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Uso de Filtro de Kalman para processamento de dados de pesagem diária para bovinos de corte. Infoteca-e
HIGA, R. H.; CARROMEU, C.; OLIVEIRA, C. C. de; ALMEIDA, R. G. de; SPERANZA, E. A..
Resumo - O presente estudo analisa a utilização de Filtros de Kalman (FK) para processamento de dados de pesagem diária de bovinos de corte utilizando um conjunto composto por pesagens diárias de 36 animais, coletados por 209 dias. Os resultados demonstram que o processamento de dados de pesagem diária com o Filtro de Kalman Polinomial (FKP) reduz o nível de ruído presente nos dados, viabiliza a extração do ganho de peso diário por animal, bem como torna factível a realização de predições do peso, por animal, 30 dias à frente. Adicionalmente, a utilização do FK não impacta a tomada de decisão no contexto do lote, uma vez que o peso médio dos animais no lote também não é afetado pelo FK.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Bovino de corte; Bovinos de corte; Filtro de Kalman; Pecuária de precisão; Ganho de peso diário; Kalman filter; Precision livestock farming; Daily weight gain; Gado Nelore; Peso; Beef cattle.
Ano: 2022 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1150330
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais; PCA; Análise Estatística; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Tutorial: introdução ao software brblup. Infoteca-e
HIGA, R. H..
Este tutorial apresenta uma parte do resultado obtido até o presente momento no desenvolvimento do brbv e seus aplicativos. Trata-se de um passo a passo para iniciantes com a apresentação de diversos exemplos que ilustram tanto a forma de especificar uma gama de modelos utilizados na avaliação genética de animais como a utilização brblup para obtenção dos correspondentes valores genéticos.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Tutorial; Software; Software brblup; Computer software.
Ano: 2020 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1127935
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Entendendo e interpretando os parâmetros utilizados por BLAST. Infoteca-e
HIGA, R. H..
O método BLAST para determinação de similaridades entre sequências biológicas. Score e matrizes de substituição. Determinação de matrizes de substituição BLOSUM. Determinação de matrizes de substituição PAM. Resultados da teoria Estatística de comparação local de sequências. O Algoritmo usado por BLAST. NCBI-BLAST. Exemplo de busca.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Algoritmo; Banco de dados; Parâmetros; BLAS; Basic Local Alignment Search Tool.
Ano: 2001 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8302
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Cálculo de possíveis contatos atômicos internos a uma proteína ou entre proteínas no software SMS. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G..
Contatos interatômicos são definidos no contexto deste trabalho como as forças de atração ou de repulsão existentes entre átomos distintos.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Contatos atômicos internos; Software SMS; Proteína.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8835
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Análise de uso de padrões de metadados em projetos de pesquisa e desenvolvimento na Embrapa Informática Agropecuária. Infoteca-e
MACÁRIO, C. G. N.; SPERANZA, E. A.; PIEROZZI JÚNIOR, I.; QUEIRÓS, L. R.; VISOLI, M. C.; HIGA, R. H.; MASSRUHÁ, S. M. F. S..
A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) produz uma grande quantidade de dados como resultado das pesquisa que realiza. Os dados gerados abrangem diferentes domínios: solos, clima, coleções, dados de animais, dados bibliográficos, entre outros. Muitas vezes os projetos trocam ou reúsam a informação produzidas. Apesar disso, muitos deles ainda são armazenados de diferentes formas e usando diferentes formatos, como planilhas, sistemas de banco de dados, papel, entre outros. A necessidade ou possibilidade de integração/compartilhamento de informação entre esses sistemas ou mesmo com outras instituições de pesquisa, desencadeou ações para a incorporação de novas estruturas e conceitos aos sistemas desenvolvidos, no sentido de facilitar a...
