SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G..

Background: Enzymes belonging to the same super family of proteins in general operate on variety of substrates and are inhibited by wide selection of inhibitors. In this work our main objective was to expand the scope of studies that consider only the catalytic and binding pocket amino acids while analyzing enzyme specificity and instead, include a wider category which we have named the Interface Forming Residues (IFR). We were motivated to identify those amino acids with decreased accessibility to solvent after docking of different types of inhibitors to sub classes of serine proteases and then create a table (matrix) of all amino acid positions at the interface as well as their respective occupancies. Our goal is to establish a platform for analysis of...

Aplicação do Método M-MacBeth para avaliar o impacto institucional da Delimitação e Caracterização Territorial do Matopiba.

Palavras-chave: Enzimas; Propriedades ligantes; Proteases; Binding properties; Enzymes; Interface Forming Residues.

Ano: 2010

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/867859

Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer.

FURTADO, A. L. dos S.; CARVALHO, C. A. de; PINTO, D. M.; CASTRO, G. S. A.; MAGALHÃES, L. A.; MANGABEIRA, J. A. de C.; JARDINE, J. G.; TOSTO, S. G..

O objetivo deste trabalho é apresentar a aplicação da análise multicritério, a partir do software M-Macbeth, empreendida pela Embrapa Monitoramento por Satélite, para avaliar o impacto da tecnologia ?Delimitação e caracterização territorial do Matopiba? utilizando como base para a avaliação a perspectiva institucional.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Avaliação de impacto.

Ano: 2018

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1085442

Availability of information about sustainable bioenergy technologies: the agro-energy tree of knowledge.

NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..

O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.

Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.

Ano: 2006

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005

JARDINE, J. G.; SUNDFELD, E.; DURÃES, F. O. M..

In addition to the efforts undertaken by research institutions to generate new knowledge and technologies, it is also necessary to promote the results of this research. Specifically, there is a need for an information system that aggregates, organizes and systematizes information about agro-energy technology and makes it available on the Internet. Despite the abundance of information circulating on the internet in Brazil, a specific method for sharing valid scientific and technological information of practical interest, such as technical guidance and recommendations for processing various materials and production technologies for various forms of agro-energy, has not yet been established. This article presents the Agro-energy Tree of Knowledge, a tool...

Bioinformática e química combinatória na busca de compostos medicamentosos para inibição de proteínas no combate à malaria.

Palavras-chave: Bionergia; Energia renovável; Energia limpa; Biodiesel; Etanol; Bioenergy; Ethanol; Renewable energy sources; Biodiesel.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/977534

JARDINE, J. G..

A malária é uma das principais doenças que afligem as populações de países tropicais, infectando mais de 300 milhões de pessoas anualmente e causando a morte de cerca de 1,1 milhão delas. Descobrir novos fármacos antimaláricos é de vital importância para os países tropicais, cabendo a estes essa tarefa uma vez que os países desenvolvidos canalizam seus recursos, principalmente para o desenvolvimento de medicamentos de combate ao câncer. Para planejar um novo fármaco é necessário o conhecimento das propriedades estruturais da molécula e de seu alvo e sua relação entre estrutura química e atividade. Para identificação de ligantes inibidorcs ou ativadores, pode-se utilizar recursos da Bioinformática, os quais consistem em sobrepor a estrutura em três...

Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura.

Palavras-chave: Bioinformática; Proteômica; Química combinatória; Malária; Bioinformatics; Proteomics.

Ano: 2005

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/225

"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB.

JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G..

Biologia computacional, uma nova ciência aplicada. Desenho racional de drogas, fármacos e agroquímicos. Biologia computacional na Embrapa.

Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE)

Palavras-chave: Bioinformática; Biologia computacional; Agricultura; Bioinformatics; Agriculture.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1010715

NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da.

O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta...

Considerações sobre biodiesel como biocombustível alternativo ao diesel.

Palavras-chave: Bioinformática; Web; Banco de dados; Estruturas macromoleculares; Bioinformatics; Databases.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/31601

Considerações Sobre o Bioetanol Lignocelulósico para Subsidiar a Elaboração de Conteúdo da Árvore do Conhecimento Agroenergia.

JARDINE, J. G.; DISPATO, I.; PERES, M. R..

Biodiesel é definido como o produto da reação de gordura animal ou vegetal com álcool (ou transesterificação). Tecnicamente podemos dizer que dos triglicerídeos presentes nessas matérias graxas (óleos vegetais ou animais), ésteres monoalquílicos (como os ésteres de etila e de metila) são produzidos pela reação com um álcool primário (etanol ou metanol) em meio preferencialmente alcalino. Esses ésteres também podem ser obtidos a partir de ácidos graxos livres, mas, nesse caso, a reação é de esterificação, e sua condução deve ser em meio preferencialmente ácido. As principais matérias-primas para a produção nacional do biodiesel são: soja, milho, girassol, amendoim, algodão, canola, mamona, babaçu, palma (dendê) e macaúba, entre outras oleaginosas existentes...

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Biodisel; Biocombustível; Agroenergia; Organização da informação; Informação tecnológica; Árvore do conhecimento; Biodiesel; Agroenergy.

Ano: 2009

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/581041

Desidratação osmótica de abacaxi aplicada à tecnologia de métodos combinados.

JARDINE, J. G.; DISPATO, I.; PERES, M. R..

De acordo com a previsão da Agência Internacional de Energia (AIE) até o ano de 2030, os biocombustíveis representarão cerca de 7% do combustível utilizado no transporte, sendo a União Européia, os Estados Unidos e o Brasil os principais produtores e consumidores. Esse crescimento no mercado internacional é esperado devido ao aumento do preço do petróleo e, também porque os países desenvolvidos que assinaram o Protocolo de Kyoto se comprometeram a reduzir suas emissões de gases poluentes (BRASIL, 2005). Os constantes conflitos envolvendo os países do Oriente Médio, que estão nas regiões das reservas de petróleo, causam instabilidade ao suprimento e oscilações nos preços dos combustíveis fósseis, forçando vários países a buscarem alternativas que...

