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A high-throughput data mining of single nucleotide polymorphisms in Coffea species expresed sequence tags suggests differential homeologous gene expression in the allotetrapoloid Coffea arabica. Repositório Alice
VIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
Polyploidization constitutes a common mode of evolution in flowering plants. This event provides the raw material for the divergence of function in homeologous genes, leading to phenotypic novelty that can contribute to the success of polyploids in nature or their selection for use in agriculture. Mounting evidence underlined the existence of homeologous expression biases in polyploid genomes; however, strategies to analyze such transcriptome regulation remained scarce. Important factors regarding homeologous expression biases remain to be explored, such as whether this phenomenon influences specific genes, how paralogs are affected by genome doubling, and what is the importance of the variability of homeologous expression bias to genotype differences....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880492
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An EST-based analysis identifies new genes and reveals distinctive gene expression features of Coffea arabica and Coffea canephora. Repositório Alice
MONDEGO, J. M. C.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; TOKUDA, E. K.; PARIZZI, L. P.; COSTA, G. G. L.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, G. A. G..
2011
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genoma; Café arabica; Coffea canephora; Coffea arabica; Genes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902404
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Análises moleculares de bactérias e fungo em cana-de-açúcar. Repositório Alice
CARVALHO, V. C.; SAWAZAKI, H. E.; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; SENGER, M. M. M.; SA, L. A. N. de; VEGA, R. F. A.; ALCÂNTARA, M. Q.; COLOMBO, C. A..
RESUMO: A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do Brasil, que é o maior produtor mundial de açúcar e álcool. A cultura da cana-de-açucar é extremamente vulnerável a doenças devido ao sistema de propagação por toletes facilitar a disseminação dos patógenos, uma vez que os colmos mesmo infectados podem não apresentar sintomas. A propagação dessas doenças em monoculturas em grandes áreas facilita as epidemias, sendo importante para o plantio de mudas sadias, métodos para a detecção precoce de doenças. Dentre as doenças mais importantes em cana-de-açúcar, são conhecidas as causadas por bactérias como a Leifsonia xyli subsp.xyli, agente causal do Raquitismo-da-soqueira ou ?ratoon stunting disease? (RSD) e a Xanthomonas albilineans, responsável pela...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análises moleculares; Bactéria; Fungo; Cana-de-açúcar; Escaldadura.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/919067
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Repositório Alice
VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
bitstream/item/177955/1/ID-26742-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149
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Caracterização agro-morfológica de acessos elite de mamona (Ricinus communis) do banco de germoplasma do Instituto Agronômico de Campinas. Repositório Alice
VENANCIO, M. M. H.; KIIHL, T. A. M.; SIMON, R. de A.; PUTTINI, F. de A.; NICOMEDES JÚNIOR, J.; COLOMBO, C. A..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: MAMONA; MELHORAMENTO GENÉTICO; RICINUS COMMUNIS L.; SUSTENTABILIDADE; AGRICULTURA FAMILIAR.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943219
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Caracterização de linhagens comerciais de café através de marcadores moleculares. Repositório Alice
SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO-FILHO, O.; COLOMBO, C. A..
Estudos sobre a diversidade genética de espécies com finalidade de melhoramento genético representam importante preocupação dos melhoristas. Diversas técnicas moleculares têm permitido revelar uma diversidade genética presente no genoma que até então era desconhecida pelos cientistas. Muitas espécies de interesse agronômico têm sido alvo de estudos que abordam a diversidade genética em nível molecular. De uma maneira geral, os resultados obtidos a partir do uso dos marcadores têm sido bastante satisfatórios, principalmente para aquelas espécies que apresentam ampla base genética e insuficiente número de descritores botânicos para diferenciação de genótipos, como é o caso da mandioca. A base genética formada pelos cultivares de C. arabica, principal espécie...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Marcadores moleculares; Variabilidade genética.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902634
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Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. Repositório Alice
PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A..
