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An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; SOARES, J. D. M.; LIMA, J. E.; SILVA, J. C.; IVAMOTO, S. T.; BABA, V. Y.; SOUZA, S. G. H.; LORENZETTI, A. P. R.; PASCHOAL, A. R.; MEDA, A. R.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; OLIVEIRA, U. C. de; MOKOCHINSKI, J. B.; GUYOT, R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.; FIGUEIR, A. V. O.; MAZZAFERA, P.; R. JÚNIO, O.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
Coffea arabica L. is an important agricultural commodity, accounting for 60% of traded coffee worldwide. Nitrogen (N) is a macronutrient that is usually limiting to plant yield; however, molecular mechanisms of plant acclimation to N limitation remain largely unknown in tropical woody crops. In this study, we investigated the transcriptome of coffee roots under N starvation, analyzing poly-A+ libraries and small RNAs. We also evaluated the concentration of selected amino acids and N-source preferences in roots. Ammonium was preferentially taken up over nitrate, and asparagine and glutamate were the most abundant amino acids observed in coffee roots.We obtained 34,654 assembled contigs by mRNA sequencing, and validated the transcriptional profile of 12...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nitrogen transport; Differential gene expression; RNA-seq; MicroRNA.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108713
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Análise in silico da expressão gênica de citocromo p450 relacionada ao metabolismo de diterpenos em Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Diterpenos; Cafestol; Caveol; Cyt P450.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880428
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Analysis Of Nucleotide Diversity In Coffea spp. Repositório Alice
PEREIRA, L. F. P.; YANAGUI, K.; FERREIRA, L. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; POT, D.
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea spp.; Coffea genotypes; Germplasm.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902442
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Biochemical and molecular analysis of Coffea arabica to identify candidate genes related to diterpenes biosynthesis. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; CELEDÓN, J. M.; YUEN, M. M. S.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.; BOHLMANN, J.
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coffea arabica; Biosynthesis.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040196
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Caracterização nutricional de acessos provenientes da Etiópia de Café Arábica. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PIPOLO, V. C.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
Devido à necessidade cada vez maior de cultivares que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características relacionadas ao uso eficiente de nutrientes minerais é uma estratégia relevante para o melhoramento genético do café. Nesse sentido, a caracterização de acessos provenientes do centro de origem da espécie é um importante subsídio para os programas de melhoramento visando à seleção de materiais de interesse para produção de novas cultivares. Objetivou-se,no presente trabalho, caracterizar a concentração de nove nutrientes minerais em 12 acessos de Coffea arabica L., provenientes da Etiópia, em casa de vegetação, visando identificar genótipos com acumulação diferencial de nutrientes minerais em folhas,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phosphorous; Café; Germoplasma; Nitrogênio; Fósforo; Germplasm.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039997
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Coffea nutriome: minding the gap among genomics, biotechnology and fertilization practices. Repositório Alice
DOMINGUES, D. S.; MEDA, A. R.; SANTOS, T. B.; VESPERO, E. B.; SITTA, R. B.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Genomics; Plant nutrition; Nitrogen; Boron.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880427
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Concentração de nutrientes minerais em acessos da Etiópia de Coffea arabica. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; MEDA, A. R.; SITTA, R. B.; VESPERO, E. B.; PAVAN, M. A.; CHARMETANT, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
O sucesso do manejo nutricional em plantas depende de diversos fatores, como características químicas, biológicas e físicas do solo, além da influência do genótipo. Apesar do manejo agronômico visando à adequação do solo para a cultura do cafeeiro estar bem estabelecido, pouco se sabe sobre o efeito do genótipo na absorção e acúmulo de nutrientes minerais. Tradicionalmente, o melhoramento genético do cafeeiro foca-se em características morfológicas, resistência a doenças e na produtividade; dessa forma, a exigência nutricional foi deixada em plano secundário ao longo deste processo. Com a necessidade cada vez maior de variedades que apresentem boa produtividade com impactos menores ao meio ambiente, a introgressão de características de genótipos silvestres...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Nutrição mineral; Concentração de nutrientes.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903994
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Construction and characterization of a BAC library from the Coffea arabica genotype Timor Hybrid CIFC 832/2. Repositório Alice
CACAO, S. M. B.; SILVA, N. V.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; DINIZ, L. E. C.; VINECKY, F.; ALVES, G. S. C.; ANDRADE, A. C.; CARPENTIERI PIPOLO, V.; PEREIRA, L. F. P..
bitstream/item/179851/1/Cacao2013-Article-ConstructionAndCharacterizatio.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genética de planta; Marcador; Coffee; Genetic; Café; Genética.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/968360
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Dihaploid Coffea arabica genome sequencing and assembly. Repositório Alice
KOCHKO, A. de; CROUZILLAT, D.; RIGOREAU, M.; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; L'ANTHOENE, V. M.; VANDECASTEELE, C.; GUYOT, R.; PONCET, V.; TRANCHANT, C.; HAMON, P.; HAMON, S.; COUTURON, E.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; MUELLER, L.; STRICKLER, S. R.; ANDRADE, A.; PEREIRA, L. F. P.; MARRACCINI, P.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; MING, R.; WAI, J.; DOMINGUES, D. S.; PASCHOAL, A.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; ALBERT, V. A..
