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| Registros recuperados: 14 | |
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| SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K.. |
| RESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Catalogação; Representação descritiva; Representação temática; Dados biológicos; Datasets; Datasets ômicos; Gestão de dados de pesquisa; Descriptive representation; Thematic representation; Biological data; Research data management. |
| Ano: 2022 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144143 |
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| HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A.. |
| PRESENTATION: The National Consortium for Bioinformatics (CNBi) is a multidisciplinary center dedicated to research, development, management and technical support on questions arising from bioinformatics. It was created by a joint effort between three laboratories from São Paulo state in Brazil: the Genomic and Expression Laboratory (UNICAMP), Applied Bioinformatics Laboratory (EMBRAPA/CNPTIA) and National Laboratory of Biosciences (LNBio), and is organized as a distributed center inside the mentioned laboratories. MISSION: As a national center for bioinformatics, CNBi´s mission is the generation of new biotechnological information and advanced methods of computer-based information processing. Moreover it intends to act in the field of genomics, proteomics... |
| Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Bioinformática; National Consortium for Bioinformatics.; Base de Dados.; Bioinformatics; Databases. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868494 |
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| SOUSA, T. N.; TARAZONA-SANTOS, E. M.; WILSON, D. J.; MADUREIRA, A. P.; FALCAO, P. R. K.; FONTES, C. J. F.; GIL, L. H. S.; FERREIRA, M. U.; CARVALHO, L. H.; BRITO, C. F. A.. |
| Background. Plasmodium vivax malaria is a major public health challenge in Latin America, Asia and Oceania, with 130-435 million clinical cases per year worldwide. Invasion of host blood cells by P. vivax mainly depends on a type I membrane protein called Duffy binding protein (PvDBP). The erythrocyte-binding motif of PvDBP is a 170 amino-acid stretch located in its cysteine-rich region II (PvDBPII), which is the most variable segment of the protein. Methods. To test whether diversifying natural selection has shaped the nucleotide diversity of PvDBPII in Brazilian populations, this region was sequenced in 122 isolates from six different geographic areas. A Bayesian method was applied to test for the action of natural selection under a population genetic... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Seleção natural; Modelagem estrutural; Variabilidade genética; Genetic variability; Structural modelling.; Polimorfismo.; Plasmodium vivax; Natural selection; Polymorphism; Malaria.. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/867894 |
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| TORRES, T. Z.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CINTRA, L. C.; CUNHA, L. M. S.; BARBOSA, L. A. F.. |
| O objetivo do livro é apresentar os resultados de uma ação gerencial criada para modelar e implementar processos de gestão de dados ômicos no LMB. Esta ação gerencial foi conduzida em paralelo à implantação de uma infraestrutura de repositório de dados com a finalidade de catalogar e publicar conjuntos de dados. O software escolhido é o Dataverse, em razão de ser uma solução de código aberto, adequada aos propósitos e interesses definidos pela Embrapa. |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Gestão de dados de pesquisa; Gestão por processos; Processamento eletrônico de dados; Gestão de dados ômicos; Processo de gestão de dados de pesquisa; Catalogação de dados; Big data; Ciência aberta. |
| Ano: 2022 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1140031 |
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| CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.. |
| Session 25, Poster 34 |
| Tipo: Parte de livro |
Palavras-chave: Genoma. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/976509 |
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| MCCOUCH, S. R.; WRIGHT, M. H.; TUNG, C.-W.; MARON, L. G.; MCNALLY, K. L.; FITZGERALD, M.; DECLERCK, G.; AGOSTO-PEREZ, F.; KORNILIEV, P.; GREENBERG, A. J.; NAREDO, M. E. B.; MERCADO, S. M. Q.; HARRINGTON, S. E.; SHI, Y.; BRANCHINI, D. A.; FALCAO, P. R. K.; LEUNG, H.; EBANA, K.; YANO, M.; EIZENGA, G.; SINGH, N.; MCCLUNG, A.; MEZEY, J.. |
