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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Gado de Corte; Genoma.; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/969359
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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genoma.; Gado de Corte; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/988596
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A tecnologia de microarranjos na identificação de genes de interesse na bovinocultura. Infoteca-e
GIACHETTO, P. F..
Como ferramenta de análise da expressão gênica, a tecnologia dos microarranjos de DNA permite a investigação de milhares de transcritos de um tecido, de maneira simultânea. Essa metodologia tem revolucionado diversas áreas do conhecimento, por meio do aumento substancial da capacidade analítica dos processos moleculares. Hoje, dentro da ciência animal, a disponibilidade desse método de investigação tem permitido aos pesquisadores identificar variações na expressão de determinados genes que possam ocorrer como respostas biológicas devido à condição experimental (idade, raça, estado fisiológico). Sob um aspecto prático, essa tecnologia tem seu papel na identificação de genes envolvidos na determinação de características fenotípicas de interesse econômico, os...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Tecnologia de microarranjos de DNA; Expressão gênica.; Bovinocultura.; Microarray technology; Gene expression; Cattle.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885253
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Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..
O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975703
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652
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Aplicações da bioinformática na agricultura. Repositório Alice
ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F..
Introdução. Infraestrutura computacional do LMB para suporte a projetos de bioinformática aplicada à agropecuária. Aplicações. A bioinformática e a cadeia produtiva do tambaqui. Bioinformática no desenvolvimento de vacinas: vacinologia reversa. Ferramentas de bioinformática. Machado: um framework de integração de dados genômicos. BDPFG: sistema web para recuperação de informação de pedigree, fenótipos e genótipos. Considerações finais.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Banco de dados BDPFG; Ferramenta Machado; Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa; Transformação digital; Agricultura digital; Digital agriculture; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126268
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Bioinformática aplicada à agricultura. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H..
Este capítulo tem por objetivo colocar o leitor a par do estado da arte das principais aplicações da bioinformática na agricultura, particularmente àquelas relacionadas ao melhoramento genético animal e vegetal, executadas no âmbito da Embrapa.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Melhoramento genético; Estudos de associação genômica ampla; Genome-Wide Association Studies; Polimorfismos de base única; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1010705
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Catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. Repositório Alice
SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K..
RESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Catalogação; Representação descritiva; Representação temática; Dados biológicos; Datasets; Datasets ômicos; Gestão de dados de pesquisa; Descriptive representation; Thematic representation; Biological data; Research data management.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144143
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CNV study in Nelore with PennCNV software: the control files. Repositório Alice
SILVA, V. H.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F.; PERTILLE, F.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Separatas Palavras-chave: CNA; Genomic; Standards; DNA; Bioinformatics; Cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/963167
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CNV: uma ferramenta promissora para aplicação em programas de melhoramento genético de bovinos. Infoteca-e
SIQUEIRA, F.; GIACHETTO, P. F..
Variações no número de cópias de regiões específicas do DNA, ou simplesmente CNVs (Copy Number Variations), constituem um tipo de marcador molecular que é encontrado com frequência nos genomas de mamíferos e plantas. Em humanos, o impacto das CNVs sobre os fenótipos já foi relatado em características adaptativas, mortalidade embrionária e em algumas doenças complexas como autismo, esquizofrenia, doença de Chron, artrite reumatoide, diabetes tipo I e obesidade. Comparada aos SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), as CNVs envolvem um número maior de sequências genômicas, apresentando, potencialmente, um impacto mais pronunciado na expressão gênica, em função de alterações na estrutura e na dosagem gênica. Assim, acredita-se que esse marcador também exerça um...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bovino; DNA; Fenótipo; Gene; Genética Animal; Marcador Molecular; Variação Genética; Melhoramento Genético Animal.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1118279
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Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G..
Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Fusarium oysporum f. sp. cubense (FOC); Doença Panama; Transcriptoma; Patógeno de planta; Genômica.; Biotecnologia; Doença de Planta..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/898042
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Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Panama disease; Genomic analysis; Transcriptomic analysis.; Banana; Doença de Planta..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/905765
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Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice
GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943643
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Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice
GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..
P0120.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática; Eucalyptus; Carbon; Gene expression; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/932788
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Complete mitochondrial genome from South American catfish Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmann & Eigenmann) and its impact in Siluriformes phylogenetic tree. Repositório Alice
VILLELA, L. C. V.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PONZETTO, J. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
The cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Neotropical freshwater catfish from family Pimelodidae (Siluriformes) native to Brazil. The species is of relative economic importance for local aquaculture production and basic biological information is under development to help boost efforts to domesticate and raise the species in commercial systems. The complete cachara mitochondrial genome was obtained by assembling Illumina RNA-seq data from pooled samples. The full mitogenome was found to be 16,576 bp in length, showing the same basic structure, order, and genetic organization observed in other Pimelodidae, with 13 protein-coding genes, 2 rNA genes, 22 trNAs, and a control region. Observed base composition was 24.63% T, 28.47% C, 31.45% A, and 15.44% G....
Tipo: Separatas Palavras-chave: Cachara; Peixe-gato; Mitogenome.; Filogenia; Melhoramento genético animal; Peixe de água doce; RNA; Aquicultura.; Pseudoplatystoma reticulatum; Mitochondrial genome; Siluriformes; Phylogeny; Catfish; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074198
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Conceitos estatísticos aplicados à experimentação zootécnica. Repositório Alice
SALMAN, A. K. D.; GIACHETTO, P. F..
Diante da importância dos produtos de origem animal para o cenário econômico brasileiro, é constante a busca por inovações científicas e tecnológicas com resultados econômicos e práticos para serem aplicados em sistemas de produção animal ou em algum outro setor da cadeia produtiva. Através da experimentação científica, pesquisadores utilizam diversos recursos metodológicos para alcance de melhores índices de produtividade, com base em resultados confiáveis e consolidados. Dentre esses recursos, os métodos estatísticos auxiliam, dentro dos preceitos da metodologia científica, a testar hipóteses levantadas e interpretar os resultados observados em um determinado estudo. Esse trabalho objetivou sumarizar os princípios básicos de estatística descritiva e de...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Metodologia científica; Experimentação zootécnica; Scientific methodology; Animal science experimentation; Zootecnia; Animal science.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/995655
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Construção de um pipeline para identificação e análise de CNVs utilizando dados de chips de genotipagem de SNPs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. de P.; GIACHETTO, P. F..
O objetivo desse estudo foi construir um pipeline de bioinformática para a identificação e análise de CNVs a partir dos dados gerados pelos chips de genotipagem de SNPs da plataforma Illumina, o qual tem sido largamente utilizado na genotipagem de rebanhos bovinos da Embrapa.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de base única; Genotipagem; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/954566
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Copy number variation discovery in canchim cattle using data from SNP genotyping arrays. Repositório Alice
GONÇALVES, A. R.; PEREIRA, F. C. de P.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F..
Data from cattle genotyping using SNP arrays for genome-wide association studies, is widely available at Embrapa. The objective os this study was to use an open source tool, CNstream, for CNV identification from cattle genotyping using Illumina SNP arrays.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequência genômica; Bioinformática.; Gado.; Nucleotide sequences; Single nucleotide polymorphism; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946491
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de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. Repositório Alice
BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G..
Sugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Cana-de-açúcar; Tolerância à seca; Transcriptoma; Bioinformatics; Sugarcane; Drought tolerance; Water stress; Transcriptomics.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1038946
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