|
|
|
| Registros recuperados: 33 | |
|
|
| NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F.. |
| Soybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database,... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Soybean. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/874417 |
| |
|
|
| VIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.. |
| Polyploidization constitutes a common mode of evolution in flowering plants. This event provides the raw material for the divergence of function in homeologous genes, leading to phenotypic novelty that can contribute to the success of polyploids in nature or their selection for use in agriculture. Mounting evidence underlined the existence of homeologous expression biases in polyploid genomes; however, strategies to analyze such transcriptome regulation remained scarce. Important factors regarding homeologous expression biases remain to be explored, such as whether this phenomenon influences specific genes, how paralogs are affected by genome doubling, and what is the importance of the variability of homeologous expression bias to genotype differences.... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Coffea Arábica.. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880492 |
| |
|
|
| NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F.. |
| The Genosoja consortium is an initiative to integrate different omics research approaches carried out in Brazil. Basically, the aim of the project is to improve the plant by identifying genes involved in responses against stresses that affect domestic production, like drought stress and Asian Rust fungal disease. To do so, the project generated several types of sequence data using different methodologies, most of them sequenced by next generation sequencers. The initial stage of the project is highly dependent on bioinformatics analysis, providing suitable tools and integrated databases. In this work, we describe the main features of the Genosoja web database, including the pipelines to analyze some kinds of data (ESTs, SuperSAGE, microRNAs, subtractive... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Bioinformática; Expressão genética; Soja; Gene; Soybeans; Genes; Bioinformatics; Gene expression. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/926586 |
| |
|
|
| MONDEGO, J. M. C.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; TOKUDA, E. K.; PARIZZI, L. P.; COSTA, G. G. L.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, G. A. G.. |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Café arabica.; Coffea Arábica; Coffea Canephora; Genoma.; Genes.. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/902404 |
| |
|
|
| RABELO, F. R.; CARAZZOLLE, M. F.; MARTINS, N. F.; CAMPOS, M. A.; SILVA, M. S.; SILVA, A. C.; SOUZA, A. A. de; AMARAL, A. M. do; REIS, A. M. dos. |
| No Brasil, um dos importantes problemas enfrentados por produtores de café e citros envolve os danos causados pela bactéria Xylella fastidiosa. Esta bactéria causa o entupimento dos vasos do xilema e impede a passagem de água e nutrientes, o que causa uma condição biológica de estresse hídrico. Os genomas de citros e café têm sido investigados funcionalmente e várias seqüências expressas (ESTs) foram identificadas a partir de diversas condições biológicas. Bibliotecas de EST utilizando folhas e ramos infectados com X. fastidiosa foram construídas em citros e café, respectivamente. A análise in silico das ESTs nesses tecidos revelou genes comuns expressos em ambas as culturas. Alguns destes genes codificam para proteínas relacionados com a resposta de... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: EST; Aguaporina; Drought-induced protein Di19-like protein DIP; Fiber protein Fb2.; Filogenia.. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906023 |
| |
|
|
| RABELLO, F. R.; CARAZZOLLE, M. F.; MARTINS, N. F.; CAMPOS, M. A.; SILVA, M. S.; SILVA, A. C.; REIS, A. M. dos. |
| Um dos problemas que afetam a cultura do café é o depauperamento da folha do cafeeiro (?Coffee Leaf Scorch? - CLS), causado pela bactéria Xylella fastidiosa. Esta bactéria forma agregados no xilema da planta, impossibilitando a passagem de água e nutrientes. Em virtude da importância econômica da cultura do café para o Brasil e das perdas causadas por X. fastidiosa, uma biblioteca de cDNA (RX1) foi construída utilizando ramos de cafeeiro infectados com esta bactéria e os ESTs (?Expressed sequence tags?) foram incluídos no banco de dados do CafEST (Genoma Funcional de Café). Com o objetivo de identificar genes potencialmente envolvidos nos processos de defesa de cafeeiro infectado com X. fastidiosa, foi realizada uma análise in silico dos ESTs de RX1. Foi... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Análise; Café; Bactéria.. |
| Ano: 2007 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906039 |
| |
|
| |
|
|
| VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P.. |
| Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: SNP; INDEL; Mapeamento.; Genoma.. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903595 |
| |
|
|
| NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F.. |
| Soybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Bioinformática. |
| Ano: 2009 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/894410 |
| |
|
|
| VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.. |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café. |
| Ano: 2006 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149 |
| |
|
|
| MARTINATI, J. C.; CARDOSO, D. C.; GUERREIRO-FILHO, O.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; MALUF, M. P.. |
| As plantas possuem sofisticados mecanismos de percepção à ataques externos e cujas informações são transmitidas de modo com que todo o seu sistema esteja preparado para agir em defesa própria. Para compreender as bases moleculares deste e outros mecanismos biológicos, pesquisas em larga escala envolvendo a expressão de genes são amplamente aplicadas. Para este estudo foram selecionados dois genótipos de cafeeiros, resistentes e suscetíveis ao bicho mineiro (Leucoptera coffeella), a fim de verificar as possíveis diferenças e semelhanças na expressão dos genes ao longo do processo de infestação. Para tanto, amostras de folhas das plantas foram coletadas em 3 tempos de infestação diferentes sendo eles, tempo zero (T0 ? antes da infestação), tempo 1 (T1 ?... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Microarranjo; Expressão gênica.; Coffea Arábica; Leucoptera Coffeella.. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/903965 |
| |
|
|
| HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A.. |
| PRESENTATION: The National Consortium for Bioinformatics (CNBi) is a multidisciplinary center dedicated to research, development, management and technical support on questions arising from bioinformatics. It was created by a joint effort between three laboratories from São Paulo state in Brazil: the Genomic and Expression Laboratory (UNICAMP), Applied Bioinformatics Laboratory (EMBRAPA/CNPTIA) and National Laboratory of Biosciences (LNBio), and is organized as a distributed center inside the mentioned laboratories. MISSION: As a national center for bioinformatics, CNBi´s mission is the generation of new biotechnological information and advanced methods of computer-based information processing. Moreover it intends to act in the field of genomics, proteomics... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Bioinformática; National Consortium for Bioinformatics.; Base de Dados.; Bioinformatics; Databases. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868494 |
| |
|
|
| LIMA, R. S.; LOBO, F. P.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; RODRIGUES, E. L. de C.; ALVES, A. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SOUZA JUNIOR, M. T.; FORMIGHIERI, E. F.. |
| In that scenario, Embrapa Agroenergy is making efforts to improve bioenergy generation and accelerate selection of superior genotypes, through NGS and large-scale genotyping technologies. Some colleagues have already estimated of Elaeis species genome size using flow cytometry, and in parallel, we sequenced one lane of Illumina HiSeq 2000 for three E. oleifera and one E. guineensis accessions, for initial comparison. |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Genoma de palmeira; Óleo de palma.; Elaeis Guineensis.; Palm oils; Genomics. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946637 |
| |
|
|
| MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B.. |
| Although genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Although genotyping-by-sequencing; Marker technology; Genotype; Hybrids; Urochloa. |
| Ano: 2019 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1117777 |
| |
|
|
| NASCIMENTO, L. C.; VIDAL R. O.; MONDEGO, J. M. C.; COSTA, G. G. L.; JUNIOR, O. R.; RODRIGUES, F.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F.. |
| A soja é um dos principais produtos da balança comercial brasileira, respondendo por mais de 10% do total das exportações do país. No ano de 2007, o governo brasileiro estabeleceu um consórcio de pesquisas em soja ? denominado GENOSOJA ? com o objetivo de identificar características genéticas que possam facilitar o processo produtivo da planta, com foco nos diversos estresses que acometem a produção nacional, como a ocorrência de secas, o ataque de pragas e a doença da ferrugem asiática. Entre os objetivos do consórcio está a geração de sequências de DNA e mRNA de cultivares brasileiros selecionados em programas de melhoramento. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs; single nucleotide polymorphisms) são diferenças de uma base entre as sequências de DNA... |
| Tipo: Parte de livro |
Palavras-chave: Biotecnologia.. |
| Ano: 2012 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/928160 |
| |
|
|
