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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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Análise de genes diferencialmente expressos em resposta à infecção por Streptococcus agalactiae. Repositório Alice
CARVALHO, B. de O.; PEREIRA, H. P.; SEIBERLICK, O. S. G.; REIS, D. R. de L.; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F..
Resumo: As doenças infectocontagiosas estão entre os problemas que mais acarretam prejuízos econômicos na pecuária brasileira e mundial, sendo a mastite a principal enfermidade acometida aos bovinos. A mastite pode ser definida como uma inflamação da glândula mamária que é causada, mais frequentemente, por micro-organismos patogênicos ambientais ou contagiosos. Podendo culminar na redução da quantidade e no comprometimento da qualidade do leite, podendo levar até a perda total da potencialidade secretora da glândula mamaria do animal infectado ou mesmo a sua morte. Estudos relacionados aos mecanismos de resposta e resistência de animais à mastite foram realizados a fim de contribuir para a compreensão dos mecanismos genéticos de resistência e resposta a...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: CD 14; NFKBIA; PCR em tempo real; Resposta inflamatória; STAT3.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1111976
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Análise de RAPD em calos, plantas regeneradas e "seedlings" de milho (Zea mays L.). Repositório Alice
VASCONCELOS, M. J. V.; CARVALHO, C. H. S. de; PAIVA, E.; GUIMARAES, C. T.; MACHADO, M. A.; BARROS, E. G..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: RAPD; Maize.; Biotecnologia; Milho; Zea Mays.; Biotechnology; Seedlings..
Ano: 1993 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/482779
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Aplicação da seleção genômica em citros. Repositório Alice
CRISTOFANI-YALY, M.; GOIS, I.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIANEL, M.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Citros; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1009543
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Application of fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) for early diagnosis of citrus greening disease. Repositório Alice
SILVA, M. F. e; MILORI, D. M. B. P.; CARDINALI, M. C. B.; MASCARENHAS, Y. P.; MARTINS, P. K.; ASTÚA, J. F.; MACHADO, M. A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Evento.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/881243
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Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275
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Associação entre marcadores microssatélite ILSTS011 e peso ao nascimento no cromossomo 14 (BTA14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARINI, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ, M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V.; CAMPOS, A. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: QTL; Bovinos; Cromossomo 14; Peso ao nascimento.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/46849
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Avaliação do sistema radicular de genótipos de citros submetidos ao estresse hídrico. Repositório Alice
MACHADO, M. A.; BARBOSA, R. S.; SAMPAIO, A. H.; COELHO FILHO, M. A..
Originárias da Ásia, as plantas cítricas (Citrus spp.) foram introduzidas no Brasil pelas primeiras caravanas colonizadoras. A citricultura brasileira está no topo do mercado mundial, sendo o maior produtor de laranja e quinto de lima ácida ?Tahiti ?, esta com área de aproximadamente 47.000 ha cultivados e produção total de 1,2 milhões de toneladas.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Fruta cítrica; Porta Enxerto.; Rootstocks; Citroncirus webberi..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1011004
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Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose.; Pedigree..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072487
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Avaliação in vitro de genótipos de citros a Phytophthora parasitica. Repositório Alice
SIVIERO, A.; SANTOS, F. A.; CRISTOFANI, M.; FURTADO, E. L.; MACHADO, M. A..
Este trabalho teve como objetivo avaliar in vitro a reação de porta-enxertos de citros (Citrus spp.) a Phytophthora parasitica. As plântulas foram cultivadas em meio MS por 40 dias sendo, submetidas a fotoperíodo de 18 h, à temperatura de 25 ºC. A inoculação foi realizada através da inserção de agulha infestada com micélio de P. parasitica. A avaliação foi realizada aos 15 dias após a inoculação, medindo-se o comprimento das lesões em centímetros. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, com 15 repetições. Os resultados estão de acordo com as reações de campo dos genótipos e podem ser de grande utilidade em trabalhos envolvendo resistência varietal e seleção precoce de plantas.
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Citros; Citrus spp; Phytophthora parasitica; Reistência à doença; Seleção precoce; Resistencia a la enfermedad.; Portainjertos; Cultivo in vitro; Fruta cítrica; Cultura in vitro; Porta enxerto; Variedade resistente; In vitro culture; Rootstocks; Disease resistance..
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/502771
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Bacillus thuri ngiensis translocation inside citrus plants and insecticidal activity against Diaphorina citri , vector of HLB causal agentes. Repositório Alice
CUNHA, T. da; OLIVEIRA, D. de S.; PONTES, R. G. M. S. de; MIRANDA, M.; MACHADO, M. A.; ASTUA, J. de F..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Fruta cítrica; Praga de planta.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084217
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Banco de DNA de Bovinos: avaliação de metodologias alternativas para extração de DNA. Repositório Alice
BRION, C. T.; SANTOS, L. B.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A..
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Genética molecular bovinos; Métodos de extração.; DNA..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1034534
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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Repositório Alice
VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149
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Brevipalpus spp. (Acari: Tenuipalpidae) como vetor de coffee ring spot virus (Dichorhavirus). Repositório Alice
NUNES, M. A.; FERREIRA, L. M.; ROGERIO, L. A.; MINEIRO, J. L. C.; TASSI, A. D.; ASTUA, J. de F.; KITAJIMA, E. W.; MACHADO, M. A.; NOVELLI, V. M..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Doença de Planta.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114553
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Candidate genes for tick resistance in cattle: a systematic review combining post-GWAS analyses with sequencing data. Repositório Alice
SOUSA, M. F.; VERARDO, L. L.; MAGALHÃES, A. F. B.; BONAFÉ, C. M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; OTTO, P. I.; LITTIERE, T. de O.; FERNANDES, A. A. S.; MORAIS, L. R. de; SANTOS, C. G. dos; VIEIRA, J. I. G..
