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A 3K Axiom SNP array from a transcriptomewide SNP resource sheds new light on the genetic diversity and structure of the iconic subtropical conifer tree Araucaria angustifolia (Bert.) Kuntze. Repositório Alice
SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B.; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A.; AGUIAR, A. V.; GRATTAPAGLIA, D..
High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation, SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of the species. RNA-seq was a far superior source...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Araucária Angustifólia.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124676
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A cost-effective approach to DNA methylation detection by Methyl Sensitive DArT sequencing. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; PAPPAS, M. de C. R.; GRATTAPAGLIA, D.; PAPPAS JUNIOR, G. J..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: DNA Sequencing; Epigenetic Inheritance; Genome; Transposons; Sulfites; Methylation; Genes; Genomics.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124582
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A flexible multi-species genome-wide 60K SNP chip developed from pooled resequencing of 240 Eucalyptus tree genomes across 12 species. Repositório Alice
SILVA JUNIOR, O. B. da; FARIA, D. A.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Pooled resequencing; Single-nucleotide polymorphism (SNP) ascertainment bias; Trans-spe; Myrtaceae; Population structure.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1031208
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A genetic linkage map for a Full sib population of Eucalyptus grandis using SSR, DArT, CG-SSR and EST-SSR markers. Repositório Alice
GARCIA, M.; VILLALBA, P.; ACUÑA, C.; OBERSCHELP, J.; HARRAND, L.; SURENCISKI, M.; MARTÍNEZ, M.; PETROLI, C.; SANSALONI, C.; FARIA, D.; GRATTAPAGLIA, D.; POLTRI, S. M..
Edição dos resumos do IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery Arraial d'Ajuda, 26 June - 2 July 2011. Poster.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Eucalyptus Grandis.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/901711
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A genome-wide scan shows evidence for local adaptation in a widespread keystone Neotropical forest tree. Repositório Alice
COLLEVATTI, R. G.; NOVAES, E.; SILVA JUNIOR, O. B. da; VIEIRA, L. D.; LIMA-RIBEIRO, M. S.; GRATTAPAGLIA, D..
Na publicação: Orzenil B. Silva-Junior.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Conservation genomics; Genetic variation.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110632
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A genotyping array of 3,400 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) advances the genetic analysis of the iconic tree Araucaria angustifolia, showing that the natural populations ar e more differentiated than previously reported. Repositório Alice
TANNO, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; GRATTAPAGLIA, D..
Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Araucária Angustifólia.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113652
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A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus. Repositório Alice
BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..
Eucalypts are the most widely planted hardwood trees in the world occupying globally more than 18 million hectares as an important source of carbon neutral renewable energy and raw material for pulp, paper and solid wood. Quantitative Trait Loci (QTLs) in Eucalyptus have been localized on pedigree-specific RAPD or AFLP maps seriously limiting the value of such QTL mapping efforts for molecular breeding. The availability of a genus-wide genetic map with transferable microsatellite markers has become a must for the effective advancement of genomic undertakings. This report describes the development of a novel set of 230 EMBRA microsatellites, the construction of the first comprehensive microsatellite-based consensus linkage map for Eucalyptus and the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/207201
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A microsatellite-based consensus linkage map for species of Eucalyptus and a novel set of 230 microsatellite markers for the genus. Repositório Alice
BRONDANI, R. P. V.; WILLIAMS, E. R.; BRONDANI, C.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Marcadores microssatélites; Genômica comparativa; QTL; Eucalyptus.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/188047
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A novel genome-wide microsatellite resource for species of Eucalyptus with linkage-to-physical correspondence on the reference genome sequence. Repositório Alice
GRATTAPAGLIA, D.; MAMANI, E. M. C.; SILVA JUNIOR, O. B.; FARIA, D. A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Ancestry informative markers; Microsatellites; Simple sequence repeats; Eucalyptus Grandis; Eucalyptus globulus.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034895
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A selected set of est-derived microsatellites, polymorphic and transferable across 6 species of eucalyptus. Repositório Alice
FARIA, D. A. de; MAMANI, E. M. C.; PAPPAS, M. de C. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: EST-SSR; Tropical trees; Eucalyptus.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/871624
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Age trends in genetic parameters for growth performance across country-wide provenances of the iconic conifer tree Araucaria angustifolia show strong prospects for systematic breeding and early selection. Repositório Alice
RESENDE, R. T.; SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FREITAS, M. L. M.; SEBBENN, A. M.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de; GRATTAPAGLIA, D..