Mapas genéticos com base em marcadores moleculares têm sido desenvolvidos em grande número de plantas como uma estratégia eficaz para seleção assistida pelo marcador. No presente estudo, marcadores AFLP e SSR foram utilizados para construção de um mapa genético em uma população F2 criada a partir da autofecundação do híbrido F1 do cruzamento entre Coffea arabica e Coffea canephora. Foram identificados 349 marcadores AFLP e 50 alelos SSR segregantes em 90 plantas F2. Para construção do mapa, apenas marcas em dose única e segregação 3:1 no F2 foram consideradas (248 marcadores AFLP e SSR 27 alelos, ou 68,9% dos marcadores polimórficos). Cento e sessenta e nove marcadores foram mapeados (155 AFLP e 14 SSR). Trinta e sete grupos ligação correspondentes a um...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Melhoramento genético; Café; Melhoramento genético; Seleção assistida; Marcador molecular.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903744
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Genetic diversity in cultivated carioca common beans based on molecular marker analysis. Repositório Alice
PERSEGUINI, J. M. C. K.; CHIORATTO, A. F.; ZUCCHI, M. I.; COLOMBO, C. A.; CARBONELL, S. A. M.; MONDEGO, J. M. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; CAMPOS, T. de; SOUZA, A. P. de; RUBIANO, L. B..
A wide array of molecular markers has been used to investigate the genetic diversity among common bean species. However, the best combination of markers for studying such diversity among common bean cultivars has yet to be determined. Few reports have examined the genetic diversity of the carioca bean, commercially one of the most important common beans in Brazil. In this study, we examined the usefulness of two molecular marker systems (simple sequence repeats - SSRs and amplified fragment length polymorphisms - AFLPs) for assessing the genetic diversity of carioca beans. The amount of information provided by Roger?s modified genetic distance was used to analyze SSR data and Jaccards similarity coefficient was used for AFLP data. Seventy SSRs were...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcador microssatélite; Feijão carioca; Melhoramento genético vegetal; Feijão; Phaseolus vulgaris; Variação genética; Marcador genético; Polimorfismo genético; Plant breeding; Beans; Genetic variation; Genetic markers; Microsatellite repeats; Genetic polymorphism; Fitomejoramiento; Frijoles; Variación genética; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902577
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Molecular diagnosis optimization of virus, bacteria and fungi in sugarcane. Repositório Alice
SAWAZAKI, H. E.; SA, L. A. N. de; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; VEIGA, R. F. A.; COLOMBO, C. A..
Abstract: Aiming at optimizing the diagnosis of major sugarcane diseases by PCR, primers were developed (scald, orange rust) and amplified fragments according to the literature were used as positive control, such as those caused by: 1 - Bacteria, (ratoon stunting and leaf scald) 2 - Viruses, (yellow leaf, mosaic, mosaic streak and fijivirus) 3-Fungus, (smut, orange rust and curvularia). For diseases with long latency period (leaf scald, ratoon stunting, yellow leaf, mosaic, fijivirus, smut and orange rust), primers were designed for real time PCR. For testing, infected leaves, fungal colonies, amplified DNA fragment or 40 seedlings were used. Real time PCR analyses have enabled the detection of sugarcane samples with highest dilution of DNA. The pair of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Leaf scald; PCR; Cana de açúcar; Doença de planta; Diagnóstico; Bactéria; Vírus; Fungo; Escaldadura; Ferrugem alaranjada; Plant diseases and disorders; Sugarcane; Ratoon stunting disease; Scald diseases; Sugarcane yellow leaf virus; Sugarcane streak virus; Fijivirus; Smut diseases; Rust diseases; Curvularia; Polymerase chain reaction.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/963146
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Novos marcadores para fins de mapeamento e localização de QTLs a partir de PCR-RFLP de genes de genoma café brasileiro. Repositório Alice
COLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
O mapeamento genético é uma das estratégias mais visadas para fins de melhoramento genético e ganha maior importância a partir do surgimento de marcadores do tipo SNPs ou INDELs, facilitado pelos projetos genomas, sobretudo de ESTs. Assim, análises in silico de busca de polimorfismo SNPs em seqüências relacionadas com qualidade de bebida e derivadas de C.arabica e C.canephora foram analisadas e o polimorfismo entre as duas espécies validado para seis genes (quatro proteases e dois de sacarose) a partir de estudos de laboratório utilizando a técnica PCR-RFLP. Para tanto, após confirmação do polimorfismo nas duas espécies parentais, foram genotipadas 90 plantas F2 derivadas da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora 4x....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp; Qualidade de bebida; Seleção assistida; Enzimas de restrição; ESTs; Gene candidato.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903748
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Obtenção de marcadores moleculares por meio de PCR-RFLP de genes relacionados com qualidade em café. Repositório Alice
VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E..