Coffea arabica which accounts for 70% of world coffee production is an allotetraploid with a genome size of approximately 1.3 Gb and is derived from the hybridization of C. canephora (710 Mb) and C. eugenioides (670 Mb). To elucidate the evolutionary history of C. arabica, and generate critical information for breeding programs, a sequencing project is underway to finalize a reference genome using a dihaploid line and a set of Menu Abstract: Dihaploid <em>Coffea arabica</Em> Genome Sequencing and Assembly (Plant and Animal Genome XXIII Conference) https://pag.confex.com/pag/xxiii/webprogram/Paper16983.html [25/02/2015 15:00:12] 30 C. arabica accessions.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Conferência; Café; Coffea arabica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040385
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Distribuição de elementos transponíveis em cromossomos de coffea arabica Repositório Alice
SILVA, C. R. M. da; LOPES, F. R.; CARARETO, C. M. A.; VANZELA, A. L. L.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Nos últimos anos o Brasil vem se destacando na pesquisa genética de cafeeiros, principalmente na área de melhoramento. Recentemente, a pesquisa em biotecnologia de cafeeiros vem ganhando espaço devido aos trabalhos em genômica, estes trabalhos juntamente com estudos citogenéticos têm contribuído muito para o entendimento da organização genômica em algumas espécies de Coffea. Neste gênero com mais de 100 espécies, as mais importantes economicamente são Coffea arabica e C. Canephora. A primeira espécie é a única e tetraplóide (2n = 44) do gênero, enquanto as demais são auto-incompatíveis e diplóides. Apesar das análises citogenéticas e moleculares indicarem que C. arabica é um anfidiplóide, ainda existe dificuldade para se confirmar os seus parentais. Isto...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Citogenética; Coffea arabica; Elementos transponíveis; FISH.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904001
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Expressão genética; Café; Composto químico; Lipidio; Biossíntese; Coffea arabica; Gene; Gene expression; High performance liquid chromatography; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1068512
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVOMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Café; Gene expression; High performance liquid chromatography.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083355
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Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986384
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Efeito da ferrugem e da supressão de nitrogênio no nível transcricional do gene nitrato redutase (CaNR) em Coffea arabica L. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; BABA, V. Y.; SOARES, J. D. M.; CARVALHO, K. de; BRAGHINI, M. T.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S..
O objetivo do trabalho é avaliar se a ferrugem do cafeeiro (Hemileia vastatrix) pode modular a resposta transcricional de um gene-chave na assimilação de nitrogênio (N), a nitrato redutase, em função da restrição do nutriente e da resposta do cultivar ao patógeno. Sabe-se que o estado nutricional da planta pode influenciar a severidade do ataque por patógenos. A ferrugem no cafeeiro é um problema recorrente em todas as regiões de cultivo, afetando desde a produtividade até a qualidade final da bebida. A despeito da importância da nutrição mineral para a produtividade e seu impacto na resposta à ferrugem, existem poucos estudos relacionados ao estabelecimento da relação molecular entre o estado nutricional do cafeeiro e resposta de defesa a patógenos. Duas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ferrugem do cafeeiro; Assimilição de nitrogênio; Padrão nutricional; Resposta genotípica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975229
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Expressão gênica em larga escala de raizes de Coffea arabica L. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; SILVA, J. C.; SOARES, J. D. M.; BABA, V. Y.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S..
