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Planos de gestão de dados acionáveis por máquina alinhados aos princípios FAIR para o Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Infoteca-e
SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; FALCAO, P. R. K.; NHANI JUNIOR, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; CINTRA, L. C.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; BARBOSA, L. A. F..
Esta publicação traz uma contribuição efetiva para comunidade de dados ômicos da Embrapa ao apresentar modelos de planos de gestão de dados acionáveis por máquina, alinhados aos princípios FAIR, desenvolvidos pelo Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa.
Tipo: Livros Palavras-chave: Gestão de dados de pesquisa; Dados FAIR; Bioinformática; Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa; Plano de gestão de dados; Plano de gestão de dados acionável por máquina; PGDam.
Ano: 2022 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1149101
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Sistemas de arquivos distribuídos em apoio ao processamento científico. Infoteca-e
CINTRA, L. C..
O presente trabalho apresenta o Sistema de Arquivo Distribuído GlusterFS discutindo suas principais características, formas de instalação e possíveis configurações em ambiente de produção.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Ciência da computação; Sistemas distribuídos; GlusterFS; Computer software; Computer science.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1080972
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Uma proposta para a virtualização de servidores utilizando Xen. Infoteca-e
CINTRA, L. C..
O documento descreve uma proposta de virtualização para servidores que utilizam redundância de máquinas físicas e, por esse motivo, apresentam-se bastante resiliente a falhas. É descrito o processo de instalação de ambientes virtuais para servidores, utilizando o hypervisor Xen 4.1 e tendo-se um sistema Linux Ubuntu (Natty release) como Dom0. Com relação ao DomU, dá-se ênfase para máquinas virtuais paravirtualizadas (PV) que apresentam maior desempenho e flexibilidade em relação às máquinas totalmente virtualizadas (HVM).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Virtualização de servidores.; Tecnologia da Informação.; Information technology.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/921032
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Virtualização com o Xen: instalando e configurando o ambiente. Infoteca-e
CINTRA, L. C..
O documento descreve o processo de instalação de ambientes virtuais para servidores, utilizando o hypervisor Xen e tendo-se um sistema Linux Ubuntu (Lucid release) como Dom0. Descreve-se o processo de instalação do Xen 3.3 e 4.0 e também a instalação de hóspedes HVM (totalmente virtualizados) e PV (paravirtualizados). São apresentados também alguns testes comparando o desempenho de sistemas rodando em máquinas reais e em máquinas virtuais.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Ambientes virtuais para servidores; Hypervisor Xen; Virtualização; Emulação; Paravirtualização; Computer science.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883613
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Instruções para uso do Open Grid Engine no Laboratório Multiusuário de Bioinformática. Infoteca-e
CINTRA, L. C..
O presente trabalho tem sua relevância no treinamento dos recursos humanos que estão atuando no âmbito de projetos da Embrapa que exigem o processamento intenso e, por isso, demandam recursos computacionais especiais para a obtenção de seus resultados. No entanto, problemas similares ocorrem em outras organizações de ensino e pesquisa no País; e a discussão apresentada pode ser útil também para profissionais dessas, que queiram ampliar a sua capacidade de processamento utilizando clusters computacionais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Processamento de dados biológicos; Cluster; Bioinformatics.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1066147
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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1064217
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