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Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction Inra
Elsen, J.M.; Mangin, B.; Goffinet, B.; Boichard, D.; Le Roy, P..
Dans une série d’articles scientifiques, des modèles alternatifs pour la détection de (QTLs chez les animaux de ferme sont proposés et leurs propriétés sont évaluées par simulation. Ce premier article décrit le modèle de base utilisé, qui concerne des familles indépendantes de demi-germains de père, avec des phénotypes marqueurs mesurés sur deux ou trois générations et des phénotypes quantitatifs mesurés seulement sur la dernière génération. Les hypothèses sont données et l’expression de la vraisemblance décrite en détail. À partir de ce modèle de base, différentes alternatives ont été étudiées, incluant diverses modélisations des performances et la prise en compte de structures familiales avec de vrais germains. Leurs principales caractéristiques...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE QTL DETECTION; MAXIMUM LIKELIHOOD.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007c16af24a&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations Inra
Mangin, B.; Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M..
Dans ce papier, nous comparons quatre méthodes, qui permettent de résoudre le problème relatif à la phase inconnue des mâles aux marqueurs dans des familles de demi-germains, lorsque aucune information sur les grands-parents n’est disponible. Ces méthodes sont comparées, en utilisant l’approximation gaussienne de la vraisemblance à l’intérieur de chaque descendance à la place de la vraisemblance du mélange de distribution. Dans la première étude par simulation, les propriétés respectives du modèle gaussien et du modèle de mélange sont étudiées pour la méthode la plus simple de reconstruction des gamètes des mâles. Les deux modèles conduisent à des tests comparables au regard de leur puissance mais l’erreur quadratique moyenne d’estimation de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; PHASE DE LINKAGE INCONNU; TEST DU RAPPORT DE VRAISEMBLANCE HALF-SIB FAMILIES; QTL DETECTION; UNKNOWN LINKAGE PHASE; GAUSSIAN APPROXIMATION; LOG-LIKELIHOOD RATIO TEST.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200757228d08&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect Inra
Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M.; Mangin, B..
Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; MODELE HETEROSCEDASTIQUE; DESEQUILIBRE DE LIAISON; DETECTION DE QTL HALF-SIB FAMILIES; HETEROSKEDASTIC MODEL; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL DETECTION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072be1f4a8&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Critere optimal de selection. Quelques resultats generaux. Inra
Goffinet, B.; Elsen, J.M..
Dans l’axe du travail de COCHRAN (1951) appliqué à l’amélioration génétique des animaux, on donne les méthodes de sélection qui maximisent l’espérance de la valeur des retenus, dans diverses situations expérimentales : informations inégales et variables sur les candidats, nombre de mâles mis en testage aléatoire, existence d’effets élevage ou année, etc. On montre que, dans toutes ces situations, la méthode classique consistant à sélectionner les individus dont l’indice dépasse un seuil se généralise. Ce seuil est unique pour tous les candidats et l’indice obtenu est l’espérance conditionnelle de la valeur génétique sachant l’information sur le candidat ; cette dernière étant « orthogonalisée » par rapport aux effets fixes.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CRITERE DE SELECTION; PROGRES GENETIQUE; BLUP.
Ano: 1984 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB8607227001842&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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Maximum-likelihood models for mapping genetic markers showing segregation distortion : 1. Backcross populations IRD
Lorieux, Mathias; Goffinet, B.; Perrier, X.; Gonzales de Leon, D.; Lanaud, C..
Une approche du maximum de vraisemblance est utilisée pour estimer les fréquences de recombinaison entre des marqueurs présentant des distorsions de ségrégation dans des populations backcross. L'hypothèse faite ici est que les distorsions sont induites par des différences de viabilité entre gamètes ou zygotes dues à la présence d'un ou plusieurs allèles contre-sélectionnés. Nous montrons que l'estimateur de Bailey (1949) reste convergent donc efficace sous des conditions plus générales que celles définies par son auteur. Cet estimateur devrait donc être utilisé à la place de l'estimateur classique du maximum de vraisemblance. La question de la détection d'une liaison peut être affectée par les distorsions de ségrégation. (Résumé d'auteur)
Tipo: Text Palavras-chave: AMELIORATION DES PLANTES; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; MODELE MATHEMATIQUE; SEGREGATION; GENE; RETROCROISEMENT; MARQUAGE; MARQUEUR GENETIQUE.
