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Bilan 2012 du réseau REPAMO - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Francois, Cyrille; Joly, Jean-pierre; Garcia, Celine; Lupo, Coralie; Travers, Marie-agnes; Pepin, Jean-francois; Hatt, Philippe-jacques; Arzul, Isabelle; Omnes, Emmanuelle; Tourbiez, Delphine; Faury, Nicole; Haffner, Philippe; Huchet, Eve; Dubreuil, Christine; Chollet, Bruno; Renault, Tristan; Cordier, Remy; Hebert, Pascale; Le Gagneur, Eric; Parrad, Sophie; Gerla, Daniel; Annezo, Jean-pierre; Terre-terrillon, Aouregan; Le Gal, Dominique; Langlade, Aime; Bedier, Edouard; Hittier, Benoist; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Robert, Stephane; Seugnet, Jean-luc; Rumebe, Myriam; Le Gall, Patrik; Bouchoucha, Marc; Baldi, Yoann; Masson, Jean-claude.
Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à réglementés et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font partie des missions institutionnelles de l’IFREMER. L’étude des hausses de mortalités (protocole II) a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la réalisation d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Surveillance.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25470/23625.pdf
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Bilan 2013 du réseau Repamo - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Francois, Cyrille; Joly, Jean-pierre; Garcia, Celine; Lupo, Coralie; Travers, Marie-agnes; Tourbiez, Delphine; Chollet, Bruno; Faury, Nicole; Haffner, Philippe; Dubreuil, Christine; Serpin, Delphine; Renault, Tristan; Cordier, Remy; Hebert, Pascale; Le Gagneur, Eric; Parrad, Sophie; Gerla, Daniel; Cheve, Julien; Penot, Julia; Le Gal, Dominique; Lebrun, Luc; Le Gac-abernot, Chantal; Langlade, Aime; Bedier, Edouard; Palvadeau, Hubert; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Robert, Stephane; Seugnet, Jean-luc; Rumebe, Myriam; Le Gall, Patrick; Bouchoucha, Marc; Baldi, Yoann; Masson, Jean-claude.
Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00197/30798/29167.pdf
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Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel; Fleury, Elodie; Robert, Stephane; Garcia, Celine; Arzul, Isabelle; Baillon, Laury; Bechemin, Christian; Canier, Lydie; Chollet, Bruno; Dechamps, Lucie; Dubreuil, Christine; Faury, Nicole; Francois, Cyrille; Godfrin, Yoann; Lapegue, Sylvie; Morga, Benjamin; Travers, Marie-agnes; Tourbiez, Delphine; Masson, Jean-claude; Verin, Francoise; Cordier, Remy; Gangnery, Aline; Louis, Wilfried; Mary, Charlotte; Normand, Julien; Penot, Julia; Cheve, Julien; Dagault, Francoise; Le Jolivet, Aurore; Le Gal, Dominique; Lebrun, Luc; Bellec, Gwenael; Bouget, Jean-francois; Cochennec-laureau, Nathalie; Palvadeau, Hubert; Grizon, James; Chabirand, Jean-michel; Pepin, Jean-francois; Seugnet, Jean-luc; D'Amico, Florence; Maurer, Daniele; Le Gall, Patrik; Mortreux, Serge; Baldi, Yoann; Orsoni, Valerie; Bouchoucha, Marc; Le Roy, Valerian; Pouvreau, Stephane; Queau, Isabelle; Lamoureux, Alice.
Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00324/43486/42945.pdf
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Bilan 2016 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins ArchiMer
Lupo, Coralie; Fleury, Elodie; Normand, Julien; Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Canier, Lydie; Francois, Cyrille; Garcia, Celine.
Depuis 1992, une surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2016 est la deuxième année de transition pour laquelle une évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcée. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place en 2015, s’appuyant sur...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00386/49781/50327.pdf
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Bilan 2018 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO ArchiMer
Combette, Agnes; Canier, Lydie; Garcia, Celine; Lupo, Coralie.
Le réseau REPAMO est le réseau de surveillance de la santé des mollusques marins sauvages et d’élevage mis en place en 1992 et géré par Ifremer. Ce réseau assure une mission réglementaire (Directive Européenne 2006/88/CE) et une activité de service public déléguée par le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation à travers la Direction Générale à l’Alimentation (DGAL). La surveillance assurée est une surveillance événementielle  basée sur les déclarations obligatoires de hausse de mortalité par les éleveurs et pêcheurs à pied auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). En 2018 ont eu lieu 28 activations du réseau avec 24 prélèvements effectués et 4 prélèvements annulés. Parmi les prélèvements réalisés, 9 ont concerné les...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie; Épidémiosurveillance.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00624/73651/73094.pdf
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Bilan 2019 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO ArchiMer
Canier, Lydie; Combette, Agnes; Lupo, Coralie; Garcia, Celine.