A utilização de novas tecnologias de sequenciamento em larga escala (454-mRNAseq) é uma frente inovadora de estudos para a biotecnologia do cafeeiro, promovendo a identificação e caracterização de novos componentes genômicos de interesse . Mudas de cafeeiro foram mantidas sob supressão de fontes nitrogenadas e suas raízes foram utilizadas para construção de bibliotecas de cDNA, que foram sequenciados utilizando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Foram gerados um total 809.517 reads, os quais geraram 34.654 contigs. Por meio dos transcritos gerados pelo mRNAseq de raiz espera-se identificar e caracterizar molecularmente os genes envolvidos no transporte e metabolismo de nitrogênio no cafeeiro
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nutrição mineral; Sequenciamento de nova geração; Café.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040102
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Galactinol synthase transcriptional profile in two genotypes of Coffea canephora with contrasting tolerance to drought. Repositório Alice
SANTOS, T. B. dos; LIMA, R. B. de; NAGASHIMA, G. T.; PETKOWICZ, C. L. de O.; CARPENTIERI-PÍPOLO, V.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E..
ncreased synthesis of galactinol and raffinose family oligosaccharides (RFOs) has been reported in vegetative tissues in response to a range of abiotic stresses. In this work, we evaluated the transcriptional profile of a Coffea canephora galactinol synthase gene (CcGolS1) in two clones that differed in tolerance to water deficit in order to assess the contribution of this gene to drought tolerance. The expression of CcGolS1 in leaves was differentially regulated by water deficit, depending on the intensity of stress and the genotype. In clone 109A (drought-susceptible), the abundance of CcGolS1 transcripts decreased upon exposure to drought, reaching minimum values during recovery from severe water deficit and stress. In contrast, CcGolS1 gene expression...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Raffinose family oligosaccharides (RFOs); Coffee; Café; Water stress.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039986
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Genome-wide association study reveals candidate genes influencing lipids and diterpenes contents in Coffea arabica L . Repositório Alice
SANT'ANA, G. C.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; FERREIRA, R. V.; PAGIATTO, N. F.; SILVA, B. S. R. da; NOGUEIRA, L. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; OLIVEIRA, F. F. de; SERA, G. H.; PADILHA, L.; LABOUISSE, J-P.; GUYOT, R.; CHARMETANT, P.; CHARMETANT, P.; LEROY, T..
Lipids, including the diterpenes cafestol and kahweol, are key compounds that contribute to the quality of coffee beverages. We determined total lipid content and cafestol and kahweol concentrations in green beans and genotyped 107 Coffea arabica accessions, including wild genotypes from the historical FAO collection from Ethiopia. A genome-wide association study was performed to identify genomic regions associated with lipid, cafestol and kahweol contents and cafestol/kahweol ratio. Using the diploid Coffea canephora genome as a reference, we identified 6,696 SNPs. Population structure analyses suggested the presence of two to three groups (K = 2 and K = 3) corresponding to the east and west sides of the Great Rift Valley and an additional group formed by...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Quality of coffee beverages; Lipids; Green beans; Genomics; Genome.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108734
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Identificação de novos acessos de Coffea Arábica introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR. Repositório Alice
FERREIRA, R. V.; ANDRADE, G. A.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Marcadores microssatélites foram utilizados na discriminação de novos acessos de Coffea arabica que foram introduzidos na coleção da Etiópia do IAPAR, provenientes de uma coleção similar na República de Camarões. Inicialmente 46 acessos de Camarões foram repassados para a Embrapa CPAC (Embrapa Cerrados ? Planaltina - DF), onde ficaram em quarentena. Em seguida, estes acessos foram transferidos para o IAPAR, porém durante os processos de quarentena e transferênc ia, alguns dos acessos foram misturados. Visando identificar corretamente os acessos e também validar os SSRs previamente identificados, todos os 46 acessos foram analisados em géis de poliacrilamida. Os 8 locos microssatélites utilizados geraram um total de 19 alelos, com uma média de 2,3 alelos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cafeeiro; Marcador microssatélite; Genotipagem; Coffee tree; Microsatellite markers; Café; Genotyping.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040035
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Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. Repositório Alice
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P..
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Etiópia; SNPs; Coffea arabica; Polimorfismo.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975219
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Identificação e caracterização de microssatélites de Coffea arabica a partir de dados de sequenciamento de RNA e de BACS. Repositório Alice
SILVA, B. S. R. da; CAÇÃO, S. B.; IVAMOTO, S. T.; SILVA, J. C.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
O café é uma das principais commodities agrícolas mundiais, sendo consumido regularmente por 40% de toda população. As espécies, Coffea arabica L. e Coffea canephora P. são as de maior importância respondendo por 65% e 35% da produção mundial, respectivamente. Em C. arabica , o desenvolvimento de novas cultivares é demorado, podendo levar mais de 20 anos para finalização dos trabalhos. Além disso, estreita base genética de C. arabica dificulta a obtenção de cultivares resistentes a várias pragas e doenças, assim como uma maior tolerância a estresses abióticos. A utilização de marcadores moleculares para análise da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para auxiliar o melhoramento e tentar diminuir esses problemas. Neste...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcador SSR; Análise in silico; RNA-seq; Cromossomo artificial de bactéria.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975072
Registros recuperados: 29
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