|
|
|
Registros recuperados: 38 | |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Watson, M.; Pérez-Alegre, M.; Baron, M.D.; Delmas, C.; Dovc, P.; Duval, M.; Foulley, J.L.; Garrido-Pavon, J.J.; Hulsegge, I.; Jaffrézic, F.; Jiménez-Marin, A.; Lavric, M.; Lê Cao, K.A.; Marot, G.; Mouzaki, D.; Pool, M.H.; Robert-Granié, C.; San Cristobal, M.; Tosser-Klopp, G.; Waddington, D.; Koning, D.J. de. |
Microarrays allow researchers to measure the expression of thousands of genes in a single experiment. Before statistical comparisons can be made, the data must be assessed for quality and normalisation procedures must be applied, of which many have been proposed.Methods of comparing the normalised data are also abundant, and no clear consensus has yetbeen reached. The purpose of this paper was to compare those methods used by the EADGENE network on a very noisy simulated data set. With the a priori knowledge of which genes are differentially expressed, it is possible to compare the success of each approach quantitatively.Use of an intensity-dependent normalisation procedure was common, as was correction formultiple testing. Most variety in performance... |
Tipo: Journal Article |
Palavras-chave: GENE EXPRESSION; STATISTICAL ANALYSIS; SIMULATION; TWO COLOUR MICROARRAY. |
Ano: 2007 |
URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008dce3eba7&uri=/notices/prodinra1/2011/04/ |
| |
|
|
Jaffrézic, F.; Koning, D.J.; Boettcher, P.J.; Bonnet, A.; Buitenhuis, B.; Closset, R.; Déjean, S.; Delmas, C.; Detilleux, J.C.; Dovc, P.; Duval, M.; Foulley, J.L.; Hedegaard, J.; Hornshoj, H.; Hulsegge, I.; Janss, L.; Jensen, K.; Jiang, L.; Lavric, M.; Le Cao, K.A.; Lund, M.S.; Malinverni, R.; Marot, G.; Nie, H.; Petzl, W.; Pool, M.H.; Robert-Granié, C.; San Cristobal, M.; Van Schothorst, E.M.; Schuberth, H.J.; Sorensen, P.; Stella, A.; Tosser-Klopp, G.; Waddington, D.; Watson, M.; Yang, W.; Zerbe, H.; Seyfert, H.M.. |
Abstract – A large variety of methods has been proposed in the literature for microarray data analysis. The aim of this paper was to present techniques used by the EADGENE (European Animal Disease Genomics Network of Excellence) WP1.4 participants for data quality control,normalisation and statistical methods for the detection of differentially expressed genes in order to provide some more general data analysis guidelines. All the workshop participants were given a real data set obtained in an EADGENE funded microarray study looking at the geneexpression changes following artificial infection with two different mastitis causing bacteria:Escherichia coli and Staphylococcus aureus. It was reassuring to see that most of the teams found the same main... |
Tipo: Journal Article |
Palavras-chave: QUALITY CONTROL; DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES; MASTITIS RESISTANCE; MICROARRAY DATA; NORMALISATION. |
Ano: 2007 |
URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200842dc463c&uri=/notices/prodinra1/2011/04/ |
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Besbes, B.; Ducrocq, V.; Foulley, J.L.; Protais, M.; Tavernier, A.; Tixier-Boichard, M.; Beaumont, C.. |
La production d’oeufs (nombre d’oeufs produits entre 19 et 26, 26 et 38 et 26 et 54 semaines d’âge), les caractéristiques de l’oeuf (le poids moyen des œufs à 2 âges différents et densité de l’oeuf) ainsi que le poids des poules à 40 semaines d’âge ont été étudié dans deux souches d’une firme de sélection. Les composantes de la variance de ces caractères ont été estimées à l’aide du maximum de vraisemblance restreinte (REML) uni et multicaractères appliqué à un modèle animal réduit (RAM). Pour tridiagonaliser la matrice des coefficients et réduire, par conséquent, les calculs liés à son inversion à chaque itération de l’algorithme EM (Espérance-Maximisation), nous avons utilisé l’algorithme proposé par Thompson et Meyer (1990). Ce dernier introduit... |
Tipo: Journal Article |
Palavras-chave: CARACTERE DE PONTE; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE RESTREINTE; PARAMETRE GENETIQUE; MODELE ANIMAL. |
Ano: 1992 |
URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9300008122034137&uri=/notices/prodinra1/2007/12/ |
| |
|
| |
|
|
Manfredi, E.; Foulley, J.L.; Gillard, P.; San Cristobal, M.. |
Cette étude vise à estimer les paramètres et les valeurs génétiques de la gémellité en race bovine Maine-Anjou. L’analyse du taux de vêlages gémellaires a été effectuée en traitant ce caractère comme un caractère tout-ou-rien à seuil soumis à des effets directs et foetaux en postulant une hérédité polygénique. Les facteurs de variation pris en compte étaient le rang de vêlage, l’interaction (année x saison de vêlage), le troupeau, le père du fœtus, le père de la vache et la vache intra-père. Le coefficient d’héritabilité a été estimé à 0,02 pour les effets foetaux et 0,13 pour les effets directs avec une corrélation de 0,36 entre les deux. Les valeurs génétiques transmises des taureaux ont été prédites sur l’échelle sous-jacente. Le meilleur... |
Tipo: Journal Article |
Palavras-chave: GEMELLITE; PARAMETRE GENETIQUE; REPRODUCTEUR; CARACTERE A SEUIL. |
Ano: 1991 |
URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9200008913026506&uri=/notices/prodinra1/2007/12/ |
| |
|
| |
|
| |
Registros recuperados: 38 | |
|
|
|