SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

DA SILVA, M. C. M.; NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MELLO, L. V.; CHRISPEELS, M.; GROSSI-de-SÁ, M. F..

STING Millennium: a web-based suite of programs for comprehensive and simultaneous analysis of protein structure and sequence.

Ano: 2000

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186745

Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes.

NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAPPAS JUNIOR, G.; TORRES, W. V.; CAMPOS, T. F. e; FERREIRA, L. L.; LUNA, F. M.; OLIVEIRA, A. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; HORITA, L. G.; SOUZA, D. F. de; DOMINIQUINI, F.; ÁLVARO, A.; LIMA, C. S.; OGAWA, F. O.; GOMES, G. B.; PALANDRANI, J. F.; SANTOS, G. F. dos; FREITAS, E. M. de; MATTIUZ, A. R.; COSTA, I. C.; ALMEIDA, C. L. de; SOUZA, S.; BAUDET, C.; HIGA, R. H..

Sting Millennium suite intrinsics. SMS organization. Sting Millennium Modes. Sting Millennium Modules. Millennium Features. Example of Sting Millennium Application.

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Sting; Base de dados de proteinas.; Estrutura de proteína; Proteina.; Protein structure; Genetic databases; Databases..

Ano: 2003

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/8858

Genômica estrutural de Musa acuminata ssp. burmannicoides var. Calcutta 4.

HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..

This article is intended to show how Sting Millennium Suite of programs can be useful in the study of protein structure and analysis of its function, emphasizing recent improvement introduced to SMS. The program has extensive built-in instructions and detailed easy-to-use help which user is invited to consult before and during SMS use.

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Sting Millennium Suite; Bioinformática.; Bioinformatics; Computer software..

Ano: 2004

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9093

Transcriptoma de Musa acuminata no dataMusa.

SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; MILLER, R. N. G.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P..

O projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e executado pela Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, em parceria com a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD), no período de fevereiro de 2002 a junho de 2005, resultou na criação do DATAMusa. O DATAMusa é um banco de dados de genômica de banana composto de informações de genômica estrutural, de transcriptoma e de análogos de genes de resistência. A parte referente a genômica estrutural é resultado da produção e caracterização de cinco clones de BAC, selecionados utilizando-se sonda do projeto...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Banana; Genoma; Musa Acuminata..

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175819

DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp.

SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..

bitstream/CENARGEN/26682/1/bp109.pdf

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Transcriptoma; DataMusa.; Banana; Musa Acuminata..

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187096

Construção de bibliotecas de ests de raízes de algodão (Gossypium hirsutum) infectadas com o nematóide de galha de raiz (Meloidogyne incognita).

SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..

A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: DataMusa; Transcriptoma.; Banana; Musa Acuminata..

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175827

PAES, N. S.; VIANA, A. A. B.; LIMA, L. M.; BATISTA, J. A. N.; GUIMARÃES, L. M.; BARBOSA, A. E. A. D.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; CARNEIRO, R. M. D. G.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI-de-SÁ, M. F..

The Diamond Sting server.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187067

In vitro molecular evolution of bean alpha-amylase inhibitors to investigate specificty of binding to alpha-amylases.

NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L..

Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/ expanding the Interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been Improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of...

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Estrutura de proteína; Diamond STING; STING; JavaProtein Dossier.; Proteina.; Protein structure..

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9085

SILVA, M. C. M. da; TEIXEIRA, F. R.; CRUZ, C. C. M. da; TOGAWA, R. C.; GROSSI de SÁ, M. F..

Tipo: Separatas

Palavras-chave: Evolução molecular; In vitro; Inibidores alfa-amilase.; Feijão..

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187265

The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis.

Identificação e caracterização de homólogos de genes de resistência a estresses bióticos e abióticos em Musa acuminata.

NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M..

ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, designed to add key advantages to the whole suite: 1) availability for most popular platforms and browsers, 2) introduction of the STING_DB quality assessment, 3) improvement in algorithms for calculation of three STING parameters, 4) introduction of five new STING modules, and 5) expansion of the existing modules. Star STING is freely accessible at: http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/, http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS, http://www.es.embnet.org/SMS/, http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/SMS/ and http://www.ar.embnet.org/SMS.

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteina; Protein structure analysis; Sting; Per-residue structure descriptors; Topology similarity; Structure summaries; Bioinformatics; Protein structure.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9170

SANTOS, C. R.; MARTINS, N. F.; ARAÚJO, M. M.; TOGAWA, R. C.; BUZAR, A. G. R.; FARIAS, M. P.; SOUZA JÚNIOR, M. T..

