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Predição da resistência genética ao carrapato de bovinos Braford e Hereford a partir de um painel denso de marcadores moleculares. Infoteca-e
CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; OLIVEIRA, M. M. de; ROSO, V. M.; PICCOLI, M. L.; BRITO, F. V.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. de A.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
O problema do carrapato bovino; A alternativa da seleção genômica; Resultados experimentais; Procedimentos para aplicação prática; Considerações finais.
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Boophilus microplus; Gado de corte.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/950709
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Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Repositório Alice
BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G..
ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteína; Classe de enzima; Bayesian classification; Protein function prediction; Naive Bayes; Enzyme classification number; Bayesian classifier; Data classification; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9196
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Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters. Repositório Alice
HIGA, R. H.; TOZZI, C. L..
In this work, we present a method for predicting hot spot residues by using a set of structural and evolutionary parameters. Unlike previous studies, we use a set of parameters which do not depend on the structure of the protein in complex, so that the predictor can also be used when the interface region is unknown. Despite the fact that no information concerning proteins in complex is used for prediction, the application of the method to a compiled dataset described in the literature achieved a performance of 60.4%, as measured by F-Measure, corresponding to a recall of 78.1% and a precision of 49.5%. This result is higher than those reported by previous studies using the same data set.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Estrutura proteica; Interações proteína-proteína; Previsão de resíduos hot spots; Protein structure; Prediction.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/875214
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Predictive ability and genotype frequencies of a set of SNPs for backfat thickness in Canchim. Repositório Alice
MORKY, F. B.; LIMA, A. O.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Extreme phenotype; Fisher's exact; Test meat; Quality Acknowledgments; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/963155
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Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
A genome wide-association study (GWAS) was performed with 400 animals with extreme phenotypes for REA, using the RandomForest methodology. From this analysis, 7 SNPs in the 3,4989,224 to 3,689,224 interval of chromosome 27 (UMD 3.1) were identified as associated.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genome wide-association studies.; Genoma.; Gado; Cattle; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/969395
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Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNPS; Ribeye area; Canchim cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/988819
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Preliminary validation study for SNPs associated to rib eye area in Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
X-meeting BSB 2013. Pôster.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único.; Gado de Corte.; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/973831
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Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G..
O objetivo do curso foi familiarizar pesquisadores de áreas de biotecnologia, como genética, bioquímica, biologia molecular e bioinformática, com as novas ferramentas disponíveis para a análise de estruturas macromoleculares, juntamente com a explificação de novas abordagens e metodologias para o estudo das macromoléculares.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8680
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Priorização de genes candidatos utilizando mineração de textos. Repositório Alice
DIAS, V. F.; HIGA, R. H.; MOURA, M. F..
O objetivo deste trabalho foi desenvolver e/ou adaptar metodologias de mineração de textos para identificar genes candidatos relacionados a alguma característica fenotípica de interesse econômico para a agricultura brasileira.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Mineração de textos; Text mining.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975715
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Procedures for quality control of genotypes used in genomic evaluations of hereford and braford cattle in Brazil. Repositório Alice
OLIVEIRA, M. M.; HIGA, R. H.; ARAÚJO, R. O.; LACERDA, T. S.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; GOMES, C. C. G.; CARDOSO, F. F..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Gado Braford; Brasil.; Controle de Qualidade; Genótipo.; Gado Hereford.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/907511
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Proposta de adaptação do processo de construção de roadmap para uso na gestão do arranjo de projetos DataExp. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAMBINI, M. D.; SANTOS, A. D. dos; ALENCAR, J. R. de; PESSOA, J. D. C..
Considerações sobre a metodologia de construção de roadmaps e gestão de arranjos. Processo adaptado para construção de roadmap. Fase de Preparação. Fase de Construção. Camada de Mercado/Negócio. Camada de Produtos/Serviços. Camada de Tecnologia/Recursos.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Arranjo de projetos; Tecnologia roadmap; Planejamento estratégico; Adoção de inovações; Innovation adoption.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1084309
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Proposta de utilização de mineração de textos para análise e priorização de genes candidatos de interesse para a agricultura. Repositório Alice
HIGA, R. H.; YASUDA, R. S.; MOURA, M. F.; GIACHETTO, P. F..
