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Comparison between simulated annealing algorithms and rapid chain delineation in the construction of genetic maps Genet. Mol. Biol.
Nascimento,Moysés; Cruz,Cosme Damião; Peternelli,Luiz Alexandre; Campana,Ana Carolina Mota.
The efficiency of simulated annealing algorithms and rapid chain delineation in establishing the best linkage order, when constructing genetic maps, was evaluated. Linkage refers to the phenomenon by which two or more genes, or even more molecular markers, can be present in the same chromosome or linkage group. In order to evaluate the capacity of algorithms, four F2 co-dominant populations, 50, 100, 200 and 1000 in size, were simulated. For each population, a genome with four linkage groups (100 cM) was generated. The linkage groups possessed 51, 21, 11 and 6 marks, respectively, and a corresponding distance of 2, 5, 10 and 20 cM between adjacent marks, thereby causing various degrees of saturation. For very saturated groups, with an adjacent distance...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Better order; Genetic mapping; Genomic analyses; Stochastic optimization.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572010000200032
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Incorporating different proportions of exotic maize germplasm into two adapted populations Genet. Mol. Biol.
Santos,Manoel Xavier dos; Pollak,Linda Maria; Pacheco,Cleso Antônio Patto; Guimarães,Paulo Evaristo Oliveira; Peternelli,Luiz Alexandre; Parentoni,Sidney Netto; Nass,Luciano Lourenço.
Maize breeders frequently wish to use exotic germplasm in their breeding programs without losing specific characteristics of their adapted material. The objective of this study was to determine the optimal proportions of exotic germplasm to incorporate into adapted populations (F2 = 50% exotic, BC1 = 25% exotic, BC2 = 12.5% exotic and BC3 = 6.25% exotic) to form the initial foundation population and to determine the heterosis between adapted x exotics. We used six exotic populations of different origins and two adapted populations representing a Brazilian heterotic pattern. In 1993-94 and 1994-95, the parents, F1, F2, BC1, BC2, BC3 and four checks were evaluated in six environments in central Brazil using an 8 x 9 simple rectangular lattice design. Higher...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572000000200033
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Divergência genética entre acessos de tomateiro infestados por diferentes populações da traça-do-tomateiro Horticultura Brasileira
Moreira,Gisele R.; Silva,Derly José H. da; Picanço,Marcelo C.; Peternelli,Luiz Alexandre; Caliman,Fabiano Ricardo B..
Neste trabalho estudou-se a divergência genética entre acessos de Lycopersicon spp. com relação à resistência a populações da traça-do-tomateiro, Tuta absoluta, e verificou-se a importância relativa dos caracteres da traça-do-tomateiro para a divergência. Foi conduzido experimento envolvendo quatro populações do inseto procedentes de Uberlândia (MG), Viçosa (MG), Camocim de São Félix (PE) e Santa Teresa (ES) e cinco acessos de tomateiro, 'Santa Clara', 'Moneymaker', TOM-601, PI 126445 (L. hirsutum f. typicum) e PI 134417 (L. hirsutum f. glabratum). Foram realizados testes de médias de Tukey e método de agrupamento de Tocher, e verificada a importância relativa dos caracteres da traça-do-tomateiro para a divergência entre acessos por meio do método de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Lycopersicon spp.; Tuta absoluta; Recursos genéticos; Variabilidade genética; Melhoramento de plantas.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362005000400006
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Classificação de famílias do feijoeiro sob diferentes cenários de dependência espacial e precisão experimental PAB
Campos,Josmar Furtado de; Carneiro,Antonio Policarpo Souza; Peternelli,Luiz Alexandre; Carneiro,José Eustáquio de Souza; Silva,Michele Jorge da; Cecon,Paulo Roberto.
Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência da análise estatística espacial, em comparação a análises usuais em blocos ao acaso e em látice, na classificação de famílias de feijoeiro ( Phaseolus vulgaris), sob diferentes cenários de dependência espacial e de precisão experimental. Foram considerados 12 cenários, formados por quatro classes de dependência espacial entre erros (nula, baixa, média e alta) e três classes de precisão experimental (moderada, alta e muito alta). Para as três classes de precisão experimental, foram definidos os valores de acurácia seletiva de: 0,60, 0,80 e 0,95, respectivamente. Já as quatro classes de dependência espacial entre erros assumiram, respectivamente, os seguintes valores de alcance do modelo...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Acurácia seletiva; Análise espacial; Autocorrelação; Erros dependentes; Modelos geoestatísticos..
