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Modelling seasonal dynamics of biomasses and nitrogen contents in a seagrass meadow (Zostera noltii Hornem.): application to the Thau lagoon (French Mediterranean coast) ArchiMer
Plus, Martin; Chapelle, Annie; Menesguen, Alain; Deslous-paoli, Jean-marc; Auby, Isabelle.
A numerical deterministic model for a seagrass ecosystem (Zostera noltii meadows) has been developed for the Thau lagoon. It involves both above- and belowground seagrass biomasses, nitrogen quotas and epiphytes. Driving variables are light intensity, wind speed, rain data and water temperature. This seagrass model has been coupled to another biological model in order to simulate the relative contributions of each primary producer to: (i) the total ecosystem production, (ii) the impact on inorganic nitrogen and (iii) the fluxes towards the detritus compartment. As a first step in the modelling of seagrass beds in the Thau lagoon, the model has a vertical structure based on four boxes (a water box on top of, three sediment boxes) and the horizontal...
Tipo: Text Palavras-chave: Thau lagoon; Nitrogen cycle; Oxygen cycle; Box model; Seagrass ecosystem.
Ano: 2003 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-461.pdf
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Resource Competition Affects Plankton Community Structure; Evidence from Trait-Based Modeling ArchiMer
Sourisseau, Marc; Le Guennec, Valerie; Le Gland, Guillaume; Plus, Martin; Chapelle, Annie.
Understanding the phenology of phytoplankton species is still a challenge and despite a lot of theoretical work on competition for ressources this process is under-represented in deterministic models. To study the main driver of the species selection, we thus used a trait-based model that keeps phenotypic variability through physiological trait parameterization. We next validate the results by using a key species, the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum. Due to their monitoring, we show that harmful algae are ideal models for studying ecological niches and for contributing to this more global challenge. As a first step, a dimensionless model of an estuary (France) was built with water temperature and water exchanges deduced from a hydro-dynamic model....
Tipo: Text Palavras-chave: Droop; Competition; Inter-specific; Estuary; Bay of Brest; Alexandrium minutum; Phenology; Niches.
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00373/48414/48624.pdf
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Modelling nitrogen, primary production and oxygen in a Mediterranean lagoon. Impact of oysters farming and inputs from the watershed ArchiMer
Chapelle, Annie; Menesguen, Alain; Deslous-paoli, Jean-marc; Souchu, Philippe; Mazouni, Nabila; Vaquer, André; Millet, Bertrand.
An ecosystem model based on nitrogen cycling and oxygen has been developed for the Thau lagoon. It takes into account the specific features of this Mediterranean lagoon, a semi-confined system with watershed inputs and oyster farming. The ecosystem model uses currents calculated by a two-dimensional hydrodynamic model and integrated into a box model. This model is compared with a year survey data and used to estimate nitrogen and oxygen fluxes between the different ecosystem compartments. The yearly simulation shows that the ecosystem behavior is driven by meteorological forcing, especially rain which causes watershed inputs. These inputs trigger microphytoplankton growth, which is responsible for new primary production. During dry periods, nitrogen is...
Tipo: Text Palavras-chave: Oxygen; Nitrogen; Oysters; Primary production; Box model; Lagoon ecosystem.
Ano: 2000 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2000/publication-725.pdf
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DYNAPSE - DYNamiques des efflorescences et de la toxicité des espèces phytoplanctoniques nuisibles du genre PSEudo nitzschia en région Loire Bretagne ArchiMer
Belin, Catherine; Chapelle, Annie; Delmas, Daniel; Nezan, Elisabeth; Siano, Raffaele.
Les efflorescences de la diatomée Pseudo-nitzschia sont largement répandues sur les côtes Manche-Atlantique depuis une trentaine d’années (source Rephy). Depuis les années 2000 elles y sont parfois associées des événements toxiques du type ASP (Amnesic Shellfish Poisonning) qui perturbent grandement les pêcheries de coquillages et notamment celles de coquilles Saint Jacques. Les efflorescences et toxicités liées aux Pseudo-nitzschia sont des phénomènes en augmentation sur les côtes françaises mais aussi mondialement. Le genre Pseudo-nitzschia comprend plusieurs espèces très difficiles à identifier en routine or certaines sont toxiques et d’autres pas. Les facteurs environnementaux abiotiques et biotiques contrôlent à la fois la croissance des microalgues...
Tipo: Text Palavras-chave: Algues toxiques; Pseudo nitzschia; Toxicité des coquillages; Pêcheries; Facteurs environnementaux.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00189/30035/28521.pdf
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Étude sur la prolifération de la micro algue Alexandrium minutum en rade de Brest. Projet Daoulex. Rapport d’avancement n° 2 : Analyse des traces biologiques d’Alexandrium minutum dans les sédiments de la Rade de Brest. ArchiMer
Chapelle, Annie; Le Bec, Claude; Siano, Raffaele; Caradec, Florian; Andrieux, Francoise.
