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A genome-wide scan shows evidence for local adaptation in a widespread keystone Neotropical forest tree. Repositório Alice
COLLEVATTI, R. G.; NOVAES, E.; SILVA JUNIOR, O. B. da; VIEIRA, L. D.; LIMA-RIBEIRO, M. S.; GRATTAPAGLIA, D..
Na publicação: Orzenil B. Silva-Junior.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Conservation genomics; Genetic variation.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110632
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Design and evaluation of a sequence capture systemfor genome-wide SNP genotyping in highly heterozygous plant genomes: a case studywith a keystone Neotropical hardwood tree genome. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
Na publicação: Orzenil Bonfim Silva-Junior.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Target enrichment; Sequence capture; SNPs; Handroanthus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099287
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Development and characterization of new microsatellites for Eugenia dysenterica DC (Myrtaceae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; SILVA, J. B.; RESENDE, L. V.; VIANELLO, R. P.; CHAVES, L. J.; SOARES, T. N.; COLLEVATTI, R. G..
Microsatellite markers were developed for population genetic analyses of the Neotropical tree Eugenia dysenterica DC (Myrtaceae), after construction of a shotgun genomic library for microsatellite discovery. Nine primers were designed, of which 5 yielded amplified product. These primers were polymorphic for 97 individuals collected in 3 distinct localities. The number of alleles per locus (primer) ranged from 3 to 11 and expected heterozygosities varied from 0.309 to 0.884. The probability of locus identity was ~1.88 x 10-4 and the probability of paternity exclusion was ~0.9367. The 5 microsatellite primer pairs may be suitable for population genetic studies such as parentage and fine-scale genetic analyses of this species.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Fruta tropical; Cerrado; Cagaita; Marcador molecular; Variação genética; Genetic variation; Microsatellite repeats.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/978390
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Development of microsatellite markers for Hoplias malabaricus (Erythrinidae). Repositório Alice
GONDIM, S. G. C. A.; RESENDE, L. V.; BRONDANI, R. P. V.; COLLEVATTI, R. G.; SILVA-JÚNIOR, N. J.; PEREIRA, R. R.; TELLES, M. P. C..
We identified 14 microsatellite loci for the wolf fish, Hoplias malabaricus (Erythrinidae), from a genomic shotgun library. Twenty-five primers were designed, and 48 individuals of H. malabaricus from four localities of northwest Goiás, in central Brazil, were genotyped to characterize the polymorphism at each locus. Fourteen primers amplified clearly interpretable products using a single PCR protocol; six loci were polymorphic, but with a low number of alleles per locus (2 or 3). Expected heterozygosities for polymorphic loci ranged from 0.136 to 0.505. Combined paternity exclusion probability (0.638) was low and combined genetic identity (0.056) was high in studies of parentage. The low polymorphism may be due to the small microsatellite size and the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Microssatélite; Cerrado; Traira; Hoplias malabaricus; Marcador molecular.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/862333
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Development of microsatellite markers for the endangered neotropical tree species Tibouchina papyrus (Melastomataceae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; PEIXOTO, F. P.; LIMA, J. S.; RESENDE, L. V.; VIANELLO, R. P.; WALTER, M. E. M. T.; COLLEVATTI, R. G..
We isolated and characterized 12 microsatellite loci for Tibouchina papyrus (Melastomataceae), an endangered species with narrow and disjunct range, endemics to a few localities in ?cerrado rupestre? from Central Brazil. These microsatellites were obtained by sequencing of a genomic shotgun library for primer design. Leaves from 96 individuals collected in the three known local populations were genotyped using the 12 primers designed to analyze the polymorphisms at each locus. The number of alleles per locus ranged from one to six; two loci were monomorphic. Among the polymorphic loci, expected heterozygosities ranged from 0.161 to 0.714. Combined paternity exclusion probability was 0.957 and combined genetic identity (0.051) was high for studies on...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Tibouchina papyrus; Pau-papel; Cerrado; Árvore.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/882313
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Dismantling Brazil's science threatens global biodiversity heritage. Repositório Alice