Ano: 1995 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:43202
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Maximum-likelihood models for mapping genetic markers showing segregation distortion : 2. F2 populations IRD
Lorieux, Mathias; Perrier, X.; Goffinet, B.; Lanaud, C.; Gonzales de Leon, C..
Tipo: Text Palavras-chave: AMELIORATION DES PLANTES; MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; MODELE MATHEMATIQUE; MARQUAGE; GENE; SEGREGATION; HYBRIDE; MARQUEUR GENETIQUE; F2.
Ano: 1995 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:43203
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Methodes mathematiques pour l'etude des genes controlant des caracteres quantitatifs Inra
Goffinet, B.; Beckmann, J.; Boichard, D.; Causse, M.; Charcosset, A.; Chevalet, C.; Christophe, C.; Colleau, J.J.; Demenais, F.; Durel, C.E.; Elsen, J.M.; Foulley, J.L.; Gallais, A.; Gotz, K.U.; Hospital, H.; Kremer, A.; Lorieux, M.; Lefort-Buson, M.; Le Roy, P.; Loisel, P.; Mangin, B.; Maurice, A.; Perrier, X.; Pons, O.; Rebaï, A.; Rodolphe, F.; San Cristobal, M.; Vu Tien Khang, J..
Nous présentons ici les travaux s’inscrivant dans le cadre du projet «Mathématiques et marqueurs moléculaires», en abrégé «MMM». Ces travaux ont pour objet l’identification et l’utilisation de gènes contrôlant des caractères quantitatifs - ou QTL (quantitative trait loci) - à partir de l’information issue des phénotypes, de la généalogie et de marqueurs moléculaires. Une première partie concerne la mise en évidence de gènes à effet majeur et l’utilisation de ces gènes en sélection, à partir d’informations phénotypiques (mesures sur le caractère dont le contrôle génétique est recherché) et généalogiques (relations de parenté entre individus de la population mesurée). La deuxième partie concerne l’utilisation conjointe de ces informations...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; CARACTERE QUANTITATIF; SELECTION DIRIGEE; AMELIORATION DES PLANTES; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9400023110039598&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Schema de selection: de la representation genealogique au modele statistique. Justification asymptotique Inra
Goffinet, B.; Mangin, B..
Le but de cet article est de démontrer qu’avec des hypothèses simples de tirage aléatoire d’individus dans des populations on peut donner une justification asymptotique au modèle décrit dans Mangin et Vincourt (1992). La démonstration donnée ici généralise les démonstrations que l’on peut trouver dans la littérature pour des modèles particuliers. Pour aider à la compréhension des notations et démonstrations, les aspects qui seront étudiés dans ce papier seront tout d’abord décrits dans le cadre d’un exemple puis généralisés. On décrit d’abord le modèle à effets fixes engendré par les règles de Mangin et Vincourt (1992), et on précise les conditions supplémentaires naturelles qui ne diminuent pas la dimension de l’espace des paramètres estimables....
Tipo: Journal Article Palavras-chave: JUSTIFICATION ASYMPTOTIQUE; NOTATION; ANALYSE DE VARIANCE; MODELE ALEATOIRE; DIALLELE; POPULATION ANIMALE; GENEALOGIE.
Ano: 1993 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500007391043271&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Selection on selected record. Inra
Goffinet, B..
On considère le problème de la sélection d’individus pour leurs valeurs génétiques additives et de l’estimation de ces valeurs. La sélection est basée sur un vecteur d’observations faites sur un ensemble d’individus eux-mêmes issus d’une sélection sur un certain vecteur d’observations. On obtient une règle optimale de sélection applicable quelle que soit la distribution des variables aléatoires de l’expérience. En particulier, on montre que les contraintes d’utilisation du BLUP (meilleur prédicteur linéaire sans biais) proposées par Henderson, peuvent être atténuées.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: EVOLUTION; SELECTION.
Ano: 1983 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB8607220001839&uri=/notices/prodinra1/2008/02/
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