RESUMO: Neste artigo é apresentado um projeto para utilização de técnicas de mineração de textos para análise e priorização de genes candidatos em experimentos de varredura genômica, visando a inclusão de novos genes em programas de melhoramento animal e vegetal. Embora no presente estágio do projeto, os resultados ainda sejam preliminares, é apresentado um experimento que demonstra como a descrição da função biológica de genes pode ser capturada a partir de textos que descrevem sua função biológica, que é o primeiro passo no sentido de comparar genes funcionalmente, visando priorizá-los segundo um critério específico.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Mineração de textos; Genes candidatos; Priorização de genes; Melhoramento genético; Recuperação da informação; Genetic improvement; Information retrieval.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/905666
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002
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Selection signatures in Canchim beef cattle. Repositório Alice
URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: SNP; Cruzamento; Cruzamento Animal; Genótipo; Genomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047351
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Selection signatures in Canchim beef cattle Repositório Alice
URBINATI, I.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, M. T.; CHUD, T. C. S.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; BUZANSKAS, M. E.; MUNARI, D. P..
Background: Recent technological advances in genomics have allowed the genotyping of cattle through single nucleotide polymorphism (SNP) panels. High-density SNP panels possess greater genome coverage and are useful for the identification of conserved regions of the genome due to selection, known as selection signatures (SS). The SS are detectable by different methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the EHH. The aim of this study was to identify SS regions in Canchim cattle (composite breed), genotyped with high-density SNP panel. Results: A total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis after the genotype quality control. The iHS statistic for each...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único; Extended haplotype homozygosity; Gado de corte; Composite breeds; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle; Quantitative trait loci.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1061492
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Selection signatures in Canchim beef cattle. Repositório Alice
URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; REGITANO, L. C. A.; HIGA, R. H.; MUNARI, D. P..
Selection signature (SS) was assessed in this study by means of the integrated haplotype score (iHS) method, which determines the decay of homozygosity in the surroundings of a core single nucleotide polymorphism (SNP) marker. Canchim breed animals were genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip; which has almost 800 thousand SNP markers. Genotype quality control (QC) was applied to exclude SNP with genotype calling score lower than 0.20; SNP with minor allele frequency lower than 0.01; and call rate for SNP and samples which were lower than 0.95 and 0.90, respectively. Only autosomal SNPs with known genome position were used. After the QC, 687,655 SNPs and 396 samples remained for SS analysis. Signals of SS were detected on chromosomes 5, 6, 8, and...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003696
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Selection signatures in Canchim beef cattle. Repositório Alice
URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Selection signature (SS) was assessed in this study by means of the integrated haplotype score (iHS) method, which determines the decay of homozygosity in the surroundings of a core single nucleotide polymorphism (SNP) marker. Canchim breed animals were genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip; which has almost 800 thousand SNP markers. Genotype quality control (QC) was applied to exclude SNP with genotype calling score lower than 0.20; SNP with minor allele frequency lower than 0.01; and call rate for SNP and samples which were lower than 0.95 and 0.90, respectively. Only autosomal SNPs with known genome position were used. After the QC, 687,655 SNPs and 396 samples remained for SS analysis. Signals of SS were detected on chromosomes 5, 6, 8, and...
Tipo: Separatas Palavras-chave: EHH; IHS; REHH PACKAGE.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/993734
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Sistema de gerenciamento de campos experimentais - SiCamp. Infoteca-e
HIGA, R. H.; FARIA, C. M..
O mapa do campo experimental. Principais funcionalidades do sistema. Resultados parciais e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gerenciamento de campos experimentais; Software para Windows; Experimental fields; Computer software.
Ano: 1999 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/7515
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Sistema de gerenciamento de informações laboratoriais Infolab. Infoteca-e
CUNHA, L. M. S.; HIGA, R. H.; FERREIRA, J. R.; SPOSITO, G..
Requisitos do sistema InfoLab. Principais funcionalidades do InfoLab. Resultados e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gerenciamento de informação laboratorial; Laboratory information system; Laboratory management information systems; Information systems.
Ano: 1999 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/7519
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Sistema de Informação da Rede Genômica Animal - Sirga: manual do usuário. Infoteca-e
HIGA, R. H.; LONG, C. K..
O software Sirga baseia-se em uma plataforma de banco de dados relacional e acesso via web, tal que o sistema pode ser acessado de qualquer local que tenha acesso à internet. Este documento apresenta os pré-requisitos necessários para utilização do sistema e uma descrição de suas funcionalidades.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software Sirga; Microarranjos.; Biotecnologia.; Computer software; Microarray technology; Biotechnology.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920174
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