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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Algorithms..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885589
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Estudo de associação entre microssatélites localizados no cromossomo ovino 3 e peso ao nascimento de ovinos pertencentes a três grupos genéticos. Repositório Alice
GOUVEIA, J. J. de S.; SANTIAGO, A. C.; TIZIOTO, P. C.; ESTEVES, S. N.; BARIONI JUNIOR, W.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo do presente trabalho foi verificar a associação entre três marcadores microssatélites localizados no cromossomo ovino 3 (OAR3) e o peso ao nascimento de ovinos pertencentes a três grupos genéticos (Santa Inês x Santa Inês, Dorper x Santa Inês e Suffolk x Santa Inês). Foi verificada associação entre o marcador BL4 e a característica em dois grupos genéticos (Santa Inês x Santa Inês e Dorper x Santa Inês). O alelo BL4_169 apresentou efeito de diminuição de 0,59 kg (P=0,0188) no peso ao nascimento nos animais Santa Inês x Santa Inês e o alelo BL4_155 apresentou efeito de diminuição de 0,57 kg (P=0,0447) nos animais Dorper x Santa Inês.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Estudo de associação; OAR3; Peso ao nascimento; Ovinos.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46178
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Estudo de associações genômicas para idade ao primeiro e segundo parto em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P..
Recentemente, programas de melhoramento genético de bovinos de corte têm dado maior ênfase para características reprodutivas de fêmeas devido à sua importância econômica para o sistema de produção. O objetivo deste trabalho foi estudar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) com os valores genéticos das características idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto em bovinos de corte de raça sintética. Neste estudo foram utilizados 285 animais da raça Canchim e 114 animais do grupo genético MA (utilizados na formação da raça Canchim), genotipados com o painel de alta densidade (786.799 SNPs). Após o controle de qualidade de informações (genótipos e fenótipos) restaram 672.778 SNPs e 392 animais. Foram observadas associações para IPP nos...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Melhoramento genético; Seleção genômica.; Gado de Corte..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/964254
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Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in nelore beef cattle. Repositório Alice
BERNARDES; NASCIMENTO, G. B. do; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANSKAS, M. E.; WATANABE, R. N.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L.; GONDRO, C.; MUNARI, D. P..
this study compared imputation from lower-density commercial and customized panels to high-density panels and a combined panel (Illumina and Affymetrix) in Nelore beef cattle. Additionally, linkage disequilibrium and haplotype block conformation were estimated in individual high-density panels and compared with corresponding values in the combined panel after imputation. Overall, 814 animals were genotyped using BovineHD BeadChip (IllumHD), and 93 of these animals were also genotyped using the Axion Genome-Wide BOS 1 Array Plate (AffyHD). In general, customization considering linkage disequilibrium and minor allele frequency had the highest accuracies. The IllumHD panel had higher values of linkage disequilibrium for short distances between SNPs than...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bovino; Gado de Corte; Beef cattle; Animal breeding.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115563
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Evidence of miRNA regulation of intramuscular fat deposition in beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, G. B. de; CESAR, A. S. M.; FELÍCIO, A. M.; KAPPELER, B. I. G.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Gado de Corte.; Beef cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1057034
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Evidência de alelo nulo para um loco microssatelite em uma amostra de Nelore. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; JORGE, E.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; TABASCO, M. D.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Alelo; Microssatelite; Nelore.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/45306
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Expressão de genes das proteínas de choque térmico em bovinos Nelore, Senepol x Nelore e Angus x Nelore após estresse térmico. Repositório Alice
RIBEIRO, A. R. B.; ALENCAR, M. M. de; IBELLI, A. M. G.; CARVALHO, F. M.; SOUZA, J. R. T.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: CHOQUE TÉRMICO; PROTEÍNAS; BOVINOS; NELORE.; Angus; Senepol..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/573403
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Expressão de genes ligados à maciez da carne em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
CARVALHO, M. E.; GASPARIN, G.; SILVA, S. da L.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L..
Dentre as características da carne, a maciez é a mais desejada pelo consumidor. Bovinos de origem Bos taurus indicus são conhecidos por produzirem carne de menor maciez quando comparado às raças de origem taurina. O objetivo do estudo foi avaliar a expressão dos genes codificadores de proteínas da família ?heat shock? (CRYAB, HSPB1 e DNAJA1) em bovinos da raça Nelore (Bos taurus indicus). A expressão do gene CRYAB foi associada à maciez aos sete (P=0,003) e 14 dias (P=0,01) de maturação, e do gene HSPB1 associado à força de cisalhamento 24 horas (P=0,04) após abate e aos 7 (P=0,003) e 14 dias (P=003) de maturação. Baseado nos resultados, é possível sugerir que os genes CRYAB e HSBP1 podem ser potenciais marcadores de maciez da carne em bovinos da raça...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bos taurus indicus; Expressão gênica; Raça Nelore; Maciez.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943068
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Expressão gênica de bovinos Nelore e cruzados Canchim X Nelore, Simental X Nelore e Angus X Nelore infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; SOUZA, J. R. T.; GASPARIN, G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; COUTINHO, L. L.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. de A..
O carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus é considerado um dos maiores causadores das perdas produtivas de bovinos no Brasil e no mundo. Estimativas sugerem que as perdas anuais, apenas no Brasil, sejam de dois bilhões de dólares (GRISI et al, 2002). Considerando essa perspectiva, muitos são os estudos visando entender os mecanismos de resistência de bovinos ao carrapato, assim como a interação parasita-hospedeiro. Dentre os mecanismos propostos, o sistema imune parece ser o fator mais importante na regulação desta resistência. Desta maneira, o objetivo deste projeto foi verificar a abundância de RNA mensageiro (mRNA) das citocinas IL-2, IL-4, IL-8, IL-10, IL-12, IL-13, MCP-1 e TNF-? em linfonodos de bovinos submetidos a infestação com carrapato...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bovinos; Expressão gênica; Citocinas; QPCR.; Carrapato..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/580302
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Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M. de; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. de A..
Os bovinos apresentam vários mecanismos de proteção ao carrapato, que ocorrem durante por todo o estágio parasitário de aproximadamente 3 semanas. No entanto, tem sido verificado que animais resistentes geralmente apresentam a maior rejeição às larvas, em quantidade absoluta, nas primeiras 24 horas após a infestação. Isso ocorre provavelmente devido ao impedimento de fixação das larvas pelas reações iniciadas no hospedeiro. Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi verificar a expressão gênica diferencial em bovinos após 24 horas da infestação artificial com carrapato R. microplus. Foram utilizadas 7 fêmeas de cada grupo genético: cruzadas Senepol x Nelore, Angus x Nelore, e Nelore, nascidas, na Embrapa Pecuária Sudeste. Os animais livres de carrapatos...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Microarranjos; Expressão gênica; Bovinos.; Carrapato..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/865774
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Expression quantitative trait loci (eQTL) hotspot regions from whole genome analysis of Nellore steers. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; LANNA, D. P. D.; POLETI, M. D.; KOLTES, J. E.; REECY, J. M.; FRITZ-WATERS, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; MUDADU, M. de A.; TULLIO, R. R.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Nelore.; Gado nelore; Gado de Corte.; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1057056
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Extração de DNA. Repositório Alice
GOUVEIA, J. J. de S.; REGITANO, L. C. de A..
Regras de segurança em laboratórios; Extração de DNA; Extração de RNA; Quantificação em espectrofotômetro; Reação em cadeia da polimerase (PCR); Enzimas de restrição; Eletroforese de ácidos nucléicos; Seqüenciamento; Síntese de DNA complementar (CDNA)
Tipo: Separatas Palavras-chave: Biologia Molecular; DNA; Extração..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/48302
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Extração de DNA para aplicação em reação em cadeia da polimerase (PCR). Repositório Alice
REGITANO, L. C. de A..
Preparo de amostras de DNA de mamíferos; Extração de DNA de sangue fresco utilizando desproteínização com sal; Obtenção de leocócitos; Quantificação em espectrofotometro; Método rápido de extração de DNA de sangue; Extração de DNA de sêmem; Solução de proteinase K; Solução Lise I e II; Solução de PCR; PBS;
Tipo: Separatas Palavras-chave: EXTRAÇÃO DE DNA; REAÇÃO EM CADEIA.