FERNANDES, G. W.; VALE, M. M.; OVERBECK, G. E.; BUSTAMANTE, M. M. C.; GRELLE, C. E. V.; BERGALLO, H. G.; MAGNUSSON, W. E.; AKAMA, A.; ALVES, S.; AMORIM, A.; ARAÚJO, J.; BARROS, C. F.; BRAVO, F.; CARIM, M. J. V.; CERQUEIRA, R.; COLLEVATTI, R. G.; COLLI, G. R.; CUNHA, C. N. da; D’ANDREA, P. S.; DIANESE, J. C.; DINIZ, S.; ESTRELA, P. C.; FERNANDES, M. R. M.; FONTANA, C. S.; GIACOMIN, L. L.; GUSMÃO, L. F. P.; JUNCÁ, F. A.; LINS-E-SILVA, A. C. B.; LOPES, C. R. A. S.; LORINI, M. L.; QUEIROZ, L. P. de; MALABARBA, L. R.; MARIMON, B. S.; MARIMON JUNIOR, B. H.; MARQUES, M. C. M.; MARTINELLI, B. M.; MARTINS, M. B.; MEDEIROS, H. F. de; MENIN, M.; MORAIS, P. B. de; MUNIZ, F. H.; NECKEL-OLIVEIRA, S.; OLIVEIRA, J. A. de; OLIVEIRA, R. P.; PEDRONI, F.; PENHA, J.; PODGAISKI, L. R.; RODRIGUES, D. J.; SCARIOT, A.; SILVEIRA, L. F.; SILVEIRA, M.; TOMAS, W. M.; VITAL, M. J. S.; PILLAR, V. D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Biodiversity research network; Global environmental commitments; Political and fiscal crisisa.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080619
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Estrutura genética e fluxo gênico em populações de pequizeiro (caryocar brasiliense Camb., Cariocaraceae) utilizando microssatélites: implicações para conservação. Repositório Alice
COLLEVATTI, R. G.; GRATTAPAGLIA, D.; HAY, J. D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Caracterização biológica.
Ano: 1998 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189170
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Estrutura genética espacial em população natural de Annona crassiflora Mart. (Annonaceae) do cerrado. Repositório Alice
GOUVEIA, F. O.; COLLEVATTI, R. G.; TELLES, M. P. C.; BORBA, T. C. O.; SOARES, T. N..
O objetivo desse estudo foi estimar o nível de diversidade genética e estrutura genética espacial dentro de uma população de A. crassiflora.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Diversidade genética; Araticum; Annona crassiflora; Fruta tropical; Genética; Cerrado.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/857912
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Estrutura genética espacial intrapopulacional em Annona crassiflora Mart. (Annonaceae). Repositório Alice
GOUVEIA, F. O.; COLLEVATTI, R. G.; TELLES, M. P. de C.; BORBA, T. C. de O.; SOARES, T. N..
O objetivo desse estudo foi estimar o nível de diversidade genética e a estrutura genética espacial dentro de uma população de A. crassiflora.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Araticum; Annona crassiflora; Genética.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/886064
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Genome assembly of the Pink Ipê (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), a highly valued, ecologically keystone Neotropical timber forest tree. Repositório Alice
SILVA-JUNIOR, O. B.; GRATTAPAGLIA, D.; NOVAES, E.; COLLEVATTI, R. G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Heterozygous genome; RNA-Seq; Quinoids; Transposable elements; Bignoniaceae.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085131
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Isolation and characterization of microsatellite markers in the armored catfish Hypostomus gymnorhynchus (Loricariidae). Repositório Alice
TELLES, M. P. C.; RESENDE, L. V.; BRONDANI, R. P. V.; COLLEVATTI, R. G.; COSTA, M. C.; SILVA JÚNIOR, N. J..
We isolated and characterized 10 microsatellite loci in the armored catfish (Hypostomus gymnorhynchus, Loricariidae), using a genomic shotgun library to obtain the repetitive sequences. Twenty-four primers were designed and 14 individuals of H. gymnorhynchus from the Caiapó River, in central Brazil, were genotyped using these primers to analyze the polymorphism at each locus. All loci showed low polymorphism, with a low number of alleles per locus (1 or 2), except locus Hg_E19, which had 11 alleles. Expected heterozygosities for polymorphic loci ranged from 0.182 to 0.901. Combined paternity exclusion probability (0.857) was low and combined genetic identity (0.0026) was high, when we examined parentage. The low degree of polymorphism that we detected may...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Hypostomus gymnorhynchus; Microsatélite; Cerrado; Catfish.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/862340
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Objetivou-se identificar raças fisiológicas, com base em séries diferenciadoras, e linhagens, com base em marcadores microssatélites, em uma população de M. oryzae do sul do Brasil. Repositório Alice
ARAÚJO, L. G.; CARVALHO, J. C. B.; LUZINI, A. P.; COLLEVATTI, R. G.; SOUSA, K. C. I.; SILVA, C. D. S.; OLIVEIRA, R. D. S.; FILIPPI, M. C. C..