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2016000200105
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Divergência genética e subcoleção representativa de populações da traça-do-tomateiro PAB
Moreira,Gisele Rodrigues; Silva,Derly José Henriques da; Picanço,Marcelo Coutinho; Peternelli,Luiz Alexandre; Caliman,Fabiano Ricardo Brunele.
O objetivo deste trabalho foi estudar a divergência genética e propor uma subcoleção representativa da traça-do-tomateiro, Tuta absoluta (TDT). O experimento foi conduzido com quatro populações do inseto procedentes de Uberlândia, MG, Viçosa, MG, Camocim de São Félix, PE, e Santa Teresa, ES, e cinco acessos de tomateiro, 'Santa Clara', 'Moneymaker', TOM-601, PI 126445 (Lycopersicon hirsutum f. typicum) e PI 134417 (L. hirsutum f. glabratum). Foi realizada análise de agrupamento (método de Tocher, usando a distância de Mahalanobis como medida de dissimilaridade) e verificada a importância relativa dos caracteres da TDT para a divergência genética entre populações por meio do método de Singh. As populações de cada grupo obtido pela análise de agrupamento...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Tuta absoluta; Lycopersicon; Variabilidade genética; Recursos genéticos.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2004000500005
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Green manure incorporation timing for organically grown broccoli PAB
Diniz,Ellen Rúbia; Santos,Ricardo Henrique Silva; Urquiaga,Segundo Sacramento; Peternelli,Luiz Alexandre; Barrella,Tatiana Pires; Freitas,Gilberto Bernardo de.
The objective of this work was to determine the effect of incorporation timing of the velvet bean (Stizolobium cinereum) (GM) on both organic broccoli yield and N status. Mineral N content in the soil, biologically fixed N recovery by broccoli, GM biomass decomposition and N release kinetics were also determined. Plots were fertilized with 12 Mg ha-1 of organic compost and received GM either at 0, 15, 30 or 45 days after transplant. Other treatments were compost (12 or 25 Mg ha-1), GM, mineral fertilizers and control (no fertilizer). The data were collected in four completely randomized blocks. GM decomposition increased mineral N content in soil as rapidly as mineral fertilizer or the supply of 25 Mg ha-1 of compost. The N half-life in GM (24 days) is...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Brassica oleracea; Stizolobium cinereum; Biological nitrogen fixation; Decomposition rate; N recovery.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000200008
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Sample size for full-sib family evaluation in sugarcane PAB
Leite,Mauro Sergio de Oliveira; Peternelli,Luiz Alexandre; Barbosa,Márcio Henrique Pereira; Cecon,Paulo Roberto; Cruz,Cosme Damião.
The objective of this study was to determine the minimum number of plants per plot that must be sampled in experiments with sugarcane (Saccharum officinarum) full-sib families in order to provide an effective estimation of genetic and phenotypic parameters of yield-related traits. The data were collected in a randomized complete block design with 18 sugarcane full-sib families and 6 replicates, with 20 plants per plot. The sample size was determined using resampling techniques with replacement, followed by an estimation of genetic and phenotypic parameters. Sample-size estimates varied according to the evaluated parameter and trait. The resampling method permits an efficient comparison of the sample-size effects on the estimation of genetic and phenotypic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Saccharum officinarum; Cane breeding; Simulation; Statistical methods; Variance components.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2009001200002
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Designs and model effects definitions in the initial stage of a plant breeding program PAB
Souza,Emanuel Fernando Maia de; Peternelli,Luiz Alexandre; Barbosa,Márcio Henrique Pereira.
The objective of this work was to compare the relative efficiency of initial selection and genetic parameter estimation, using augmented blocks design (ABD), augmented blocks twice replicated design (DABD) and group of randomised block design experiments with common treatments (ERBCT), by simulations, considering fixed effect model and mixed model with regular treatment effects as random. For the simulations, eight different conditions (scenarios) were considered. From the 600 simulations in each scenario, the mean percentage selection coincidence, the Pearsons´s correlation estimates between adjusted means for the fixed effects model, and the heritability estimates for the mixed model were evaluated. DABD and ERBCT were very similar in their comparisons...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Augmented design; Incomplete block; Selection; Heritability; Sugarcane; Stochastic simulation.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2006000300001
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Desenvolvimento de bananeiras cultivadas em ambiente protegido sob efeito do paclobutrazol aplicado nas folhas Rev. Bras. Frutic.
