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	Provedor de dados Repositório Alice (22) Infoteca-e (6) Autor CINTRA, L. C. (28) CAETANO, A. R. (13) GIACHETTO, P. F. (13) LOBO, F. P. (13) PAIVA, S. R. (13) YAMAGISHI, M. E. B. (13) ZERLOTINI NETO, A. (8) SILVA, L. O. C. da (6) VARELA, E. S. (6) IANELLA, P. (5) SILVA, N. M. A. da (5) ZERLOTINI, A. (5) SILVA, F. R. da (4) SILVA, J. M. da (4) EGITO, A. A. do (3) FALCAO, P. R. K. (3) SIQUEIRA, F. (3) ALVES, A. L. (2) BARBOSA, L. A. F. (2) HONGO, J. A. (2) Mais... Palavra-chave Bioinformatics (14) Bioinformática (12) Genome assembly (5) Gado de corte (4) Polimorfismo de nucleotídeo único (3) Sequence analysis (3) Single nucleotide polymorphism (3) Tambaqui (3) Aquaculture (2) Bioinformática. (2) Bos Indicus. (2) Cattle (2) Colossoma Macropomum (2) Computer science (2) Computer software (2) Genome (2) Genomics (2) Genotipagem (2) Genotyping (2) Gestão de dados de pesquisa (2) Mais... Tipo do documento Anais e Proceedings de eventos (14) Artigo de periódico (4) Documentos (INFOTECA-E) (3) Parte de livro (3) Comunicado Técnico (INFOTECA-E) (2) Livros (2) Mais... Ano 2022 (2) 2020 (1) 2019 (4) 2017 (1) 2016 (4) 2015 (5) 2014 (2) 2013 (3) 2012 (3) 2011 (2) 2010 (1) Mais... País Brazil (28) Idioma Inglês (17) Português (11)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 28 Primeira ... 1 2 ... Última Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C.. Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças. Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression. Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1064217 Aplicações da bioinformática na agricultura. Repositório Alice ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F.. Introdução. Infraestrutura computacional do LMB para suporte a projetos de bioinformática aplicada à agropecuária. Aplicações. A bioinformática e a cadeia produtiva do tambaqui. Bioinformática no desenvolvimento de vacinas: vacinologia reversa. Ferramentas de bioinformática. Machado: um framework de integração de dados genômicos. BDPFG: sistema web para recuperação de informação de pedigree, fenótipos e genótipos. Considerações finais. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Banco de dados BDPFG; Ferramenta Machado; Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa; Transformação digital; Agricultura digital; Digital agriculture; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics. Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126268 Computational investigations in eukaryotes genome de novo assembly using short reads. Repositório Alice CINTRA, L. C.. Recently news technologies in molecular biology enormously improved the sequencing data production, making it possible to generate billions of short reads totalizing gibabases of data per experiment. Prices for sequencing are decreasing rapidly and experiments that were impossible in the past because of costs are now being executed. Computational methodologies that were successfully used to solve the genome assembler problem with data obtained by the shotgun strategy, are now inefficient. Efforts are under way to develop new programs. At this moment, a stabilized condition for producing quality assembles is to use paired-end reads to virtually increase the length of reads, but there is a lot of controversy in other points. The works described in literature... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genomas de eucariotos; Bioinformática.; Biologia Molecular; Genoma.; Genome; Eukaryotic cells; Molecular biology; Bioinformatics. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/908741 De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. Repositório Alice CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006398 de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. The Tambaqui (Colossoma macropomum) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin which has historically been widely exploited by community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last ten years. Current production is above 120,000 metric tons per year with a strong growth trend, making it the most important native aquaculture species in Brazil. Data for generating the draft assembly were produced from shotgun libraries with two different insert sizes and mate-paired libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequência genômica.; Tambaqui; Colossoma Macropomum.; Genome assembly; Sequence analysis.. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1013201 Development of a computational pipeline to detect positive selection. Repositório Alice CINTRA, L. C.; HONGO, J. A.; LOBO, F. P.. P1007. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Genomas; Software.; Genomes; Bioinformatics; Genes.. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/932798 Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. Repositório Alice CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F.. Recently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Laboratório Multiusuário de Bioinformática.; Bioinformatics. Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/974773 Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. Repositório Alice KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F.. The Bioinformatics Multi-Users Laboratory of Embrapa provides an array of shared research resources and infra-structure to the Embrapa community and research collaborators The primary mission of the LMB is to address the increasing need of Embrapa investigators for support and solutions in Bioinformatics in a collaborative environment. To fulfill this mission, the LMB collaborates on research projects that require expertise in genome assembly, meta-genomics analysis to unravel candidate genes, molecular markers, differential gene expression, and structural bioinformatics, and assists in the implementation of computational solutions . Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Pesquisa e desenvolvimento; Bioinformática; Research and development; Bioinformatics. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946438 Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B.. The South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Colossoma Macropomum; Tambaqui; Genome assembly; Bioinformatics; Fish. Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118807 Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B.. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Colossoma Macropomum; Tambaqui. Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118288 Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). Repositório Alice LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.. The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma; Bioinformatics; Genomics; Genome assembly; Sequence analysis. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1038884 Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. Repositório Alice ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.. Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Pseudoplatystoma Punctifer; Aquacultura; Bioinformática; Aquaculture; Genome assembly; Bioinformatics. Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118157 Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. Repositório Alice ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.. PO0249 Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Pseudoplatystoma Punctifer; Aquaculture. Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1116379 Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. Repositório Alice SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem; Copy number variations; SNP genotyping; Gado de corte; Bioinformatics; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; High-throughput nucleotide sequencing; Genotyping. Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047683 Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. Repositório Alice GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B.. In order to investigate whether or not the ?missing? genotypes actually reveal genomic variant hotspots, we examined BovineHD missing genotypes from a total of 1,709 Nelore DNA samples and used sequence data from eight of them to identify putative polymorphisms flanking the assayed SNPs. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Genotyping; Cattle. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1033991 Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. Repositório Alice SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B.. Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Genotypes; Nelore.. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1029638 Genomic variants revealed by invariably missing genotypes in nelore cattle. Repositório Alice SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B.. High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA.; Gado de corte; Bos Indicus.; Single nucleotide polymorphism; Sequence analysis; Cattle.. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1033982 Gestão de dados de pesquisa no Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. Repositório Alice TORRES, T. Z.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CINTRA, L. C.; CUNHA, L. M. S.; BARBOSA, L. A. F.. O objetivo do livro é apresentar os resultados de uma ação gerencial criada para modelar e implementar processos de gestão de dados ômicos no LMB. Esta ação gerencial foi conduzida em paralelo à implantação de uma infraestrutura de repositório de dados com a finalidade de catalogar e publicar conjuntos de dados. O software escolhido é o Dataverse, em razão de ser uma solução de código aberto, adequada aos propósitos e interesses definidos pela Embrapa. Tipo: Livros Palavras-chave: Gestão de dados de pesquisa; Gestão por processos; Processamento eletrônico de dados; Gestão de dados ômicos; Processo de gestão de dados de pesquisa; Catalogação de dados; Big data; Ciência aberta. Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1140031 Instruções para uso do Open Grid Engine no Laboratório Multiusuário de Bioinformática. Infoteca-e CINTRA, L. C.. O presente trabalho tem sua relevância no treinamento dos recursos humanos que estão atuando no âmbito de projetos da Embrapa que exigem o processamento intenso e, por isso, demandam recursos computacionais especiais para a obtenção de seus resultados. No entanto, problemas similares ocorrem em outras organizações de ensino e pesquisa no País; e a discussão apresentada pode ser útil também para profissionais dessas, que queiram ampliar a sua capacidade de processamento utilizando clusters computacionais. Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Processamento de dados biológicos; Cluster; Bioinformatics. Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1066147 Métodos, procedimentos e técnicas utilizadas na construção de AgroTIC. Repositório Alice CINTRA, L. C.; NAKAI, A. M.; CORREA, J. L.. Arquiteturas computacionais aplicáveis a problemas científicos. Arquitetura altamente escalável. Tipo: Parte de livro Palavras-chave: New technology.; Inovação; Transferência de tecnologia; Tecnologia da Informação.; Information technology; Technology transfer.. Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010741 Registros recuperados: 28 Primeira ... 1 2 ... Última

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