Le réseau REPAMO est le réseau de surveillance de la santé des mollusques marins sauvages et d’élevage du littoral Français, géré par Ifremer. Ce réseau assure une mission réglementaire (Directive Européenne 2006/88/CE) et une activité de service public déléguée par le Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation à travers la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL). La surveillance assurée est une surveillance événementielle basée sur les déclarations obligatoires de hausse de mortalité des coquillages par les éleveurs et pêcheurs à pied auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer (DDTM). Lorsqu’un évènement de mortalité est jugé anormal, des animaux sont prélevés et font l’objet d’analyses diagnostiques afin de rechercher la...
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau; Surveillance; Pathologie; Mollusques; Coquillages; Santé; Mortalité; Maladie; Épidémiosurveillance.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00624/73652/73095.pdf
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Comment améliorer la précocité de l'alerte en conchyliculture ? Exemple des mortalités de moules en 2014 dans les Pertuis Charentais ArchiMer
Lupo, Coralie; Prou, Jean.
Surveillance of shellf ish health is based on clinical surveillance of shellfish mortality, including a detection phase and a mandatory notification phase. While control measures are limited, early detection of pathogens is a challenge which needs to be met. The relevance and feasibility of an enhanced clinical surveillance based on phone interviews were studied. The results made it possible to reconstruct the spatial and temporal evolution of the outbreaks of mussel mortality which occurred in Pertuis Charentais in 2014. Moreover, a qualitative analysis of the interviews revealed contextual elements that were used to enhance the previous description and to devise causal scenarios which could be used as research hypotheses. By incorporating the...
Tipo: Text Palavras-chave: Coquillages; Moules; Investigation épidémiologique; Perception; Alerte précoce; Surveillance événementielle renforcée; Shellfish; Mussels; Epidemiological investigation; Perception; Early warning; Enhanced clinical surveillance.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00270/38091/36237.pdf
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Compte-rendu des journées de la surveillance de la santé des mollusques marins 2013 ArchiMer
Garcia, Celine; Francois, Cyrille; Renault, Tristan; Lupo, Coralie.
Les 12 et 13 novembre 2013, les journées de la surveillance de la santé des mollusques marins ont rassemblé les acteurs de la santé des mollusques marins (Ifremer, DGAl, DPMA, DDTM, CNC, CRC, laboratoires d'analyses agréés et reconnus, centres techniques). Les objectifs de cette réunion étaient de faire un bilan des activités 2013 du Laboratoire National de Référence (LNR), des réseaux de surveillance (REPAMO) et d'Observation (RESCO et réseaux de centres techniques).
Tipo: Text Palavras-chave: Réseau Surveillance; Mollusques marins; Maladie; Organismes pathogènes; Détection.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00170/28146/26371.pdf
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Contribution of Meat Inspection to the surveillance of poultry health and welfare in the European Union ArchiMer
Huneau-salaun, A.; Staerk, K. D. C.; Mateus, A.; Lupo, Coralie; Lindberg, A.; Le Bouquin-leneveu, S..
In the European Union, Meat Inspection (MI) aims to protect public health by ensuring that minimal hazardous material enters in the food chain. It also contributes to the detection and monitoring of animal diseases and welfare problems but its utility for animal surveillance has been assessed partially for some diseases only. Using the example of poultry production, we propose a complete assessment of MI as a health surveillance system. MI allows a long-term syndromic surveillance of poultry health but its contribution is lowered by a lack of data standardization, analysis and reporting. In addition, the probability of case detection for 20 diseases and welfare conditions was quantified using a scenario tree modelling approach, with input data based on...
Tipo: Text Palavras-chave: Animal welfare; Disease surveillance; Meat Inspection; Poultry.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00273/38472/37200.pdf
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Défis de la surveillance des maladies chez les coquillages marins en France ArchiMer
Lupo, Coralie; Francois, Cyrille; Arzul, Isabelle; Garcia, Celine; Joly, Jean-pierre; Renault, Tristan.
The basic concepts and objectives of animal disease surveillance are common to all types of animal production. Yet, the procedures for implementation have been mostly developed for terrestrial animal productions. Disease surveillance in marine shellfish calls for specific measures in view of the peculiarities of marine biology and rearing techniques. The main objective of disease surveillance in marine shellfish is to detect as early as possible exotic and newly emerging diseases. With this objective in mind, a national surveillance network for surveillance of mollusc diseases called Repamo has been developed. It combines passive reporting and risk-based surveillance.
