SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...

Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.

Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....

Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore.

Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395

DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..

2014

Avaliação de diferentes métodos de estimativa da radiação solar com base na temperatura do ar para o município de Serra Talhada - PE.

Palavras-chave: ABC; Bos indicus; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Bovino; Nelore.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1002861

DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; BARBOSA, M. L.; MORAIS, J. E. F. de; MOURA, M. S. B. de; FERREIRA, J. M. da S..

Objetivou-se avaliar três modelos empíricos de estimativa da radiação solar(Rs), a partir de dados de temperatura do ar para o município de Serra Talhada, região semiárida do Vale do Pajeú, Pernambuco.

Avaliação do método de Penman Monteith FAO 56 com dados faltosos e de métodos alternativos na estimativa da evapotranspiração de referência no Submédio Vale do São Francisco.

Palavras-chave: Vale do Pajeú; Temperatura do ar; Método de Hargreaves; Método de Angstrom; Método de Bristow; Método de Campbel; Recurso natural; Temperatura; Clima; Radiação solar; Natural reesource; Climatic.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027186

MORAIS, J. E. F. de; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, C. A. A. de.

Objetivou-se avaliar o desempenho do método Penman Monteith parametrizado no boletim 56 da FAO (PM-FAO56) com ausência de dados, e de métodos alternativos para a estimativa da evapotranspiração de referência no Submédio Vale do São Francisco. Foram utilizadas as variáveis meteorológicas do período de março de 2003 a abril de 2008, de cinco estações automáticas pertencentes à rede da Embrapa Semiárido. Na avaliação desse método foram consideradas diferentes combinações quanto à ausência de medição de variáveis meteorológicas (saldo de radiação, radiação solar global, temperatura e umidade relativa do ar, e velocidade do vento), e os métodos alternativos de Hargreaves e Samani, Jensen e Haise e Makkink. O desempenho foi analisado por meio de índices e erros...

Calibração do modelo de Hargreaves para a estimativa da evapotranspiração de referência em Campina Grande, PB.

Palavras-chave: Dados meteorológicos; Manejo de irrigação; Semiárido; Vale do São Francisco; Evapotranspiração; Clima; Climatic; Irrigation management.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1044791

DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; BARBOSA, M. L.; MOURA, M. S. B. de; LIMA, L. R..

Objetivou-se com estetrabalho avaliar o desempenho do modelo de Hargreaves para estimativa da evapotranspiração de referência (ETo) nas condições climáticas do município de Campina Grande, PB.

Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle.

Palavras-chave: Temperatura; Método Hargreaves; Evapotranspiração de referência; Recurso natural; Clima; Agrometeorologia; Climate; Temperate climate.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027183

DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.

Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness.

Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; Systems biology.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630

DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.

Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle.

Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; System biology.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848

OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A..

Fatty acid (FA) content affects the sensorial and nutritional value of meat and plays a significant role in biological processes such as adipogenesis and immune response. It is well known that, in beef, the main FAs associated with these biological processes are oleic acid (C18:1 cis9, OA) and conjugated linoleic acid (CLA-c9t11), which may have beneficial effects on metabolic diseases such as type 2 diabetes and obesity. Here, we performed differential expression and co-expression analyses, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) and partial correlation with information theory (PCIT), to uncover the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in skeletal muscle associated with FA content. miRNA and mRNA expression data were...

Demanda hídrica bruta da Palma Forrageira em cenários futuros de mudanças climáticas no Estado de Pernambuco.

Palavras-chave: Ácido linoleico conjugado; Ácido oleico; Ácidos graxos; Genômica; Redes de co-expressão; Integrative genomics; MRNA; MiRNA; Bos Indicus; Gado de Corte; Beef cattle; Conjugated linoleic acid; Oleic acid.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110820

BEZERRA, S. A. de F.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; QUEIROZ, M. G. de.

