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Application of single step genomic BLUP under different uncertain paternity scenarios using simulated data. Repositório Alice
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; MAGALHAES, A. F. B.; ESPIGOLAN, R.; PERIPOLLI, E.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; LOURENÇO, D. A. L.; AGUILAR, I.; BALDI REY, F. S..
The objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) models in different scenarios of paternity uncertainty with different strategies of scaling the G matrix to match the A22 matrix, using simulated data for beef cattle. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). Paternity uncertainty scenarios using 0, 25, 50, 75, and 100% of multiple sires (MS) were studied. The simulated genome had a total length of 2,333 cM, containing 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over the 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Seleção Fenótipa; Citogenética Animal; Hereditariedade; Gado de Corte.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083177
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Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F..
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Padroes ROH; Endogamia; Gado Nelore; Genoma; Genética Animal; Homozygosity.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101339
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Caracterização do desequilíbrio de ligação em uma população de bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
KLUSKA, S.; TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; BALDI REY, F. S..
Resumo: Tendo em vista a importância da estimação do desequilíbrio de ligação para a seleção genômica, o objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação de uma população de bovinos da raça Nelore participantes do programa de melhoramento da ANCP. Foram utilizadas informações de 9.459 animais genotipados com um painel de alta densidade, totalizando 735.044 SNP?s, antes do controle de qualidade. A estimação do desequilíbrio de ligação foi realizada através do programa SNP1101. Os valores de LD observados para os cromossomos autossômicos variaram de 0,18 a 0,25. Para marcadores distanciados até 1 Kb a média de r² foi de 0,53 e para marcadores distanciados entre 90 e 100 Kb 0,14. Para MAF a média variou de 0,23 a 0,25, considerando MAF mínimo de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Densidade de Marcadores; Marcador Genético; Seleção Genótipa; Cromossoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083353
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Estimativas de parâmetros genéticos para as características consideradas no índice bioeconômico (MGTe) do programa de melhoramento Nelore Brasil. Repositório Alice
OLIVERI, B. F.; KLUSKA, S.; FEITOSA, F. B.; BERTON, M. P.; TONUSSI, R. L.; LEMOS, M.; COLUCCI, N.; CHIAIA, H. L.; LOBO, R. B.; DI CROCE, F.; OSTERKTO, J.; MAGNABOSCO, C. de U.; SILVA, R. M. da; BALDI REY, F. S..
Resumo: O objetivo do presente estudo foi estimar parâmetros genéticos para características de carcaça, crescimento e reprodutivas de bovinos da raça Nelore. Foram analisadas as características de peso aos 120, 210 e 450 dias (P120, P210, P450), área do olho de lombo (AOL), perímetros escrotais aos 365 e 450 dias (PE365, PE450), idade ao primeiro parto (IPP), stayability (STAY) e probabilidade de prenhez precoce (3P). Para as características STAY e 3P foi utilizado o modelo de limiar, e para as demais características o modelo animal linear. Para a estimação dos componentes de variância e herdabildaide soi utilizado o modelo ssGBLUP. As estimativas de herdabilidade para as características P120, P210, P450, AOL, PE365, PE450, IPP, STAY e 3P foram 0,20; 0,21;...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Perímetro escrotal; Área de olho de lombo; Idade ao primeiro parto; Stayability; Parâmetro Genético; Carcaça; Taxa de Crescimento; Reprodução Animal; Gado Nelore.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083362
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Ilhas de homozigose para identificação de genes relacionados com características de importância econômica na pecuária leiteira em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; CHIAIA, H. L. J.; BERTON, M. P.; KLUSKA, S.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Autozigosidade; Características Leiteiras.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072319
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Impacto nas acurácias dos valores genéticos para idade ao primeiro parto em diferentes cenários com paternidade incerta. Repositório Alice
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F. A.; BALDI REY, F. S..
Resumo: O objetivo deste estudo foi investigar o impacto nas acurácias de predição utilizando os métodos BLUP e ssGBLUP em diferentes cenários considerando paternidade incerta utilizando dados de uma população de bovinos Nelore. Foram estudados dados de 18.526 registros de idade ao primeiro parto (IPP). Os componentes de variância foram estimados usando os métodos BLUP e ssGBLUP. A matriz de parentesco (A) foi criada com diferentes proporções de animais com pais desconhecidos (0, 25, 50, 75 e 100%). Todos os modelos incluíram grupos contemporâneos como efeitos fixos. Os valores genéticos e genômicos (EBV / GEBV) foram avaliados em cada cenário para quatro grupos: ALL = todos os animais da população, BULL = somente touros com dez ou mais progênies; GEN =...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Paternidade incerta; Avaliação genética; Parâmetro Genético; Gado Nelore.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083359
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