Suite à l’efflorescence de grande ampleur d’Alexandrium minutum et des événements toxiques associés en Rade de Brest en 2012, un projet a été monté avec la Région dans le cadre du développement du port de Brest, pour élucider les contrôles de cette efflorescence. De juillet à août 2013, l’Ifremer a organisé un échantillonnage serré dans l’estuaire de Daoulas, zone la plus touchée en 2012 (rapport d’avancement n°1). Une autre partie de ce projet vise à la détection (rapport d’avancement n°2) et à la quantification (rapport d’avancement n°3) des traces biologiques d’A. minutum dans les sédiments de surface en différentes stations de la Rade de Brest présentant des caractéristiques sédimentaires différentes. Pour la détection des traces biologiques (ADN...
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00191/30231/28647.pdf
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Modélisation écologique de la Baie de la Vilaine - Rapport annuel ArchiMer
Chapelle, Annie.
La baie de Vilaine, d'une superficie de 200 km², est située au sud de la Bretagne (fig. 1). Son bassin versant (10 400 km²) s'étend sur un tiers de la Bretagne ; il est drainé principalement par le fleuve Vilaine et son affluent l'Oust. L'importance des activités agricoles, et l'agglomération de Rennes sont responsables de teneurs élevées en azote et phosphore dans le fleuve Vilaine, le situant à la limite supérieure de l'eutrophie (QUEGUINER, 1988 a). La construction du barrage d'Arzal (1970), prévu pour assécher la zone marécageuse autour de Redon et établir une réserve d'eau potable à Férel, a réduit l'estuaire de la Vilaine d'une quarantaine de kilomètres. Il en résulte un déplacement des fonctions de dégradation de la matière organique vers la baie...
Tipo: Text
Ano: 1989 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00104/21526/19107.pdf
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Analysis of hydrobiological pattern in the Bizerte lagoon (Tunisia) ArchiMer
Bejaoui, B; Harzallah, A; Moussa, M; Chapelle, Annie; Solidoro, C.
This study deals with the use of a multivariate analysis method in order to understand the functioning of the Bizerte lagoon ecosystem. A set of hydrobiological parameters was collected during 10 monthly campaigns in 2004. A variant of the EOF (Empirical Orthogonal Function) technique is used to examine hydrobiological variability modes in this lagoon. The permanent features characterising the lagoon are obtained by applying the EOF technique to data after removing the annual cycle. Two major modes were obtained. The first one shows a contrast between the northern sector of the lagoon, influenced by the Mediterranean Sea, and the southern one influenced by continental waters. This mode is mostly prominent for temperature and salinity. The second mode shows...
Tipo: Text Palavras-chave: Nutrient cycles; EOF analysis; Bizerte lagoon.
Ano: 2008 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-4808.pdf
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Competition for phosphorus between two dinoflagellates: A toxic Alexandrium minutum and a non-toxic Heterocapsa triquetra ArchiMer
Labry, Claire; Erard-le Denn, Evelyne; Chapelle, Annie; Fauchot, Juliette; Youenou, Agnes; Crassous, Marie-pierre; Le Grand, Jacqueline; Lorgeoux, Benedicte.
The understanding of the dominance of one species with respect to others is a pertinent challenge in HAB growth dynamics studies and the nutrient supply mode is one of the factors potentially involved. The competition for phosphorus (P) between a toxic species, Alexandrium minutum, and a non-toxic species, Heterocapsa triquetra, was studied (1) along a gradient of P depletion, (2) testing different P depletion degrees before a single PO4 supply and (3) experimenting different PO4 supply frequencies. In conditions Of PO4 depletion, H. triquetra stopped growing after two days both in monospecific and mixed batch cultures whereas A. minutum grew progressively from day 2 until the end of the experiment. This time-lag growth of A. minutum is associated to its...
Tipo: Text Palavras-chave: Semi continuous culture; Batch culture; Ecophysiology; Pulse; Phosphorus storage; Dinoflagellates; Heterocapsa triquetra; Alexandrium minutum.
Ano: 2008 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-4067.pdf
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PHENOMER: Better knowledge of HAB with the help of citizen observations ArchiMer
Curd, Amelia; Chapelle, Annie; Siano, Raffaele.
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00213/32415/30888.pdf
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Global and local factors driving the phenology of Alexandrium minutum (Halim) blooms and its toxicity ArchiMer
Guallar, Carles; Bacher, Cedric; Chapelle, Annie.
