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A comparison of genetic data from New Zealand and France on twin calving in cattle Inra
Morris, C.A.; Foulley, J.L..
Cet article compare des données de vêlages gémellaires obtenues en Nouvelle-Zélande (1559 vaches de 3 élevages privés dont 2 de race laitières Shorthorn et 1 de race Frisonne) et en France (216 vaches provenant de 11 élevages de sélection de race Maine Anjou). On disposait du taux de vêlages gémellaires (en France seulement) et du nombre cumulé de vêlages gémellaires dans la carrière d’une vache et de leur répartition par groupe de pères et de mères. Les groupes de mères étaient définis selon le nombre de vêlages gémellaires observés au cours de la carrière de la vache. En Nouvelle-Zélande, les 2 groupes de pères étaient définis selon que le père comportait (groupe 2) ou non (groupe 1) au moins une fille ayant produit au moins 2 fois des jumeaux. En...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: NAISSANCE GEMELLAIRE; PERFORMANCE DE REPRODUCTION; SELECTION; CEE.
Ano: 1991 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300032565028476&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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A criterion for measuring the degree of connectedness in linear models of genetic evaluation Inra
Foulley, J.L.; Hanocq, E.; Boichard, D..
Cet article établit sur des bases théoriques un critère de mesure du degré de connexion entre facteurs d’un modèle linéaire d’évaluation génétique. Sous l’hypothèse de normale et dans le cas de 2 facteurs fixés (ө,ø), ce critère est défini par la distance de Kullback-Leibler entre, d’une part la densité conjointe des estimateurs du maximum de vraisemblance (ML) de contrastes entre niveaux de ө et ø respectivement et, d’autre part, le produit de leurs densités marginales. La mesure est généralisée au cas de facteurs aléatoires et de modèles mixtes. Cette procédure est illustrée par un exemple d’évaluation génétique par modèle animal comportant des effets de groupe fantôme.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: EVALUATION GENETIQUE; CONNEXION; DISTANCE DE KULLBACK-LEIBLER; MODELE LINEAIRE MIXTE.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300008132034147&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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A link function approach to heterogeneous variance components Inra
Foulley, J.L.; Quaas, R.L.; Thaon d'Arnoldi, C..
Cet article présente des techniques d’estimation des paramètres intervenant dans des modèles mixtes caractérisés i) par des logvariances résiduelles décrites par un modèle linéaire de covariables explicatives et ii) par des composantes u et e liées par une fonction affine. Cela conduit à un coefficient de corrélation intraclasse qui varie comme une fonction monotone de la variance résiduelle. Le cas d’une corrélation constante et celui d’une composante u constante sont également inclus dans cette paramétrisation. L’estimation et les tests relatifs aux paramètres de dispersion correspondants sont basés sur les méthodes du maximum de vraisemblance restreint (REML). Les équations à résoudre pour obtenir ces estimations sont établies à partir de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; MODELE MIXTE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; ALGORITHME.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0000008274079922&uri=/notices/prodinra1/2007/08/
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A marginal quasi-likelihood approach to the analysis of Poisson variables with generalized linear mixed models Inra
Foulley, J.L.; Im, S..
Cet article généralise à des variables de Poisson l’approche de Gilmour, Anderson et Rae (1985) destinée à l’estimation par maximum de quasi-vraisemblance des effets fixés lors de l’analyse de variables discrètes à seuils sous un modèle mixte.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE LINEAIRE MIXTE GENERALISE; DISTRIBUTION DE POISSON; VARIABLE DISCRETE.
Ano: 1993 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300008853032628&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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A quasi-score approach to the analysis of ordered catogorical data via a mixed heteroskedastic threshold model Inra
Jaffrezic, F.; Robert Granie, C.; Foulley, J.L..