Maia,Emanuel; Siqueira,Dalmo Lopes de; Salomão,Luiz Carlos Chamhum; Peternelli,Luiz Alexandre; Ventrella,Marília Contin; Cavatte,Rithiely Paschoa Queiroz.
Com o objetivo avaliar os efeitos do paclobutrazol aplicado via foliar sobre o desenvolvimento de bananeiras cultivadas em ambiente protegido, durante o primeiro ciclo de produção, foi instalado um experimento seguindo o esquema fatorial, com cinco doses do produto (0; 0,5; 1,0; 1,5 e 2,0 g de i.a. planta-1), combinados com duas cultivares, 'Prata-Anã' e 'FHIA 01'. O paclobutrazol não influenciou em características como o número de dias do plantio ao florescimento e área foliar total. Contudo houve uma redução do número de perfilhos produzidos por planta, da circunferência do pseudocaule e uma redução média de 20% da altura do pseudocaule.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Musa spp.; Regulador crescimento; Perfilhos; Análise de crescimento.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452008000400025
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Redução do porte e produção das bananeiras 'Prata-Anã' e 'FHIA-01'tratadas com paclobutrazol Rev. Bras. Frutic.
Cavatte,Rithiely Paschoa Queiroz; Salomão,Luiz Carlos Chamhum; Siqueira,Dalmo Lopes de; Peternelli,Luiz Alexandre; Cavatte,Paulo Cezar.
Objetivou-se, neste trabalho, avaliar os componentes de produção e o ciclo de bananeiras tratadas com paclobutrazol (PBZ). Foram testadas cinco doses de PBZ (0,0; 0,5; 1,0; 1,5; e 2,0 g planta-1), aplicadas sobre o solo em torno das bananeiras 'Prata-Anã' e 'FHIA-01', aos quatro meses após o plantio. Os dados foram obtidos durante o primeiro ciclo, e os cachos foram colhidos quando os primeiros frutos apresentaram a cor da casca amarela. O ciclo médio foi de 507 dias, não diferindo em função de doses e cultivares. O PBZ reduziu o porte das plantas das duas cultivares. O aumento das doses de PBZ aumentou o número de folhas ativas na época da emissão da inflorescência da 'Prata-Anã', mas os efeitos sobre o cacho foram prejudiciais, com redução do número, do...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Musa spp.; Regulador de crescimento; Produtividade.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452012000200007
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Genetic diversity and coefficient of kinship among potential genitors for obtaining cultivars of energy cane1 Rev. Ciênc. Agron.
Silveira,Luís Cláudio Inácio da; Brasileiro,Bruno Portela; Kist,Volmir; Daros,Edelclaiton; Peternelli,Luiz Alexandre.
The aim of this study was to evaluate the genetic diversity and coefficient of kinship in 50 sugarcane genotypes, in addition to identifying potential parents for obtaining cultivars of energy cane. Diversity analysis was carried out based on the evaluation of morphological and agronomical characteristics. The coefficient of kinship was obtained from information on pedigree. According to analyses carried out, genotypes were separated into two groups. Group G1 consisted of 13 genotypes from the species Saccharum spontaneum and Saccharum robustum. The other 37 genotypes were from back-crosses with Saccharum officinarum, and were allocated to group G2. The genotypes displayed low values for genetic similarity and coefficient of kinship, indicating broad...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Saccharum spp; Germplasm; Biomass; Breeding.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1806-66902015000200358
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AMMI analysis to evaluate the adaptability and phenotypic stability of sugarcane genotypes Scientia Agricola
Silveira,Luís Cláudio Inácio da; Kist,Volmir; Paula,Thiago Otávio Mendes de; Barbosa,Márcio Henrique Pereira; Peternelli,Luiz Alexandre; Daros,Edelclaiton.
