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A genome-wide scan for selection signatures in Nellore cattle. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; COUTINHO, L. L.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Brazilian Nellore cattle (Bos indicus) have been selected for growth traits for over more than four decades. In recent years, reproductive and meat quality traits have become more important because of increasing consumption, exports and consumer demand. The identification of genome regions altered by artificial selection can potentially permit a better understanding of the biology of specific phenotypes that are useful for the development of tools designed to increase selection efficiency. Therefore, the aims of this study were to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle using extended haplotype homozygosity methodology and BovineHD marker genotypes (>777 000 single nucleotide polymorphisms) as well as to identify corresponding...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Single nucleotid; Relative extended haplotype homozygosity; Single nucleotide polymorphisms; Bos Indicus; Beef cattle; Genotyping; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/998406
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A prospective study on the application of Data Science in agriculture. Repositório Alice
SOUZA, K. X. S. de; TERNES, S.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MOURA, M. F.; BARIONI, L. G.; HIGA, R. H.; FASIABEN, M. do C. R..
A quantidade e diversidade de dados disponíveis têm o potencial de causar profundas transformações na maneira que se realiza pesquisa e se propõe inovações na agricultura. Na chamada era do Petabyte, caracterizada pela ubiquidade de sensores e computadores, armazenamento quase infinito, computação em nuvem, robótica e IoT, a demanda e as oportunidades para aplicação da computação científica são extraordinárias, tanto na extração do conhecimento quanto na compreensão dos mecanismos associados a sistemas complexos. Este artigo apresenta um estudo prospectivo com base no estado da arte e enumera algumas áreas nas quais a aplicação da Ciência de Dados resultaria em grande benefício para pesquisadores, agricultores e agentes públicos.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Computação científica; Aprendizado de máquina; Modelagem; Redes de sensores; Machine Learning.; Simulação; Agricultura; Agriculture..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083412
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A simple and efficient method for predicting protein-protein binding sites. Repositório Alice
HIGA, R. H.; TOZZI, C. L..
In this work, we propose a strategy for predicting binding sites by exploiting the characteristic of core and rim regions of binding sites mentioned above, while using simple and well-know pattern recognition techniques.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Métodos computacionais; Bioinformática; Proteína; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/4152
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A simple and efficient method for predicting protein-protein interaction sites. Repositório Alice
HIGA, R. H.; TOZZI, C. L..
Computational methods for predicting protein-protein interaction sites based on structural data are characterized by an accuracy between 70 and 80%. Some experimental studies indicate that only a fraction of the residues, forming clusters in the center of the interaction site, are energetically important for binding. In addition, the analysis of amino acid composition has shown that residues located in the center of the interaction site can be better discriminated from the residues in other parts of the protein surface. In the present study, we implement a simple method to predict interaction site residues exploiting this fact and show that it achieves a very competitive performance compared to other methods using the same dataset and criteria for...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Previsão de sítios de interação; Previsão de sítios de ligação; Sítios de interação; Sítios de ligação; Estrutura da proteína; Genética; Proteína.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/24589
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Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GOMES, C. C. G.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
This work aimed to determine the accuracy and bias of genomic predictions of Braford (BO) and Hereford (HH) cattle genetic resistance to ticks.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Seleção genômica; Resistência a carrapatos; Tick resistance; Gado de corte; Beef cattle; Marker-assisted selection.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1003697
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Accuracy of genomic prediction for tick resistance in Braford and Hereford cattle. Repositório Alice
CARDOSO, F. F.; SOLLERO, B. P.; GULIAS-GOMES, C. C.; COMIN, H. B.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J. I.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/993903
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Amostragem de indivíduos representativos em uma população de animais da raça Canchim aparentados e genotipados. Repositório Alice
URBINATI, I.; HIGA, R. H.; MOKRY, F. B..