Cet article présente une extension de la méthodologie développée par Gilmour et al. [19] dans le cas de variables qualitatives ordonnées, prenant en compte l’hétérogénéité des variances résiduelles des variables latentes. L’hétérogénéité des variances résiduelles est décrite par un modèle linéaire structurel sur les logarithmes des variances. Cette méthode comprend deux étapes principales : i) une « marginalisation » par rapport aux effets aléatoires qui conduit, grâce aux équations de quasi-score, à l’estimation des paramètres ; ii) une approximation de la matrice de variance-covariance des observations qui aboutit à un système analogue aux équations du modèle mixte d’Henderson dans le cas de variables continues gaussiennnes. Cette méthodologie...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELES LINEAIRES GENERALISES MIXTES; VARIANCES HETEROGENES; MODELE A SEUILS GENERALIZED LINEAR MIXED MODELS; QUASI-SCORE; HETEROGENEITY OF VARIANCES; THRESHOLD RESPONSE MODEL.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9900002014079166&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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A simulation study of the effect of connectedness on genetic trend Inra
Hanocq, E.; Boichard, D.; Foulley, J.L..
Un schéma de sélection constitué de quatre sous-populations est simulé durant sept générations séparées. Les mâles sont sélectionnés à l’issue de leur testage sur descendance. Des mâles de connexion sont utilisés en proportion variable afin d’estimer le niveau génétique de chaque sous-population, ou groupe de taureaux. La politique de renouvellement adoptée permet l’existence de flux de gènes entre les sous-populations. En l’absence de connexion, les différences génétiques entre groupes de taureaux ne sont pas estimables et le progrès génétique global est limité. En présence de connexions en faible quantité (proportion de taureaux de connexion de 1/16), la précision des contrastes entre sous-populations est réduite mais le flux de gènes existant...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GAIN GENETIQUE; EPREUVE SUR LA DESCENDANCE; DESCENDANCE; SELECTION.
Ano: 1996 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600008263058583&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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An overview of the Weitzman approach to diversity Inra
Thaon d'Arnoldi, C.; Foulley, J.L.; Ollivier, L..
Un aperçu sur l’approche de la diversité selon Weitzman. La diversité d’un ensemble d’espèces, ou de races, est définie par Weitzman de façon récursive ; les données de départ sont les distances génétiques entre les éléments de l’ensemble pris deux à deux. L’algorithme de calcul de la diversité fournit, comme résultat intermédiaire, un arbre de classement des espèces en présence, qui est interprété comme une phylogénie du maximum de vraisemblance. La théorie est illustrée par un exemple d’application à 19 races bovines européennes, et les utilisations possibles de la méthode pour définir des stratégies optimales de conservation sont discutées brièvement.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CONSERVATION DU MATERIEL GENETIQUE.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800002005071572&uri=/notices/prodinra1/2007/08/
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Analysis of a simulated microarray dataset : Comparison of methods for data normalisation and detection of differential expression Inra
Watson, M.; Pérez-Alegre, M.; Baron, M.D.; Delmas, C.; Dovc, P.; Duval, M.; Foulley, J.L.; Garrido-Pavon, J.J.; Hulsegge, I.; Jaffrézic, F.; Jiménez-Marin, A.; Lavric, M.; Lê Cao, K.A.; Marot, G.; Mouzaki, D.; Pool, M.H.; Robert-Granié, C.; San Cristobal, M.; Tosser-Klopp, G.; Waddington, D.; Koning, D.J. de.
Microarrays allow researchers to measure the expression of thousands of genes in a single experiment. Before statistical comparisons can be made, the data must be assessed for quality and normalisation procedures must be applied, of which many have been proposed.Methods of comparing the normalised data are also abundant, and no clear consensus has yetbeen reached. The purpose of this paper was to compare those methods used by the EADGENE network on a very noisy simulated data set. With the a priori knowledge of which genes are differentially expressed, it is possible to compare the success of each approach quantitatively.Use of an intensity-dependent normalisation procedure was common, as was correction formultiple testing. Most variety in performance...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GENE EXPRESSION; STATISTICAL ANALYSIS; SIMULATION; TWO COLOUR MICROARRAY.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008dce3eba7&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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Analysis of the real EADGENE data set : Comparison of methods and guidelines for data normalisation and selection of differentially expressed genes Inra
Jaffrézic, F.; Koning, D.J.; Boettcher, P.J.; Bonnet, A.; Buitenhuis, B.; Closset, R.; Déjean, S.; Delmas, C.; Detilleux, J.C.; Dovc, P.; Duval, M.; Foulley, J.L.; Hedegaard, J.; Hornshoj, H.; Hulsegge, I.; Janss, L.; Jensen, K.; Jiang, L.; Lavric, M.; Le Cao, K.A.; Lund, M.S.; Malinverni, R.; Marot, G.; Nie, H.; Petzl, W.; Pool, M.H.; Robert-Granié, C.; San Cristobal, M.; Van Schothorst, E.M.; Schuberth, H.J.; Sorensen, P.; Stella, A.; Tosser-Klopp, G.; Waddington, D.; Watson, M.; Yang, W.; Zerbe, H.; Seyfert, H.M..
