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Discovery of candidate genes for fatness in chickens based on genotyping with 600K SNP chip in a QTL region. Repositório Alice
MOREIRA, G. C. M.; PÉRTILLE, F.; GODOY, T. F.; BRASSOLOTI, R.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: 600K SNP chip; Chicken; Poultry; Genetic.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014218
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Discovery of SNPs potentially associated with fatness in a QTL region on chicken chromosome 3. Repositório Alice
MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; GHEYAS, A. A.; GASPARIN, G.; PADUAN, M.; ANDRADE, S. C. S.; MONTENEGRO, H.; BURT, D. W.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Abdominal fat; Re sequencing; Polymorphisms.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032943
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Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens. Repositório Alice
MOREIRA, G. C. M.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D. J.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Chickens.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1045625
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Genome-wide association study for performance traits in chickens using genotype by sequencing approach. Repositório Alice
PERTILLE, F.; MOREIRA, G. C. M. M.; ZANELLA, R.; NUNES, J. de R. da S.; BOSCHIERO, C.; ROVADOSCKI, G. A.; MOURÃO, G. B.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
Performance traits are economically important and are targets for selection in breeding programs, especially in the poultry industry. To identify regions on the chicken genome associated with performance traits, different genomic approaches have been applied in the last years. The aim of this study was the application of CornellGBS approach (134,528 SNPs generated from a PstI restriction enzyme) on Genome-Wide Association Studies (GWAS) in an outbred F2 chicken population. We have validated 91.7% of these 134,528 SNPs after imputation of missed genotypes. Out of those, 20 SNPs were associated with feed conversion, one was associated with body weight at 35 days of age (P < 7.86E-07) and 93 were suggestively associated with a variety of performance traits...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Ave; Melhoramento genético animal; Genoma; Galinha; Animal breeding; Genome; Chickens.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069532
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Genome-wide characterization of genetic variations and regions under selection in broilers and layer chickens. Repositório Alice
BOSCHIERO, C.; MOREIRA, G. C. M.; GHEYAS, A.; GODOY, T. F.; GASPARIN, G.; MARIANI, P. D. S. C.; PADUAN, M..
Abstract: Background Meat and egg-type chickens have been selected for several generations for different traits. Artificial and natural selection for different phenotypes can change frequency of genetic variants, leaving particular genomic footprints throghtout the genome. Thus, the aims of this study were to sequence 28 chickens from two Brazilian lines (meat and white egg-type) and use this information to characterize genome-wide genetic variations, identify putative regions under selection using Fst method, and find putative pathways under selection.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Fat deposition; Genetic variants; Next generation sequencing; Genoma; Frango de Corte; Linhagem; Ovo; Melhoramento Genético Animal; Polimorfismo Genético; Single nucleotide polymorphism; Egg industry; Broiler chickens; Genome; Poultry carcasses.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1091368
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High-throughput and cost-effective chicken genotyping using next-generation sequencing. Repositório Alice
PÉRTILLE, F.; BOSAGNA, C. G.; SILVA, V. H. da; BOSCHIERO, C.; NUNES, J. de R. da S.; LEDUR, M. C.; JENSEN, P.; COUTINHO, L. L..
Chicken genotyping is becoming common practice in conventional animal breeding improvement. Despite the power of high-throughput methods for genotyping, their high cost limits large scale use in animal breeding and selection. In the present paper we optimized the CornellGBS, an efficient and costeffective genotyping by sequence approach developed in plants, for its application in chickens. Here we describe the successful genotyping of a large number of chickens (462) using CornellGBS approach. Genomic DNA was cleaved with the PstI enzyme, ligated to adapters with barcodes identifying individual animals, and then sequenced on Illumina platform. After filtering parameters were applied, 134,528 SNPs were identified in our experimental population of chickens....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Produção animal; Avicultura; Animal breeding; Poultry production.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047245
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Identification and association of polymorphisms in CAPN1 and CAP3 candidate genes related to performance and meat quality traits in chickens. Repositório Alice
FELÍCIO, A. M.; BOSCHIERO, C.; BALIEIRO, J. C. C.; LEDUR, M. C.; FERRAZ J. B. S.; MICHELAN FILHO, T.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/89556/1/final7148.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Frango de corte; Marcador molecular; Melhoramento genético animal; Qualidade; Carne; Polimorfismo genético; Chicken meat; Broiler chickens; Genetics markers.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/966427
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Identification of CNVs on the genome of Brazilian chicken lines. Repositório Alice
GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; SILVA, V. H.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: CNVs; Genome; Chicken.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1045633
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Identification of mutations in a QTL region on chromosome 3 associated with fatness in chickens. Repositório Alice
MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GASPARIN, G.; ANDRADE, S. C. da S.; PADUAN, M.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mutations segregating; QTL; Galinha; Melhoramento genético animal; Chickens; Quantitative trait loci.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971381
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Identification of polymorphisms in a QTL region on chicken chromosome 2 associated with muscle deposition. Repositório Alice
GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GASPARIN, G.; ANDRADE, S. C. da S.; PADUAN, M.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Galinha; Polimorfismo genético; Chickens; Genetic polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971356
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Inherited CNVs in regions related to breast muscle development in a broiler population. Repositório Alice
GODOY, T. F.; SILVA, V. H. da; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/179873/1/final8850.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Autosomal chicken chromosomes; Cromossomos de galinha autossômicos; Fibroblastos; Peito de frango; Melhoramento Genético Animal; Gene; Genoma; Frango de Corte; Ganho de Peso; Carcaça; Animal genetic resources; Genome; Polymorphism; Broiler chickens; Weight gain; Breast meat; Fibroblasts.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093340
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Integration of GWAS, CNV and sele ction signature reveals candidate genes for abdominal fat regulation in chickens. Repositório Alice
MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; SILVA, V. H. da; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L..
