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Separation of the genera in the subtribe Cassiinae (Leguminosae: Caesalpinioidae) using molecular markers Acta Botanica
Acharya,Laxmikanta; Mukherjee,Arup Kumar; Panda,Pratap Chandra.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD), Inter simple sequence repeat (ISSR) and Amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were used to verify the segregation of the genus Cassia L. senso lato into three distinct genera namely Chamaecrista Moench., Senna P. Mill. and Cassia L. sensostricto Eighteen representatives of the three taxa were characterized using the molecular markers. 25 RAPD, six ISSR primers and six AFLP primer combinations resulted in the amplification of 612, 115 and 622 bands (loci) respectively. Most of the loci are found to be polymorphic, showing high degrees of genetic diversity among the different taxa studied. The dendrogram constructed on the basis of the RAPD, ISSR and AFLP data using SHAN clustering, divided Cassia L....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Cassia; ISSR; Molecular phylogeny; RAPD.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062011000100026
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Identificación de Cultivares y Líneas de Mejoramiento de Arroz de Chile Mediante Amplificación de Fragmentos Polimórficos (AFLP) Agricultura Técnica
Aguirre,Carlos; Alvarado,Roberto; Hinrichsen,Patricio.
Doce cultivares y líneas de arroz (Oryza sativa L.) desarrollados por el programa de fitomejoramiento del Instituto de Investigaciones Agropecuarias (INIA), Centro Regional de Investigación Quilamapu, fueron caracterizados genéticamente mediante amplificación de fragmentos polimórficos (AFLP). De 21 combinaciones ensayadas, sólo 16 fueron informativas, generando un total de 667 amplicones, 94 de ellos polimórficos (14,4%), con un rango entre 9 y 33% de polimorfismo por combinación. Esto indica que el material manejado por el programa de INIA presenta un bajo nivel de diversidad genética comparado tanto con germoplasma silvestre de la especie como con aquel usado por otros programas de fitomejoramiento de la especie. Los amplicones polimórficos detectados...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Diversidad genética; Fingerprinting; AFLP; Pedigrí; Cultivares chilenos de arroz.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0365-28072005000400002
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Genetic characterization of pomegranate (Punica granatum L.) genotypes by AFLP markers Biol. Res.
Ercisli,Sezai; Kafkas,Ebru; Orhan,Emine; Kafkas,Salih; Dogan,Yildiz; Esitken,Ahmet.
The Coruh Valley, located in Northeastern Turkey, is one of the most important centers of diversity in pomegranate in Turkey. In this study, we attempted to characterize 19 promising pomegranate genotypes originating from the Coruh Valley in using fluorescent dye AFLP markers and capillary electrophoresis. Four AFLP primer combinations were used, generating a total of 297 fragments, 213 of which were polymorphic (73.0%). Resolving powers of the AFLP primers ranged from 0.700 to 1.018, with a total of 3.440, while polymorphism information contents ranged from 0.707 to 0.837 with an average of 0.764. UPGMA clustering of the genotypes showed two major groups. Most of the fruit characteristics of the genotypes within the same group were variable. Therefore,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Genetic diversity; AFLP; Pomegranate.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602011000400005
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Evaluación del germoplasma de Ilex paraguariensis e Ilex dumosa (Aquifoliaceae) Boletín de la Sociedad
Gottlieb,Alexandra Marina; Giberti,Gustavo Carlos; Poggio,Lidia.
Ilex paraguariensis e I. dumosa constituyen dos especies de gran relevancia económica para nuestro país. Estas comparten muchas características de su biología, aunque se diferencian en composición fitoquímica y resistencia a factores bióticos y abióticos. El objetivo del presente trabajo es evaluar la estructura de la diversidad genética de plantas mantenidas en el Banco de Germoplasma de Yerba Mate y Té de la Estación Experimental del INTA en Cerro Azul (Misiones) y de materiales comerciales de yerba mate, mediante el re-análisis de datos AFLP, así como caracterizar las secuencias nucleotídicas de bandas potencialmente diagnósticas de especie. En I. dumosa se detectó, respecto de I. paraguariensis, un nivel de variación molecular dos veces mayor, aunque...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Yerba mate; Yerba señorita; Germoplasma; Diferenciación genética.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-23722011000100008
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Morphological and molecular characterization of common bean landraces cultivated in the semi-arid Mexican high plateau Boletín de la Sociedad
Gill Langarica,Homar Rene; Rosales Serna,Rigoberto; Hernandez Delgado,Sanjuana; Mayek Perez,Netzahualcoyotl.
The objective of the current research was to characterize the common bean in agricultural fields planted with common bean landraces from the semi-arid Mexican high plateau using both morphological and amplified fragment length polymorphism (AFLPs) data. The morphological traits were discriminating and exhibited the clustering of 150 accessions based on the geographic origin and seed coat color. AFLP primer combinations exhibited a polymorphic range between 0.292 (E-AGG + M-ACT) and 0.375 (E-ACA + M-AGA). The frequency and distribution of the polymorphic fragments allowed the detection of a larger number of rare fragments in accessions 121 and 111 (Flor de Mayo and black common beans, respectively). The analysis of genetic relationships, analysis of...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Genetic variation; Landraces; Phaseolus vulgaris L.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-23722014000400010
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Genetic diversity in a natural population of the halophytic legume Prosopis strombulifera revealed by AFLP fingerprinting Boletín de la Sociedad
Llanes,Analia; Bonercarrere,Victoria; Capdevielle,Fabian; Vidal,Sabina; Luna,Virginia.
Prosopis strombulifera (Lam.) Benth. is a spiny shrub with the maximum tolerance limits reported for halophytic plants. This species is frequently found in the salinized areas in south-western of Córdoba and San Luis provinces, Argentina. Little is known about the genetic diversity within this species in a native population. Genetic diversity in 60 plants of P. strombulifera in south-western San Luis was investigated using AFLP analysis. Polymorphism was found among the samples tested. Four combinations of primers led to the identification of an average of 250 polymorphic bands and the data were used for cluster analysis. P. strombulifera genotypes are clearly separated in subclusters and reflect the diversity within the collection area. This study is a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Prosopis strombulifera; AFLP; Genetic diversity; Polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-23722011000200010
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No differences ingenetic diversity of Cotoneaster franchetii (Rosaceae) shrubs betweennative and non-native ranges Boletín de la Sociedad
Lett,Irene; Hensen,Isabell; Hirsch,Heidi; Renison,Daniel.
It is commonly assumed that plants have more genetic diversity in their native range than in areas where they have been introduced due to founder effects. However, few studies have proven this assumption and included the comparison between non-native and native ranges. We analyzed AFLP fingerprint patterns of 149 individuals from five native (China) and five non-native (Argentina) populations of Cotoneaster franchetii, a shrub which successfully invades different habitats and forms extensive monospecific stands. We compared genetic diversity estimates and assessed genetic differentiation among populations by inspecting FST values and conducting a PCoA, an AMOVA and a Mantel test. No evidence was found for reduced genetic diversity in non-native populations...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Argentina; Biological invasion; China; Genetic differentiation; Multiple introductions.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1851-23722015000300010
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Capacidade combinatória, divergência genética entre linhagens de milho e correlação com heterose Bragantia
Paterniani,Maria Elisa Ayres Guidetti Zagatto; Guimarães,Paula de Souza; Lüders,Reginaldo Roberto; Gallo,Paulo Boller; Souza,Anete Pereira de; Laborda,Prianda Rios; Oliveira,Karine Miranda.
Objetivou-se avaliar o desempenho de híbridos simples de milho (Zea mays L.), obtidos de cruzamentos dialélicos entre linhagens divergentes, estimar a capacidade de combinação das linhagens e verificar se a divergência genética entre as linhagens, obtida por marcadores moleculares, é correlacionada com a heterose dos híbridos simples no campo. Trinta e seis híbridos resultantes de um dialelo parcial foram avaliados em Campinas e em Mococa e as 12 linhagens parentais somente em Campinas, a fim de se calcular a heterose dos híbridos. O delineamento experimental empregado foi o de blocos ao acaso, com três repetições e 2 testemunhas comerciais. Avaliaram-se os caracteres: altura da planta (AP), altura da espiga (AE) e massa de grãos (MG). Análises de...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Zea mays; Dialelo parcial; Produtividade; AFLP; SSR.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052008000300012
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Comparação entre medidas de distância genealógica, morfológica e molecular em aveia em experimentos com e sem a aplicação de fungicida Bragantia
Vieira,Eduardo Alano; Carvalho,Fernando Irajá Félix de; Oliveira,Antônio Costa de; Benin,Giovani; Zimmer,Paulo Dejalma; Silva,José Antônio Gonzalez da; Martins,Andreza Figueirola; Bertan,Ivandro; Silva,Giovani Olegário da; Schmidt,Douglas André Mallman.