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Metadados; Interoperabilidade; Padrões de metadados; Metadata; Interoperability; Metadata standard.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920501
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Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas. Infoteca-e
FALCAO, P. R. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Conformação das cadeias laterais (rotâmeros); Dupla ocupância; Java Protein Dossier.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Proteínas; Análise estrutural de proteínas; Propriedades rotâmeros; Cadeias laterais; Bioinformática; Ocupância.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8636
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Metodologia para estimativa de conforto térmico bovino utilizando dados de cabresto inteligente e estações agrometeorológicas. Infoteca-e
LIMA, H. P. de; OLIVEIRA, C. C. de; HIGA, R. H.; SPERANZA, E. A.; CARROMEU, C..
Este trabalho explora um dos aspectos ainda pouco manejados, mas com influência tanto na produtividade quanto na qualidade: o conforto térmico animal na pecuária de corte extensiva, onde o ambiente não é controlado. É proposta uma metodologia para avaliação de conforto térmico animal por meio de dispositivos conectados à internet, que monitoram variáveis fisiológicas e meteorológicas.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Selo ODS 8; Bovino de corte; Conforto térmico; Gado Nelore.
Ano: 2022 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1149714
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Banco de dados de genótipos para suporte à seleção genômica em programas de melhoramento animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; DIAS, V. F.; CORREA, J. L.; OLIVEIRA, G. B. de.
Escopo. Modelo de dados. Descrição de genótipos. Descrição das tabelas. Entrada e saída de dados. Análise de desempenho. Análise de desempenho.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Melhoramento genético; Genótipos; Banco de dados; Genotype; Genetic improvement.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/980977
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Sistema de gerenciamento de informações laboratoriais Infolab. Infoteca-e
CUNHA, L. M. S.; HIGA, R. H.; FERREIRA, J. R.; SPOSITO, G..
Requisitos do sistema InfoLab. Principais funcionalidades do InfoLab. Resultados e trabalhos futuros.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Gerenciamento de informação laboratorial; Laboratory information system; Laboratory management information systems; Information systems.
Ano: 1999 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/7519
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Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF) para suporte a estudos de associação genômica ampla e seleção genômica em programas de melhoramento animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento complementa os trabalhos previamente desenvolvidos, apresentando um modelo de dados para armazenamento de dados de genótipos, fenótipos e pedigree de animais de interesse agropecuário para suporte tanto a experimentos de GWAS quanto a programas de melhoramento genético animal, Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos(BDGF).
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Associação genômica; Genome-wide association studies; Genótipo; Fenótipo; Melhoramento Animal; Genotype; Phenotype; Genetic improvement.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1022327
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos; Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8643
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Eutils-search versão 2.0 - manual do usuário. Infoteca-e
TANAKA, R. S.; HIGA, R. H..
O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do...
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Software eutils-search; Mineração de texto; Text mining; Software; Biotecnologia; Biologia Molecular; Biotechnology; Molecular biology.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920856
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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP; Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641
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Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics. Infoteca-e
FALCAO, P. R. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G..
O objetivo do curso foi familiarizar pesquisadores de áreas de biotecnologia, como genética, bioquímica, biologia molecular e bioinformática, com as novas ferramentas disponíveis para a análise de estruturas macromoleculares, juntamente com a explificação de novas abordagens e metodologias para o estudo das macromoléculares.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8680
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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Utilização do software GRASP para gerar arquivo de coordenadas com valores de potencial eletrostático. Infoteca-e
FALCAO, P. R. K.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Com o intuito de disponibilizar um banco de dados de valores de potencial eletrostático para todas as estruturas de proteínas depositadas no PDB, foi utilizado o programa GRASP (Graphical Representation and Analysis of Structural Properties) (Nicholls et al., 1991) para geração deste banco de dados.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Software GRASP; Graphical Representation and Analysis of Structural Properties; Sting.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8625
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar a metodologia usada para incorporar ao JPD a informação sobre os rotâmeros raros presentes em cada estrutura proteica.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Java Protein Dossier; Rotâmeros raros; Bioinformática.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679
Registros recuperados: 37
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