Abstract – A large variety of methods has been proposed in the literature for microarray data analysis. The aim of this paper was to present techniques used by the EADGENE (European Animal Disease Genomics Network of Excellence) WP1.4 participants for data quality control,normalisation and statistical methods for the detection of differentially expressed genes in order to provide some more general data analysis guidelines. All the workshop participants were given a real data set obtained in an EADGENE funded microarray study looking at the geneexpression changes following artificial infection with two different mastitis causing bacteria:Escherichia coli and Staphylococcus aureus. It was reassuring to see that most of the teams found the same main...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QUALITY CONTROL; DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES; MASTITIS RESISTANCE; MICROARRAY DATA; NORMALISATION.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200842dc463c&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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Another look at multiplicative models in quantitative genetics Inra
Dillmann, C.; Foulley, J.L..
Cet article présente la théorie et les principales caractéristiques du modèle multiplicatif d’action des gènes. Une décomposition formelle de la moyenne et de la variance génotypique permet d’établir les relations entre les paramètres statistiques de ce modèle et ceux issus de la décomposition factorielle de l’effet des gènes en effets additifs, de dominance et d’épistasie. Une formule générale de la covariance entre apparentés dans une population consanguine en équilibre de liaison est proposée. On montre que les composantes épistatiques de la variabilité génétique peuvent être négligées ; le modèle multiplicatif devient alors un modèle pseudo-additif, l’approximation ne supprimant pas la forte liaison entre moyenne et variance. Les similitudes et...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE MULTIPLICATIF; CONSANGUINITE; COVARIANCE GENETIQUE.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0000008272079920&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Approches statistiques de l'évaluation génétique des reproducteurs pour des caractères binaires a seuils Inra
Foulley, J.L.; Manfredi, E..
Cet article présente 3 méthodes statistiques d’estimation des paramètres de position et de dispersion relatifs au modèle à seuils applicable à des caractères à variation phénotypique binaire en structure de modèle mixte des facteurs de variation. Ces méthodes concernent : l’approche linéaire de Grizzle, Starmer et Koch (1969) et son extension bayésienne au modèle mixte; l’approche du modèle linéaire généralisé et de la quasi-vraisemblance de Gilmour, Anderson et Rae (1985-87) et enfin la méthode bayésienne du mode conjoint a posteriori (MAP) de Gianola et Foulley (1983). Différents aspects comparatifs de ces 3 méthodes sont abordés en discussion.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: QUASI VRAISEMBLANCE; REPRODUCTEUR; METHODE BAYESIENNE; MODELE LINEAIRE; MODELE MIXTE; CARACTERE A SEUIL.
Ano: 1991 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300032576028487&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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Criteres de detection indirecte des taureaux porteurs de la translocation 129 a partir des caryotypes de leurs descendants. Inra
Foulley, J.L.; Frebling, J..
Cet article donne, à partir du théorème de Bayes, l’expression de la probabilité qu’untaureau non caryotypé soit porteur de la translocation 1-29 sachant qu’on a observé Sdescendants porteurs parmi N caryotypés. Les formules sont illustrées par un exemple concret et des tables indiquant le nombre minimum de porteurs requis pour conclure avec un risque de décision erronée inférieure à 10-3 ou 10-6
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TRANSLOCATION 1/29; THEOREME DE BAYES; CARYOTYPE; DESCENDANCE.
Ano: 1985 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB8808321007212&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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ECM approaches to heteroskedastic mixed models with constant variance ratios Inra
Foulley, J.L..