Rhipicephalus microplus causes huge losses in cattle. Host genetic background greatly affects the immune efficiency in resistance or susceptibility to tick infestation, which is one of the many factors that play a role on that trait. We performed a systematic review of genome-wide association studies (GWAS) for tick resistance in cattle resulting in 1353 candidate genes for post-GWAS analyses. From those, genes showing possible structural variants from the bovine genome were classified by the Variant Effect Predictor from Ensembl. Ninety-two candidate genes showed potential structural variants in 5' UTR and coding region and were used for functional annotation. Enriched biological processes (e.g. regulation of eosinophil chemotaxis, RIG-I signalling...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Ectoparasita; Sistema imunológico; Bovino; Carrapato; Genoma; Carne; Hospedeiro Animal.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144893
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Caracterização agronômica e molecular de acessos de Citrus sunki do banco de germoplasma de citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira. Repositório Alice
SCHINOR, E. H.; SIVIERO, A.; CRISTOFANI-YALY, M.; MARENGO, S.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A..
Este trabalho objetivou caracterizar e avaliar acessos de tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex Tan.) e assemelhados, pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC, Cordeirópolis, SP. Foram avaliadas características agronômicas: altura (A), diâmetro (D), relação A/D, massa e número de gomos dos frutos, número de sementes viáveis e abortadas, comprimento e diâmetro das sementes, número de embriões e características de suco dos frutos: rendimento de suco, sólidos solúveis, acidez total, ratio e sólidos solúveis por caixa (40,8 kg de frutos). Para as análises moleculares foram utilizados DNA genômico total extraído de folhas frescas, acessando-se polimorfismo genético mediante emprego de 11 pares de iniciadores...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Tangerina sunki; Citrus sunki; Marcador microssatélite; Repeticiones de microsatélite; Tangerinos.; Marcadores genéticos; Tangerina; Marcador genético; Características Agronômicas.; Tangerines; Agronomic traits; Genetic markers; Microsatellite repeats..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/912077
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Caracterização de frutos de acessos de Citrus sunki do banco de germoplasma de citros do Centro Apta Citros Sylvio Moreira. Repositório Alice
SCHINOR, E. H.; SIVIERO, A.; CRISTOFANI-YALE, M.; MARENGO, S.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A..
Estudos de caracterização agronômica são necessários para aumentar o número de opções de variedades com potencial para uso em programas de melhoramento de citros. A caracterização agronômica e morfológica das plantas vem sendo estudada por diversos autores para a diferenciação de genótipos de citros. Neste sentido, este trabalho teve por objetivo caracterizar agronomicamente os frutos de acessos de tangerina Sunki e assemelhados do Banco Ativo de Germoplasma do Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Tangerina.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/866224
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Caracterização de um vírus baciliforme isolado de Solanum violaefolium transmitido pelos ácaros Brevipalpus phoenicis e Brevipalpus obovatus (Acari: Tenuipalpidae). Repositório Alice
FERREIRA, P. de T. O.; LOCALI-FABRIS, E. C.; FREITAS-ÁSTUA, J.; ANTONIOLI-LUIZON, R.; GOMES, R. T.; MACHADO, M. A.; KITAJIMA, E. W..
Solano-violeta (Solanum violaefolium) é uma planta ornamental rasteira usada para cobrir solos de áreas sombreadas. Um vírus que induz manchas anelares nas folhas desta planta, tentativamente designado Solanum violaefolium ringspot virus - SvRSV, transmitido pelo ácaro Brevipalpus phoenicis (Acari: Tenuipalpidae) foi encontrado em Piracicaba, SP. Trata-se de um vírus baciliforme que se assemelha a outros vírus do tipo citoplasmático transmitidos por Brevipalpus sp. Este trabalho teve como objetivo relatar propriedades biológicas e estabelecer uma caracterização molecular parcial do SvRSV. O vírus pode ser transmitido mecanicamente a várias outras espécies botânicas, causando lesões localizadas. Entre as espécies avaliadas, Datura stramonium mostrou-se a...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: SvRSV; CiLV-C; DsRNA; Sequenciamento; Efeito citopático.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/654616
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Caracterização genética de uma população experimental F2 usando marcadores moleculares no cromossomo 14 ( BTA 14) de bovinos. Repositório Alice
MIYATA, M.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MARTINEZ. M. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CAMPOS, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; REGITANO, L. C. de A..
No presente trabalho foi usada uma população experimental resultante do cruzamento de 28 fêmeas da raça Gir com quatro touros da ral¥a Holandesa, resultando ern 150 anirnais Fl , que posterior mente foram acasalados entre si, totalizando 382 animais F2. As arnostras de DNA dos anirnais foram extrafdas a partir do sangue e do semen, e os dados genotfpicos foram obtidos at raves do seqlienciador ABI Prism 3100 Avant (Applied Biosysterns). As analises das freqüências alélicas dos marcadores moleculares (CSSM066, ILSTS011, BMC1207, BMS2055, BL1036, BMS740 e BMS1899) foram realizadas através do software Cervus v.2.0 (Marshall et at. , 1998), onde foi calculado o número de alemos dos marcadores, com um total de 46 alelos nos sete loci estudados, com média de...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Caracterização genética; Cromossomo 14; Bovinos.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/47407
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Citrus HLB x Potato "Zebra Chip" in Brazil: Attempting to transmit citrus Candidatus liberibacter spp (asiaticus and americanus) to potato plants. Repositório Alice
DIAS, J. A. C. S.; COLLETA FILHO, H. D.; FABRIS, E. C. L.; MACHADO, M. A.; SA, L. A. N. de; LOPES, J. R. S..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Praga Quarentenária..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/580262
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