O objetivo neste estudo foi avaliar diferentes métodos para selecionar uma amostra de uma população contendo animais aparentados, representando estratos de famílias, de forma que os animais selecionados representem toda a população. Utilizaram-se duas fontes de informação para o estudo. A primeira foi o arquivo de pedigree (animal, pai e mãe) constituído de 6.801 animais da raça Canchim, sendo 400 animais genotipados . A segunda foi a matriz de parentesco constituída pelos coeficientes de parentesco dos 400 animais genotipados, organizados na forma de matriz, com os animais nas linhas e colunas e os correspondentes coeficientes de parentesco dentro da matriz (BOURDON, 2000).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Amostragem de indivíduos; Animais da raça Canchim.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/921061
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An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
The development of linkage disequilibrium (LD) maps is very important for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes, as LD can be defined as the non-random segregation of a pair of alleles at polymorphic sites. Canchim is a composite beef cattle breed which was developed in the 1960's by the crossing of Bos indicus (3/8) x Charolais (5/8) animals. The objective in this study was to analyze the extension of LD maps from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação.; Gado.; Linkage disequilibrium; Cattle; Zebu; Haplotypes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946432
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Análise da viabilidade da utilização de polinômios para aproximação da trajetória de ganho de peso de bovinos de corte na fase de recria. Infoteca-e
HIGA, R. H.; CARROMEU, C.; OLIVEIRA, C. C. de; ALMEIDA, R. G. de; SPERANZA, E. A..
Este trabalho contempla a análise de um conjunto de dados compreendendo 13 pesagens de 48 animais da raça Nelore, coletados entre 9/7/2016 a 4/6/2017 e avalia a viabilidade da aproximação da curva de ganho de peso de cada animal durante a fase de recria por polinômios de grau 2.
Tipo: Folhetos Palavras-chave: Bovino de corte; Gado Nelore; Peso; Ganho de Peso.
Ano: 2022 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1151154
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística.; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883623
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de componentes principais - PCA.; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885652
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Análise de associação genômica ampla baseada em conjunto de genes: implementação em R. Repositório Alice
GUERREIRO, A. T.; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é a criação de um pacote R (R CORE TEAM, 2014) que implemente quatro diferentes métodos de GSEA no contexto de GWAS, considerando adaptações para aplicação em espécies animais de interesse para a agricultura.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Modelos mistos; Genome Wide Association Studies; Random forests; Mixed models; Single nucleotide polymorphisms..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009826
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Análise de biclustering de dados de microarranjos. Repositório Alice
SANTOS, I. L. N. dos; HIGA, R. H..
O objetivo deste trabalho é desenvolver scripts de análise de biclustering para análise de dados de expressão gênica baseados na tecnologia de microarranjos, utilizando a ferramenta estatística R1.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Dados de microarranjos; Biclustering; Expressão gênica; Microarray technology; Gene expression.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/868744
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Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; REGITANO, L. C. de A..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise de genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920185
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Análise de uso de padrões de metadados em projetos de pesquisa e desenvolvimento na Embrapa Informática Agropecuária. Infoteca-e
MACÁRIO, C. G. N.; SPERANZA, E. A.; PIEROZZI JÚNIOR, I.; QUEIRÓS, L. R.; VISOLI, M. C.; HIGA, R. H.; MASSRUHÁ, S. M. F. S..
A Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) produz uma grande quantidade de dados como resultado das pesquisa que realiza. Os dados gerados abrangem diferentes domínios: solos, clima, coleções, dados de animais, dados bibliográficos, entre outros. Muitas vezes os projetos trocam ou reúsam a informação produzidas. Apesar disso, muitos deles ainda são armazenados de diferentes formas e usando diferentes formatos, como planilhas, sistemas de banco de dados, papel, entre outros. A necessidade ou possibilidade de integração/compartilhamento de informação entre esses sistemas ou mesmo com outras instituições de pesquisa, desencadeou ações para a incorporação de novas estruturas e conceitos aos sistemas desenvolvidos, no sentido de facilitar a...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Metadados; Interoperabilidade; Padrões de metadados; Metadata; Interoperability; Metadata standard.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/920501
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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641
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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/5069
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem.; Gado de Corte.; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981977
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AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1009333
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Aplicabilidade de sistemas de suporte à decisão em sistemas agroflorestais. Repositório Alice
SILVA, F. C. da; NARCISO, M.; HIGA, R. H.; LUCENA, L..
Infra-estrutura de banco de dados interagindo com GIS, DSSAT e AIDA/SAS. Simulação e modelagem da dinâmica de fósforo no sistema solo-planta. Sistemas de Informação Geográfica (GIS) e planejamento regional. Planejamento regional: interface GIS e simulação (via DSSAT). Potencialidades da linha de pesquisa. Considerações finais.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sistemas de suporte a decisão; Sistemas agroflorestais; Sistemas de informação geográfica; Modelagem; Agroforest systems; Decision support system; Modeling; Simulation; Simulação.
Ano: 1998 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/6881
Registros recuperados: 147
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