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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. Repositório Alice
NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; SCHENKEL, F. S.; SÖLKNER, J.; MCEWAN, J. C.; VAN TASSELL, C. P.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; QUEIROZ, S. A.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nellore cattle; Genomic selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/987574
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Assessment of autozygosity in Nellore cows (Bos indicus) through high-density SNP genotypes. Repositório Alice
ZAVAREZ, L. B.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H.; CARVALHEIRO, R.; FERENCAKOVIC, M.; O'BRIEN, A. M. P.; CURIK, I.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Cattle; Disease resistance; Fertility; Runs of homozygosity; Selection.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036982
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Copy number variation in dairy cattle using next-generation sequencing. Repositório Alice
CHUD, T. C. S.; BICKHART, D. M.; ZERLOTINI NETO, A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P..
Gene copy number variants (CNV) have been shown to be associated with several production traits in dairy cattle; however, the detection and validation of CNVs in crossbred cattle is currently lacking. In order to provide a basis for future association studies, we sought to identify CNV regions (CNVRs) within the Girolando composite breed resulting from a mating of the Holstein (taurine) and Gir (indicine) breeds. A read depth method was performed using CNVnator software on NGS data from two Girolando, two Gir and ten Holstein bulls. The individual CNVs were merged into CNVRs based on genomic regions overlapping by at least 1 bp. In total, we identified a composite of 1,286 CNVRs (520 deletions, 255 duplications, 511 mixed) on the genomes of all samples. We...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Copy number variants; Gado; Cattle; Composite breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086860
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Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle Repositório Alice
UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F..
2014
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Race Nellore; Nellore cattle - reproductive performance; Gado de corte; Raça Canchim.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986515
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Genomic selection in multi-breed dairy cattle populations. Repositório Alice
COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract Genomic selection has been a valuable tool for increasing the rate of genetic improvement in purebred dairy cattle populations. However, there also are many large populations of crossbred dairy cattle in the world, and multi-breed genomic evaluations may be a valuable tool for improving rates of genetic gain in those populations. Multi-breed models are an extension of single-breed genomic models in which a genomic relationship matrix is used to account for the breed origin of alleles in the population, as well as allele frequency differences between breeds. Most studies have found little benefit from multi-breed evaluations for pure breeds that have large reference populations. However, breeds with small reference populations may benefit from...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Crossbred cattle; Crossbreeding; Genomic evaluation; Multi-breed populations.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1062494
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Identificação de CNVs associados com características reprodutivas e produtivas em animais Gir Leiteiro. Repositório Alice
CARMO, A. S. do; OLIVEIRA JÚNIOR, G. A. de; CHUD, T. de O. S.; PANETTO, J. C. do C.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de leite; Genômica; Produção; Reprodução; Variação no número de cópias.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041387
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/ deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Potential genomic markers; Important traits; Single nucleotide variations; Genetic variants.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072234
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. da.
bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Molecular mechanisms; Raças bovinas; Genomic markers; Sires.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069769
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide variations; Important traits; Genetic variants; Gado; Variação genética; Genome; Single nucleotide polymorphism; Cattle breeds.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086824
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