Sugarcane (Saccharum sp.) is one of the most important crops in Brazil. The high demand for sugarcane-derived products has stimulated the expansion of sugarcane cultivation in recent years, exploring different environments. The adaptability and the phenotypic stability of sugarcane genotypes in the Minas Gerais state, Brazil, were evaluated based on the additive main effects and multiplicative interaction (AMMI) method. We evaluated 15 genotypes (13 clones and two checks: RB867515 and RB72454) in nine environments. The average of two cuttings for the variable tons of pol per hectare (TPH) measure was used to discriminate genotypes. Besides the check RB867515 (20.44 t ha-1), the genotype RB987935 showed a high average TPH (20.71 t ha-1), general...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: G × E interaction; Principal components; Multivariate analysis.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162013000100005
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A new methodology for large-scale screening sugarcane resistance to Mahanarva Fimbriolata (Hemiptera: Cercopidae) Bragantia
Valverde,Alejandro Hipólito Pabón; Soares,Bruno Oliveira; Tomaz,Adriano Cirino; Pimentel,Guilherme Vieira; Peternelli,Luiz Alexandre; Barbosa,Márcio Henrique Pereira.
ABSTRACT The sugarcane spittlebug, Mahanarva fimbriolata (Walker) (Hemiptera: Cercopidae) is an economically important pest of sugarcane in Brazil. The purpose of this study was to develop and validate a greenhouse methodology to screen large sugarcane populations for resistance to spittlebug Mahanarva fimbriolata. A resistant and a susceptible genotype (H. Kawandang and SP81-3250) were first used to determine adequate days after infestation and levels of infestation (number of nymphs per plant) for comparing the resistance of genotypes. Then, 74 sugarcane genotypes including three susceptible and three resistant controls were screened for resistance. The screening method consists in infesting single-tiller plants supported in a small plant growth unit and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Saccharum sp; Spittlebug; Plant-insect interaction; Nymph damage.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052018000400599
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Análise dos coeficientes de endogamia e de parentesco para qualquer nível de ploidia usando o pacote estatístico R Bragantia
Peternelli,Luiz Alexandre; Ferreira,Fábio Medeiros; Rocha,Rodrigo Barros; Barros,Willian Silva; Barbosa,Márcio Henrique Pereira.
São poucos os softwares disponíveis para a análise de parentesco e, até a presente data, nenhum pode realizar a análise de parentesco para organismos poliplóides, com número par (2k) de cromossomos. Implementou-se junto ao programa R uma rotina capaz de executar a análise de parentesco para qualquer nível 2k de ploidia, número de indivíduos (ou populações) e número de gerações envolvidas na árvore genealógica. A função principal, calc.rxy() calcula o coeficiente de endogamia (F X) de cada indivíduo; coeficientes de parentesco (rXY) entre dois indivíduos quaisquer; e coeficiente de parentesco médio, variância, mínimo e máximo, para cada indivíduo. Ela pode mostrar a matriz completa de parentesco ou uma submatriz pré-definida de indivíduos selecionados....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genética de populações; Poliplóides; Análise de pedigree.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052009000400004
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An alternative method for assessing the equivalence among treatments in survival analysis Ciência Rural
Peternelli,Luiz Alexandre; Tomaz,Flávia Sílvia Corrêa; Bernardes,Diego Paiva; Silva,Gilson Fernandes da; Lacerda,Fabricia Gonçalves.
This work aims to evaluate the use of parametric models instead of a nonparametric procedure to adjust survival curves related to different treatments, and to verify the equivalence among treatments by the multivariate method of cluster analysis. The dataset used to validate the method was obtained from a laboratory experiment with cutting ants. Eight colonies of cutting ants were used, each one receiving different treatments. The exponential, Weibull, log-normal, and logistic models were adjusted for each treatment, along with the usual Kaplan-Meier adjustment. The logistic model used was the best option for evaluating the survival of the ants. Therefore, this model was adjusted for each treatment. The estimates of the parameters of each adjusted model...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Logrank test; Cluster analysis; Curves comparison.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000900004
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Suficiência amostral para a estimação da produção de cana-de-açúcar Ciência Rural
Acunha,Jefferson Gonçalves; Oliveira,Ricardo Augusto de; Zeviani,Walmes Marques; Peternelli,Luiz Alexandre; Bespalhok Filho,João Carlos; Daros,Edelclaiton.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782015000100184
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Quadrados mínimos parciais uni e multivariado aplicados na seleção genômica para características de carcaça em suínos Ciência Rural
Azevedo,Camila Ferreira; Silva,Fabyano Fonseca e; Rezende,Marcos Deon Vilela de; Peternelli,Luiz Alexandre; Guimarães,Simone Eliza Facione; Lopes,Paulo Sávio.
