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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. 119
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. 119
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. 119
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.
Tipo: Separatas Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. 119
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1056239
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Avaliação de diferentes métodos de estimativa da radiação solar com base na temperatura do ar para o município de Serra Talhada - PE. 119
DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; BARBOSA, M. L.; MORAIS, J. E. F. de; MOURA, M. S. B. de; FERREIRA, J. M. da S..
Objetivou-se avaliar três modelos empíricos de estimativa da radiação solar(Rs), a partir de dados de temperatura do ar para o município de Serra Talhada, região semiárida do Vale do Pajeú, Pernambuco.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Vale do Pajeú; Temperatura do ar; Método de Hargreaves; Método de Angstrom; Método de Bristow; Método de Campbel; Climatic; Natural reesource.; Recurso natural; Temperatura; Clima; Radiação solar.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1027186
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Avaliação do método de Penman Monteith FAO 56 com dados faltosos e de métodos alternativos na estimativa da evapotranspiração de referência no Submédio Vale do São Francisco. 119
MORAIS, J. E. F. de; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, C. A. A. de.
Objetivou-se avaliar o desempenho do método Penman Monteith parametrizado no boletim 56 da FAO (PM-FAO56) com ausência de dados, e de métodos alternativos para a estimativa da evapotranspiração de referência no Submédio Vale do São Francisco. Foram utilizadas as variáveis meteorológicas do período de março de 2003 a abril de 2008, de cinco estações automáticas pertencentes à rede da Embrapa Semiárido. Na avaliação desse método foram consideradas diferentes combinações quanto à ausência de medição de variáveis meteorológicas (saldo de radiação, radiação solar global, temperatura e umidade relativa do ar, e velocidade do vento), e os métodos alternativos de Hargreaves e Samani, Jensen e Haise e Makkink. O desempenho foi analisado por meio de índices e erros...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Dados meteorológicos; Manejo de irrigação; Semiárido; Vale do São Francisco; Climatic.; Evapotranspiração; Clima; Irrigation management..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1044791
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Calibração do modelo de Hargreaves para a estimativa da evapotranspiração de referência em Campina Grande, PB. 119
DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; BARBOSA, M. L.; MOURA, M. S. B. de; LIMA, L. R..
Objetivou-se com estetrabalho avaliar o desempenho do modelo de Hargreaves para estimativa da evapotranspiração de referência (ETo) nas condições climáticas do município de Campina Grande, PB.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Método Hargreaves; Evapotranspiração de referência; Agrometeorologia; Temperate climate.; Recurso natural; Clima; Temperatura.; Climate..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1027183
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Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. 119
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Network analysis; Systems biology.; Gene expression..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630
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Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. 119
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Network analysis; System biology.; Gene expression..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848
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Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle. 119
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A..
Fatty acid (FA) content affects the sensorial and nutritional value of meat and plays a significant role in biological processes such as adipogenesis and immune response. It is well known that, in beef, the main FAs associated with these biological processes are oleic acid (C18:1 cis9, OA) and conjugated linoleic acid (CLA-c9t11), which may have beneficial effects on metabolic diseases such as type 2 diabetes and obesity. Here, we performed differential expression and co-expression analyses, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) and partial correlation with information theory (PCIT), to uncover the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in skeletal muscle associated with FA content. miRNA and mRNA expression data were...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Ácido linoleico conjugado; Ácido oleico; Ácidos graxos; Genômica; Redes de co-expressão; Integrative genomics; MRNA; MiRNA; Bos Indicus; Gado de Corte; Beef cattle; Conjugated linoleic acid; Oleic acid.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110820
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Demanda hídrica bruta da Palma Forrageira em cenários futuros de mudanças climáticas no Estado de Pernambuco. 119
BEZERRA, S. A. de F.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; QUEIROZ, M. G. de.
Objetivou-se avaliar a demanda de água de irrigação da palma forrageira em cenários futuros B2 e A2 de temperatura do ar, projeções dos níveis de precipitação pluviométrica e de dióxido de carbono (CO2) em Pernambuco. Foram utilizados 292 postos de observação de Pernambuco e Estados circunvizinhos com dados observados e estimados. Consideraram-se projeções de aumento e redução de 10 e 20% da precipitação pluviométrica em relação a normal climatológica local, associada a dois cenários de mudanças climáticas (B2 e A2) das variáveis meteorológicas (temperatura máxima e mínima do ar), influenciando na duração do ciclo da cultura e a demanda atmosférica. Além disso, assumiu-se o efeito da concentração de CO2 na atmosfera, afetando em 22% a resistência...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Cenários futuros; Pernambuco; Demanda de água; Mudanças Climáticas; Climate c hange.; Palma forrageira; Evapotranspiração; Irrigação; Dióxido de Carbono..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1044795
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Desempenho do método de Penman-Monteith FAO 56 na estimativa da evapotranspiração de referencia usando dados de temperatura do ar no Semiárido. 119
QUEIROZ, M. G. de; PEREIRA, P. de C.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; DINIZ, W. J. da S.; MIRANDA, K. R.; MOURA, M. S. B. de.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: ETo; Semiárido; Temperatura do ar; Penman Monteith.; Clima; Evapotranspiração..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/897118
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Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. 119
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus)...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Polimorfismos de nucleotídeo único; Expressão gênica; Expressão alelo específica; Cis-regulation; ASE; Allele-specific expression; Fenótipo; Single nucleotide polymorphism; Gene expression; Phenotype; Beef.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1151168
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Differential allelic expression and co-expression revealed oxidative stress-dependent proteolysis as a key regulator of nelore beef tenderness. 119
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D. da S.; MALHEIROS, J.; ANDRADE, B. G.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L. L; REGITANO, L. C. de A..
