferentes níveis de significância genômica na seleção assistida por marcadores para estimar a endogamia média e o limite de seleção, assim como os valores fenotípicos, em características quantitativas de baixa, média e alta herdabilidade. Uma comparação entre os níveis de 1%, 5%, 10% e 20% foi realizada por meio do sistema computacional de simulação genética (GENESYS), utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de um único caráter de baixa, média ou alta herdabilidade), e das populações base e inicial. Os resultados indicaram superioridade dos níveis de significância de maior magnitude (10% e 20%) com relação aos valores fenotípicos, resultante de menor média endogâmica, além de menor limite de seleção ao longo das...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Herdabilidade; Nível de significância; Simulação; QTL.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352008000600028
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Mapas genéticos em plantas Bragantia
Carneiro,Monalisa Sampaio; Vieira,Maria Lucia Carneiro.
Ao lado dos projetos de seqüenciamento e das análises do cariótipo pelas técnicas de hibridização in situ, o desenvolvimento de mapas genéticos fundamentados em marcadores de DNA tem propiciado consideráveis avanços à genômica de plantas. Esta revisão aborda as premissas básicas utilizadas para o mapeamento genético e suas principais aplicações, especialmente para o melhoramento vegetal. Fundamentos teóricos sobre segregação, recombinação e ligação são considerados e relacionados à construção de mapas genéticos com marcas moleculares. Apresentam-se informações sobre tipos de marcadores, populações de mapeamento, cálculo da freqüência de recombinação, distorções da segregação, estabelecimento dos grupos de ligação e da ordenação dos marcadores. Discute-se,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Mapas de ligação; Marcadores moleculares; QTL; Mapeamento comparativo.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052002000200002
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Mapeo de loci de caracteres cuantitativos (QTL) usando un enfoque multivariado Ciencia e Investigación Agraria
Mora,Freddy; Santos,Alexandra I; Scapim,Carlos A.
Los procedimientos usados en el mapeo de loci de característica cuantitativa (QTL) son continuamente estudiados ya que son fundamentales para mejorar la precisión del análisis genético. El presente estudio tuvo como objetivo examinar QTLs a través de métodos muí ti variados, considerando el principio de mapeo por intervalo simple. Se simuló un conjunto de datos de marcadores moleculares microsatélites provenientes de una población F2. Al mismo tiempo se consideró que los QTLs controlan características de distribución normal y binomial. En el caso normal se consideraron cinco modelos con las siguientes estructuras de covarianzas residuales: Componentes de varianza (VC), simetría compuesta (CS), no estructurada (UN), diagonal principal (Banded Main Diagonal;...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Análisis multivariado; Binario; Ecuaciones generalizadas; Marcador molecular; Mejoramiento genético; QTL.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-16202008000200003
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Genetic engineering applications in animal breeding Electron. J. Biotechnol.
Montaldo,Hugo H..
This paper discusses the use of genetic engineering applications in animal breeding, including a description of the methods, their potential and current uses and ethical issues. Genetic engineering is the name of a group of techniques used to identify, replicate, modify and transfer the genetic material of cells, tissues or complete organisms. Important applications of genetic engineering in animal breeding are: 1) Marker-assisted selection (MAS). The objective of this technology is to increase disease resistance, productivity and product quality in economically important animals by adding information of DNA markers to phenotypes and genealogies for selection decisions. 2) Transgenesis, the direct transfer of specific genes/alleles between individuals,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Adult mammalian cloning; Biotechnology; Gene mapping; GMOS; MAS; QTL; Transgenics.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000200010
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QTL affecting body weight in a candidate region of cattle chromosome 5 Genet. Mol. Biol.
Machado,Mariana B.B.; Alencar,Maurício M.; Pereira,Andréa P.; Oliveira,Henrique N.; Casas,Eduardo; Coutinho,Luis L.; Regitano,Luciana C.A..