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Bioetanol; Lignocelulósico; Biodiesel; Biocombustível; Agroenergia; Biomassa; Agroenergy.

Ano: 2009

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/631725

AZEREDO, H. M. C.; JARDINE, J. G..

O objetivo deste trabalho foi a otimização do processo de desidratação osmótica de abacaxi, visando a obtenção de um produto com máxima perda de água e mínima incorporação de sólidos. O processo foi aplicado à Tecnologia de Métodos Combinados, em que a redução no pH e uso de conservantes, todos aplicados em baixos níveis, a fim de se obter um produto similar à fruta fresca.

Efeito da adição de ingredientes na cor de polpa de goiaba.

Palavras-chave: Métodos combinados; Otimização; Osmotic dehydration; Optimization; Combined methods; Abacaxi; Desidratação Osmótica; Pineapples.

Ano: 2000

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/7874

TORREZAN, R.; FERREIRA, V. L. P.; YOTSUYANAGI, K.; JARDINE, J. G.; VITALI, A. de A..

2000

Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands.

Palavras-chave: Frutas; Goiaba; Polpa; Ingredientes.

Ano: 2000

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/413884

MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G..

We present here analysis of pre-calculated values for the electrostatic potential at the alpha carbons, previously stored in the STING_RDB.

Estudos in silico das interações entre a hesperidina e inositol monofosfatases (IMPase 1 e 2), como possível alternativa a litioterapia.

Palavras-chave: Potencial eletrostático; Estrutura secundária; Alfa hélices; Carbono alfa; Biologia molecular; Proteína; Proteins.

Ano: 2008

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9612

SCHULTZ, L. G.; JARDINE, J. G..

A hesperidina é um bioflavonóide naturalmente encontrado em frutas cítricas, principalmente na laranja, que apresenta propriedades farmacêuticas interessantes, a saber: redução da pressão sanguínea e da densidade óssea, atividade antiséptica, antiinflamatória e sedativa, pronunciada atividade anticancerígena contra alguns tipos de carcinomas humanos, entre outras. Atualmente vem sendo utilizada em um medicamento chamado Daflon contra os sintomas de varizes.

Farinha mista de triticale e trigo para produção de pães.

Palavras-chave: Bioflavonoide; Hesperitina; Bioinformática; Biologia computacional; Bioinformatics.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009522

Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD.

JARDINE, J. G.; PAPE, G..

Foram avaliadas farinhas mistas de trigo e triticale, nas proporções 9:10, 80:20 e 70:30, quanto a composição química, propriedades reológicas e viscoamilográficas e comportamento em panificação. As temperaturas iniciais de gelatinização das três farinhas foram iguais (68oC), porém inferiores à farinha de trigo (70oC). A temperatura de viscosidade máxima, faixa de gelatinização e viscosidade máxima decresceu à medida que foram aumentados os níveis de substituição da farinha de trigo pela de triticale. A estabilidade da massa, o índice valorimétrico e o tempo de saída diminuiram a medida que a participação da farinha de triticale aumentou nas farinhas mistas, enquanto o índice de tolerância da mistura e queda após vinte minutos, aumentaram. A resistência à...

Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Panificação; Farinha mista; Triticale; Trigo; Pão; Produção.

Ano: 1982

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/415619

Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions.

YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..

2005

Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.

Ano: 2005

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9102

BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..

In order to improve binding affinity prediction, we developed a new scoring function, named STINGSF, derived from physical-chemical and structural features that describe the protein-ligand interaction nano-environment of experimentally determined structures.

Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages.

Palavras-chave: Interação proteína-ligante; Aprendizado de máquina; Inteligência artificial; Protein-ligand interaction; Scoring functions; Machine learning; Artificial intelligence.

Ano: 2015

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1032260

MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..

Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC)...

Indicações de aspecto tecnológico sobre o bioetanol de matéria-prima amilácea.

Palavras-chave: Interações proteína-proteína; Biologia; Proteins; Biological sciences.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981215

Molecular modeling and structural analysis of the Myelin basic protein-Q65ZS4.

JARDINE, J. G.; DISPATO, I.; PERES, M. R..

A matriz energética mundial ainda é fortemente inclinada para as fontes de carbono fóssil, com participação total de 80%, sendo 36% de petróleo, 23% de carvão mineral e 21% de gás natural. São muitos os estudos que apontam o esgotamento das fontes de energia fóssil para as próximas quatro a cinco décadas, destacando a necessidade de buscar outras fontes alternativas de energia.

Tipo: Documentos (INFOTECA-E)

Palavras-chave: Bioetanol; Bioetanol amiláceo; Biocombustível; Agroenergia; Biomassa; Organização da informação; Informação tecnológica; Árvore do conhecimento; Agroenergy.

Ano: 2009

URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/581052

JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; MARTINS, D.; MARANGONI, S.; NOVELLO, J. C.; GATTAZ, W. F.; DIAS-NETO, E..

Schizophrenia (SCZ) is a chronic, debilitating psychotic mental disorder that affects about 1 percent of the population in different countries. Scz is characterized by a series of negative and positive symptoms including psychomotor retardation, attentional impairment, decreased emotional expression, psychomotor agitation, and auditory hallucinations.

Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification.

Palavras-chave: Bioinformática; Análises estrutural de proteína; Modelagem molecular; Proteína; Bioinformatics; Proteins.

Ano: 2007

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3260

BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G..

ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods.