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Bioinformática : Aplicaciones a la proteómica y genómica Colegio de Postgraduados
Riaño Pachón, Diego Mauricio; González Estrada, Elizabeth; Alexa, Adrian; Ramírez, Fidel; Vischi Winck, Flavia; Gómez Merino, Fernando, Coord.; Silva Rojas, Hilda Victoria, Coord.; Pérez Rodríguez, Paulino, Coord..
En esta publicación intitulada “Bioinformática: aplicaciones a la genómica y proteómica” se detallan algunos de los avances más sobresalientes de los temas de genómica y proteómica, derivados de un curso internacional sobre el tema, organizado por el Colegio de Postgraduados. Estos avances incluyen aspectos de las dos ciencias ómicas, incluyendo genómica y biología estructural, código R, análisis comparativo y evolución, agrupamiento y minería de datos en R, redes de interacciones entre proteínas y proteómica bioinformática. BIOINFORMATICS : APPLICATIONS TO GENOMICS AND PROTEOMICS. ABSTRACT : In this publication entitled "Bioinformatics: applications to genomics and proteomics" are some of the most salient issues of genomics and proteomics, derived from an...
Tipo: Libro Palavras-chave: Bioinformática; Proteómica; Genómica; ADN; Proteínas; Modelación; Simulación; Análisis de genómas; Biología estructural; Código R; Análisis comparativo; Minería de datos; Computación aplicada; Bioinformatics; Proteomics; DNA; Proteins; Models; Genomics; Simulation; R Code; Data mining; Computing; Genome analysis.
Ano: 2010 URL: http://hdl.handle.net/10521/313
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Base de datos para factores de transcripción de Glycine max, Triticum aestivum y Zea maiz. Colegio de Postgraduados
Ramírez Sánchez, Obed.
Los factores de transcripción (FTs) son proteínas que incrementan o disminuyen la tasa transcripcional de uno o varios genes. Los FTs desempeñan un papel fundamental en el control de casi todos los procesos biológicos: crecimiento, metabolismo, respuesta a factores ambientales, etc. En plantas cultivadas, son de particular importancia aquellos relacionados con la respuesta al estrés (sequía, salinidad, bajas temperaturas, plagas, enfermedades, etc.). La identificación de FTs, su posterior anotación y la construcción de bases de datos públicas constituye un importante recurso para el estudio de los procesos que controlan la expresión génica. Se construyó la base de datos FT-MTS que contiene información de 13,975 genes identificados como FTs en los genomas...
Palavras-chave: Regulación transcripcional; Anotación funcional; Bioinformática; Transcriptional regulation; Functional annotation; Bioinformatics; Cómputo aplicado; Maestría.
Ano: 2012 URL: http://hdl.handle.net/10521/689
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Planos de gestão de dados acionáveis por máquina alinhados aos princípios FAIR para o Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Infoteca-e
SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; FALCAO, P. R. K.; NHANI JUNIOR, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; CINTRA, L. C.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; BARBOSA, L. A. F..
Esta publicação traz uma contribuição efetiva para comunidade de dados ômicos da Embrapa ao apresentar modelos de planos de gestão de dados acionáveis por máquina, alinhados aos princípios FAIR, desenvolvidos pelo Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa.
Tipo: Livros Palavras-chave: Gestão de dados de pesquisa; Dados FAIR; Bioinformática; Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa; Plano de gestão de dados; Plano de gestão de dados acionável por máquina; PGDam.
Ano: 2022 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1149101
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Easy LD Estimates for Galaxy: manual do usuário - versão 1.0. Infoteca-e
COELHO, W. D.; CARDOSO, L. L.; CARVALHO, H. G. de; CARDOSO, F. F..
Dados de entrada e formatação dos dados; Mapa dos SNP; Arquivo de haplótipos; Como rodar o programa; Acesso ao Galaxy; Upload dos arquivos; Preenchimento do formulário e selecionar arquivos; Arquivos de saída
Tipo: Outras publicações técnicas (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma web; Análise de dados; Melhoramento genético animal.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1090173
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1327
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Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Infoteca-e
OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCÃO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2836
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Imputação de genótipos em bovinos: um guia passo a passo. Infoteca-e
MUDADU, M. de A.; CARVALHO, H. G. de; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F..
