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A stochastic simulation study on using different models for prediction of breeding values while changing the breeding goal Inra
Lassen; Sorensen; Madsen; Ducrocq, V..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Breeding goal; Dairy cattle; Multitrait model; Selection; Stochastic simulation.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007a18764d5&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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An approximate multitrait model for genetic evaluation in dairy cattle with a robust estimation of genetic trends Inra
Lassen; Sorensen, Kargo; Madsen; Ducrocq, V..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Stochastic simulation; Multi-trait model; Genetic evaluation.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200796c7195d&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Computation of all eigenvalues of matrices used in restricted maximum likelihood estimation of variance components using sparse matrix techniques Inra
Robert, C.; Ducrocq, V..
Les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes de variance ont des propriétés intéressantes mais peuvent être coûteuses en temps de calcul et en besoin de mémoire. Le problème vient de la nécessité d’inverser de façon répétée la matrice des coefficients des équations du modèle mixte. Cet article présente une méthode basée sur le calcul des valeurs propres et sur l’utilisation de la méthode de Lanczos, une technique permettant de réduire une matrice creuse, symétrique et de grande taille en une matrice tridiagonale. L’inversion de matrices denses n’est pas nécessaire. Cette méthode donne des résultats précis et ne demande que très peu de stockage en mémoire. La méthode de Lanczos, le calcul des valeurs propres, son...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MATRICE CREUSE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE; METHODE DE LANCZOS; VALEUR PROPRE.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600008262058582&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Computing marginal posterior densities og genetic parameters of a multiple trait animal model using Laplace approximation or Gibbs sampling Inra
Hofer, A.; Ducrocq, V..
Deux procédures de calcul de la densité marginale a posteriori des héritabilités et des corrélations génétiques, à savoir la méthode de Laplace pour l’approximation des intégrales et l’échantillonnage de Gibbs, sont comparées. Pour cela, nous considérons un modèle animal multicaractère avec un effet aléatoire, sans observations manquantes et avec un modèle identique pour chaque caractère. L’approximation de Laplace conduit au calcul de la densité marginale a posteriori pour différentes valeurs du paramètre qui nous intéresse. Cela nécessite l’évaluation répétée de traces et de déterminants qui sont simples à calculer une fois que les valeurs propres d’une matrice de dimension égale au nombre d’animaux ont été déterminées. Ces valeurs propres peuvent...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PERFORMANCE DE REPRODUCTION; METHODE D'AMELIORATION GENETIQUE; PARAMETRE GENETIQUE; METHODE STATISTIQUE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800002142070912&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Conséquences sur le progrès génétique laitier d’une sélection sur des caractères secondaires chez les bovins Inra
Ducrocq, V..
L’algorithme d’intégration numérique d’une loi multinormale proposé par DUTT (1973, 1975)rend possible le calcul du progrès génétique après sélection successive sur plusieurs caractères à partir de la relation exacte de JAIN & AMBLE (1962), sans les classiques limitations concernant le nombre d’étapes et de critères de sélection retenus et quelles que soient les corrélations génétiques entre ces caractères. Son utilisation dans le cadre d’un schéma théorique de sélection chez les bovins laitiers a permis l’étude de l’impact sur la production laitière d’une sélection sur un ou plusieurs caractères secondaires, comme la vitesse de croissance, la conformation bouchère ou la conformation laitière (type). Il apparaît que la perte de progrès génétique...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PROGRES GENETIQUE; CORRELATION GENETIQUE; PRODUCTION DE LAIT; CARACTERE SECONDAIRE GENETIC GAIN; GENETIC CORRELATION; MILK YIELD; CATTLE; SECONDARY TRAITS.
Ano: 1984 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008119c3145&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Estimation of genetics parameters of egg production traits of laying hens by restricted maximum likelihood applied to a multiple-trait reduced animal model Inra
Besbes, B.; Ducrocq, V.; Foulley, J.L.; Protais, M.; Tavernier, A.; Tixier-Boichard, M.; Beaumont, C..