A estimativa da divergência genética entre cultivares pode ser útil em um programa de melhoramento para o direcionamento de hibridações e o conhecimento do germoplasma disponível. O objetivo do trabalho foi estimar a dissimilaridade genética entre genótipos de aveia (Avena sativa), por meio de marcadores AFLP e do coeficiente de parentesco, e correlacionar essas estimativas entre si e com a estimativa da dissimilaridade genética a partir de caracteres agronômicos em experimentos com e sem a aplicação de fungicida. Onze cultivares de aveia foram utilizadas na estimativa da distância genética a partir de marcadores AFLP. Desses 11 genótipos, nove foram avaliados no campo em experimento com e sem fungicida, para a estimativa da divergência genética a partir...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Aveia-branca; Divergência genética; AFLP; Coeficiente de parentesco; Distância fenotípica.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052005000100006
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Divergência genética entre genótipos de alface por meio de marcadores AFLP Bragantia
Sousa,Cristina Soares de; Bonetti,Ana Maria; Goulart Filho,Luiz Ricardo; Machado,Jane Rodrigues de Assis; Londe,Luciana Nogueira; Baffi,Milla Alves; Ramos,Renato Graciliano; Vieira,Carlos Ueira; Kerr,Warwick Estevam.
Considerando a restrita diversidade de espécies disponíveis para nutrir a carência de vitaminas no Brasil, Kerr e colaboradores, desde 1981, vêm desenvolvendo pesquisas para melhoramento genético de hortaliças ricas em vitamina A. Dentre elas, obtiveram uma cultivar de alface, denominada Uberlândia 10.000 com 10.200 UI de vitamina A em 100 gramas de folha fresca. Este trabalho objetivou comparar o grau de divergência genética entre a cultivar Uberlândia 10.000 e seus parentais para avaliar a eficiência da seleção utilizada, por meio da técnica AFLP. Foram utilizados os seguintes genótipos de alface: Maioba, Salad Bowl-Mimosa, Moreninha-de-Uberlândia, Vitória de Santo Antão, Uberlândia 10.000 lisa 8.ª e 9.ª geração e Uberlândia 10.000 crespa 8.ª e 9.ª...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Divergência genética; AFLP; Alface.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052007000100002
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Genetic Diversity among Flue-cured Tobacco Cultivars Based on RAPD and AFLP Markers BABT
Zhang,Han Yao; Liu,Xiao Zhen; He,Chuan Sheng; Yang,Yu Ming.
The aim of this work was to study the genetic diversity among flue-cured tobacco cultivars. RAPD and AFLP analyses were used to assess the genetic similarity among selected accessions of flue-cured tobacco. Seventy eight RAPD and 154 AFLP polymorphic bands were obtained and used to assess the genetic diversity among 28 tobacco accessions. The cultivar relationships were estimated through the cluster analysis (UPGMA) based on RAPD data and AFLP data. The accessions were grouped into three major clusters and these shared common ancestry clustered together.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Flue-cured tobacco; RAPD; AFLP; Genetic diversity; DNA polymorphism.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000600003
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Use of single-enzyme amplified fragment length polymorphism for typing Clostridium perfringens isolated from diarrheic piglets BJM
Shinya,Luciane Tieko; Baccaro,Maria Regina; Moreno,Andrea Micke.
Clostridium perfringens is an important pathogen in human and veterinary medicine. In swine, the agent is responsible for necrotic enteritis and enterotoxemia characterized by diarrhea, weight loss, delayed development and, in some cases, death. In the present study amplified fragment length polymorphism analyses (AFLP) was used to characterize 54 C. perfringens strains isolated from swine presenting diarrhea. Analysis of the results showed 29 distinct profiles with discriminatory index equal to 0.97. Partial correlation between the origin of the isolates and groups was drawn, and correlation was possible in only 18.5% of the samples. Characterization of the strains in biotypes (A, B, C, D and E), production of beta-2 toxin and enterotoxin were performed...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Diarrhea; Piglets; Clostridium perfringens.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822006000300034
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Genetic Characterization of Old Grapevines collected in Oases of the Atacama Desert Chilean J. Agric. Res.
