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Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. Repositório Alice
ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de.
RNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Evolução da proteína; R2D2; Sequência de proteínas inteira; DCR1; RIIID II; Proteína; Genoma; Inseto; Praga; Controle Genético; Protein structure; Proteins; Insect control; Pest control.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1130159
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Análise de ESTs de raízes de genótipos de algodão contrastantes com resistência e susceptibilidade ao nematóide Meloidogyne incognita. Repositório Alice
BARBOSA, A. E. A. D.; LIMA, L. M.; FRAGOSO, R. R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N. CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI DE SÁ, M. F..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Praga de Planta; Variedade Resistente..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189517
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MiDaf16-like and MiSkn1-like gene families are reliable targets to develop biotechnological tools for the control and management of Meloidogyne incognita. Repositório Alice
BASSO, M. F.; LOURENCO-TESSUTTI, I. T.; MENDES, R. A. G.; PINTO, C. E. M.; BOURNAUD, C.; GILLET, F.-X.; TOGAWA, R. C.; MACEDO, L. L. P. de; ENGLER, J. d A.; GROSSI-DE-SA, M. F..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nematode reproduction; Meloidogyne Incognita.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1122921
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Transcription profile of soybean-root-knot nematode interaction reveals a key role of phythormones in the resistance reaction. Repositório Alice
BENEVENTI, M. A.; SILVA JUNIOR, O. B. da; SÁ, M. E. L. de; FIRMINO, A. A. P.; AMORIM, R. M. S. de; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, M. C. M. da; SILVA, J. P. da; CAMPOS, M. de A.; LOPES, M. J. C.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; GROSSI DE SÁ, M. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Root-knot nematode; Pyrosequencing; Plant–pathogen interaction; Hormone.; Glycine Max; Transcriptome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/979805
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New strategies to look at old problems: fatal yellowing in palm oil tree. Repositório Alice
BERGMANN, J. C.; BOARI, A. de J.; KRUGER, R. H.; TAVARES P.; TOGAWA, R. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; QUIRINO, B. F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Fatal Yellowing; Next generation sequencing.; Biodiesel; Metagenomics..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908045
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Identification of co-expression gene networks controlling rice blast disease during an incompatible reaction. Repositório Alice
BEVITORI, R.; SIRCAR, S.; TOGAWA, R. C.; CÔRTES, M. V. de C. B.; OLIVEIRA, T. S.; GROSSI-DE-SÁ, M. F.; PAREKH, N..
Rice blast disease is a major threat to rice production worldwide; the causative pathogenic fungus Magnaporthe oryzae induces rice (Oryza sativa) plants to undergo molecular changes that help them to circumvent this fungal attack. Transcriptome studies have demonstrated that many genes are involved in the defense response of rice to M. oryzae, but most of these studies focused on the screening of differentially expressed genes and the studies did not investigate the interactions among genes. We examined the interaction of rice and M. oryzae in a network context. Two near-isogenic lines were profiled at different time-points. Using transcriptome data obtained from an RNA-Seq analysis, a network based on the relationships among genes was developed through...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Arroz; Oryza Sativa; Brusone; Doença de Planta; Gene; Rice; Magnaporthe oryzae; Transcriptome; Gene expression.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/214371
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Transcriptome profiling of twonear-isogenic rice lines infected by Magnaporthe oryzae using RNA-SEQ. Repositório Alice
BEVITORI, R.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M.; GRYNBERG, P.; GUIMARÃES, L. S. M.; ABREU, A. G. de; MELLO, R.; GROSSI DE SÁ, M. F..
The research described here focused on early signaling events involved in the expression of rice genes in plants infected with M. oryzae using RNA-Seq technique for differential gene expression we analyzed the rice transcriptome in infected leaves at 24 hours post-inoculation.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Doença de planta; Fungo; Brusone; Engenharia genética.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1014926
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Transcriptome profiling of wild Arachis from water-limited environments uncovers drought tolerance candidate genes. Repositório Alice
BRASILEIRO, A. C. M.; MORGANTE, C. V.; ARAUJO, A. C. G.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; SILVA, A. K.; MARTINS, A. C. Q.; VINSON, C. C.; SANTOS, C. M. R.; BONFIM, O.; TOGAWA, R. C.; SARAIVA, M. A. P.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARAES, P. M..