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46006
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Extração de RNA. Repositório Alice
IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Biologia Molecular; Extração; RNA..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/48299
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Extração de RNA de amostras de pele e linfonofode bovinos infestados com o carrapato Rhipicephalus (Boophilus microplus)e paqdronizção de primers IL-5 e il10 para análises de expressão gênica. Repositório Alice
SOUZA, J. R. T. de; IBELLI, A. M. G.; OLIVEIRA, M. C. de S.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; FERINO, C. A..
O Brasil como outros países declimatropical, apresenta rebanhosbovinoscomalta incidência de carrapatos da espécie Rhipicephalus (Boophulis microplus).
Tipo: Separatas Palavras-chave: Expressão Gênica.; Carrapato..
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/48714
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Extração de RNA de biópsias de glândula mamária e de células do leite para detectar a expressão de k-caseína em bovinos. Repositório Alice
SERRÃO-SEMENSSATO, A. P. F.; TAMBASCO, M. D.; OLIVEIRA, M. C. de S.; NOVAES, A. P.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: K-caseína; Células do leite; Bovinos.; RNA..
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/44916
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FABP1 and SLC2A5 expression levels affect feed efficiency-related traits. Repositório Alice
DINIZ, W. J. S.; ROSA, K. O. da; TIZIOTO, P. C.; MOURÃO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Improving the efficiency of production to reduce the environmental footprints is pivotal to the sustainability of livestock systems. Despite the advances in cattle feed efficiency (FE) measurement and identification of potential mechanisms involved, much is still unclear regarding the genetic and biological basis of this trait. Nevertheless, lipid and carbohydrate metabolism have been outlined as important in determining efficient and inefficient animals. To address the role of genes partaking in these processes and previously involved with residual feed intake (RFI), we carried out a liver expression profile in Nelore steers (n = 83). Six target genes (FABP1, FADS2, PPP1R26, RGS2, SLC2A5, and UCP2) were measured by qPCR analysis. A general linear mixed...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Cattle feed efficiency; Relative growth rate; Average daily gain; Gene expression; Dry matter intake.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127498
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Finding a minimal set of SNPs for paternity identification in Nelore cattle. Repositório Alice
MUDADO, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; HIGA, R.; TIZIOTO, P. C..
Cattle breeding programs often demand pedigree information to associate the herdability of genetic markers to animal performance, like milk and beef quality or disease predisposition. Paternity mistakes are a common problem in cattle herds and genetic markers have been used in parentage exclusion tests for resolving pedigree disagreements. The most common markers used in these tests are microsatellites and SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). SNPs have also been used in GWAS (Genome Wide Association Studies) based on the novel commercial high density bovine SNP chips. Such platforms possess around 770k SNPs which can be used also as a rich resource for paternity exclusion tests. However genotyping such a large amount of SNPs for individuals of a whole...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Marcadores SNP; Estudos de genoma; Polimorfismo de nucleotídeo único.; Gado Nelore.; Cattle; Nellore; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908694
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Freqüência dos alelos de K-Caseina B-lactoglobulina e hormonio de crescimento bovinos da raça simental. Repositório Alice
SURIANO, M. T.; TAMBASCO, S. M.; TAMBASCO, D. D.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Alelos; Raça simental; Hormone; Growth.; Crescimento; Hormônio..
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/45292
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Frequências alélicas e genotípicas do polimorfismo CAST/XmnI em bovinos de corte. Repositório Alice
BLECHA, I. M. Z.; MACHADO, C. de O. F.; CARVALHO, T. D. de; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; REGITANO, L. C. de A..
A identificação precoce de animais que apresentam potencial para produção de carne de qualidade, pela utilização de testes de DNA, constitui uma importante ferramenta para viabilizar a seleção dos reprodutores que possuem estas características, aumentando, assim, a qualidade da carne do rebanho comercial. O gene CAST codifica a proteína calpastatina que é responsável pela inativação das enzimas calpaínas (amaciadoras da carne), contribuindo para que a carne endureça no processo post-mortem. Neste trabalho, foram avaliadas as frequências alélicas e genotípicas do polimorfismo CAST/XmnI entre as raças Bonsmara, Caracu e Senepol (taurinas adaptadas), Nelore (zebuína) e Angus (taurina não adaptada) em 111 touros escolhidos de acordo com o menor grau de...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Gado de coret.; Genótipo; Polimorfismo..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/255993
Registros recuperados: 399
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