The dinoflagellate Alexandrium minutum is a toxic bloom-forming species distributed worldwide. The mechanisms driving and promoting the species blooms and their toxicity are studied and presented here. Most previously published work focuses on local and/or short-term scales. In this study, a broad temporal and spatial approach is addressed using time series covering several sites over several years and combining environmental variables and A. minutum abundances from the French English Channel − Atlantic coasts. Data were explored by means of phenology and threshold analysis. The A. minutum bloom characteristics are defined. Only one bloom per year is measured and it may reach more than a million of cells L−1. Bloom period extends from April to October and...
Tipo: Text Palavras-chave: Alexandrium minutum; PSP toxicity; HAB; Bloom phenology; Threshold analysis; Monitoring long time-series.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00390/50130/51076.pdf
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Etude écophysiologique et paramétrisation du rôle du phosphore sur la croissance d'Alexandrium minutum, espèce responsable d'eaux colorées toxiques en estuaire de Penzé, et de son principal compétiteur Heterocapsa triquetra - Rapport final PNEC-ART3 ArchiMer
Labry, Claire; Erard-le Denn, Evelyne; Chapelle, Annie; Youenou, Agnes; Crassous, Marie Pierre; Martin-jezequel, Véronique; Le Grand, Jacqueline.
Suite à un premier criblage des facteurs environnementaux favorables à la croissance d'Alexandrium minutum comparativement à celle d'une espèce compétitrice en rivière de Penzé, Heterocapsa triquetra (rapport ART3 2002-2003) cette étude vise à préciser et quantifier les réponses physiologiques respectives des deux espèces à différentes conditions d'apports en phosphate (taux de croissance, vitesse d'assimilation des phosphates, capacité à stocker le phosphore intracellulaire). Elle montre qu'Alexandrium minutum a plutôt une stratégie de « stockage », capable d'assimiler rapidement le phosphate après un apport mais le stockant pour une meilleure croissance ultérieure quand la ressource sera à nouveau épuisée. Comparativement, Heterocapsa triquetra aurait,...
Tipo: Text
Ano: 2004 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00105/21598/19178.pdf
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L'eutrophisation des eaux marines et saumâtres en Europe, en particulier en France ArchiMer
Menesguen, Alain; Aminot, Alain; Belin, Catherine; Chapelle, Annie; Guillaud, Jean-francois; Joanny, Michel; Lefebvre, Alain; Merceron, Michel; Piriou, Jean-yves; Souchu, Philippe.
In order to be able to count the cases of coastal eutrophication and to propose methods to monitor as well as to reduce these phenomena, first of all it is necessary to precisely define the word eutrophication itself. Instead of the strict etymological definition, that is to say a progression of the enrichment of a medium, we will rather retain the concept of a state enriched at a point such as it causes harmful effects on the ecosystem, and nuisances to man's activities. Based on the average chemical equations of the organic matter synthesis/degradation in the sea, this operational definition thus puts forwards the harmful consequences of enrichment, i.e. the production of an excessive algal biomass, sometimes unbalanced from the point of view of...
Tipo: Text Palavras-chave: Alexandrium; Phaeocystis; Monostroma; Ulva; Dilution plume; Water trapping; Anoxia; Nitrogen and phosphorus loadings; Red tides; Phytoplankton blooms; Green tides; Eutrophication; Alexandrium; Phaeocystis; Monostroma; Ulva; Panache de dilution; Confinement; Anoxie; Phosphate; Nitrate; Apports terrigènes; Eaux colorées; Blooms phytoplanctoniques; Marées vertes; Eutrophisation.
Ano: 2001 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2001/rapport-22.pdf
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Phenomer. Rapport d’activités de juillet 2015 à septembre 2016 pour la Fondation de France ArchiMer
Curd, Amelia; Siano, Raffaele; Chapelle, Annie; Pilven, Sophie.
Tipo: Text
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00356/46694/46556.pdf
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Comprendre, Prédire et Agir sur les efflorescences toxiques. Jusqu'où peut-on aller aujourd'hui dans le cas d'Alexandrium minutum en Penzé ? ArchiMer
Chapelle, Annie; Andrieux, Francoise; Fauchot, Juliette; Guillaud, Jean-francois; Labry, Claire; Sourisseau, Marc; Verney, Romaric.
Tipo: Text
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00105/21651/19232.pdf
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Modélisation des cycles de l'azote et du phosphore dans les sédiments d'une lagune soumise à une exploitation conchylicole ArchiMer
Chapelle, Annie; Mesnage, Valérie; Mazouni, Nabila; Deslous-paoli, Jean-marc; Picot, Bernadette.
A simulation of nitrogen and phosphorus exchanges for the sediment-water interface is presented, The aim of the sttudy is to understand the dynamic behaviour of an eutrophie coastal lagoon (Thau, France), ln situ experiments were performed to estimate the different pools of nitrogen and phosphorus in the water column and in the sediment. The diffusive fluxes between them were also estimated. A numerical mode1, simulating nitrogen and phosphorus cycles, was developed and calibrated with data recorded .at two seasons (winter and summer). This study leads to the conclusion that is necessary to know the different pools of nitrogen and phosphorus in order to estimate which fraction is bioavailable and the rate of nutrient exchange between sediment and water. It...