Identification of co-expression gene networks controlling rice blast disease during an incompatible reaction.

Palavras-chave: Genes de resistência; Estresses bióticos; Estresses abióticos.; Biologia Molecular; Musa Acuminata..

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188557

Expressão diferencial em genótipos contrastantes de Oryza sativa para a tolerância a seca.

BEVITORI, R.; SIRCAR, S.; TOGAWA, R. C.; CÔRTES, M. V. de C. B.; OLIVEIRA, T. S.; GROSSI-DE-SÁ, M. F.; PAREKH, N..

Rice blast disease is a major threat to rice production worldwide; the causative pathogenic fungus Magnaporthe oryzae induces rice (Oryza sativa) plants to undergo molecular changes that help them to circumvent this fungal attack. Transcriptome studies have demonstrated that many genes are involved in the defense response of rice to M. oryzae, but most of these studies focused on the screening of differentially expressed genes and the studies did not investigate the interactions among genes. We examined the interaction of rice and M. oryzae in a network context. Two near-isogenic lines were profiled at different time-points. Using transcriptome data obtained from an RNA-Seq analysis, a network based on the relationships among genes was developed through...

Tipo: Artigo de periódico

Palavras-chave: Arroz; Oryza Sativa; Brusone; Doença de Planta; Gene; Rice; Magnaporthe oryzae; Transcriptome; Gene expression.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/214371

RABELLO, A. R.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, C. M.; SALES, R. M. O. B.; SILVA, F. R.; COSTA, M. M. C.; TOGAWA, R. C.; FERREIRA, M. E.; MEHTA, A..

The use of the PHPH tool to assembly the gene sequences that are candidate to the biotic and abiotic stress in Musa acuminata.

Palavras-chave: Tolerância a seca.; Biologia Molecular; Oryza Sativa..

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188539

TOGAWA, R. C.; BRIGIDO, M. M.; SANTOS, C. M. R.; SOUZA JÚNIOR, M. T..

Development of a suite of bioinformatics tools for the analysis and prection of membrane protein structure.

Palavras-chave: Sequenciamento de genes; Banana; Musa Acuminata.

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187617

Análise de ESTs de raízes de genótipos de algodão contrastantes com resistência e susceptibilidade ao nematóide Meloidogyne incognita.

TOGAWA, R. C..

This thesis describes the development of a novel approach for prediction of the three-dimensional structure of transmembrane regions of membrane proteins directly from amino acid sequence and basic transmembrane region topology.The development rationale employed involved a knowledge-based approach. Based on determined membrane protein structures, 20x20 association matrices were generated to summarise the distance associations between amino acid side chains on different alpha helical transmembrane regions of membrane proteins. Using these association matrices, combined with a knowledge-based scale for propensity for residue orientation in transmembrane segments (kPROT) (Pilpel et al., 1999), the software predicts the optimal orientations and associations of...

Tipo: Teses

Palavras-chave: Bioinformática.; Proteína.; Bioinformatics..

Ano: 2006

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188764

BARBOSA, A. E. A. D.; LIMA, L. M.; FRAGOSO, R. R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N. CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI DE SÁ, M. F..

Identificação e caracterização funcional de genes em estudos comparativos dos genomas de Mycosphaerella graminicola e Mycosphaerella fijiensis.

Palavras-chave: Praga de Planta; Variedade Resistente..

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189517

Identificação e caracterização funcional de genes em estudos comparativos dos genomas de Mycosphaerella graminicola e Mycosphaerella fijiensis.

MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JUNIOR, M. T. de; BRAMMER, S.; BONATO, A. L.; NHANI, A..

bitstream/CENARGEN-2009-09/31588/3/bp237_1208.pdf

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Caracterização funcional.; Genoma; Fungo; Identificação; Mycosphaerella Fijiensis.; Mycosphaerella graminicola..

Ano: 2008

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/191237

Analysis of non-TIR NBS-LRR resistance gene analogs in Musa acuminata Colla: isolation, RFLP marker development, and physical mapping.

MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JUNIOR, M. T. de; BRAMMER, S.; BONATO, A. L.; NHANI, A..

bitstream/CNPT-2010/41008/1/bp237-1208.pdf

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Fungo.; Fungi..

Ano: 2008

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/852787

SisGen: a corba-based data management program for DNA sequencing projects.

MILLER, R. N. G.; BERTIOLI, D. J.; BAURENS, F. C.; SANTOS, C. M. R.; ALVES, P. C.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JÚNIOR, M. T.; PAPPAS JÚNIOR, G. J..

Tipo: Separatas

Palavras-chave: Musa acuminata Colla; Banana; Doença; Praga; Resistência.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/190719