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Eutils-search versão 2.0 - manual do usuário. Infoteca-e
TANAKA, R. S.; HIGA, R. H..
O software Eutils-search tem por objetivo trazer do banco de dados PubMed informações sobre artigos relacionados a genes de um organismo específico, de acordo com as regras referentes à taxa de acesso impostas pelo site. As informações trazidas são, então, armazenadas localmente em um banco de dados para acesso rápido. Além disso, o software também gera documentos XML correspondentes às informações do organismo requisitado. O eutils-search é uma ferramenta de apoio ao desenvolvimento de aplicações de mineração de textos voltadas para os domínios de biotecnologia e biologia molecular, baseada em informações textuais obtidas do banco de dados PubMed. Este documento apresenta os pré-requisitos e a descrição dos parâmetros necessários para utilização do...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software eutils-search; Mineração de texto; Text mining; Software.; Biotecnologia.; Biologia Molecular; Biotechnology; Molecular biology..
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920856
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Evolução da eTMLib - Embrapa's Text Mining Library para pré-processamento de dados textuais. Repositório Alice
DIAS, V. F.; MOURA, M. F.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é testar, validar e evoluir a eTMLib, de modo que ela possa ser colocada em um repositório e facilmente tratada por outros desenvolvedores.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Mineração de textos; Processamento de dados textuais; Text mining.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/954539
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Experiência de utilização de XML no SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8633
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Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M. de; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. de A..
Os bovinos apresentam vários mecanismos de proteção ao carrapato, que ocorrem durante por todo o estágio parasitário de aproximadamente 3 semanas. No entanto, tem sido verificado que animais resistentes geralmente apresentam a maior rejeição às larvas, em quantidade absoluta, nas primeiras 24 horas após a infestação. Isso ocorre provavelmente devido ao impedimento de fixação das larvas pelas reações iniciadas no hospedeiro. Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi verificar a expressão gênica diferencial em bovinos após 24 horas da infestação artificial com carrapato R. microplus. Foram utilizadas 7 fêmeas de cada grupo genético: cruzadas Senepol x Nelore, Angus x Nelore, e Nelore, nascidas, na Embrapa Pecuária Sudeste. Os animais livres de carrapatos...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Microarranjos; Expressão gênica; Bovinos.; Carrapato..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/865774
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Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M.; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. A..
Os bovinos apresentam vários mecanismos de proteção ao carrapato, que ocorrem durante por todo o estágio parasitário de aproximadamente 3 semanas. No entanto, tem sido verificado que animais resistentes geralmente apresentam a maior rejeição às larvas, em quantidade absoluta, nas primeiras 24 horas após a infestação. Isso ocorre provavelmente devido ao impedimento de fixação das larvas pelas reações iniciadas no hospedeiro. Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi verificar a expressão gênica diferencial em bovinos após 24 horas da infestação artificial com carrapato R. microplus. Foram utilizadas 7 fêmeas de cada grupo genético: cruzadas Senepol x Nelore, Angus x Nelore, e Nelore, nascidas, na Embrapa Pecuária Sudeste. Os animais livres de carrapatos...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Microarranjos; Expressão gênica diferencia; Bovinos.; Carrapato..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/885898
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Framework de mineração de textos para análise de dados de bioinformática. Repositório Alice
TANAKA, R. S.; KASHIWARA, R. H.; HIGA, R. H.; MOURA, M. F..
O projeto Prosgen (código SEG 03.09.01.0.25.00.00) se propõe a utilizar informações oriundas do banco de dados de artigos científicos Pubmed (PUBMED, 2011) e técnicas de mineração de textos para apoiar a interpretação biológica de genes candidatos. Seu objetivo é construir um framework de mineração de dados que suporte os processos de priorização e prospecção de genes candidatos associados a características de interesse econômico para a agricultura, para posterior introdução em programas de melhoramento genético. Neste trabalho, apresenta-se o estágio atual de desenvolvimento deste framework, com foco na interpretação de dados de expressão gênica por microarranjos.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Mineração de textos; Expressão gênica por microarranjos; Data mining; Gene expression; Microarray technology.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/921065
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Gene expression profile in zebu dairy cows (Bos taurus indicus) with mastitis caused by Streptococcus agalactiae. Repositório Alice
FONSECA, I.; CARDOSO, F. F.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; BRANDAO, H. de M.; BRITO, M. A. V. P. e; FERREIRA, M. B. D.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F..