Abstract: Carcass fat content is an economically important trait in commercial chickens. The use of genome-wide high density SNPs may improve the power and resolution to identify QTLs, putative candidate genes and copy number variations (CNVs), for selection programs. The main goal of this study was to identify genomic windows and putative candidate genes for carcass fat content. We checked the overlap of QTL with regions demonstrating signatures of selection and inherited CNVs identified in the same population. A total of 497 42 day-old chickens from the EMBRAPA F2 Chicken Resource Population developed for QTL studies were genotyped with the 600K SNP genotyping array (Affymetrix®), and phenotyped for carcass fat content weight (CFCW) and carcass fat...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotyping by sequencing; Analyses were performed with GenSel; Selection signatures; 600k snp genotyping array; Melhoramento Genético Animal; Polimorfismo Genético; Frango de Corte; Carcaça; Gordura; Genoma; Animal genetic resources; Broiler chickens; Carcass characteristics; Abdominal fat; Genetic polymorphism; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093261
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Polymorphism in the FGFBP1 gene is associated with performance, carcass and meat quality traits in broilers. Repositório Alice
FELÍCIO, A. M.; BOSCHIERO, C.; SIVA, N. A.; ANDRADE, J. L. F.; BALIEIRO, J. C.; MICHELAN FILHO, T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genética.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/918679
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Polymorphisms in FGFBP1 and FGFBP2 genes associated with carcass and meat quality traits in chickens. Repositório Alice
FELÍCIO, A. M.; BOSCHIERO, C.; BALIEIRO, J. C. C.; LEDUR, M. C.; FERRAZ J. B. S.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/89608/1/final7149.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Frango de corte; Carcarça; Marcador molecular; Melhoramento genético animal; Qualidade; Carne; Polimorfismo genético; Chicken meat; Carcasses; Molecular genetics; Genetics markers; Genetic polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/966478
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Potential association between microsatellite markers on chicken chromosomes 6, 7 and 8 body weight Repositório Alice
CAMPOS, R. L. R.; AMBO, M.; ROSÁRIO, M. F.; MOURA, A. S. A. M. T.; BOSCHIERO, C.; NONES, K.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2009
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genética.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/877708
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Precision of distances and ordering of microsatellite markers in consensus linkage maps of chromosomes 1,3 and 4 from two reciprocal chicken populations using bootstrap sampling. Repositório Alice
ROSÁRIO, M. F.; MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Avicultura; Genética.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/877979
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PRUNE2 gene has a potential effect on residual feed intake in Nellore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; TIZIOTO, P. C.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. S.; SILVA, J. V. D.; ANDRADE, S. C. S.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; SOUZA, M. M.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; BUSS, C. E.; MUDADU, M. de A.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Residual feed intake (RFI) can increase the profitability of producers, reduce methane emission and land allocation to livestock production. However, this trait has late and costly measurements. Identifying gene expression changes combined with polymorphisms that affect residual feed intake variation is important for identify target regulatory polymorphisms that can be used in animal breeding programs. Diverse studies performed by our research group in a Nellore population, such as genome-wide association (GWA), association weight matrix (AWM) and RNA-seq analysis of liver tissue have been pointed Prune homolog 2 (Drosophila) (PRUNE2) as a potential candidate gene influencing feed efficiency. For this reason, we select this gene for a more detailed...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Functional gene enrichment; Genética; Gado Nelore; Gado de corte; Genetics; Haplotypes; Feed conversion; Beef cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066412
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Quantitative trait loci with sex-specific effects for internal organs weights and hematocrit value in a broiler-layer cross. Repositório Alice
MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; BOSCHIERO, C.; NONES, K.; PINTO, L. F. B.; JAENISCH, F. R. F.; BURT, D. W.; COUTINHO, L. L..
Abstract Rapid growth in broilers is associated with susceptibility to metabolic disorders such as pulmonary hypertension syndrome (ascites) and sudden death. This study describes a genome search for QTL associated with relative weight of cardio respiratory and metabolically important organs (heart, lungs, liver and gizzard), and hematocrit value in a Brazilian broiler-layer cross. QTL with similar or different effects across sexes were investigated. At 42 days of age after fasted for 6 h, the F2 chickens were weighed and slaughtered. Weights and percentages of the weight relative to BW42 of gizzard, heart, lungs, liver and hematocrit were used in the QTL search. Parental, F1 and F2 individuals were genotyped with 128 genetic markers (127 microsatellites...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Frango de corte; Molecular genetics; Broiler chickens; Genetic markers; Animal genetics.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1030756
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Single nucleotide polymorphism associated with breast trait in chickens. Repositório Alice
TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/179866/1/final8849.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Peito de frango; Melhoramento Genético Animal; Frango de Corte; Polimorfismo Genético; Gene; Genoma; Animal genetic resources; Broiler chickens; Breast meat; Weight gain; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093336
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SNP discovery in a QTL region associated with breast muscle deposition on chicken chromosome 2. Repositório Alice
BOSCHIERO, C.; GODOY, T. F.; MOREIRA, G. C. M.; GHEYAS, A. A.; GASPARIN, G.; PADUAN, M.; ANDRADE, S. C. S.; MONTENEGRO, H.; BURT, D. W.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Breast muscle; Chicken; SNP.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032831
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