O objetivo do trabalho foi diferenciar morfologica, enzimatica e molecularmente os rizoctonioides micorrízicos dos fitopatogênicos.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Fungo.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/993221
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The program for biodiversity research in Brazil: The role of regional networks for biodiversity knowledge, dissemination, and conservation. Repositório Alice
ROSA C.; BACCARO, F.; CRONEMBERGER, C.; HIPÓLITO, J.; BARROS, C. F.; RODRIGUES, D. de J.; NECKEL-OLIVEIRA, S.; OVERBECK, G. E.; DRECHSLER-SANTOS, E. R.; ANJOS, M. R. dos; FERREGUETTI, A. C.; AKAMA, A.; MARTINS, M. B.; TOMAS, W. M.; SANTOS, S. A.; FERREIRA, V. L.; CUNHA, C. N. da; PENHA, J.; PINHO, J. B. de; SALIS, S. M.; DORIA, C. R. da C.; PILLAR, V. D.; PODGAISKI, L. R.; MENIN, M.; BÍGIO, N, C.; ARAGÓN, S.; MANZATTO, A. G.; VÉLEZ-MARTIN, E.; SILVA, A. C. B. L. e; IZZO, T. J.; MORTATI, A. F.; GIACOMIN, L. L.; ALMEIDA, T. E.; ANDRÉ, T.; SILVEIRA, M. A. P. de A.; SILVEIRA, A. L. P. da; MESSIAS, M. R.; MARQUES, M. C. M.; PADIAL, A. A.; MARQUES, R.; BITAR, Y. O. C.; SILVEIRA, M.; MORATO, E. F.; PAGOTTO, R. de C.; STRUSSMANN, C.; MACHADO, R. B.; AGUIAR, L. M. de S.; FERNANDES, G. W.; OKI, Y.; NOVAIS, S.; FERREIRA, G. B.; BARBOSA, F. R.; OCHOA, A. C.; MANGIONE, A. M.; GATICA, A.; CARRIZO, M. C.; RETTA, L. M.; JOFRÉ, L. E.; CASTILLO, L. L.; NEME, A. M.; RUEDA, C.; TOLEDO, J. J. de; GRELLE, C. E. V.; VALE, M. M.; VIEIRA, M. V.; CERQUEIRA, R.; HIGASHIKAWA, E. M.; MENDONÇA, F. P. de; GUERREIRO, Q. L de M.; BANHOS, A.; HERO, JEAN-MARC; KOBLITZ, R.; COLLEVATTI, R. G.; SILVEIRA, L. F.; VASCONCELOS, H. L.; VIEIRA, C. R.; COLLI, G. R.; CECHIN, S. Z.; SANTOS, T. G. dos; FONTANA, C. S.; JARENKOW, J. A.; MALABARBA, L. R.; RUEDA, M. P. R.; ARAUJO, P. A.; PALOMO, L.; ITURRE, M. C.; BERGALLO, H. G.; MAGNUSSON, W. E..
The Program for Biodiversity Research (PPBio) is an innovative program designed to integrate all biodiversity research stakeholders. Operating since 2004, it has installed long-term ecological research sites throughout Brazil and its logic has been applied in some other southern-hemisphere countries. The program supports all aspects of research necessary to understand biodiversity and the processes that affect it. There are presently 161 sampling sites (see some of them at Supplementary Appendix), most of which use a standardized methodology that allows comparisons across biomes and through time. To date, there are about 1200 publications associated with PPBio that cover topics ranging from natural history to genetics and species distributions. Most of the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Biodiversidade; Conservação; Meio Ambiente; Desenvolvimento Sustentável; Environmental control systems; Environmental sustainability; Sustainable development.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1133970
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Transferability of microsatellite loci from Cervidae species to the endangered Brazilian marsh deer, Blastocerus dichotomus. Repositório Alice
LEITE, K. C. E.; COLLEVATTI, R. G.; MENEGASSO, T. R.; TOMAS, W. M.; DUARTE, J. M. L..
Blastocerus dichotomus, the marsh deer, is the largest Brazilian Cervidae species. The species is endangered because of hunting and loss of its natural habitat, i.e., flood plain areas, because of hydroeletric power station construction and agricultural land expansion. In the present study we tested 38 microsatellite loci from four Cervidae species: Odocoileus virginianus (7), Rangifer tarandus (17), Capreolus capreolus (7), and Mazama bororo (7). Eleven loci showed clear amplification, opening a new perspective for the generation of fundamental population genetic data dor devising conservation strategies for B. dichtomus.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Blastocerus Dichotomus.; Cervidae..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/812435
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Variabilidade genética em progênies de pequizeiro provenientes de oito regiões do Cerrado brasileiro. Repositório Alice
MOURA, N. F.; CHAVES, L. J.; AGUIAR, A. V. de; COLLEVATTI, R. G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Análise molecular; Diversidade genética.; Caryocar Brasiliense; Pequi..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1020009
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