A principal contribuição da genética molecular é a utilização direta das informações de DNA no processo de identificação de indivíduos geneticamente superiores. Sob esse enfoque, idealizou-se a seleção genômica ampla (Genome Wide Selection - GWS), a qual consiste na análise de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) amplamente distribuídos no genoma. Devido a esse grande número de SNPs, geralmente maior que o número de indivíduos genotipados, e à alta colinearidade entre eles, métodos de redução de dimensionalidade são requeridos. Dentre estes, destaca-se o método de regressão via Quadrados Mínimos Parciais (Partial Least Squares - PLS), que além de solucionar tais problemas, permite uma abordagem multivariada, considerando múltiplos fenótipos....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Seleção genômica; Redução de dimensionalidade; Análise multivariada.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000900017
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Aplicação da análise espacial na avaliação de experimentos de seleção de clones de laranjeira Pêra Ciência Rural
Maia,Emanuel; Siqueira,Dalmo Lopes de; Carvalho,Sérgio Alves de; Peternelli,Luiz Alexandre; Latado,Rodrigo Rocha.
Em experimentos de competição de cultivares de citros, geralmente são utilizados muitos tratamentos, o que requer o emprego de grandes blocos e parcelas com poucas plantas. Tem sido debatido que, nessas condições, pode ocorrer a correlação entre parcelas vizinhas, violando assim a pressuposição de erros independentes da análise de variância. O presente trabalho teve por objetivo avaliar diferentes parametrizações de modelos, considerando ou não a dependência espacial entre parcelas, em dois experimentos de competição de clones de laranjeira Pêra (Citrus sinensis L. Osbeck). Foi utilizada a estrutura auto-regressiva separável de primeira ordem (AR1 x AR1) como modelo de dependência espacial entre os erros. Os resultados encontrados apontam que a modelagem...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Citrus sinensis; Produtividade; Volume de copa; Autocorrelação espacial; Modelos auto-regressivos; Melhoramento de plantas.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000100002
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Classification of the coefficients of variation for sugarcane crops Ciência Rural
Couto,Mauricio Farias; Peternelli,Luiz Alexandre; Barbosa,Márcio Henrique Pereira.
The objective of this paper was to evaluate the range of classification of variation coefficient in experiments with sugarcane. For this study, some of the variables that are mostly used by researchers of the culture were considered. The data was obtained after extensive bibliographical revision from scientific journals, data base from the improvement program of sugarcane from the Federal University of Viçosa, master dissertations, doctorate thesis and technical reports. Classification ranges were proposed according to the Costa method, in which is based the use of a median and pseudo-sigma. The variables tons of stalks per hectare and tons of pol per hectare presented the highest ranges of the classification of the coefficients of variation, while the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Saccharum spp; Experimental precision; Experimental error.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000600003
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Análise de trilha usando valores fenotípicos e genotípicos para componentes do rendimento na seleção de famílias de cana-de-açúcar Ciência Rural
Espósito,Deiciana Pagano; Peternelli,Luiz Alexandre; Paula,Thiago Otávio Mendes de; Barbosa,Márcio Henrique Pereira.
O objetivo deste trabalho foi investigar o uso de valores fenotípicos e genotípicos na análise de trilha envolvendo características agronômicas em cana-de-açúcar, nos estágios de cana-planta e cana-soca. Sob esses dois enfoques, foram computados os efeitos diretos e indiretos dos componentes de produção - número de colmos por parcela, diâmetro médio de colmos e altura média de colmos - sobre a produtividade de colmos por hectare. Para garantir uma melhor consistência nos resultados, os dados foram obtidos em dois experimentos, no delineamento em blocos casualizados com cinco repetições. Os experimentos foram alocados no Centro de Experimentação em cana-de-açúcar da UFV, em Oratórios, MG, Brasil. Cada experimento foi constituído de 22 famílias de irmãos...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Correlação; Seleção precoce; Seleção indireta.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782012000100007
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