Poblete,Ingrid; Pinto,Manuel; de Andrés,María Teresa; Hinrichsen,Patricio.
Old grapevine (Vitis vinifera L.) accessions are a source of genes that could be rescued for use per se or in modern breeding programs. The first step in this rescuing is collecting and characterizing the germplasm from a particular region. This study presents the genetic characterization of 21 grapevine accessions collected from the Atacama Desert in the far North of Chile. Characterization was based on 12 microsatellites (Simple Sequence Repeats, or SSRs) supplemented with Amplified Fragment Length Polymorphic (AFLP) markers. Most of the collected accessions produced red berries and shared the genetic characteristics of the cv. País, an old genotype found throughout America. However, among those red-berried accessions, one showed a severe abortive...
Tipo: Journal article Palavras-chave: SSR; AFLP; Atacama Desert; Germplasm; ‘Listán Prieto’.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-58392011000300020
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Variabilidade morfocultural e genética de fungos associados a podridão peduncular do mamão Ciência e Agrotecnologia
Peres,Ângela Pimenta; Silva-Mann,Renata; Vieira,Maria das Graças G. C.; Machado,José da Cruz.
Objetivou-se, com este trabalho, verificar a variabilidade morfocultural e genética de fungos associados à podridão peduncular do mamão (Carica papaya L.). As avaliações morfoculturais foram feitas pelo índice de crescimento micelial e características das colônias, como coloração e tipo de micélio, quando os isolados foram crescidos em diferentes meios de cultura (BDA, MDA e Czapek). A variabilidade genética foi verificada por meio de análises de AFLP. Os isolamentos foram feitos em frutos obtidos de diferentes regiões produtoras do Brasil. Foram estudados oito isolados de cada uma das três espécies mais incidentes (Colletotrichum gloeosporioides, Phoma caricae-papayae e Fusarium solani). Foi verificado que os meios BDA e MDA promoveram um maior e mais...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Colletotrichum gloeosporioides; Phoma caricae-papayae; Fusarium solani; AFLP; Carica papaya.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1413-70542003000500012
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Pareamento de fungos cultivados por diferentes espécies de formigas cortadeiras no Rio Grande do Sul Ciência Rural
Borba,Regina da Silva; Loeck,Alci Enimar; Branco,Juliana Severo Castelo; Bonow,Juliane; Oliveira,Antônio Costa de.
Este trabalho teve por objetivo estudar a possível ocorrência de heterocariose por meio do pareamento de fungos provenientes de diferentes espécies de formigas cortadeiras coletados em diferentes regiões do Estado do Rio Grande do Sul, utilizando a técnica AFLP. Dez grupos de pareamentos foram realizados, sendo que em dois não ocorreu a fusão das colônias. Após ocorrerem os pareamentos, foram coletados discos de micélio da área de intersecção das colônias e das áreas extremas de pareamento, para a realização da extração do DNA e padronização. Para as reações de PCR, utilizaram-se 21 combinações de primers AFLP, dos quais foram selecionados três que apresentaram maior polimorfismo e consistência. Os dados moleculares foram transformados em matriz binária e...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Compatibilidade vegetativa; Marcadores moleculares; Variabilidade; AFLP.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782008000500002
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Variabilidade genética interespecífica em formigas cortadeiras do gênero Acromyrmex que ocorrem no Estado do Rio Grande do Sul Ciência Rural
Grutzmacher,Douglas Daniel; Loeck,Alci Enimar; Oliveira,Antônio Costa; Zimmer,Paulo Dejalma; Malone,Gaspar.
São poucos os taxonomistas que atuam na identificação de formigas cortadeiras. Os métodos morfométricos utilizados nem sempre permitem uma identificação confiável, em função do acentuado polimorfismo dentro do mesmo formigueiro. O objetivo do trabalho foi testar a possibilidade do uso da ferramenta da biologia molecular para auxiliar na identificação das espécies de formigas cortadeiras do gênero Acromyrmex que ocorrem no Estado do Rio Grande do Sul. O estudo foi realizado com seis espécies de formigas do gênero Acromyrmex coletadas em quatro regiões do RS. Utilizaram-se as técnicas RAPD e AFLP, testando-se inicialmente 50 primers, dos quais apenas 13 foram selecionados por terem amplificado com sucesso fragmentos de todas as espécies estudadas. Embora os...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Quenquéns; RAPD; AFLP; Primers.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782007000400001
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Polimorfismo do fungo simbionte de formigas cortadeiras submetido à luz ultravioleta Ciência Rural
Borba,Regina da Silva; Loeck,Alci Enimar; Branco,Juliana Severo Castelo; Kopp,Maurício Marini; Oliveira,Antônio Costa de.