Mastitis is an inflammatory response in the mammary gland caused by an influx of somatic cells, composed mainly of neutrophils, macrophages and lymphocytes. The speed and efficacy of the host?s immune response to the invasive pathogen affects the establishment, persistence and severity of the infection. To characterize the gene expression and response mechanism to infection by Streptococcus agalactiae (S. agalactiae) in zebu dairy cows of the Gyr breed, we carried out a transcriptome study of the cells present in the milk from 17 animals.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Mamite; Gado leiteiro; Gado zebu; Glândula mamária.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1024996
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Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. S.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..
Entre os principais problemas da pecuária brasileira está o parasitismo pelo carrapato bovino, Rhipicephalus microplus, acarretando prejuízos de mais de dois bilhões de dólares por ano. A compreensão dos mecanismos envolvidos na resistência genética aos carrapatos é importante porque pode auxiliar a identificação de genes ou marcadores para essa característica. O objetivo deste trabalho foi identificar genes e vias regulatórias envolvidos na discriminação de grupos de bovinos resistentes e sensíveis submetidos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Infestação artificial de carrapato; Bovinos infestados com carrapatos; Mecanismos de resistência a carrapatos; Vias regulatórias; Expressão gênica; Rhipicephalus microplus; Genes.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/875224
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Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. S.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..
Entre os principais problemas da pecuária brasileira está o parasitismo pelo carrapato bovino, Rhipicephalus microplus, acarretando prejuízos de mais de dois bilhões de dólares por ano. A compreensão dos mecanismos envolvidos na resistência genética aos carrapatos é importante porque pode auxiliar a identificação de genes ou marcadores para essa característica. O objetivo deste trabalho foi identificar genes e vias regulatórias envolvidos na discriminação de grupos de bovinos resistentes e sensíveis submetidos à infestação artificial com o carrapato Rhipicephalus microplus.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Infestação artificial de carrapato; Bovinos infestados com carrapatos; Mecanismos de resistência a carrapatos; Vias regulatórias; Expressão gênica..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/885900
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Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. de A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO. L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SILVA, L. O. C. da; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome scan.; Nellore; Meat tenderness..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/988848
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Genome scan revealed new pathways related to meat tenderness in Nelore beef cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P. L.; DECKER, J. E.; SCHNABEL, R. D.; MUDADU, M. A.; SILVA, F. L.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; THOLON, P.; SONSTEGARD, T. S.; ROSA, A. N.; ALENCAR, M. M.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJÓ, G. L. D.; SILVA, L. O. C.; TORRES, R. A.; SIQUEIRA, F.; HIGA, R. H.; TAYLOR, J. F.; REGITANO, L. C. de A..
A genome wide-association study (GWAS) for Warner-Bratzler shear force (WBSF) measured at different times of meat aging was conducted using genotype data from the Illumina BovineHD BeadChip to identify QTLs in Nelore cattle (n=442).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genoma.; Gado de Corte; Genome; Beef cattle; Nellore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/969364
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/984641
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JÚNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A.; MUNARI, D. P..