La production d’oeufs (nombre d’oeufs produits entre 19 et 26, 26 et 38 et 26 et 54 semaines d’âge), les caractéristiques de l’oeuf (le poids moyen des œufs à 2 âges différents et densité de l’oeuf) ainsi que le poids des poules à 40 semaines d’âge ont été étudié dans deux souches d’une firme de sélection. Les composantes de la variance de ces caractères ont été estimées à l’aide du maximum de vraisemblance restreinte (REML) uni et multicaractères appliqué à un modèle animal réduit (RAM). Pour tridiagonaliser la matrice des coefficients et réduire, par conséquent, les calculs liés à son inversion à chaque itération de l’algorithme EM (Espérance-Maximisation), nous avons utilisé l’algorithme proposé par Thompson et Meyer (1990). Ce dernier introduit...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CARACTERE DE PONTE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE; PARAMETRE GENETIQUE; MODELE ANIMAL.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300008122034137&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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Female fertility in French dairy breeds: current situation and strategies for improvement Inra
Barbat, A.; Le Mézec, P.; Ducrocq, V.; Mattalia, S.; Fritz, S.; Boichard, D.; Ponsart, C.; Humblot, P..
In most countries where genetic selection for milk production has been conducted, a continuous degradation of reproductive performances has been observed in dairy cattle. This paper describes the phenotypic evolution of fertility traits in France for the main 3 dairy breeds and the different actions undertaken to counteract this unfavourable evolution of reproductive performance. In 2001, functional traits (including conception rate as a fertility trait) have been included into the French total merit index ISU, to take these traits into account in the selection objective. In addition, a marker-assisted selection (MAS) program has been developed since 2001. Through this approach, a set of QTL related to fertility traits were identified using the phenotypic...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: DAIRY CATTLE; FERTILITY; GENETIC SELECTION; PHENOTYPING; REPRODUCTIVE GENOMICS.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010e002cb0a&uri=/notices/prodinra1/2010/11/
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Generalizing the use of the canonical transformation for the solution of multivariate mixed model equations Inra
Ducrocq, V.; Chapuis, H..
La transformation canonique remplace t caractères corrélés par t caractères génétiquement et phénotypiquement indépendants. Son application dans des évaluations génétiques de type BL UP multicaractères diminue les besoins informatiques, accroît la vitesse de convergence d’algorithmes de résolution itérative et simplifie la programmation. Cet article présente différentes manières de conserver au moins partiellement ces caractéristiques favorables dans les situations où la transformation canonique est théoriquement impossible, c’est-à-dire quand certains caractères sont manquants pour certains animaux (y compris lorsqu’un modèle animal réduit est utilisé), quand plus d’un effet aléatoire est inclus dans le modèle et quand différents caractères sont...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: EVALUATION GENETIQUE; MODELE MIXTE; ALGORITHME DE CALCUL; EVALUATION MULTI-CARACTERES; MODEL ANIMAL.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800009378067761&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Genetic parameters for social effects on survival in cannibalistic layers: Combining survival analysis and a linear animal model Inra
Ellen, E.D.; Ducrocq, V.; Ducro, B.J.; Veerkamp, R.F.; Bijma, P..
Background: Mortality due to cannibalism in laying hens is a difficult trait to improve genetically, becausecensoring is high (animals still alive at the end of the testing period) and it may depend on both the individualitself and the behaviour of its group members, so-called associative effects (social interactions). To analyse survivaldata, survival analysis can be used. However, it is not possible to include associative effects in the current softwarefor survival analysis. A solution could be to combine survival analysis and a linear animal model includingassociative effects. This paper presents a two-step approach (2STEP), combining survival analysis and a linear animalmodel including associative effects (LAM).Methods: Data of three purebred White...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  laying hens; Mortality; Cannibalism; Survival analysis; Genetic parameters.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD201161f841a0&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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Genetic variation of traits measured in several environments. I. Estimation and testing of homogeneous genetic and intra-class correlations between environments Inra
Robert, C.; Foulley, J.L.; Ducrocq, V..