Cet article présente des techniques d’estimation des paramètres intervenant dans des modèles mixtes ayant des rapports de variance constants et des variances résiduelles décrites par un modèle linéaire de leurs logarithmes. Les paramètres de dispersion sont estimés par le maximum de vraisemblance classique (ML) et restreint (REML). Les équations à résoudre pour obtenir ces estimations sont établies à partir de l'algorithme d’espérance-maximisation conditionnelle (ECM) et d’une version simplifiée dite du gradient ECM. Des approches directe et indirecte sont proposées, cette dernière conduisant à un test d’hypothèse sur le rapport de variances. La théorie est illustrée par l’analyse numérique d’un petit exemple.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE MIXTE; ALGORITHME EM; HETEROSCEDASTICITE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1997 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800009377067760&uri=/notices/prodinra1/2007/09/
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Ecriture des équations du BLUP multicaractères Inra
Foulley, J.L.; Calomiti, S.; Gianola, D..
Cet article formalise l’écriture des équations du BLUP multicaractères dans la situation où tous les caractères sont affectés par les mêmes facteurs de variation. Deux cas sont distingués selon que l’information sur les caractères est complète ou non. En présence d’un seul facteur aléatoire et quand tous les caractères sont contrôlés, le problème se simplifie beaucoup grâce à une transformation canonique des données (ou directement des seconds-membres) et revient à calculer le BLUP unicaractère de chacune des variables canoniques. Dans le cas d’information incomplète, on est conduit à subdiviser l’échantillon en ensembles d’individus homogènes entre eux quant aux caractères contrôlés et tels que les résiduelles du modèle relatives aux variables...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: BLUP; ECRITURE D'EQUATION; MULTICARACTERE; FACTEUR DE VARIATION.
Ano: 1982 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008995b4af&uri=/notices/prodinra1/2008/03/
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Estimation of genetic merit from bivariate « all or none » responses Inra
Foulley, J.L.; Gianola, D..
Cet article présente une méthode d’analyse bidimensionnelle de caractères tout-ou-rien intervenant en sélection animale. La modélisation des réponses tout-ou-rien postule l’existence d’une distribution binormale de variables sous-jacentes à seuils qui suivent un modèle linéaire mixte. Les paramètres sur l’échelle sous-jacente sont estimés selon une procédure bayesienne à partir du mode de la distribution a posteriori. La méthode implique une résolution itérative et le calcul d’intégrales normales à 2 dimensions. Le système correspondant d’équations est décrit. La méthode est illustrée par une application à des données de viabilité et conditions de naissance de veaux.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: EVALUATION MULTICARACTERE; VARIABLES TOUT OU RIEN; METHODE BAYESIENNE MULTIPLE TRAIT EVALUATION; ALL-OR-NONE RESPONSES; BAYESIAN METHODS.
Ano: 1984 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20082c3a26ff&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Estimation of genetics parameters of egg production traits of laying hens by restricted maximum likelihood applied to a multiple-trait reduced animal model Inra
Besbes, B.; Ducrocq, V.; Foulley, J.L.; Protais, M.; Tavernier, A.; Tixier-Boichard, M.; Beaumont, C..
La production d’oeufs (nombre d’oeufs produits entre 19 et 26, 26 et 38 et 26 et 54 semaines d’âge), les caractéristiques de l’oeuf (le poids moyen des œufs à 2 âges différents et densité de l’oeuf) ainsi que le poids des poules à 40 semaines d’âge ont été étudié dans deux souches d’une firme de sélection. Les composantes de la variance de ces caractères ont été estimées à l’aide du maximum de vraisemblance restreinte (REML) uni et multicaractères appliqué à un modèle animal réduit (RAM). Pour tridiagonaliser la matrice des coefficients et réduire, par conséquent, les calculs liés à son inversion à chaque itération de l’algorithme EM (Espérance-Maximisation), nous avons utilisé l’algorithme proposé par Thompson et Meyer (1990). Ce dernier introduit...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CARACTERE DE PONTE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE; PARAMETRE GENETIQUE; MODELE ANIMAL.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300008122034137&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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Genetic improvement of litter size in sheep. A comparison of selection methods Inra
Pérez-Enciso, M.; Foulley, J.L.; Bodin, L.; Elsen, J.M.; Poivey, J.P..