Peanut (Arachis hypogaeaL.) is an important le-gume cultivated mostly in drought-prone areas where its pro-ductivity can be limited by water scarcity. The development of more drought-tolerant varieties is, therefore, a priority for pea-nut breeding programs worldwide. In contrast to cultivated peanut, wild relatives have a broader genetic diversity and constitute a rich source of resistance/tolerance alleles to biotic and abiotic stresses. The present study takes advantage of this diversity to identify drought-responsive genes by analyzing the expression profile of two wild species, Arachis duranensis and Arachis magna (AA and BB genomes, respectively), in response to progressive water deficit in soil. Data analysi from leaves and roots of A. duranensis...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Gene tolerante; Cultura resistente a seca; 454 Sequencing; Differential gene expression; Dry-down; Peanut wild relatives; QRT-PCR; SSHlibraries.; Biologia molecular; Amendoim; Resistência a Seca..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1035448
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Transferibilidade de Primers Microssatélites Desenhados de Sequências Expressas de Brachiaria brizantha para B. decumbens e B. humidicola. Infoteca-e
BUSO, G. S. C.; CARVALHO, N.; LEITE, P. H. dos S.; CANELA, F. M.; SOUZA, J.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CHIARI, L.; CARNEIRO, V. T. de C..
bitstream/item/151455/1/comunicado-tecnico-202.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Primers SSR; Transferibilidade.; Brachiaria Humidicola; Brachiaria Brizantha; Brachiaria Decumbens; Gramínea..
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1058236
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Identificação e caracterização de microssatélites e desenho de Primers de sequências expressas de Brachiaria brizantha. Infoteca-e
BUSO, G. S. C.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CARNEIRO, V. T. de C..
bitstream/item/134148/1/comunicado-tecnico-198.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Microssatélites.; Brachiaria Brizantha..
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1029775
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Caracterização e otimização de Primers SSR para B.brizantha, B.humidicola e B.decumbens. Repositório Alice
CARVALHO, N.; LEITE, P. H. dos S.; CANELA, F. M.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CHIARI, L.; CARNEIRO, V. T. de C.; BUSO, G. S. C..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Microssatélite; Brachiaria; Polimorfismo.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1067941
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Gene expression analysis in Musa acuminata during compatible interactions with Meloidogyne incognita. Repositório Alice
CASTAÑEDA, N. E. N.; ALVES, G. S. C.; ALMEIDA, R. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; SANTOS, J. R. P.; CARES, J. E.; MILLER, R. N. G..
Background and Aims: Endoparasitic root-knot nematodes (RKNs) ( Meloidogyne spp.) cause considerable losses in banana ( Musa spp.), with Meloidogyne incognita a predominant species in Cavendish sub-group bananas. This study investigates the root transcriptome in Musa acuminata genotypes 4297-06 (AA) and Cavendish Grande Naine (CAV; AAA) during early compatible interactions with M. incognita . Methods: Roots were analysed by brightfield light microscopy over a 35 d period to examine nematode penetration and morphological cell transformation. RNA samples were extracted 3, 7 and 10 days after inoculation (DAI) with nematode J2 juveniles, and cDNA libraries were sequenced using lllumina HiSeq technology. Sequences were mapped to the M. acuminata ssp....