Cet article étudie les problèmes d’estimation des composantes familiales de (co)variance entre milieux et les problèmes de test d’homogénéité, soit des corrélations génétiques entre milieux seules, soit des corrélations génétiques et des corrélations intra-classe entre milieux. Les procédures de test reposent sur le rapport de vraisemblances restreintes maximisées sous les modèles réduits (les différentes hypothèses d’homogénéité) et le modèle saturé. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM) est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance-covariance. Les formules EM s’appliquent au modèle multicaractère pour le modèle saturé et à des modèles...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; CORRELATION INTRACLASSE; ESPERANCE MAXIMISATION; CORRELATION GENETIQUE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600002012053981&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Genetic variation of traits measured in several environments. II. Inference on between-environment homogeneity of intra-class correlations Inra
Robert, C.; Foulley, J.L.; Ducrocq, V..
Cet article décrit une approche permettant d’estimer les composantes de variance-covariance entre milieux dans le cas de corrélation intra-classe homogènes entre milieux, sans faire d’hypothèse sur les corrélations génétiques entre milieux pris 2 à 2. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM), comparable à celui décrit par Foulley et Quaas (1994), est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance covariance. Trois paramétrisations différentes (coordonnées cartésiennes, polaires et sphériques) sont proposées pour calculer les estimateurs EM-REML sous le modèle réduit (les corrélations intra-classe sont supposées toutes égales à une même...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; PARAMETRISATION; CORRELATION INTRA CLASSE; ESPERANCE MAXIMISATION; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600002009053978&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Heterogeneity of variance for type traits in the Montbeliarde cattle breed Inra
Robert-Granie, C.; Ducrocq, V.; Foulley, J.L..
Cet article présente et discute l’estimation des composantes de (co)variance (génétiques et résiduelles) de caractères de conformation mesurés entre milieux en situation d’hétéroscédasticité. Des tests d’homogénéité de certains paramètres (corrélations génétiques entre milieux constantes ou égales à 1, corrélations génétiques égales à 1 et corrélations intra-classes constantes, homogénéité des variances-covariances génétiques et résiduelles) intéressant les généticiens sont également présentés. Ces hypothèses sont décrites par un modèle père, unidimensionnel hétéroscédastique prenant en compte les interactions génotype x milieu. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM) est proposé pour calculer les estimées du maximum de vraisemblance...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: AMELIORATION DES ANIMAUX; INTERACTION GENOTYPE ENVIRONNEMENT; COVARIANCE GENETIQUE; MODELE DE STIMULATION; HERITABILITE; PARAMETRE GENETIQUE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800002097072021&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Influence of the sea state on Mediterranean heavy precipitation: a case-study from HyMeX SOP1 ArchiMer
Thevenot, O.; Bouin, M. -n.; Ducrocq, V.; Brossier, C. Lebeaupin; Nuissier, O.; Pianezze, Joris; Duffourg, F..
Sea state can influence the turbulent air–sea exchanges, especially the momentum flux, by modifying the sea-surface roughness. The high-resolution non-hydrostatic convection-permitting model MESO-NH is used here to investigate the impact of a more realistic representation of the waves on heavy precipitation during the Intense Observation Period (IOP) 16a of the first HyMeX Special Observation Period (SOP1). Several quasi-stationary mesoscale convective systems developed over the western Mediterranean region, two of them over the sea, and resulted in heavy precipitation on the French and Italian coasts on 26 October 2012. Three different bulk parametrizations are tested in this study: a reference case (NOWAV) without any wave effect, a parametrization...