Tipo: Text Palavras-chave: Surveillance; Coquillage; Milieu marin; Détection précoce; Epidémiologie; Surveillance; Shellfish; Marine environment; Early detection.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22023/19653.pdf
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Enhanced surveillance of shellfish mortality to improve early detection and investigation of outbreaks of exotic or emerging infectious diseases: An example of a mass mortality outbreak of mussels, France 2014 ArchiMer
Lupo, Coralie; Prou, Jean.
This paper explores the relevance and feasibility of enhanced surveillance of mussel-related mortality based on regular telephone interviews of a key informant in a farming community. Based on qualitative analyses of data collected through semi-structured interviews, this method of participatory disease surveillance enabled the retrieval of high quality data during an outbreak of mussel mortality which occurred in Pertuis Charentais, France, in 2014. The findings illustrated that such an enhanced surveillance approach compared with the institutional shellfish health surveillance system could improve the early detection of outbreaks of mussel mortality by one week. This approach enabled a detailed description of the outbreak, showing higher incidence...
Tipo: Text Palavras-chave: Early warning; Perception; Enhanced clinical surveillance; Shellfish diseases; Participative disease surveillance; Qualitative methods.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00348/45914/45708.pdf
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Etude des freins et des leviers à la déclaration obligatoire des mortalités d'huîtres creuses dans les pertuis charentais ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel.
Objectifs - Les objectifs de cette étude étaient (i) estimer la sensibilité du dispositif actuel de déclaration obligatoire des mortalités d’huîtres dans les pertuis charentais et son évolution entre 2007 et 2010, (ii) documenter le niveau de connaissance, les pratiques et les attitudes des ostréiculteurs et identifier les facteurs influençant le processus de déclaration. Matériel et Méthode - (i) La sensibilité du dispositif de déclaration obligatoire des mortalités d’huîtres a été estimée en Charente-Maritime au cours de la période 2007-2010, par la méthode de capture-recapture à deux sources. (ii) Deux échantillons d’ostréiculteurs non déclarants (31 cas) et déclarants (89 témoins) ont été inclus dans l’étude par tirage au sort dans la liste des...
Tipo: Text Palavras-chave: Huitres creuses; Mortalité; Déclaration obligatoire; Epidémiosurveillance; Pacific oyster; Mortality; Mandatory notification; Surveillance.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25444/23600.pdf
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Improving early detection of exotic or emergent oyster diseases in France: identifying factors associated with shellfish farmer reporting behaviour of oyster mortality ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta-amigo, Axel; Mandard, Yann-vari; Peroz, Carole; Renault, Tristan.
Farmers’ vigilance is essential for the detection of epidemics, including potential emerging diseases, in marine shellfish. A field study was conducted to investigate oyster farmers’ reporting practices and behaviour, and to identify factors influencing the reporting process of oyster mortality, with the ultimate aim of improving early detection of unexplained oyster mortality outbreaks. A retrospective case-control study of oyster farmers from Charente-Maritime (France) was designed, based on interviews with 27 non-reporting and 89 reporting farmers, further split into 40 formerly-reporting and 49 currently-reporting farmers. Information about farmer and farm characteristics, farming practices, farm health history and related financial compensation on...
Tipo: Text Palavras-chave: Case-control study; Ordinal logistic regression; Surveillance; Notification; Shellfish diseases.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00190/30132/28594.pdf
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Infectious diseases in oyster aquaculture require a new integrated approach ArchiMer
Pernet, Fabrice; Lupo, Coralie; Bacher, Cedric; Whittington, Richard J..
Emerging diseases pose a recurrent threat to bivalve aquaculture. Recently, massive mortality events in the Pacific oyster Crassostrea gigas associated with the detection of a microvariant of the ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1 µVar) have been reported in Europe, Australia and New Zealand. Although the spread of disease is often viewed as a governance failure, we suggest that the development of protective measures for bivalve farming is presently held back by the lack of key scientific knowledge. In this paper, we explore the case for an integrated approach to study the management of bivalve disease, using OsHV-1 as a case study. Reconsidering the key issues by incorporating multidisciplinary science could provide a holistic under-standing of OsHV-1 and...
Tipo: Text Palavras-chave: Bivalve; Disease management; Epidemiology; Multidisciplinary; Risk.
Ano: 2016 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00314/42537/41912.pdf
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Les huîtres sauvages sont-elles contaminées par le virus de l’herpes (OsHV-1 microvar) dans les pertuis charentais ? ArchiMer
Soletchnik, Patrick; Le Moine, Olivier; Lupo, Coralie; Robert, Stephane; Geairon, Philippe; Bernard, Ismael; Pepin, Jean-francois.