Tipo: Text Palavras-chave: Modèle; Phosphore; Azote; Sédiment; Ecosystème conchylicole; Modelling; Phosphorus; Nitrogen; Sediment; Shellfish ecosystem.
Ano: 1994 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00039/15026/12360.pdf
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Modélisation du phytoplancton dans les écosystèmes côtiers. Application à l’eutrophisation et aux proliférations d’algues toxiques ArchiMer
Chapelle, Annie.
Le phytoplancton, de par sa diversité et sa fonction de producteur primaire, est le support de l’ensemble des réseaux trophiques des eaux douces et marines. Il est aussi responsable de la production de la moitié de l’oxygène de notre atmosphère. Il participe à la productivité des écosystèmes côtiers et il témoigne également de leur dégradation. La modélisation numérique permet d’appréhender les multiples liens entre le phytoplancton et les autres composantes de l’écosystème côtier et de centrer le modèle sur les questions posées. Dans ce manuscrit sont abordés les principes de modélisation du phytoplancton dans les écosystèmes côtiers, et les applications du modèle à l’étude de l’eutrophisation et des proliférations de phytoplancton toxique, dans un...
Tipo: Text
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00360/47141/47092.pdf
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Rapid detection and quantification of the marine toxic algae, Alexandrium minutum, using a super-paramagnetic immunochromatographic strip test ArchiMer
Gas, Fabienne; Baus, Beatrice; Quere, Julien; Chapelle, Annie; Dreanno, Catherine.
The dinoflagellates of Alexandrium genus are known to be producers of paralytic shellfish toxins that regularly impact the shellfish aquaculture industry and fisheries. Accurate detection of Alexandrium including A. minutum is crucial for environmental monitoring and sanitary issues. In this study, we firstly developed a quantitative lateral flow immunoassay (LFIA) using super-paramagnetic nanobeads for A. minutum whole cells. This dipstick assay relies on two distinct monoclonal antibodies used in a sandwich format and directed against surface antigens of this organism. No sample preparation is required. Either frozen or live cells can be detected and quantified. The specificity and sensitivity are assessed by using phytoplankton culture and field samples...
Tipo: Text Palavras-chave: Alexandrium minutum; Detection; Quantification; Dipstick lateral flow immunoassay; Super-paramagnetic.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00286/39695/38152.pdf
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The Bay of Brest (France), a new risky site for toxic Alexandrium minutum blooms and PSP shellfish contamination ArchiMer
Chapelle, Annie; Le Gac, Mickael; Labry, Claire; Siano, Raffaele; Quere, Julien; Caradec, Florian; Le Bec, Claude; Nezan, Elisabeth; Doner, Anne; Gouriou, Jeremie.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00278/38921/37461.pdf
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Effet des changements environnementaux sur les communautés phytoplanctoniques et évaluation des risques d’efflorescences d’algues toxiques (PhytoRisk) ArchiMer
Guallar Morillo, Carlos; Chapelle, Annie; Bacher, Cedric.
En résumé, ce rapport présente les éléments suivants : 1. Identification et inventaire des données environnementales disponibles en relation avec l‟espèce A. minutum et Pseudo-nitzschia sur les côtes bretonnes et atlantiques françaises. 2. Description de la méthodologie développée pour l‟étude de la phénologie des efflorescences et la niche écologique des espèces cibles. 3. Présentation des résultats obtenus sur l‟étude de la phénologie d‟A. minutum. 4. Présentation des résultats obtenus sur l‟étude de la niche écologique d‟A. minutum et Pseudo-nitzschia. 5. Tableau de bord récapitulant les facteurs explicatifs, leur évolution et les risques associés en termes d‟efflorescences des espèces ciblées.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00315/42640/42019.pdf
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Effet des changements environnementaux sur les communautés phytoplanctoniques et évaluation des risques d’efflorescences d’algues toxiques (PhytoRisk). Livrable : Données environnementales utilisées et modèles de la phénologie des espèces de phytoplancton ArchiMer
Guallar Morillo, Carlos; Chapelle, Annie; Bacher, Cedric.
Ce rapport d'étape présente les éléments suivants : 1. Identification et inventaire des données environnementales disponibles en relation avec l’espèce A. minutum sur les côtes bretonnes et atlantiques françaises. 2. Description de la méthodologie développée pour l’étude de la phénologie des efflorescences d’A. minutum. 3. Présentation des premiers résultats obtenus sur l’étude de la phénologie.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00278/38878/37417.pdf
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