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A brazilian soybean database. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
Soybean is a legume with large economic importance in the international market, with a world production of almost two hundred and ten million tons in the 2008/2009 harvest. Brazil appears as the second largest producer, with about twenty-five percent of the world production. In 2007, the Brazilian Soybean Genome Consortium (GENOSOJA) was established with the goal of integrating several institutions currently working with soybean genomics in Brazil. The project has an initiative to search for new treats to improve the soybean production process, emphasizing in stresses that affect the national production, like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian Rust disease. Among the objectives of GENOSOJA is the creation of a relational database,...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Soybean.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/874417
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A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
The Genosoja consortium is an initiative to integrate different omics research approaches carried out in Brazil. Basically, the aim of the project is to improve the plant by identifying genes involved in responses against stresses that affect domestic production, like drought stress and Asian Rust fungal disease. To do so, the project generated several types of sequence data using different methodologies, most of them sequenced by next generation sequencers. The initial stage of the project is highly dependent on bioinformatics analysis, providing suitable tools and integrated databases. In this work, we describe the main features of the Genosoja web database, including the pipelines to analyze some kinds of data (ESTs, SuperSAGE, microRNAs, subtractive...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Bioinformática; Expressão genética; Soja; Gene; Soybeans; Genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/926586
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An EST-based analysis identifies new genes and reveals distinctive gene expression features of Coffea arabica and Coffea canephora. Repositório Alice
MONDEGO, J. M. C.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; TOKUDA, E. K.; PARIZZI, L. P.; COSTA, G. G. L.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, G. A. G..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Café arabica.; Coffea Arábica; Coffea Canephora; Genoma.; Genes..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/902404
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Bioinformatics analysis applied to genosoja project. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
Soybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/894410
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Repositório Alice
VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149
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CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. Repositório Alice
HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A..
PRESENTATION: The National Consortium for Bioinformatics (CNBi) is a multidisciplinary center dedicated to research, development, management and technical support on questions arising from bioinformatics. It was created by a joint effort between three laboratories from São Paulo state in Brazil: the Genomic and Expression Laboratory (UNICAMP), Applied Bioinformatics Laboratory (EMBRAPA/CNPTIA) and National Laboratory of Biosciences (LNBio), and is organized as a distributed center inside the mentioned laboratories. MISSION: As a national center for bioinformatics, CNBi´s mission is the generation of new biotechnological information and advanced methods of computer-based information processing. Moreover it intends to act in the field of genomics, proteomics...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; National Consortium for Bioinformatics.; Base de Dados.; Bioinformatics; Databases.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868494
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Elaeis oleifera genome draft - genomics of american oil palm. Repositório Alice
LIMA, R. S.; LOBO, F. P.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; RODRIGUES, E. L. de C.; ALVES, A. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SOUZA JUNIOR, M. T.; FORMIGHIERI, E. F..
In that scenario, Embrapa Agroenergy is making efforts to improve bioenergy generation and accelerate selection of superior genotypes, through NGS and large-scale genotyping technologies. Some colleagues have already estimated of Elaeis species genome size using flow cytometry, and in parallel, we sequenced one lane of Illumina HiSeq 2000 for three E. oleifera and one E. guineensis accessions, for initial comparison.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genoma de palmeira; Óleo de palma.; Elaeis Guineensis.; Palm oils; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946637
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Expressão gênica durante a biossíntese dos ácidos graxos em sementes de R. communis L. E J. curcas L. Repositório Alice
LIMA, A. da C.; COSTA, G. G. L.; CARDOSO, K. C.; NICOMEDES JUNIOR, J.; DOMONT, G. B.; CUNHA, M. A.; CAMPOS, F. de A. P.; SILVA, M. J. da.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Expressão Gênica.; Ácido Graxo; Jatropha Curcas; Ricinus Communis; Semente..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/855281
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Genotipagem de cultivares brasileiros de soja através da detecção de SNPs. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C.; VIDAL R. O.; MONDEGO, J. M. C.; COSTA, G. G. L.; JUNIOR, O. R.; RODRIGUES, F.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
A soja é um dos principais produtos da balança comercial brasileira, respondendo por mais de 10% do total das exportações do país. No ano de 2007, o governo brasileiro estabeleceu um consórcio de pesquisas em soja ? denominado GENOSOJA ? com o objetivo de identificar características genéticas que possam facilitar o processo produtivo da planta, com foco nos diversos estresses que acometem a produção nacional, como a ocorrência de secas, o ataque de pragas e a doença da ferrugem asiática. Entre os objetivos do consórcio está a geração de sequências de DNA e mRNA de cultivares brasileiros selecionados em programas de melhoramento. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs; single nucleotide polymorphisms) são diferenças de uma base entre as sequências de DNA...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Biotecnologia..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/928160
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The genome projects of the closely related cacao pathogens Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa. Repositório Alice
CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; R. JÚNIOR, O.; NASCIMENTO, L. C.; TEIXEIRA, P. J.; TIBURCIO, R. A.; MONDEGO, J. M. C.; PEREIRA, G. A. G..
The basidiomycetes Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa are the etiologic agents of the two most devastating diseases in cacao (Theobroma cacao ): frosty pod rot and the witches? broom, respectively. The species are very closely related and even hybrid cells have been previously obtained. In cacao, both species infect pods, causing necrosis, and M. perniciosa is also able to invade other tissues causing changes in plant metabolisms, such as hyperplasia and hypertrophy. In order to understand the molecular basis of these organisms, we sequenced the genome of these two species. We also obtained transcriptomic data (RNA-seq) in several different conditions including the interaction between cacao and both pathogens. This work reports a pipeline...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Patógenos do cacau.; Genoma; Theobroma Cacao.; Moniliophthora roreri; Moniliophthora perniciosa; Genome..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868507
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