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Registros recuperados: 196 | |
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VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.. |
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds. |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds. |
Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518 |
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CARVALHO, B. de O.; PEREIRA, H. P.; SEIBERLICK, O. S. G.; REIS, D. R. de L.; CARVALHO, W. A.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.. |
Resumo: As doenças infectocontagiosas estão entre os problemas que mais acarretam prejuízos econômicos na pecuária brasileira e mundial, sendo a mastite a principal enfermidade acometida aos bovinos. A mastite pode ser definida como uma inflamação da glândula mamária que é causada, mais frequentemente, por micro-organismos patogênicos ambientais ou contagiosos. Podendo culminar na redução da quantidade e no comprometimento da qualidade do leite, podendo levar até a perda total da potencialidade secretora da glândula mamaria do animal infectado ou mesmo a sua morte. Estudos relacionados aos mecanismos de resposta e resistência de animais à mastite foram realizados a fim de contribuir para a compreensão dos mecanismos genéticos de resistência e resposta a... |
Tipo: Anais e Proceedings de eventos |
Palavras-chave: CD 14; NFKBIA; PCR em tempo real; Resposta inflamatória; STAT3. |
Ano: 2019 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1111976 |
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PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.. |
Further characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective pressures and phenotype variation. A comprehensive genome-wide assessment of copy number variations (CNVs) based on whole-genome re-sequencing data was performed on three Brazilian locally adapted cattle breeds (Caracu Caldeano, Crioulo Lageano, and Pantaneiro) using the ARS-UCD1.2 genome assembly. Data from 36 individuals with an average coverage depth of 14.07× per individual was used. A total of 24?945 CNVs were identified distributed among the breeds (Caracu Caldeano = 7285, Crioulo Lageano = 7297, and Pantaneiro = 10 363). Deletion events were... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Variação fenotípica; Bovino; Raça; Gado Crioulo; Genoma. |
Ano: 2023 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1151656 |
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PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.. |
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in... |
Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus. |
Ano: 2018 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275 |
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PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B.. |
Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose.; Pedigree.. |
Ano: 2017 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1072487 |
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VIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.. |
Tipo: Separatas |
Palavras-chave: Projeto genoma; Brasil; Café. |
Ano: 2006 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187149 |
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SOUSA, M. F.; VERARDO, L. L.; MAGALHÃES, A. F. B.; BONAFÉ, C. M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; OTTO, P. I.; LITTIERE, T. de O.; FERNANDES, A. A. S.; MORAIS, L. R. de; SANTOS, C. G. dos; VIEIRA, J. I. G.. |
Rhipicephalus microplus causes huge losses in cattle. Host genetic background greatly affects the immune efficiency in resistance or susceptibility to tick infestation, which is one of the many factors that play a role on that trait. We performed a systematic review of genome-wide association studies (GWAS) for tick resistance in cattle resulting in 1353 candidate genes for post-GWAS analyses. From those, genes showing possible structural variants from the bovine genome were classified by the Variant Effect Predictor from Ensembl. Ninety-two candidate genes showed potential structural variants in 5' UTR and coding region and were used for functional annotation. Enriched biological processes (e.g. regulation of eosinophil chemotaxis, RIG-I signalling... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Ectoparasita; Sistema imunológico; Bovino; Carrapato; Genoma; Carne; Hospedeiro Animal. |
Ano: 2022 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1144893 |
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SCHINOR, E. H.; SIVIERO, A.; CRISTOFANI-YALY, M.; MARENGO, S.; POMPEU JUNIOR, J.; MACHADO, M. A.. |
Este trabalho objetivou caracterizar e avaliar acessos de tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex Tan.) e assemelhados, pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Citros do Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC, Cordeirópolis, SP. Foram avaliadas características agronômicas: altura (A), diâmetro (D), relação A/D, massa e número de gomos dos frutos, número de sementes viáveis e abortadas, comprimento e diâmetro das sementes, número de embriões e características de suco dos frutos: rendimento de suco, sólidos solúveis, acidez total, ratio e sólidos solúveis por caixa (40,8 kg de frutos). Para as análises moleculares foram utilizados DNA genômico total extraído de folhas frescas, acessando-se polimorfismo genético mediante emprego de 11 pares de iniciadores... |
Tipo: Artigo de periódico |
Palavras-chave: Tangerina sunki; Citrus sunki; Marcador microssatélite; Repeticiones de microsatélite; Tangerinos.; Marcadores genéticos; Tangerina; Marcador genético; Características Agronômicas.; Tangerines; Agronomic traits; Genetic markers; Microsatellite repeats.. |
Ano: 2011 |
URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/912077 |
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Registros recuperados: 196 | |
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