Tipo: Separatas Palavras-chave: Root-knot nematode.; Monocotyledons; Meloidogyne Incognita; Musa Acuminata.; Biotic stress; Transcriptome..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076414
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Gene expression analysis in Musa acuminata during compatible interactions with Meloidogyne incognita. Repositório Alice
CASTAÑEDA, N. E. N.; ALVES, G. S. C.; ALMEIDA, R. M.; AMORIM, E. P.; FERREIRA, C. F.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; SANTOS, J. R. P.; CARES, J. E.; MILLER, R. N. G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Root-knot nematode.; Monocotyledons; Meloidogyne Incognita; Musa Acuminata.; Biotic stress; Transcriptome..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074046
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Transcriptome profiling-based analysis of carbohydrate-active enzymes in Aspergillus terreus involved in plant Bbomass degradation. Repositório Alice
CORRÊA, C. L.; MIDORIKAWA, G. E. O.; FERREIRA FILHO, E. X.; NORONHA, E. F.; ALVES, G. S. C.; TOGAWA, R. C.; SILVA JUNIOR, O. B.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; MILLER, R. N. G..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Lignocellulosic biomass; Biorefinery; Carbohydrate-active enzymes; Aspergillus terreus; Transcriptome.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126336
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Complete genome sequences of seven new Chrysodeixis includens nucleopolyhedrovirus isolates from Minas Gerais and Mato Grosso States in Brazil. Repositório Alice
CRAVEIRO, S. R.; INGLIS, P. W.; MONTEIRO, L. L. S.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Geneme sequences.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125051
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Complete genome sequences of six Chrysodeixis includens Nucleopolyhedrovirus isolates from Brazil and Guatemala. Repositório Alice
CRAVEIRO, S. R.; SANTOS, L. A. V. M.; TOGAWA, R. C.; INGLIS, P. W.; GRYNBERG, P.; RIBEIRO, Z. M. A.; RIBEIRO, B. M.; CASTRO, M. E. B..
Tipo: Separatas Palavras-chave: ChinNPV; Alphabaculovirus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060366
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The genome sequence of Pseudoplusia includes single nucleopolyhedrovirus and an analysis of p26 gene evolution in the baculoviruses. Repositório Alice
CRAVEIRO, S. R.; TOGAWA, R. C.; INGLIS, P. W.; GRYNBERG, P.; MELO, F. L.; RIBEIRO, Z. M. de A.; RIBEIRO, B. M.; BÁO, S. N.; CASTRO, M. E. B. de.
Background: Pseudoplusia includens single nucleopolyhedrovirus (PsinSNPV-IE) is a baculovirus recently identified in our laboratory, with high pathogenicity to the soybean looper, Chrysodeixis includens (Lepidoptera: Noctuidae) (Walker, 1858). In Brazil, the C. includens caterpillar is an emerging pest and has caused significant losses in soybean and cotton crops. The PsinSNPV genome was determined and the phylogeny of the p26 gene within the family Baculoviridae was investigated. Results: The complete genome of PsinSNPV was sequenced (Roche 454 GS FLX ? Titanium platform), annotated and compared with other Alphabaculoviruses, displaying a genome apparently different from other baculoviruses so far sequenced. The circular double-stranded DNA genome is...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Insiticida biológico.; Baculovirus; Praga; Pseudoplusia Includens..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1029685
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Interações moleculares entre alpha-amilases e inibidores de plantas. Repositório Alice
DA SILVA, M. C. M.; NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MELLO, L. V.; CHRISPEELS, M.; GROSSI-de-SÁ, M. F..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186745
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Análise e caracterização do gene de osmotina em cupuaçuzeiro. Repositório Alice
FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; SANTANA, R. J.; ALVES, R. M.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M.; MARCELLINO, L. H..
O cupuaçuzeiro, Theobroma grandiflorum (Willd. ex Spreng.) Schum., pertence à família Malvaceae e é nativo da região Amazônica. A cultura do cupuaçuzeiro é afetada pela doença vassoura-de-bruxa, causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, provocando uma grande redução na produção de frutos. O conhecimento molecular da interação planta-patógeno é essencial para o desenvolvimento de ferramentas para o controle da doença, como por exemplo, a identificação de genótipos resistentes. Genes expressos em resposta ao ataque de patógenos são alvos de estudos desta interação. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar um deles, o gene de osmotina, em cupuaçuzeiro. Sequências anotadas do transcriptoma de frutos de cupuaçuzeiro foram avaliadas quanto à presença...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Osmotina; Proteínas PR; Vassoura-de-bruxa.; Cupuaçu; Theobroma Grandiflorum..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/950306
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Analyses of cupuassu (Theobroma grandiflorum) transcriptome during interaction with Moniliophthora perniciosa, the causal agent of Witches' Broom disease. Repositório Alice
FALCAO, L. L.; WERNECK, J. O. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; GRYNBERG, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; ALVES, R. M.; ALBUQUERQUE, P. S. B.; MARCELLINO, L. H..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Cupuaçu; Theobroma Grandiflorum; Doença; Doença de Planta; Vassoura de Bruxa.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101187
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