The objective of this work was to identify QTLs for liveweight in a candidate region of bovine chromosome 5. Half-sib families from two lines, one traditional and the other new, of Canchim beef cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) were genotyped for four microsatellite markers, including the microsatellite in the IGF-1 (insulin-like growth factor-1) promoter region. Significant differences in allele distribution between the two lines were found for three markers. Interval mapping analyses in this region indicated the presence of a QTL controlling birth weight (p < 0.05) and of a QTL influencing breeding value for yearling weight (p < 0.01) in the newer line of the breed. The previously identified interaction between the IGF-1 genotype and genetic group...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Growth traits; Microsatellite; Bovine.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300008
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Partitioning genetic effects due to embryo, cytoplasm and maternal parent for oil content in oilseed rape (Brassica napus L.) Genet. Mol. Biol.
Wu,Jian-Guo; Shi,Chun-Hai; Zhang,Hai-Zhen.
Analysis of genetic main effects and genotype x environment (GE) interaction effects on the oil content of oilseed rape (Brassica napus L.) was conducted by using a genetic model for the quantitative traits of seeds in diploid plants. The experiments were carried out over two years with 8 parents and a diallel mating design, which produced F1 and F2 generations. We found that the oil content of rape was simultaneously controlled by embryo genetic effect, cytoplasmic effects and maternal genetic effect as well as GE interaction effects, with the cytoplasmic and maternal effects playing the main role. The results indicate that selection of maternal plants for high oil content would be more efficient than selection based on single seeds. Since the GE...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Breeding selection; Environmental interactions; Heritability; QTL.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000300023
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Epistasis interaction of QTL effects as a genetic parameter influencing estimation of the genetic additive effect Genet. Mol. Biol.
Bocianowski,Jan.
Epistasis, an additive-by-additive interaction between quantitative trait loci, has been defined as a deviation from the sum of independent effects of individual genes. Epistasis between QTLs assayed in populations segregating for an entire genome has been found at a frequency close to that expected by chance alone. Recently, epistatic effects have been considered by many researchers as important for complex traits. In order to understand the genetic control of complex traits, it is necessary to clarify additive-by-additive interactions among genes. Herein we compare estimates of a parameter connected with the additive gene action calculated on the basis of two models: a model excluding epistasis and a model with additive-by-additive interaction effects....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Additive gene action effect; Barley; Doubled haploid lines; Epistasis; QTL.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000100013
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Quantitative trait loci mapping of pubescence density and flowering time of insect-resistant soybean (Glycine max L. Merr.) Genet. Mol. Biol.
Komatsu,Kunihiko; Okuda,Shiori; Takahashi,Masakazu; Matsunaga,Ryoichi; Nakazawa,Yoshinori.
Analysis of antibiosis resistance to common cutworm (Spodoptera litura Fabricius) in soybean (Glycine max (L.) Merr.) has progressed significantly, but the immediate cause remains unknown. We performed quantitative trait loci (QTL) analysis of pubescence density and plant development stage because these factors are assumed to be the immediate cause of resistance to cutworm. The QTLs for pubescence appeared to be identical to the previously detected the Pd1 and Ps loci controlling pubescence density. We found no candidate loci for flowering time QTLs, although one could be identical to the gene governing the long-juvenile trait or to the E6 loci controlling maturity. None of the QTLs overlapped with the QTLs for antibiosis resistance.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Glycine max; Hair; Maturity; Pest resistance; QTL; SSR.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000400022
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The use of weighted multiple linear regression to estimate QTL-by-QTL epistatic effects Genet. Mol. Biol.
Bocianowski,Jan.
Knowledge of the nature and magnitude of gene effects, as well as their contribution to the control of metric traits, is important in formulating efficient breeding programs for the improvement of plant genetics. Information concerning a genetic parameter such as the additive-by-additive epistatic effect can be useful in traditional breeding. This report describes the results obtained by applying weighted multiple linear regression to estimate the parameter connected with an additive-by-additive epistatic interaction. Three weight variants were used: (1) standard weights based on estimated variances, (2) different weights for minimal, maximal and other lines, and (3) different weights for extreme and other lines. The approach described here combines two...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Biometrical genetics; Epistatic interaction; Homozygous lines; QTL; Simulation study; Weighted regression.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000500015
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Association of a locus on rat chromosome 4 with anxiety-related behaviors in two selectively bred rat lines Genet. Mol. Biol.