A qualidade de bebida do café é fator fundamental para sua comercialização, pois agrega valor ao produto, garantindo maior competitividade e melhores preços no mercado. A composição química do café é um dos fatores que determinam a qualidade da bebida. Seu sabor e seu aroma são resultantes da presença combinada de vários constituintes, dentre os quais os ácidos clorogênicos, os diterpenos e os açúcares. O objetivo deste trabalho foi buscar polimorfismos a partir de PCR-RFLP utilizando primers baseados em sequências ESTs de genes relacionados com a qualidade de bebida. Para isso foi utilizado o DNA de uma população F2 formada a partir da autofecundação de um híbrido interespecífico de Coffea arabica e C. canephora. Os resultados revelaram um total de doze...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp; Composto químico; Enzima de restrição; ESTs; Gene candidato; Qualidade de bebida.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903598
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Otimização da diagnose molecular de vírus, bactéria e fungo em cana-de-açúcar. Repositório Alice
SAWAZAKI, H. E.; SÁ, L. A. N. de; ALCÂNTARA, M. Q.; POLEZ, V. L. P.; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; VEIGA, R. F. A.; COLOMBO, C. A..
RESUMO: Visando à otimização da diagnose molecular de plântulas de cana-de-açúcar, tentou-se desenvolver iniciadores específicos para escaldadura e ferrugem alaranjada, assim como a comparação da PCR comum e a PCR em Tempo Real (PCR/TR) de maior resolução, importante para doenças com grande período de latência, como as causadas por: 1- Bactérias, (a) raquitismo-da-soqueira (Leifsonina xyli subsp. Xyli) e (b) escaldadura (Xanthomonas aibilineans); 2- Vírus, (a) amarelinho (Sugarcane Yellow Leaf Vírus); (b) mosaico (Sugarcane Mosaic Vírus) e (c) fijivirus (Fiji disease vírus); 3- fungo, (a) carvão (Sporisorium scitamineum) e (b) ferrugem alaranjada (Puccinia kuehnii). As plântulas foram obtidas do quarentenário do IAC. Os iniciadores da literatura para...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Raquitismo-da-soqueira; Amarelinho; Mosaico; Fijivirus; Carvão; Ferrugem alaranjada; Análises moleculares.; Cana-de-açúcar; Bactéria; Vírus; Escaldadura; Sugarcane; Plant diseases and disorders.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920985
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Transcriptional profile of genes involved in the byosynthesis of phytate and ferritin in coffea. Repositório Alice
NOBILE, P. M.; QUECINI, V.; BAZZO, B.; QUITERIO, G.; MAZZAFERA, P.; COLOMBO, C. A..
The present work aimed to study the control of the biosynthesis of the antinutritional factor phytate and its associated Fe-rich protein family, ferritin, in coffee. Phytate has the ability to chelate Fe, making it unavailable to human absorption. The Coffea genome databases were queried for genes associated with phytate metabolism and ferritin genes. The genetic framework for phytate biosynthesis and its reverse pathway was identified in silico analyses and indicate that Coffea phosphatidyl inositol kinase and monophosphatase families play nonredundant roles in phytate metabolism. The transcriptional profiles of phytate biosynthesis key-genes MYO-INOSITOL(3)P1 SYNTHASE, two genes coding for PHOSPHATIDYL INOSITOL KINASE, and three FERRITIN genes were...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Fator anti-nutricional; Ferritina; Fitato; Café; Biologia; Genética; Ferro.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/854944
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