| FLORES, J. C.; MOFATTO, L. S.; FREITAS-LOPES, R. do L.; FERREIRA, S. S.; ZAMBOLIM, E. M.; CARAZZOLLE, M. F.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T.. |
| Coffee rust disease, caused by the fungus Hemileia vastatrix, is one of the major diseases in coffee throughout the world. The use of resistant cultivars is considered to be the most effective control strategy for this disease. To identify candidate genes related to different mechanism defense in coffee, we present a time-course comparative gene expression profile of Caturra (susceptible) and Híbrido de Timor (HdT, resistant) in response to H. vastatrix race XXXIII infection. The main objectives were to obtain a global overview of transcriptome in both interaction, compatible and incompatible, and, specially, analyze up-regulated HdT specific genes with inducible resistant and defense signaling pathways. Using both Coffea canephora as a reference genome... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Coffee rust; Biotrophic interaction; Transcriptome; Disease resistance. |
| Ano: 2017 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082688 |
| |
|
|
| CARAZZOLLE, M. F.; RABELLO, F. R.; MARTINS, N. F.; SOUZA, A. A. de; AMARAL, A. M. do; FREITAS-ASTUA, J.; PEREIRA, G. A. G.; MACHADO, M. A.; MEHTA, A.. |
| One of the phytosanitary problems of coffee cultivation in Brazil is Coffee Leaf Scorch (CLS) disease, caused by the phytopathogenic bacterium Xylella fastidiosa. Due to the economic importance of coffee to Brazil and the losses caused by X. fastidiosa, a cDNA library (RX1) was constructed using infected coffee stems. This library is one of the 37 coffee EST libraries constructed using different organs and tissues and biological conditions (Coffee Genome Project-CafEST). The objective of this study was to identify genes potentially involved in defence processes in response to X. fastidiosa infection by in silico analysis of the transcripts from the RX1 library as well as compare the coffee ESTs to citrus Xylella-infected ESTs. Clustering analysis of the... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Plant disease.; Doença de Planta; Xylella Fastidiosa.. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/896465 |
| |
|
|
| KULCHESKI, F. R.; OLIVEIRA, L. F. V.; MOLINA, L. G.; ALMERÃO, M.; RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; BARBOSA, J. F.; STOLF-MOREIRA, R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; MARGIS, R.. |
| Tipo: Parte de livro |
Palavras-chave: MicroRNAs. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/913711 |
| |
|
|
| KULCHESKI, F. R.; OLIVEIRA, L. F. V.; MOLINA, L. G.; ALMERAO, M. P.; RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; BARBOSA, J. F.; STOLF-MOREIRA, R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; MARGIS, R.. |
| Background: Small RNAs (19-24 nt) are key regulators of gene expression that guide both transcriptional and posttranscriptional silencing mechanisms in eukaryotes. Current studies have demonstrated that microRNAs (miRNAs) act in several plant pathways associated with tissue proliferation, differentiation, and development and in response to abiotic and biotic stresses. In order to identify new miRNAs in soybean and to verify those that are possibly water deficit and rust-stress regulated, eight libraries of small RNAs were constructed and submitted to Solexa sequencing. Results: The libraries were developed from drought-sensitive and tolerant seedlings and rust-susceptible and resistant soybeans with or without stressors. Sequencing the library and... |
| Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Soja; Deficiência hídrica; Gene marcador; Soybeans; Gene expression; Soil water deficit. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/911802 |
| |
|
|
| CARDOSO, D. C.; MARTINATI, J. C.; GIACHETTO, P. F.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; PADILHA, L.; GUERREIRO-FILHO, O.; MALUF, M. P.. |
| A successful development of herbivorous insects into plant tissues depends on coordination of metabolic processes. Plants have evolved complex mechanisms to recognize such attacks, and to trigger a defense response. To understand the transcriptional basis of this response, we compare gene expression profiles of two coffee genotypes, susceptible and resistant to leaf miner (Leucoptera coffella). A total of 22000 EST sequences from the Coffee Genome Database were selected for a microarray analysis. Fluorescence probes were synthesized using mRNA from the infested and non-infested coffee plants. Array hybridization, scanning and data normalization were performed using Nimble Scan® e ArrayStar® platforms. Genes with foldchange values +/-2 were considered... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Microarranjo; Plant defense; Café; Coffea Arábica.; Leafminers; Genes; Microarray technology.. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1007801 |
| |
| Registros recuperados: 33 | |
|
|
|
