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Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Infoteca-e
ZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C..
Neste documento, serão apresentados métodos computacionais para facilitar o processo de análise de dados de RNA-Seq, por meio de ferramentas acessíveis via navegadores. Esta metodologia possibilita o processamento distribuído e o compartilhamento de grandes volumes de dados de RNA-Seq, com o objetivo de efetivamente identificarmos as diferenças de expressão de genes para elucidar mecanismos biológicos ligados à produtividade e a doenças.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Plataforma Galaxy; RNA-Seq; Expressão gênica; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064217
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Computational investigations in eukaryotes genome de novo assembly using short reads. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; CINTRA, L..
Recently news technologies in molecular biology enormously improved the sequencing data production, making it possible to generate billions of short reads totalizing gibabases of data per experiment. Prices for sequencing are decreasing rapidly and experiments that were impossible in the past because of costs are now being executed. Computational methodologies that were successfully used to solve the genome assembler problem with data obtained by the shotgun strategy, are now inefficient. Efforts are under way to develop new programs. At this moment, a stabilized condition for producing quality assembles is to use paired-end reads to virtually increase the length of reads, but there is a lot of controversy in other points. The works described in literature...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Genomas de eucariotos; Biologia molecular; Bioinformática; Genome; Eukaryotic cells; Molecular biology; Bioinformatics.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908741
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De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006398
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de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
The Tambaqui (Colossoma macropomum) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin which has historically been widely exploited by community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last ten years. Current production is above 120,000 metric tons per year with a strong growth trend, making it the most important native aquaculture species in Brazil. Data for generating the draft assembly were produced from shotgun libraries with two different insert sizes and mate-paired libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência genômica; Tambaqui; Genome assembly; Sequence analysis; Colossoma macropomum.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1013201
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Development of a computational pipeline to detect positive selection. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; HONGO, J. A.; LOBO, F. P..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genomas; Bioinformatics; Software; Genes; Genomes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932798
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Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F..
Recently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Bioinformatics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974773
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Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. Repositório Alice
KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F..
The Bioinformatics Multi-Users Laboratory of Embrapa provides an array of shared research resources and infra-structure to the Embrapa community and research collaborators The primary mission of the LMB is to address the increasing need of Embrapa investigators for support and solutions in Bioinformatics in a collaborative environment. To fulfill this mission, the LMB collaborates on research projects that require expertise in genome assembly, meta-genomics analysis to unravel candidate genes, molecular markers, differential gene expression, and structural bioinformatics, and assists in the implementation of computational solutions .
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pesquisa e desenvolvimento; Bioinformática; Research and development; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946438
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Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice
CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B..
The South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Colossoma Macropomum; Tambaqui; Genome assembly; Bioinformatics; Fish.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118807
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Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). Repositório Alice
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma; Bioinformatics; Genomics; Genome assembly; Sequence analysis.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1038884
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Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. Repositório Alice
ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R..
bitstream/item/206503/1/genome-sequencing-and-de-novo-assembly-of-the-southe-american.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pseudoplatystoma Punctifer; Aquaculture.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1116379
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Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. Repositório Alice
ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R..
bitstream/item/208152/1/Genome-Sequencing-PAG.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pseudoplatystoma Punctifer; Aquacultura; Bioinformática; Aquaculture; Genome assembly; Bioinformatics.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118157
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Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. Repositório Alice
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem; Copy number variations; SNP genotyping; Gado de corte; Bioinformatics; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; High-throughput nucleotide sequencing; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047683
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Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B..
In order to investigate whether or not the ?missing? genotypes actually reveal genomic variant hotspots, we examined BovineHD missing genotypes from a total of 1,709 Nelore DNA samples and used sequence data from eight of them to identify putative polymorphisms flanking the assayed SNPs.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Genotyping; Cattle.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033991
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Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. Repositório Alice
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Genotypes.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1029638
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Genomic variants revealed by invariably missing genotypes in nelore cattle. Repositório Alice
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B..
High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA; Gado de corte; Single nucleotide polymorphism; Bos indicus; Sequence analysis; Cattle.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033982
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Instruções para uso do Open Grid Engine no Laboratório Multiusuário de Bioinformática. Infoteca-e
CINTRA, L. C..
O presente trabalho tem sua relevância no treinamento dos recursos humanos que estão atuando no âmbito de projetos da Embrapa que exigem o processamento intenso e, por isso, demandam recursos computacionais especiais para a obtenção de seus resultados. No entanto, problemas similares ocorrem em outras organizações de ensino e pesquisa no País; e a discussão apresentada pode ser útil também para profissionais dessas, que queiram ampliar a sua capacidade de processamento utilizando clusters computacionais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Processamento de dados biológicos; Cluster; Bioinformatics.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066147
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Métodos, procedimentos e técnicas utilizadas na construção de AgroTIC. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; NAKAI, A. M.; CORREA, J. L..
Arquiteturas computacionais aplicáveis a problemas científicos. Arquitetura altamente escalável.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Tecnologia da informação; Inovação; Transferência de tecnologia; Information technology; Technology transfer; New technology.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010741
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Next generation sequencing and de novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/976509
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POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. Repositório Alice
HONGO, J. A.; CASTRO, G. M. de.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P..
Abstract: Background: Detection of genes evolving under positive Darwinian evolution in genome-scale data is nowadays a prevailing strategy in comparative genomics studies to identify genes potentially involved in adaptation processes. Despite the large number of studies aiming to detect and contextualize such gene sets, there is virtually no software available to perform this task in a general, automatic, large-scale and reliable manner. This certainly occurs due to the computational challenges involved in this task, such as the appropriate modeling of data under analysis, the computation time to perform several of the required steps when dealing with genome-scale data and the highly error-prone nature of the sequence and alignment data structures needed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Potion; Evolução Darwiniana; Comparative genomics; Positive selection; Gene; Fenótipo; Pesquisa; Genomics; Phylogeny; Genes; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027912
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Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequenciamento de genoma; Bioinformática; Bos indicus; Genome assembly; Bioinformatics; Nellore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974758
Registros recuperados: 24
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