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	Provedor de dados Repositório Alice (7) Autor HONGO, J. A. (7) LOBO, F. P. (6) CASTRO, G. M. de (2) CINTRA, L. C. (2) ZERLOTINI, A. (2) CASTRO, G. de (1) CINTRA, L. (1) LOBO, F. (1) ZERLOTINI NETO, A. (1) Mais... Palavra-chave Bioinformatics (3) Bioinformática (3) Software. (3) Computer software (2) Seleção positiva (2) Comparative genomics (1) Evolução Darwiniana (1) Expressão gênica (1) Fenótipo (1) Gene (1) Gene expression (1) Genes (1) Genes homólogos (1) Genes. (1) Genomas (1) Genome (1) Genomes (1) Genomics (1) Genomics. (1) Genômica (1) Mais... Tipo do documento Anais e Proceedings de eventos (6) Artigo de periódico (1) Ano 2015 (2) 2012 (4) 2011 (1) País Brazil (7) Idioma Inglês (4) Português (3)		Ordenar por:  Relevância Autor Título Ano Registros recuperados: 7 Primeira ... 1 ... Última Desenvolvimento de software para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. Repositório Alice HONGO, J. A.; LOBO, F. P.. O presente trabalho descreve o desenvolvimento de um software para a busca por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. Nesse trabalho, desenvolveu-se um software em perl para integrar diversos softwares de terceiros capazes de realizar as tarefas individuais para a detecção de genes sob evidência de seleção positiva, conforme resumido na Figura 1. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Grupos de genes homólogos; Seleção positiva; Software.. Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/921073 Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. Repositório Alice HONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.. A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos... Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Software.; Bioinformatics; Genomics.. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/933206 Development of a computational pipeline to detect positive selection. Repositório Alice CINTRA, L. C.; HONGO, J. A.; LOBO, F. P.. P1007. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Genomas; Software.; Genomes; Bioinformatics; Genes.. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/932798 Positive selection in homologous genes of Alphaherpesviruses. Repositório Alice CASTRO, G. M. de; HONGO, J. A.; LOBO, F. P.. This study comprises the first genomic search for positively selected genes on HSV-1 genome. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Seleção positiva; Homologia; Sequence homology. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946654 POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. Repositório Alice HONGO, J. A.; CASTRO, G. M. de; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.. Abstract: Background: Detection of genes evolving under positive Darwinian evolution in genome-scale data is nowadays a prevailing strategy in comparative genomics studies to identify genes potentially involved in adaptation processes. Despite the large number of studies aiming to detect and contextualize such gene sets, there is virtually no software available to perform this task in a general, automatic, large-scale and reliable manner. This certainly occurs due to the computational challenges involved in this task, such as the appropriate modeling of data under analysis, the computation time to perform several of the required steps when dealing with genome-scale data and the highly error-prone nature of the sequence and alignment data structures needed... Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Potion; Evolução Darwiniana; Comparative genomics; Positive selection; Gene; Fenótipo; Pesquisa; Genomics; Phylogeny; Genes; Genome. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1027912 POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. Repositório Alice HONGO, J. A.; CASTRO, G. de; CINTRA, L.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F.. We present POTION, an open source, modular and end-to-end software for genome-scale detection of positive Darwinian selection in groups of homologous coding sequences. Our software represents a key step towards genome-scale, automated detection of positive selection, from predicted coding sequences and their homology relationships to high-quality groups of positively selected genes. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Bioinformatics; Computer software; Gene expression. Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1035022 POTION: um software paralelizado para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em escala genômica. Repositório Alice HONGO, J. A.; LOBO, F. P.. O presente trabalho descreve o desenvolvimento do software POTION (POsitive selecTION) para a busca por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Genes homólogos; Software POTION; Computer software. Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/954556 Registros recuperados: 7 Primeira ... 1 ... Última

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