Cet article discute l’intérêt du taux d’ovulation (OR) pour accroître le progrès génétique sur la taille de portée (LS) et étudie à cet effet divers critères de sélection combinant OR et le taux de survie embryonnaire (ES). On a examiné par simulation les réponses à la sélection en 5 générations dans une population de 20 et 600 reproducteurs mâles et femelles avec 50 réplications par méthode. On a considéré 2 races, de prolificité faible (Mérinos) et moyenne (Lacaune). Les performances ont été générées à partir d’un modèle bicaractère à seuils. Les héritabilitiés d’OR et ES ont été supposées constantes sur l’échelle sous-jacente dans les 2 races et prises égales respectivement à 0,35 et 0,11 avec une corrélation génétique entre ces 2 caractères de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: TAUX D'OVULATION; MODELE A SEUILS; SURVIE PRENATALE; PROGRES GENETIQUE; OVULATION.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9700007577060058&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Genetic parameters for twinning in the Maine Anjou breed Inra
Manfredi, E.; Foulley, J.L.; Gillard, P.; San Cristobal, M..
Cette étude vise à estimer les paramètres et les valeurs génétiques de la gémellité en race bovine Maine-Anjou. L’analyse du taux de vêlages gémellaires a été effectuée en traitant ce caractère comme un caractère tout-ou-rien à seuil soumis à des effets directs et foetaux en postulant une hérédité polygénique. Les facteurs de variation pris en compte étaient le rang de vêlage, l’interaction (année x saison de vêlage), le troupeau, le père du fœtus, le père de la vache et la vache intra-père. Le coefficient d’héritabilité a été estimé à 0,02 pour les effets foetaux et 0,13 pour les effets directs avec une corrélation de 0,36 entre les deux. Les valeurs génétiques transmises des taureaux ont été prédites sur l’échelle sous-jacente. Le meilleur...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: GEMELLITE; PARAMETRE GENETIQUE; REPRODUCTEUR; CARACTERE A SEUIL.
Ano: 1991 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9200008913026506&uri=/notices/prodinra1/2007/12/
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Genetic variation of traits measured in several environments. I. Estimation and testing of homogeneous genetic and intra-class correlations between environments Inra
Robert, C.; Foulley, J.L.; Ducrocq, V..
Cet article étudie les problèmes d’estimation des composantes familiales de (co)variance entre milieux et les problèmes de test d’homogénéité, soit des corrélations génétiques entre milieux seules, soit des corrélations génétiques et des corrélations intra-classe entre milieux. Les procédures de test reposent sur le rapport de vraisemblances restreintes maximisées sous les modèles réduits (les différentes hypothèses d’homogénéité) et le modèle saturé. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM) est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance-covariance. Les formules EM s’appliquent au modèle multicaractère pour le modèle saturé et à des modèles...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; CORRELATION INTRACLASSE; ESPERANCE MAXIMISATION; CORRELATION GENETIQUE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600002012053981&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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Genetic variation of traits measured in several environments. II. Inference on between-environment homogeneity of intra-class correlations Inra
Robert, C.; Foulley, J.L.; Ducrocq, V..
Cet article décrit une approche permettant d’estimer les composantes de variance-covariance entre milieux dans le cas de corrélation intra-classe homogènes entre milieux, sans faire d’hypothèse sur les corrélations génétiques entre milieux pris 2 à 2. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM), comparable à celui décrit par Foulley et Quaas (1994), est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance covariance. Trois paramétrisations différentes (coordonnées cartésiennes, polaires et sphériques) sont proposées pour calculer les estimateurs EM-REML sous le modèle réduit (les corrélations intra-classe sont supposées toutes égales à une même...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HETEROSCEDASTICITE; PARAMETRISATION; CORRELATION INTRA CLASSE; ESPERANCE MAXIMISATION; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE.
Ano: 1995 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9600002009053978&uri=/notices/prodinra1/2007/10/
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