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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. Repositório Alice
ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B..
Guzerat is a dual-purpose breed recognized for important traits to its adaptation to adverse tropical environments such as resistance to parasites, heat tolerance and ability to intake forage with low nutritional value. Once genetic variation responsible for this traits has so far not been well characterized, the aim of this study was to identity single nucleotide variants (SNVs) and insertion/deletions (Indels) in Guzerat cattle breed from whole genome re-sequencing in order to characterize loss-of-function variants which could be associated with complex traits in this cattle breed.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Single nucleotide variants; Bioinformatics; Cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067540
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Genome-wide association studies reveal genomic windows and candidate genes related to fat deposition in chickens. Repositório Alice
MOREIRA, G. C. M.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D. J.; MOURA, A. S. A. M. T.; COUTINHO, L. L..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome-wide; Chickens.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1045625
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Improvement of genomic selection using a ridge regression approach with selected markers. Repositório Alice
RESENDE JUNIOR, M.; DELL VALLE, P. R. M.; RESENDE, M. D. V. de; GARRICK, D. J.; FERNANDO, R.; DAVIS, J. M.; PETER, G.; KIRST, M..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RR-BLUP; Seleção genética.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943669
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Positional candidate genes for residual intake and gain in Nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N.; CESAR, A. S. M.; NASCIMENTO, M. L. do; SOUZA, M. M.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P.; SONSTEGARD, T.; MOURÃO, G. B.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Feed efficiency; SNPs.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/998065
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/ deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Potential genomic markers; Important traits; Single nucleotide variations; Genetic variants.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072234
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. da.
bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Molecular mechanisms; Raças bovinas; Genomic markers; Sires.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069769
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide variations; Important traits; Genetic variants; Gado; Variação genética; Genome; Single nucleotide polymorphism; Cattle breeds.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086824
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