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Registros recuperados: 72 | |
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NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAPPAS JUNIOR, G.; TORRES, W. V.; CAMPOS, T. F. e; FERREIRA, L. L.; LUNA, F. M.; OLIVEIRA, A. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; HORITA, L. G.; SOUZA, D. F. de; DOMINIQUINI, F.; ÁLVARO, A.; LIMA, C. S.; OGAWA, F. O.; GOMES, G. B.; PALANDRANI, J. F.; SANTOS, G. F. dos; FREITAS, E. M. de; MATTIUZ, A. R.; COSTA, I. C.; ALMEIDA, C. L. de; SOUZA, S.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.. |
Sting Millennium suite intrinsics. SMS organization. Sting Millennium Modes. Sting Millennium Modules. Millennium Features. Example of Sting Millennium Application. |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Sting; Base de dados de proteinas.; Estrutura de proteína; Proteina.; Protein structure; Genetic databases; Databases.. |
Ano: 2003 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/8858 |
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HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G.. |
This article is intended to show how Sting Millennium Suite of programs can be useful in the study of protein structure and analysis of its function, emphasizing recent improvement introduced to SMS. The program has extensive built-in instructions and detailed easy-to-use help which user is invited to consult before and during SMS use. |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Sting Millennium Suite; Bioinformática.; Bioinformatics; Computer software.. |
Ano: 2004 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9093 |
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SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; MILLER, R. N. G.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.. |
O projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e executado pela Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, em parceria com a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD), no período de fevereiro de 2002 a junho de 2005, resultou na criação do DATAMusa. O DATAMusa é um banco de dados de genômica de banana composto de informações de genômica estrutural, de transcriptoma e de análogos de genes de resistência. A parte referente a genômica estrutural é resultado da produção e caracterização de cinco clones de BAC, selecionados utilizando-se sonda do projeto... |
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Banana; Genoma; Musa Acuminata.. |
Ano: 2005 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175819 |
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SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G.. |
bitstream/CENARGEN/26682/1/bp109.pdf |
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: Transcriptoma; DataMusa.; Banana; Musa Acuminata.. |
Ano: 2005 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187096 |
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SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G.. |
A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -... |
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) |
Palavras-chave: DataMusa; Transcriptoma.; Banana; Musa Acuminata.. |
Ano: 2005 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175827 |
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PAES, N. S.; VIANA, A. A. B.; LIMA, L. M.; BATISTA, J. A. N.; GUIMARÃES, L. M.; BARBOSA, A. E. A. D.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; CARNEIRO, R. M. D. G.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI-de-SÁ, M. F.. |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
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Ano: 2005 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187067 |
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NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.. |
Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/ expanding the Interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been Improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Estrutura de proteína; Diamond STING; STING; JavaProtein Dossier.; Proteina.; Protein structure.. |
Ano: 2005 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9085 |
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NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M.. |
ABSTRACT. Star STING is the latest version of the STING suite of programs and corresponding database. We report on five important aspects of this package that have acquired some new characteristics, designed to add key advantages to the whole suite: 1) availability for most popular platforms and browsers, 2) introduction of the STING_DB quality assessment, 3) improvement in algorithms for calculation of three STING parameters, 4) introduction of five new STING modules, and 5) expansion of the existing modules. Star STING is freely accessible at: http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/, http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS, http://www.es.embnet.org/SMS/, http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/SMS/ and http://www.ar.embnet.org/SMS. |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteina; Protein structure analysis; Sting; Per-residue structure descriptors; Topology similarity; Structure summaries; Bioinformatics; Protein structure. |
Ano: 2006 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/9170 |
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TOGAWA, R. C.. |
This thesis describes the development of a novel approach for prediction of the three-dimensional structure of transmembrane regions of membrane proteins directly from amino acid sequence and basic transmembrane region topology.The development rationale employed involved a knowledge-based approach. Based on determined membrane protein structures, 20x20 association matrices were generated to summarise the distance associations between amino acid side chains on different alpha helical transmembrane regions of membrane proteins. Using these association matrices, combined with a knowledge-based scale for propensity for residue orientation in transmembrane segments (kPROT) (Pilpel et al., 1999), the software predicts the optimal orientations and associations of... |
Tipo: Teses |
Palavras-chave: Bioinformática.; Proteína.; Bioinformatics.. |
Ano: 2006 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188764 |
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BARBOSA, A. E. A. D.; LIMA, L. M.; FRAGOSO, R. R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N. CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; GROSSI DE SÁ, M. F.. |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Praga de Planta; Variedade Resistente.. |
Ano: 2007 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189517 |
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Registros recuperados: 72 | |
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