| Increasing food production is essential to meet the demands of a growing human population, with its rising income levels and nutritional expectations. To address the demand, plant breeders seek new sources of genetic variation to enhance the productivity, sustainability and resilience of crop varieties. Here we launch a high-resolution, open-access research platform to facilitate genome-wide association mapping in rice, a staple food crop. The platform provides an immortal collection of diverse germplasm, a high-density single-nucleotide polymorphism data set tailored for gene discovery, well-documented analytical strategies, and a suite of bioinformatics resources to facilitate biological interpretation. Using grain length, we demonstrate the power and... |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Dados genótipicos; Biologia computacional.; Genoma; Genome; Chromosome mapping; Genetic resources; Alleles; Genetic improvement; Bioinformatics; Genes.. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1068128 |
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| SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; FALCAO, P. R. K.; NHANI JUNIOR, A.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R. da; CINTRA, L. C.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; BARBOSA, L. A. F.. |
| Esta publicação traz uma contribuição efetiva para comunidade de dados ômicos da Embrapa ao apresentar modelos de planos de gestão de dados acionáveis por máquina, alinhados aos princípios FAIR, desenvolvidos pelo Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa. |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Gestão de dados de pesquisa; Dados FAIR; Bioinformática; Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa; Plano de gestão de dados; Plano de gestão de dados acionável por máquina; PGDam. |
| Ano: 2022 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1149101 |
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| NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAPPAS JUNIOR, G.; TORRES, W. V.; CAMPOS, T. F. e; FERREIRA, L. L.; LUNA, F. M.; OLIVEIRA, A. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; HORITA, L. G.; SOUZA, D. F. de; DOMINIQUINI, F.; ÁLVARO, A.; LIMA, C. S.; OGAWA, F. O.; GOMES, G. B.; PALANDRANI, J. F.; SANTOS, G. F. dos; FREITAS, E. M. de; MATTIUZ, A. R.; COSTA, I. C.; ALMEIDA, C. L. de; SOUZA, S.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.. |
| Sting Millennium suite intrinsics. SMS organization. Sting Millennium Modes. Sting Millennium Modules. Millennium Features. Example of Sting Millennium Application. |
| Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Sting; Base de dados de proteinas.; Estrutura de proteína; Proteina.; Protein structure; Genetic databases; Databases.. |
| Ano: 2003 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/8858 |
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| SOUZA, M. I. F.; GIACHETTO, P. F.; OSAWA, C. C.; VISOLI, M. C.; FALCAO, P. R. K.; TORRES, T. Z.; SILVA, A. R. da. |
| Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Agricultura Digital", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram os membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biologia, Bioquímica, Biologia Molecular e Bioinformática, especialmente voltado para catalogação de datasets ômicos no Repositório de... |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Representação descritiva; Representação temática; Catalogação; Datasets ômicos; Termos técnicos; Biologia. |
| Ano: 2021 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1138350 |
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| SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; OSAWA, C. C.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; TORRES, T. Z.; SILVA, A. R. da. |
| Este trabalho de compilação de termos é fruto de esforços conjuntos realizados no escopo da Ação Gerencial Local (AGL), intitulada "Implantar a gestão de dados de pesquisa na Embrapa Informática Agropecuária", alinhada ao Programa de Governança de Dados de Pesquisa. Desses esforços participaram ativamente membros da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB) e do Grupo de Pesquisa em Computação Científica, Engenharia da Informação e Automação (GCIA), da Embrapa Agricultura Digital. Trata-se de um documento de natureza terminológica indispensável à ampliação e à popularização do vocabulário técnico associado à Biblioteconomia aplicada a dados, em especial, na catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da... |
| Tipo: Livros |
Palavras-chave: Representação descritiva; Representação temática; Catalogação; Datasets; Catalogação de datasets ômicos; Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. |
| Ano: 2021 |
URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1138340 |
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