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	Provedor de dados BJMBR (1) Autor Oliveira,P.S.L. de (1) Osório,E.C. (1) Souza,J.E. de (1) Souza,S.J. de (1) Zaiats,A.C. (1) Palavra-chave Blast (1) Fasta (1) Search engines (1) Tipo do documento Info:eu-repo/semantics/other (1) Ano 2003 (1) País Brazil (1) Idioma Inglês (1)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 1 Primeira ... 1 ... Última pp-Blast: a "pseudo-parallel" Blast BJMBR Osório,E.C.; Souza,J.E. de; Zaiats,A.C.; Oliveira,P.S.L. de; Souza,S.J. de. We have developed a software called pp-Blast that uses the publicly available Blast package and PVM (parallel virtual machine) to partition a multi-sequence query across a set of nodes with replicated or shared databases. Benchmark tests show that pp-Blast running in a cluster of 14 PCs outperformed conventional Blast running in large servers. In addition, using pp-Blast and the cluster we were able to map all human cDNAs onto the draft of the human genome in less than 6 days. We propose here that the cost/benefit ratio of pp-Blast makes it appropriate for large-scale sequence analysis. The source code and configuration files for pp-Blast are available at http://www.ludwig.org.br/biocomp/tools/pp-blast. Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Blast; Search engines; Fasta. Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2003000400007 Registros recuperados: 1 Primeira ... 1 ... Última

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