Hameister,Thaïs M.; Izídio,Geison S.; Valiati,Victor H.; Ramos,André.
The Floripa H and L rat lines, selected for high and low locomotion in the central aversive area of an open field, a widely used emotionality test, were proposed as a model for studying the genetic basis of anxiety. The present study aimed to verify if the QTL Ofil1, mapped to rat chromosome 4 and previously identified as being related to emotionality in another population of rats, contributes to the behavioral variability observed in the Floripa rat lines. To this purpose, rats of five generations of selective breeding were genotyped for two polymorphic markers, D4RAT59 and D4MGH27, flanking Ofil1. Changes in genotype and allele frequencies throughout generations were evaluated in both H and L lines, in order to assess if the bidirectional selection based...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Emotionality; Rat lines; Behavior genetics; Open field.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000500008
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Quantitative trait locus affecting birth weight on bovine chromosome 5 in a F2 Gyr x Holstein population Genet. Mol. Biol.
Gasparin,Gustavo; Miyata,Marcelo; Coutinho,Luiz Lehmann; Martinez,Mário Luiz; Silva,Marcos Vinícius G. Barbosa da; Machado,Marco Antônio; Campos,Ana Lúcia; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
Segregation between a genetic marker and a locus influencing a quantitative trait in a well delineated population is the basis for success in mapping quantitative trait loci (QTL). To detect bovine chromosome 5 (BTA5) birth weight QTL we genotyped 294 F2 Gyr (Bos indicus) x Holstein (Bos taurus) crossbreed cattle for five microsatellite markers. A linkage map was constructed for the markers and an interval analysis for the presence of QTL was performed. The linkage map indicated differences in the order of two markers relative to the reference map (<A HREF="http://www.marc.usda.gov/">http://www.marc.usda.gov</A>). Interval analysis detected a QTL controlling birth weight (p < 0.01) at 69 centimorgans (cM) from the most centromeric marker...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: BTA5; Birth weight; Cattle; QTL; Microsatellite markers.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000500005
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Comparative mapping reveals quantitative trait loci that affect spawning time in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) Genet. Mol. Biol.
Araneda,Cristian; Díaz,Nelson F.; Gomez,Gilda; López,María Eugenia; Iturra,Patricia.
Spawning time in salmonids is a sex-limited quantitative trait that can be modified by selection. In rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), various quantitative trait loci (QTL) that affect the expression of this trait have been discovered. In this study, we describe four microsatellite loci associated with two possible spawning time QTL regions in coho salmon (Oncorhynchus kisutch). The four loci were identified in females from two populations (early and late spawners) produced by divergent selection from the same base population. Three of the loci (OmyFGT34TUF, One2ASC and One19ASC) that were strongly associated with spawning time in coho salmon (p < 0.0002) were previously associated with QTL for the same trait in rainbow trout; a fourth loci (Oki10)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coho salmon; QTL; Spawning time.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000300019
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Fine mapping and single nucleotide polymorphism effects estimation on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17 and X Genet. Mol. Biol.
Hidalgo,André M.; Lopes,Paulo S.; Paixão,Débora M.; Silva,Fabyano F.; Bastiaansen,John W.M.; Paiva,Samuel R.; Faria,Danielle A.; Guimarães,Simone E.F..
Fine mapping of quantitative trait loci (QTL) from previous linkage studies was performed on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17, and X which were known to harbor QTL. Traits were divided into: growth performance, carcass, internal organs, cut yields, and meat quality. Fifty families were used of a F2 population produced by crossing local Brazilian Piau boars with commercial sows. The linkage map consisted of 237 SNP and 37 microsatellite markers covering 866 centimorgans. QTL were identified by regression interval mapping using GridQTL. Individual marker effects were estimated by Bayesian LASSO regression using R. In total, 32 QTL affecting the evaluated traits were detected along the chromosomes studied. Seven of the QTL were known from previous studies using...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bayesian LASSO Piau breed pig genetics; QTL.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000400009
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