Objetivou-se avaliar a demanda de água de irrigação da palma forrageira em cenários futuros B2 e A2 de temperatura do ar, projeções dos níveis de precipitação pluviométrica e de dióxido de carbono (CO2) em Pernambuco. Foram utilizados 292 postos de observação de Pernambuco e Estados circunvizinhos com dados observados e estimados. Consideraram-se projeções de aumento e redução de 10 e 20% da precipitação pluviométrica em relação a normal climatológica local, associada a dois cenários de mudanças climáticas (B2 e A2) das variáveis meteorológicas (temperatura máxima e mínima do ar), influenciando na duração do ciclo da cultura e a demanda atmosférica. Além disso, assumiu-se o efeito da concentração de CO2 na atmosfera, afetando em 22% a resistência...

Desempenho do método de Penman-Monteith FAO 56 na estimativa da evapotranspiração de referencia usando dados de temperatura do ar no Semiárido.

Palavras-chave: Cenários futuros; Dióxido de carbono; Pernambuco; Demanda de água; Palma forrageira; Mudanças climáticas; Evapotranspiração; Irrigação; Climate c hange.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1044795

QUEIROZ, M. G. de; PEREIRA, P. de C.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; MIRANDA, K. R.; MOURA, M. S. B. de.

2011

Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle.

Palavras-chave: ETo; Semiárido; Temperatura do ar; Evapotranspiração; Penman Monteith; Clima.

Ano: 2011

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/897118

OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

2016

Efeito das variáveis meteorológicas na evapotranspiração de referência do Submédio do Vale São Francisco.

Palavras-chave: Bos indicus; Gene regulation; Residual feed intake; Bos indicus; Bos indicus.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056602

SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; SANTOS, J. E. O.; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de.

A evapotranspiração de referência (ETo) é um dos parâmetros mais importantes no ciclo hidrológico e sua estimativa fundamental no manejo adequado de irrigação. O objetivo do trabalho foi identificar por meio de uma análise de trilha os efeitos diretos e indiretos das variáveis meteorológicas (variáveis explicativas) sobre a ETo (variável resposta). Os dados utilizados foram coletados de cinco estações meteorológicas automáticas situadas no Vale do Submédio São Francisco. A ETo foi calculada pelo método de Penman Monteith. O saldo de radiação e a velocidade do vento foram as variáveis explicativas que apresentaram efeito direto, sendo a primeira de maior magnitude. O maior efeito da radiação solar global ocorreu de forma indireta, via radiação solar. A...

Forage cactus-sorghum intercropping at different irrigation water depths in the Brazilian Semiarid Region.

Palavras-chave: Evapotranspiração; Vale do São Francisco; Climatologia; Recurso natural; Natural resource.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/940868

DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; FERREIRA, J. M. da S.; SANTOS, D. C. dos; MOURA, M. S. B. de; ARAUJO, G. G. L. de; ZOLNIER, S..

The objective of this work was to evaluate the productive performance, biological efficiency, and the competitive ability of the forage cactus-sorghum intercropping under different irrigation depths with saline water in the Brazilian Semiarid Region. The experiment was carried out in Serra Talhada, in the state of Pernambuco, between 2014 and 2015, in a randomized complete block design, with four replicates, and a 5x3 factorial arrangement in split plots, with one year of forage cactus cycle and two years of sorghum cycles. The plots were composed by four irrigation water depths based on the fractions of 25, 50, 75, and 100% of the reference evapotranspiration, besides dry conditions; and the subplots consisted of three cropping systems (single crop of...

Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta.

Palavras-chave: Biological efficiency; Competitive ability; Saline water irrigation; Desempenho agronômico; Eficiência biológica; Habilidade competitiva; Irrigação com água salina; Sorghum bicolor; Sorghum bicolor; Opuntia stricta; Agronomic traits.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088419

SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

2016

Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach.

Palavras-chave: RNA-seq; Bos indicus; Eficiência alimentar.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1054252

AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A..

Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF...

Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis.

Palavras-chave: Expressão gênica; Bos Indicus; Gado Nelore; Cattle; Gene expression.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124802

BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..