O presente trabalho teve por objetivo verificar o efeito de diferentes períodos de luz ultravioleta sobre a similaridade genética do fungo simbionte de formigas cortadeiras pertencentes às espécies Acromyrmex ambiguus, Acromyrmex crassispinus e Acromyrmex lundi, através da técnica AFLP. Os fungos foram inoculados em meio de cultura Pagnocca e mantidos em câmaras climatizadas à temperatura de 25 + 1°C e escotofase de 24h, por um período de 15 dias. Posteriormente, foram expostos à luz ultravioleta por períodos de: 0, 5, 10, 15, 20, 25 e 30 minutos. Aos 45 dias após o tratamento, foi realizada a extração do DNA e padronização, realizando-se as reações de PCR por meio de 24 combinações de primers AFLP, das quais quatro foram selecionadas por apresentarem...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Marcadores moleculares; Simbiose.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782007000500001
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Developing a rapid, efficient and low cost method for rapid DNA extraction from arthropods Ciência Rural
Mega,Nicolás Oliveira; Revers,Luís Fernando.
Here, it is presented a rapid and efficient method to obtain good quality DNA from small samples of arthropod tissues generating low quantities of hazardous wastes. This new method was compared with another homemade protocol using phenol and other two commercial kits. The quality of DNA obtained was checked by spectrophotometer and evaluated by an AFLP assay. Low shearing DNA was obtained from all samples and the best readings were observed to DNA recollected with the new method. The AFLP assay indicated that DNA obtained with all methods were suitable for use in molecular biology techniques sensitive to contaminants. However, homemade protocols were more efficient in recollect DNA than commercial kits, without lose any quality of samples. Also, they were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Arthropod DNA; High quality DNA; Molecular biology; AFLP.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011000900012
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Sexual reproduction in freshwater fairy shrimp, Dendrocephalus brasiliensis (Pesta, 1921) inferred by Amplified Fragment Length Polymorphism markers Ciência Rural
Silva,Suzianny Maria Bezerra Cabral da; Santos,Leilane Bruna Gomes dos; Lopes,José Patrocínio; Gálvez,Alfredo Olivera; Coimbra,Maria Raquel Moura.
Fluctuations in world harvests of Artemia sp cysts have increased prices sharply in the past years. Several organisms have been tested as alternative sources for a total or partial replacement of Artemia sp, among which the microcrustacean (Anostraca) Dendrocephalus brasiliensis stands out. The objective of this study was to investigate the reproductive strategy of D. brasiliensis by means of AFLP markers. The distinction between sexual and parthenogenetic reproduction was conducted using 7 EcoRI and MseI primer combinations in a full-sib family composed of 13 progenies. Forty polymorphic markers were obtained, of these, 35% were from paternal origin and 65% were maternally inherited. Results showed mendelian segregation in all markers through the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Microcrustacea; AFLP; Paternal inheritance; Sexual reproduction.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782013000600021
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Análisis preliminar de la variabilidad genética de Escallonia alpina y E. rubra (Escalloniaceae) Darwiniana
Morello,Santiago; Giussani,Liliana M; Sede,Silvana M.
Escallonia alpina y E. rubra (Escalloniaceae) comparten su área de distribución en el sur de los Andes y se diferencian por pocos caracteres morfológicos diagnósticos, tales como la disposición de las flores y la presencia y tipo de glándulas; sin embargo, en algunas poblaciones no es posible asignar los individuos a una u otra especie. Además, se han reconocido y descrito como híbridos varias formas de transición entre ambas. El objetivo de este trabajo es examinar la variabilidad genética poblacional de Escallonia alpina y E. rubra, y analizar si se corresponde con la variabilidad morfológica observada. Se estudió la morfología en 39 individuos de cinco poblaciones sobre los que también se realizó un análisis de AFLP. Se investigó la relación entre los...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AFLP; Escallonia; Patagonia; Sudamérica austral.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.org.ar/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0011-67932013000200004
Registros recuperados: 66
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