Abstract. Studies are being conducted on the applicability of genomic data to improve the accuracy of the selection process in livestock, and genome-wide association studies (GWAS) provide valuable information to enhance the understanding on the genetics of complex traits. The aim of this study was to identify genomic regions and genes that play roles in birth weight (BW), weaning weight adjusted for 210 days of age (WW), and long-yearling weight adjusted for 420 days of age (LYW) in Canchim cattle. GWAS were performed by means of the Generalized Quasi-Likelihood Score (GQLS) method using genotypes from the BovineHD BeadChip and estimated breeding values for BW, WW, and LYW. Data consisted of 285 animals from the Canchim breed and 114 from the MA genetic...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Gado de corte; Beef cattle; Genome-wide association study..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003481
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Genome-wide association for growth traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C. O; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome-wide; Growth trait; Race Canchim; Raça Canchim.; Gado de corte..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/986150
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B. da; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Background: Meat quality involves many traits, such as marbling, tenderness, juiciness, and backfat thickness, all of which require attention from livestock producers. Backfat thickness improvement by means of traditional selection techniques in Canchim beef cattle has been challenging due to its low heritability, and it is measured late in an animal?s life. Therefore, the implementation of new methodologies for identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked to backfat thickness are an important strategy for genetic improvement of carcass and meat quality. Results: The set of SNPs identified by the random forest approach explained as much as 50% of the deregressed estimated breeding value (dEBV) variance associated with backfat thickness,...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Metabolismo lipídico; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Machine learning; Tecido adiposo subcutâneo.; Gado de Corte.; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Lipid metabolism; Artificial intelligence; Subcutaneous fat.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/977539
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Genome-wide association study for backfat thickness in Canchim beef cattle using Random Forest approach. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; LIMA, A. O. de; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. G. B.; CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M. de O.; URBINATI, I.; NICIURA, S. C. M.; TULLIO, R. R.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Article 47.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bovino.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/959917
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Genomic selection for tick resistance in Braford and Hereford cattle using single-step methodology. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GULIAS-GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M.; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; YOKOO, M. J. I..
Resumo.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Seleção genômica.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/940293
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Genomic selection for tick resistance in Braford and Hereford cattle using single-step methodology. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; GULIAS-GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M.; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; MISZTAL, I.; AGUILAR, I..
The Rhipicephalus microplus tick is one of the main sources of losses in tropical cattle production, causing decreased performance, hide devaluation, and increased costs with treatments and transmission of infectious agents. The aim of this work was to evaluate the utility of genomic evaluation of Braford and Hereford cattle for genetic resistance to ticks.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Boophilus Microplus; Gado de Corte.; Beef cattle; Rhipicephalus microplus..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946764
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Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
Nelore is the major beef cattle breed in Brazil with more than 130 million heads. Genome-wide association studies (GWAS) are often used to associate markers and genomic regions to growth and meat quality traits that can be used to assist selection programs. An alternative methodology to traditional GWAS that involves the construction of gene network interactions, derived from results of several GWAS is the AWM (Association Weight Matrices)/PCIT (Partial Correlation and Information Theory). With the aim of evaluating the genetic architecture of Brazilian Nelore cattle, we used high-density SNP genotyping data (~770,000 SNP) from 780 Nelore animals comprising 34 half-sibling families derived from highly disseminated and unrelated sires from across Brazil....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: AWM; PCIT; GWAS; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053714
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Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of Brazilian Nelore beef cattle. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO-NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P.; NASCIMENTO, M. L.; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
Nelore is the major beef cattle breed in Brazil with more than 130 million heads. Genome-wide association studies (GWAS) are often used to associate markers and genomic regions to growth and meat quality traits that can be used to assist selection programs. An alternative methodology to traditional GWAS that involves the construction of gene network interactions, derived from results of several GWAS is the AWM (Association Weight Matrices)/PCIT (Partial Correlation and Information Theory). With the aim of evaluating the genetic architecture of Brazilian Nelore cattle, we used high-density SNP genotyping data (~770,000 SNP) from 780 Nelore animals comprising 34 half-sibling families derived from highly disseminated and unrelated sires from across Brazil....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genome-wide association studies; Association Weight Matrices; Partial Correlation and Information Theory; Gene; Genética; Gado Nelore; Gado de corte; Genótipo; Genotyping; Genotype; Nellore; Beef cattle; Genetic resources.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1059898
Registros recuperados: 137
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