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The combined analysis as the best strategy for Dual RNA-Seq mapping Genet. Mol. Biol.
Espindula,Eliandro; Sperb,Edilena Reis; Bach,Evelise; Passaglia,Luciane Maria Pereira.
Abstract In Dual RNA-Seq experiments the simultaneous extraction of RNA and analysis of gene expression data from both interacting organisms could be a challenge. One alternative is separating the reads during in silico data analysis. There are two main mapping methods used: sequential and combined. Here we present a combined approach in which the libraries were aligned to a concatenated genome to sort the reads before mapping them to the respective annotated genomes. A comparison of this method with the sequential analysis was performed. Two RNA-Seq libraries available in public databases consisting of a eukaryotic (Zea mays) and a prokaryotic (Herbaspirillum seropediceae) organisms were mixed to simulate a Dual RNA-Seq experiment. Libraries from real...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Dual RNA-Seq; Sequential analysis; Combined analysis; Mapping strategies.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572019000500803
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