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00442/55354/56866.pdf
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Les surmortalités des naissains d’huîtres creuses, Crassostrea gigas : acquis des recherches en 2010 ArchiMer
Cochennec-laureau, Nathalie; Baud, Jean-pierre; Pepin, Jean-francois; Benabdelmouna, Abdellah; Soletchnik, Patrick; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Arzul, Isabelle; Boudry, Pierre; Huvet, Arnaud; Pernet, Fabrice; Bachere, Evelyne; Bedier, Edouard; Petton, Bruno; Gaussem, Florian; Stanisiere, Jean-yves; Degremont, Lionel.
Depuis 2008, la filière ostréicole française doit faire face à des surmortalités exceptionnelles des naissains d’huîtres creuses, Crassostrea gigas, (huîtres de moins d’un an) comprises entre 60 et 90% dans tous les sites d’élevage. Des cas de mortalité similaires ont été décrits en Irlande, dans les îles anglo-normandes, au Portugal en 2009 et au Royaume-Uni en 2010. Récemment deux épisodes de mortalité, associés à la présence d’un virus OsHV1 μvar (ou un variant très proche) ont été également décrits en Nouvelle Zélande (décembre 2010) et en Australie (janvier 2011) soulignant la vulnérabilité de la filière ostréicole dans le monde. L’objectif de ce document est de faire un point sur les recherches menées depuis l’apparition de ce phénomène et de...
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14423/11719.pdf
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Modeling the Transmission of Vibrio aestuarianus in Pacific Oysters Using Experimental Infection Data ArchiMer
Lupo, Coralie; Travers, Marie-agnes; Tourbiez, Delphine; Barthélémy, Clement; Beaunée, Gaël; Ezanno, Pauline.
Vibrio aestuarianus is a bacterium related to mortality outbreaks in Pacific oysters, Crassostrea gigas, in France, Ireland, and Scotland since 2011. Knowledge about its transmission dynamics is still lacking, impairing guidance to prevent and control the related disease spread. Mathematical modeling is a relevant approach to better understand the determinants of a disease and predict its dynamics in imperfectly observed pathosystems. We developed here the first marine epidemiological model to estimate the key parameters of V. aestuarianus infection at a local scale in a small and closed oyster population under controlled laboratory conditions. Using a compartmental model accounting for free-living bacteria in seawater, we predicted the infection dynamics...
Tipo: Text Palavras-chave: Marine epidemiology; Parameter estimation; Compartmental model; ABC method; Global sensitivity analysis; Basic reproduction number R-0; Crassostrea gigas; Oyster mortality.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00495/60652/64148.pdf
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Ostreid Herpesvirus 1 Infection among Pacific Oyster (Crassostrea gigas) Spat: Relevance of Water Temperature to Virus Replication and Circulation Prior to the Onset of Mortality ArchiMer
Renault, Tristan; Bouquet, Anne Lise; Maurice, Julien-thomas; Lupo, Coralie; Blachier, Philippe.
number of bivalve species worldwide, including the Pacific oyster, Crassostrea gigas, have been affected by mass mortality events associated with herpesviruses, resulting in significant losses. A particular herpesvirus was purified from naturally infected larval Pacific oysters, and its genome was completely sequenced. This virus has been classified as Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) within the family Malacoherpesviridae. Since 2008, mass mortality outbreaks among C. gigas in Europe have been related to the detection of a variant of OsHV-1 called µVar. Additional data are necessary to better describe mortality events in relation to environmental-parameter fluctuations and OsHV-1 detection. For this purpose, a single batch of Pacific oyster spat was deployed...
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00207/31871/30320.pdf
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Participatory case definition between stakeholders and implication for early detection: a case study of the oyster production in France ArchiMer
Lupo, Coralie; Osta Amigo, Axel; Marce, Clara; Prou, Jean.
Aquatic animal health surveillance is notably based on the observation of any increased shellfish mortality by shellfish farmers and its immediate mandatory notification to the local competent authority. According to current EU regulation, increased mortality is defined using a participatory approach: case reporting is based on individual farmer perception, which then can be turned into notification in cooperation between the farmer and the competent authority. All the challenge relies on starting from individual perception and knowledge of increased mortality to a collective alert onset informing potential control actions having a community interest. We made an inventory of the criteria used by surveillance stakeholders to define and detect increased...
Tipo: Text Palavras-chave: Aquatic animal surveillance; Mortality; Shellfish; Early warming surveillance; Case definition.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30600/29057.pdf
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REPAMO 2015. Bulletins de la surveillance. Janvier à décembre 2015 ArchiMer
Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Fleury, Elodie; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2015 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59205/61897.pdf
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