Tipo: Text Palavras-chave: Air-sea exchanges; Mediterranean Sea; HyMeX; MESO-NH; Sea state; Roughness length; Turbulent fluxes; Heavy precipitation.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00285/39639/41533.pdf
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Intest in quantitative genetics of Dutt's and Deack's methods for numerical computation of multivariate normal probability integrals Inra
Ducrocq, V.; Colleau, J.J..
Le calcul numérique d’intégrales de lois multinormales est souvent rendu nécessaire dans les études de génétique quantitative : c’est en particulier le cas pour l’évaluation des effets génétiques d’une sélection à niveaux indépendants sur plusieurs caractères corrélés, pour certaines méthodes d’analyse de caractères discontinus ou pour certaines études de sélection portant sur des effectifs limités. Les méthodes de Dutt et de Deak peuvent satisfaire une grande partie des besoins des généticiens. Celles-ci sont présentées dans cet article et leur précision est analysée de façon détaillée. Il apparaît que la méthode de Dutt est remarquablement précise pour les dimensions 1 à 5, sauf lorsque les seuils de troncature ou les corrélations entre variables...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: INTEGRALE MULTIPLE; SELECTION A NIVEAUX INDEPENDANTS; DISTRIBUTION MULTINORMALE; EFFET GENETIQUE.
Ano: 1986 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9200008631024528&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Les techniques d'évaluation génétique des bovins laitiers Inra
Ducrocq, V..
Les méthodes statistiques utilisées au cours des 50 dernières années pour l’évaluation génétique des taureaux et des vaches laitières sont présentées en insistant sur les raisons ayant motivé leur développement, puis leur abandon. La théorie classique des index de sélection appliquée aux données de base telles que les écarts des performances des vaches à leurs contemporaines d’étable est devenue obsolète car la correction des effets du milieu était imparfaite et le progrès génétique sous-jacent n’était pas pris en compte. La meilleure prédiction linéaire non biaisée (BLUP) permet une évaluation simultanée des effets génétiques et du milieu. Appliquée initialement à des modèles simples pour l’estimation des taureaux (modèles père ou père-grand-père), elle...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: REPRODUCTEUR; RACE BOVINE LAITIERE; BLUP; INDEX DE SELECTION; METHODE.
Ano: 1990 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300032554028465&uri=/notices/prodinra1/2008/03/
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Modelling and optimizing of sequential selection schemes: A poultry breeding application Inra
Chapuis, H.; Ducrocq, V.; Phocas, F.; Delabrosse, Y..
Un schéma de sélection, séquentiel, où les animaux sont classés à l’aide d’un indice BLUP multicaractère a été modélisé. Les générations sont chevauchantes, et la réduction des variances génétiques sous l’effet de la sélection est pris en compte, afin de prédire le progrès génétique asymptotique. Les reproducteurs choisis sont ceux dont la descendance a, en espérance, la plus forte valeur génétique additive (sélection des meilleurs couples parmi tous ceux déjà formés). Cette procédure permet l’utilisation optimale de l’information recueillie au moment du choix des reproducteurs. Les effets de la sélection sur la moyenne et la variance des caractères sont pris en compte par les formules de Tallis, tandis qu’une formule matricielle est utilisée afin...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PROGRES GENETIQUE; MODELISATION DETERMINISTE; SELECTION SEQUENCIELLE; EFFET BULMER; SELECTION DES VOLAILLES.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800009376067759&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for growth, carcass and meat quality traits in French Large White and French Landrace pigs Inra
Ducos, A.; Bidanel, J.P.; Ducrocq, V.; Boichard, D.; Groeneveld, E..