O programa de melhoramento genético no Brasil está implementando o uso de marcadores genéticos, um procedimento chamado seleção genômica (SG). SG consiste em genotipar uma população de referência com fenótipos conhecidos e na descoberta de marcadores genéticos associados. O efeito dos marcadores são estimados e validados de forma a tornar possível predizer os valores genéticos dos cadidatos à seleção baseado nos seus genótipos. A genotipagem de alta densidade tem custo elevado, de forma que usa-se genotipar a população de referência usando chips de alta densidade de marcadores e genotipar com menor custo os candidatos a seleção usando chips de baixa densidade de marcadores. A imputação de genótipos é então aplicada para expandir os dados de genotipagem dos...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genotipagem em alta densidade; Imputação de genótipos; Bioinformática; Genotyping; Bioinformatics.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1064163
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Portais Web desenvolvidos no laboratório de bioinformática da Embrapa Soja. Infoteca-e
MITANI, E. A.; NASCIMENTO, L. S.; SILLA, P. R.; BINNECK, E..
bitstream/item/71973/1/ID-30955.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Postais Web; Bioinformática.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/859203
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Base de dados genômica de Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki - estirpe S76. Infoteca-e
MELO, L. H. V. de; GITAHY, P. de M.; OLIVEIRA, M. de M.; ROCHA, F. Y. O.; CRUZ, L. M.; BALDANI, J. I..
bitstream/item/101291/1/DOC279-11.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genômica; Bioinformática; Sequenciamento genético.; Estirpe..
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/921116
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PATERNITYHD versão 1.0 - um software para cálculo da probabilidade de exclusão de paternidade com dados de genotipagem em painel de alta densidade de SNPs em bovinos. Infoteca-e
MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P. C..
bitstream/item/49701/1/Documentos103.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Software; Paternidade.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/908998
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Anotação funcional de sequências com BLAST2GO. Infoteca-e
NODA, R. W.; DAMASCENO, C. M. B.; SOUSA, S. M. de.
bitstream/item/29525/1/circ-150.pdf
Tipo: Circular Técnica (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Gene; Genoma.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/880839
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Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G..
O objetivo do curso foi familiarizar pesquisadores de áreas de biotecnologia, como genética, bioquímica, biologia molecular e bioinformática, com as novas ferramentas disponíveis para a análise de estruturas macromoleculares, juntamente com a explificação de novas abordagens e metodologias para o estudo das macromoléculares.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8680
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679
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TI na Bioinformática: implantação e manutenção de infraestrutura de BioTI: o caso do LBB. Infoteca-e
FORMIGHIERI, E. F.; PAULA, M. V. de; SOUZA, M. S.; STEINDORFF, A. S..
bitstream/item/172160/1/DOC-27-CNPAE.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Embrapa Agroenergia.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1085337
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Um modelo orientado a objetos para o cálculo da estimativa da área acessível a solvente. Infoteca-e
MOURA, M. F.; HIGA, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Estimativa da ASA. Descrição do método utilizado. Modelo orientado a objetos proposto.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Área acessível a solvente; Modelo orientado a objeto; Análise da estrutura de proteínas; Grid cúbico.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1706
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Base genômica das estirpes que compõem o inoculante de cana-de-açúcar e milho. Infoteca-e
BALDANI, J. I.; GUEDES, H. V.; VIDAL, M. S.; SCHWAB, S.; TEIXEIRA, K. R. dos S.; CRUZ, L. M.; ARAUJO, J. L. S. de.
bitstream/item/105210/1/DOC282-11.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento genético.; Inoculante.; Genoma.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/950789
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Instruções para uso do Open Grid Engine no Laboratório Multiusuário de Bioinformática. Infoteca-e
CINTRA, L. C..
O presente trabalho tem sua relevância no treinamento dos recursos humanos que estão atuando no âmbito de projetos da Embrapa que exigem o processamento intenso e, por isso, demandam recursos computacionais especiais para a obtenção de seus resultados. No entanto, problemas similares ocorrem em outras organizações de ensino e pesquisa no País; e a discussão apresentada pode ser útil também para profissionais dessas, que queiram ampliar a sua capacidade de processamento utilizando clusters computacionais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Processamento de dados biológicos; Cluster; Bioinformatics.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1066147
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Desenho de primers degenerados através de bioinformática. Infoteca-e
OLIVEIRA, E. M. M.; OLIVEIRA, T. C. de; SOUZA, A. M. de; SANTOS, T. F. DOS.; LIMA, I. S. DE.
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Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Primers; Bioinformática.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1028552
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Relatório de gestão 2005-2009. Infoteca-e
EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA..
O objetivo deste relatório é apresentar o trabalho desenvolvido pela equipe da Embrapa Informática Agropecuária, durante a gestão 205-2009, destacando as principais ações realizadas no âmbito da pesquisa científica, que mais contribuíram para colocar em prática a missão da Unidade.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agroinformática; Bioinformática; Inteligência computacional; Modelagem agroambiental.; Tecnologia da Informação..
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/664442
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