Understanding the growth patterns of long-lived conifer tree species is important to devise breeding and early selection strategies, predict future biomass productivity and assess adaptive tree fitness for long term conservation efforts. We investigated the genetic variation for growth traits of Araucaria angustifolia, the grandiose renowned ?Parana ´ pine? tree, in a trial involving 122 families across 15 provenances covering the entire natural range of the species in Brazil. Measurements at ages 7, 24, 32, 33 and 35 were used to adjust continuous growth curves based on nonlinear mixed-effect models for all 2158 trees, providing annual estimates for unmeasured ages in the 7-to-35-year interval. Estimated values closely matched observed ones and a...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Individual tree modeling; Random regression; Genetic parameters; Mixed models; Conifer breeding; Araucária Angustifólia; Pinheiro do Paraná; Early selection.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1134780
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Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing"). Repositório Alice
LOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequenciamento "shotgun".; Amostragem; Eucalyptus Grandis; Genoma..
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/184624
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Análise da herança de locos microsatélites marcados com fluorescência em sumaúma (Ceiba pentandra) e estimativa de fecundação cruzada em populações naturais. Repositório Alice
MISSIAGGIA, A. A.; KIRST, M.; SILVEIRA, F. Q.; GAIOTTO, F. A.; BRONDANI, R. P. V.; GRIBEL, R.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Caracterização biológica.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189042
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Analise de distancia genetica entre clones de Eucalyptus: aplicacoes no melhoramento, mapeamento genetico e plantio operacional. Repositório Alice
COSTA E SILVA, C.; BERTOLUCCI, F. L.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Mapeamento genetico; Genetic mapping.; Clone; Melhoramento; Plantio.; Eucalyptus; Planting; Breeding..
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/171473
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Análise de genética populacional de duas espécies de palmito (Euterpe edulis E Euterpe oleracea) utilizando microssatélites. Repositório Alice
SILVA, A. G.; GAIOTTO, F. A.; CIAMPI, A. Y.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186761
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Análise genética com RAPD e microssatélites indicam forte estruturação familiar na regeneração de Cedrela odorata em mata ciliar no cerrado. Repositório Alice
SOARES, C. N.; GRATTAPAGLIA, D..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Caracterização biológica.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/189043
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Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. Repositório Alice
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da.
PAG XXVI
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único.; Mandioca; Melhoramento genético vegetal; Germoplasma; Single nucleotide polymorphism..
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086247
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Applied coffee genomics: towards a GWS program. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genômica.; Café; Coffea Canephora.; Genomics..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/979068
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Avaliação da diversidade genética do banco de germoplasma de pinhão-manso por marcadores moleculares. Infoteca-e
ROSADO. T. B.; LAVIOLA, B. G.; PAPPAS, M. de C. R.; BHERING, L. L.; QUIRINO, B. F.; GRATTAPAGLIA, D..
bitstream/item/17901/1/BPesq_01.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Recursos genéticos; Agroenergia.; Jatropha Curcas..
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/661513
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Avaliação fenotípica de uma população de Coffea canephora VAR. Conilon cultivada em altitude elevada, visando um programa de Seleção Genômica Ampla (SGA) em cafeeiro. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. da S.; COSTA, T. S.; OLIVEIRA, S. de A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. de F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; ANDRADE, A. C..
Considerada a bebida não alcoólica mais popular e regularmente consumida por 40% da população, o café ocupa uma posição de destaque na economia sendo um dos mais importantes produtos de exportação mundial. Sua produção está sujeita a oscilações regulares devido ao ciclo bienal da planta, e também a fatores abióticos, como o estresse hídrico e altas temperaturas. Visando-se o estabelecimento de ferramentas de auxílio para se acelerar o melhoramento genético desta espécie, avanços significativos em genômica do cafeeiro têm ocorrido nos últimos anos. Como exemplo, pode-se citar a recente conclusão do sequenciamento do genoma completo de Coffea canephora, que servirá de referência para utilização em trabalhos avançados de genética molecular, aplicados...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Caracterização fenotípica; Tolerância à seca; Coffea canephora; Produtividade.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/976059
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