Les paramètres génétiques de sept caractères mesurés dans les stations publiques de contrôle de performance - le gain moyen quotidien (GMQ1), l’indice de consommation (IC) et l’épaisseur de lard (ELD) mesurés sur les candidats à la sélection ainsi que le gain moyen quotidien (GMQ2), le rendement de carcasse (RDT), le pourcentage de muscle (PM) et l’indice de qualité de la viande (IQV) mesurés sur des apparentés abattus - ont été estimés pour les races Large White (LW) et Landrace français (LR) à l’aide du maximum de vraisemblance restreinte appliqué à un modèle animal multicaractères. Deux fichiers de tailles comparables (3 671 et 3 630 candidats, 3 039 et 2 695 animaux abattus, respectivement, pour les races LW et LR) ont été constitués à partir...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE; PARAMETRE GENETIQUE; CROISSANCE; RACE PORCINE LARGE WHITE; RACE PORCINE LANDRACE FRANCAISE.
Ano: 1993 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500032263043069&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for production traits in three selected turkey strains* Inra
Chapuis, H.; Tixier-Boichard, M.; Delabrosse, Y.; Ducrocq, V..
Les paramètres génétiques de caractères relatifs à la croissance (poids corporels à 12 et 16 semaines), la teneur en gras (mesure ultrasonique) et la ponte ont été estimés à l’aide de la méthode du maximum de la vraisemblance restreinte (REML) dans trois souches de dindes sélectionnées. Les caractères de poids ont été séparés selon les sexes, afin de rendre compte du dimorphisme sexuel important dans l’espèce et jusqu’à sept caractères ont ainsi été analysés simultanément dans une des souches. Les données de ponte ont été normalisées à l’aide d’une transformation de Box-Cox. Trois modèles génétiques différents ont été utilisés. Le premier est un modèle linéaire mixte incluant la valeur génétique additive individuelle comme effet aléatoire. Dans...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PARAMETRE GENETIQUE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007486cb616&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for production traits in three selected turkey strains Inra
Chapuis, H.; Tixier-Boichard, M.; Delabrosse, Y.; Ducrocq, V..
Les paramètres génétiques de caractères relatifs à la croissance (poids corporels à 12 et 16 semaines), la teneur en gras (mesure ultrasonique) et la ponte ont été estimés à l’aide de la méthode du maximum de la vraisemblance restreinte (REML) dans trois souches de dindes sélectionnées. Les caractères de poids ont été séparés selon les sexes, afin de rendre compte du dimorphisme sexuel important dans l’espèce et jusqu’à sept caractères ont ainsi été analysés simultanément dans une des souches. Les données de ponte ont été normalisées à l’aide d’une transformation de Box-Cox. Trois modèles génétiques différents ont été utilisés. Le premier est un modèle linéaire mixte incluant la valeur génétique additive individuelle comme effet aléatoire. Dans...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PARAMETRE GENETIQUE; MATHEMATIQUE.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600008301058771&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Optimum truncation points for independent culling level selection on a multivariate normal distribution, with an application to dairy cattle selection Inra
Ducrocq, V.; Colleau, J.J..
Une sélection à niveaux indépendants est souvent pratiquée dans les programmes génétiques, parce que les animaux extrêmes pour certains caractères sont rejetés, ou parce que les données qui servent à l’évaluation génétique des animaux sont recueillies séquentiellement. L’optimisation,pour un objectif donné, de ces règles de sélection équivaut à la recherche des seuils de troncature qui maximisent l’espérance de I objectif de sélection pour les animaux retenus. Un algorithme général de type Newton est établi pour effectuer cette maximisation pour un nombre quelconque de caractères distribués selon une loi mulinormale et lorsque la probabilité finale d’être retenu est fixée. A partir d’une méthode puissante de calcul d’intégrales de lois multinormales,...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: SELECTION A NIVEAUX INDEPENDANTS; SELECTION PAR ETAPE; PROGRES GENETIQUE; DISTRIBUTION MULTINORMALE INDEPENDENT CULLING LEVEL SELECTION; DAIRY CATTLE; MULTISTAGE SELECTION; GENETIC GAIN; MULTIVARIATE NORMAL DISTRIBUTION.
Ano: 1989 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008b87aea2b&uri=/notices/prodinra1/2008/01/
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