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Dihaploid Coffea arabica genome sequencing and assembly. Repositório Alice
KOCHKO, A. de; CROUZILLAT, D.; RIGOREAU, M.; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; L'ANTHOENE, V. M.; VANDECASTEELE, C.; GUYOT, R.; PONCET, V.; TRANCHANT, C.; HAMON, P.; HAMON, S.; COUTURON, E.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; MUELLER, L.; STRICKLER, S. R.; ANDRADE, A.; PEREIRA, L. F. P.; MARRACCINI, P.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; MING, R.; WAI, J.; DOMINGUES, D. S.; PASCHOAL, A.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; ALBERT, V. A..
Coffea arabica which accounts for 70% of world coffee production is an allotetraploid with a genome size of approximately 1.3 Gb and is derived from the hybridization of C. canephora (710 Mb) and C. eugenioides (670 Mb). To elucidate the evolutionary history of C. arabica, and generate critical information for breeding programs, a sequencing project is underway to finalize a reference genome using a dihaploid line and a set of Menu Abstract: Dihaploid <em>Coffea arabica</Em> Genome Sequencing and Assembly (Plant and Animal Genome XXIII Conference) https://pag.confex.com/pag/xxiii/webprogram/Paper16983.html [25/02/2015 15:00:12] 30 C. arabica accessions.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Conferência; Café; Coffea Arábica..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1040385
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The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis. Repositório Alice
DENOEUD, F.; CARRETERO-PAULET, L.; DEREEPER, A.; DROC, G.; GUYOT, R.; PIETRELLA, M.; ZHENG, C.; ALBERTI, A.; ANTHONY, F.; APREA, G.; AURY, J. M.; BENTO, P.; BERNARD, M.; BOCS, S.; CAMPA, C.; CENCI, A.; COMBES, M. C.; CROUZILLAT, D.; SILVA, C. da; DADDIEGO, L.; BELLIS, F. de; DUSSERT, S.; GARSMEUR, O.; GAYRAUD, T.; GUIGNON, V.; JAHN, K.; JAMILLOUX, V.; JOËT, T.; LABADIE, K.; LAN, T.; LECLERCQ, J.; LEPELLEY, M.; LEROY, T.; LI, L. T.; LIBRADO, P.; LOPEZ, L.; MUÑOZ, A.; NOEL, B.; PALLAVICINI, A.; PERROTTA, G.; PONCET, V.; POT, D.; PRIYONO; RIGOREAU, M.; ROUARD, M.; ROZAS, J.; TRANCHANT-DUBREUIL, C.; VANBUREN, R.; ZHANG, Q.; ANDRADE, A. C.; ARGOUT, X.; BERTRAND, B.; KOCHKO, A. de; GRAZIOSI, G.; HENRY, R. J.; JAYARAMA; MING, R.; NAGAI, C.; ROUNSLEY, S.; SANKOFF, D.; GIULIANO, G.; ALBERT, V. A.; WINCKER, P.; LASHERMES, P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Plant genomics; Coffee.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006370
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Towards a better understanding of the Coffea Arabica genome structure. Repositório Alice
MUELLER, L.; STRICKLER, S.; DOMINGUES, D.; PEREIRA, L.; ANDRADE, A.; MARRACCINI, P.; MING, R.; WAI, J.; ALBERT, V.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; GUYOT, R.; PONCET, V.; HAMON, P.; HAMON, S.; TRANCHANT, C.; COUTURON, E.; KOCHKO, A. de; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; MEROT-L'ANTHOENE, V.; VANDECASTEELE, C.; RIGOREAU, M.; CROUZILLAT, D.; PASCHOAL, A. R.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J..
An international consortium was initiated in 2012 with the goal to perform the sequencing of the Coffea arabica genome. This consortium includes 34 researchers, engineers and technicians coming from 13 institutions in six different countries. In December 2013 the first draft genome of a Coffea species was published in Science (Denoeud et al. 2014), it is the genome of the C. canephora species, a diploid and the second mainly cultivated species after C. arabica. This later species is the only tetraploid of the genus resulting from a recent spontaneous hybridization (± 0,5 Mya) between C. eugenioides, a wild species from East Africa, and C. canephora, whose genome was sequenced (Lashermes et al. 1999).