These findings suggest the impact of cis-regulatory variants on both the gene expression and phenotypic variation of Nelore muscle. These results can guide the investigation of regulatory variants affecting the expression of candidate genes for animal breeding, focusing on the genomic regions that affect the phenotypes of interest.
Tipo: Resumo em anais e proceedings Palavras-chave: Genômica; Epigenética; Bos Indicus; Gado Nelore; Beef; Genomics; Epigenetics.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1157676
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Differentially expressed genes in Longissimus dorsi muscle of Nelore steers divergent for average daily gain. 119
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; NEUBERN, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: RNA-seq; ADG; Gado Zebu; Zebu.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1056895
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DNA methylation may affect beef tenderness through signal transduction in Bos indicus. 119
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; PAN, Z.; ZHOU, H.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; KOLTES, J. E.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background:Beef tenderness is a complex trait of economic importance for the beef industry. Understanding the epigenetic mechanisms underlying this trait may help improve the accuracy of breeding programs. However, little is known about epigenetic effects on Bos taurus muscle and their implications in tenderness, and no studies have been conducted in Bos indicus.Results:Comparing methylation profile of Bos indicus skeletal muscle with contrasting beef tenderness at 14 days after slaughter, we identified differentially methylated cytosines and regions associated with this trait. Interestingly, muscle that became tender beef had higher levels of hypermethylation compared to the tough group. Enrichment analysis of predicted target genes suggested...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nelore; Epigenoma; Músculo de nelore; RRBS; GNAS; EBF3; Força de cisalhamento; Shear force; Epigenome; Muscle; Metilação; Bos Taurus; Bos Indicus; Músculo; Cattle; Methylation; DNA methylation.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144144
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Efeito das variáveis meteorológicas na evapotranspiração de referência do Submédio do Vale São Francisco. 119
SILVA, T. G. F. da; MORAIS, J. E. F. de; DINIZ, W. J. da S.; SANTOS, J. E. O.; SOUZA, L. S. B. de; MOURA, M. S. B. de.
A evapotranspiração de referência (ETo) é um dos parâmetros mais importantes no ciclo hidrológico e sua estimativa fundamental no manejo adequado de irrigação. O objetivo do trabalho foi identificar por meio de uma análise de trilha os efeitos diretos e indiretos das variáveis meteorológicas (variáveis explicativas) sobre a ETo (variável resposta). Os dados utilizados foram coletados de cinco estações meteorológicas automáticas situadas no Vale do Submédio São Francisco. A ETo foi calculada pelo método de Penman Monteith. O saldo de radiação e a velocidade do vento foram as variáveis explicativas que apresentaram efeito direto, sendo a primeira de maior magnitude. O maior efeito da radiação solar global ocorreu de forma indireta, via radiação solar. A...
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Vale do São Francisco; Natural resource.; Climatologia; Recurso natural; Evapotranspiração..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/940868
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Forage cactus-sorghum intercropping at different irrigation water depths in the Brazilian Semiarid Region. 119
DINIZ, W. J. da S.; SILVA, T. G. F. da; FERREIRA, J. M. da S.; SANTOS, D. C. dos; MOURA, M. S. B. de; ARAUJO, G. G. L. de; ZOLNIER, S..
The objective of this work was to evaluate the productive performance, biological efficiency, and the competitive ability of the forage cactus-sorghum intercropping under different irrigation depths with saline water in the Brazilian Semiarid Region. The experiment was carried out in Serra Talhada, in the state of Pernambuco, between 2014 and 2015, in a randomized complete block design, with four replicates, and a 5x3 factorial arrangement in split plots, with one year of forage cactus cycle and two years of sorghum cycles. The plots were composed by four irrigation water depths based on the fractions of 25, 50, 75, and 100% of the reference evapotranspiration, besides dry conditions; and the subplots consisted of three cropping systems (single crop of...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Biological efficiency; Competitive ability; Saline water irrigation; Desempenho agronômico; Eficiência biológica; Habilidade competitiva; Irrigação com água salina.; Sorghum Bicolor.; Opuntia stricta; Agronomic traits.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088419
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Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. 119
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: RNA-seq; Eficiência alimentar.; Bos Indicus..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1054252
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Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. 119
AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A..
Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Bos Indicus; Gado Nelore; Cattle; Gene expression.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124802
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