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Coffea Arábica..
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1041194
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TRY plant trait database - enhanced coverage and open access. Repositório Alice
KATTGE, J.; BÖNISCH, G.; DÍAZ, S.; LAVOREL, S.; PRENTICE, I. C.; LEADLEY, P.; TAUTENHAHN, S.; WERNER, G. D. A; AAKALA, T.; ABEDI, M; ACOSTA, A. T. R.; ADAMIDIS, G. C.; ADAMSON, K.; AIBA, M.; ALBERT, C. H; ALCÁNTARA, J. M.; ALCÁZAR, C.; ALEIXO, I.; ALI, H; AMIAUD, B.; AMMER, C.; AMOROSO, M. M.; ANAND, M; ANDERSON, C.; ANTEN, N.; ANTOS, J.; APGAUA, D. M. G.; ASHMAN, T. L.; ASMARA, D. H.; ASNER, G. P.; ASPINWALL, M.; ATKIN, O.; AUBIN, I.; BAASTRUP-SPOHR, L.; BAHALKEH, K.; BAHN, M; BAKER, T.; BAKER, W. J.; BAKKER, J. P.; BALDOCCHI, D.; BALTZER, J.; BANERJEE, A.; BARANGER, A.; BARLOW, J.; BARNECHE, D. R.; BARUCH, Z.; BASTIANELLI, D.; BATTLES, J.; BAUERLE, W.; BAUTERS, M.; BAZZATO, E.; BECKMANN, M.; BEECKMAN, H.; BEIERKUHNLEIN, C.; BEKKER, R; BELFRY, G.; BELLUAU, m.; BELOIU, M.; BENAVIDES, R.; BENOMAR, L.; BERDUGO-LATTKE, M. L.; BERENGUER, E.; BERGAMIN, R.; BERGMANN, J.; CARLUCCI, M. G.; BERNER, L.; BERNHARDT-RÖMERMANN, M.; BIGLER, C.; BJORKMAN, A. D.; BLACKMAN, C.; BLANCO, C.; BLONDER, B.; BLUMENTHAL, D.; BOCANEGRA-GONZÁLEZ, K. T.; BOECKX, P.; BOHLMAN, S.; BÖHNING-GAESE, K.; BOISVERT-MARSH, L.; BOND, W.; BOND-LAMBERTY, B.; BOOM, A.; BOONMAN, C. C. F.; KAUANE BORDIN; BOUGHTON, E. H.; BOUKILI, V.; BOWMAN, D. J. S.; BRAVO, S.; BRENDEL, M. R.; BROADLEY, M. R; BROWN, K. A.; BRUELHEIDE, H.; BRUMNICH, F.; BRUUN, H. H.; BRUY, D.; BUCHANAN, S. W.; BUCHER, S. F.; BUCHMANN, N.; BUITENWERF, R.; BUNKER, D. E.; BÜRGER, J.; BURRASCANO, S.; BURSLEM, D. F. R. P; BUTTERFIELD, B. J.; BYUN, C.; SCALON, M. C; CACCIANIGA, M.; CADOTTE, M.; CAILLERET, M.; CAMAC, J.; CAMARERO, J. J.; CAMPANY, C; CAMPETELLA, G.; CAMPOS, J. A.; CANO-ARBOLEDA, L.; CANULLO, R.; CARBOGNANI, M.; CARVALHO, F.; CASANOVES, F.; CASTAGNEYROL, B.; CATFORD, J. A.; CAVENDER-BARES, J.; CERABOLINI, B. E. L.; CERVELLINI, M; CHACÓN-MADRIGAL, E.; CHAPIN, K.; CHAPIN, F. S.; CHELLI, S; CHEN, S. C.; CHEN, A.; CHIANUCCI, F.; FYLLAS, N. M.; FRY, E. L; FRESCHET, G. T.; FRENETTE-DUSSAULT, C.; FRANK, D.; FRANGIPANI, M.; FRANÇOIS, L.; FORGIARINI, C.; FONTANA, V.; FLYNN, D. F. B.; FLOWERS. T. J.; FIRN, J.; FINEGAN, B.; CHUNG, K. S.; FOREY, E.; FIDELIS, A.; FERREIRA, J.; FERRARA, C.; FEFERNANDEZ-MENDEZ, F.; FENG, Y.; FAZLIOGLU, F.; FARRIS, E.; FANG, J.; FAN, Y.; FALSTER, D. S.; FAGÚNDEZ, J.; FAGAN, W. F.; DOMINGUES, T. F.; ESTIARTE, M.; ESSER, G.; ESQUIVEL-MUELBERT, A.; ERFMEIER, A.; ERFANIAN, M. B.; ENGEMANN, K.; EMILIO, T.; ELSER, J.; EJTEHADI, H.; ECKSTEIN, R. L.; E-VOJTKÓ, A.; DYMOVA, O.; DUURSMA, R.; DURKA, W.; DULLINGER, S.; DUCOURET, E.; DUARTE, L.; DRESSLER, S.; DRANSFIELD, J.; DONG, N.; DREVOJAN, P.; DOKTOR, D.; DOBROWOLSKI, M.; DIMITRAKOPOULOS, P. G.; DIAZ-TORIBIO, M. H.; DIAS, A. S.; DERROIRE, G.; DELPIERRE, N.; DELAGRANGE, S.; DECHANT, B.; LONG, J. R. de; FRUTOS, A. de; BEER, A. J. de; DAWSON, S.; DANNOURA, M.; DANIHELKA, J.; DANG-LE, A. T.; FRATTE, M. D.; DALKE, I.; DAINESE, M.; DAHLIN, K. M.; SILVA, A. C. da; CUNTZ, M.; CUFAR, K.; CSECSERITS, A; CROMSIGT, J. P. G. M.; CRAVEN, D.; CRAINE, J.; COYEA, M.; CORONA, P.; CORNWELL, W. K.; CORNELISSEN, J. H. C.; COOMES, D.; CONTI, L.; COLLINS, C. G.; COLL, L.; CICCARELLI, D.; CHYTRÝ, M.; CHOAT, B.; CHERUBINI, P.; KUYAH, S.; KUROSAWA, Y.; KUROKAWA, H.; KUPPLER, J.; KUMARATHUNGE, D.; KÜHN, I.; KREFT, H.; KRAMER, K.; KÖNIG, C.; KOMATSU, K.; KOMAC, B.; KOLLMANN, J.; KOIKE, F.; KOHYAMA, T.; KNOPS, J. M. H.; KLOTZ, S.; KLOEPPEL, B.; KLIPEL, J.; KLIMESOVÁ, J.; KLEYER, M.; KLEIN, T.; KITZBERGER, T.; KITAJIMA, K.; KISSLING, W. D.; KINLOCK, N. L.; KHALIL, M. I.; KERKHOFF, A.; KENZO, T.; KEMPEL, A.; KEARSLEY, E.; KAVELENOVA, L.; KATTENBORN, T.; KAPLAN, Z.; KANE, J.; KABZEMS, R.; JUNKER, R. R.; MAZZOCHINI, G. G.; GACHET, S.; GALLAGHER, R.; GANADE, G.; JUSTES, E.; GANGA, F.; GARCÍA-PALACIOS, P.; GARGAGLIONE, V.; GARNIER, E.; GARRIDO, J. L.; GASPER, A. L. de; GEA-IZQUIERDO, G.; GIBSON, D.; GILLISON, A. N.; GIROLDO, A.; GLASENHARDT, M. C.; GLEASON, S.; GLIESCH, M.; GOLDBERG, E.; GÖLDEL, B.; GONZALEZ-AKRE, E.; GONZALEZ-ANDUJAR, J. L.; GONZÁLEZ-MELO, A.; GONZÁLEZ-ROBLES, A.; GRAAE, B. J.; GRANDA, E.; GRAVES, S.; GREEN, W. A.; GREGOR, T.; GROSS, N.; GUERIN, G. R.; GÜNTHER, A.; GUTIÉRREZ, A. G.; HADDOCK, L.; HAINES, A.; HALL, J.; HAMBUCKERS, A.; HAN, W.; HARRISON, S. P.; HATTINGH, W.; HAWES, J. E.; HE, T.; HE, P.; HEBERLING, J. M.; HELM, A.; HEMPEL, S.; HENTSCHEL, J.; HÉRAULT, B.; HERE, A. M.; HERZ, K.; HEUERTZ, M.; HICKLER, T.; HIETZ, P.; HIGUCHI, P.; HIPP, A. L.; HIRONS, A.; HOCK, M.; HOGAN, J. A.; HOLL, K.; HONNAY, O.; HOVSTAD, K. A.; ICHIE, T.; IGIC, B.; ILLA, E.; ISAAC, M.; ISHIHARA, M.; IVANOV, L; IVANOVA, L.; IVERSEN, C. M.; IZQUIERDO, J.; JACKSON, R. B.; JUNAEDI, D.; JOSEPH, G. S.; JORDAN, G. J.; JOLY, C. A.; JOKELA, E. J.; KJØLLER, R.; JOHNSON, D.; JOHANSEN, J. L.; JIANG, G. F.; JESPERSEN, J. R. P.; JENTSCH, A.; JENKINS, T.; JANSEN, S.; JANDT, U.; JAGODZINSKI, A. M.; JACTEL, H.; KRAFT, N. J. B; JACKSON, B.; LACLAU, J. P.; MÉSZÁROS, I.; MICHALETZ, S. T.; MICHELAKI, C.; MIGALINA, S.; MILLA, R.; MILLER, J. E. D.; MINDEN, V.; MING, R.; MOKANY, K.; MOLES, A. T.; MOLNÁR V, A. M.; MOLOFSKY, J.; MOLZ, M.; MONTGOMERY, R. A.; MONTY, A.; MORAVCOVÁ, L.; MORENO-MARTÍNEZ, A.; MORETTI, M.; MORI, A. S.; MORI, S.; MORRIS, D.; MORRISON, J.; MUCINA, L.; MUELLER, S.; MUIR, C. D.; MÜLLER, S. C.; MUNOZ, F.; MYERS-SMITH, I. H.; MYSTER, R. W.; NAGANO, M.; NAIDU, S.; NARAYANAN, A.; NATESAN, B.; NEGOITA, L.; LAFLEUR, B.; LALLAI, E.; LAMB, E.; LAMPRECHT, A.; LARKIN, D. J.; LAUGHLIN, D.; BAGOUSSE-PINGUET, Y. le; MAIRE, G. le; ROUX, P. C. le.; ROUX, E. le; LEE, T.; LENS, F.; LEWIS, S. L.; LHOTSKY, B; LI, Y.; LI, X.; LICHSTEIN, J. W.; LIEBERGESELL, M; LIM, J. Y.; LIN, Y. S.; LINARES, J. C.; LIU, C.; LIU, D.; LIU, U.; LIVINGSTONE, S.; LLUSIÀ, J.; LOHBECK, M.; LÓPEZ-GARCÍA, A.; LOPEZ-GONZALEZ, G.; LOSOSOVÁ, Z.; LOUAULT, F.; LUKÁCS, B. A.; LUKES, P.; LUO, Y.; LUSSU, M.; MA, S.; PEREIRA, A. M. R.; MACK, M.; MAIRE, V; MÄKELÄ, A.; MÄKINEN, H.; MALHADO, A. C. M.; MALLIK, A.; MANNING, P.; MANZONI, S.; MARCHETTI, Z.; MARCHINO, L.; MARCILIO-SILVA, V.; MARCON, E.; MARIGNANI, M.; MARKESTEIJN, L.; MARTIN, A.; MARTÍNEZ-GARZA, C.; MARTÍNEZ-VILALTA, J.; MASKOVÁ, T.; MASON, K.; MASON, N.; MASSAD, T. J; MASSE, J.; MAYROSE, I.; MCCARTHY, J.; MCCORMACK, M. L.; MCCULLOH, K.; MCFADDEN, I. R.; MCGILL, B. J; MCPARTLAND, M. Y.; MEDEIROS, J. S.; MEDLYN, B.; MEERTS, P.; MEHRABI, Z.; MEIR, P.; MELO, F. P. L.; MENCUCCINI, M.; MEREDIEU, C.; MESSIER, J.; METSARANTA, J.; NOLAN, R.; NELSON, A. S.; NEUSCHULZ, E. L.; NI, J.; NIEDRIST, G.; NIETO, J.; NIINEMETS, U.; NOTTEBROCK, H.; NOUVELLON, Y.; NOVAKOVSKIY, A.; THE NUTRIENT NETWORK; NYSTUEN, K. O.; O'GRADY, A.; O'HARA, K.; O'REILLY-NUGENT, A.; OAKLEY, S.; OBERHUBER, W.; OHTSUKA, T.; OLIVEIRA, R.; ÖLLERER, K.; OLSON, M. E.; ONIPCHENKO, V.; ONODA, Y.; ONSTEIN, R. E.; ORDONEZ, J. C.; OSADA, N.; OSTONEN, I.; OTTAVIANI, G.; OTTO, S.; OVERBECK, G. E.; OZINGA, W. A.; PAHL, A. T.; PAINE, C. E. T.; PAKEMAN, R. J.; PAPAGEORGIOU, A. C.; PARFIONOVA, E.; PÄRTEL, M.; PATACCA, M.; PAULA, S.; PAULE, J.; PAULI, H.; PAUSAS, J. G.; PECO, B.; PENUELAS, J.; PEREA, A.; PERI, P. L.; APETISCO-SOUZA, A. C.; PETRAGLIA, A.; PETRITAN, A. M.; PHILLIPS, O. L.; PIERCE, S.; PILLAR, V. D.; PISEK, J.; POMOGAYBIN, A.; POORTER, H.; PORTSMUTH, A.; POSCHLOD, P.; POTVIN, C.; POUNDS, D.; POWELL, S.; POWER, S. A.; PRINZING, A; PUGLIELLI, G.; PY-EK, P.; RAEVEL, V.; RAMMIG, A.; RANSIJN, J.; RAY, C. A.; REICH, P. B.; REICHSTEIN, M.; REID, D. E. B; RÉJOU-MÉCHAIN, M.; DIOS, V. R. de; ROYER-TARDIF, S.; ROY, D. B.; ROSSI, C.; ROSENFIELD, M. F.; ROSELL, J. A.; ROSCHER, C.; RONZHINA, D.; RÖMERMANN, C.; ROLO, V.; ROLLINSON, E.; ROGERS, A.; RODRIGUES, A. V.; RODDY, A.; ROBROEK, B.; ROBERTS, S.; ROBERT, E. M. R.; RIVIERA, F; RILLIG, M. C.; RIIBAK, K.; RICHARDSON, S.; RIBEIRO, S.; SODHI, D.; SMITH, N. G.; SLOT, M.; SJÖMAN, H.; SITZIA, T.; SILVA, M.; SILVA, V.; SIERRA, C.; SIEBENKÄS, A.; SHOVON, T. A.; SHIPLEY, B.; SHIODERA, S.; SHEREMETIEV, S.; SHEPPARD, C. S.; SHARPE, J. M.; SFAIR, J. C.; SEYMOUR, C.; SEMCHENKO, M.; GARVIZU, G. S.; SCHURR, F.; SCHULDT, B.; SCHRODT, F.; SCHRADER, J.; SCHOWANEK, S. D.; SCHNEIDER, J. V.; SCHMITT, S.; SCHMIDT, M.; SCHMID, B.; SCHLEUNING, M.; SCHERER-LORENZEN, M.; SCHAMP, B.; SARDANS, J.; SANTOS, J.; SANTACRUZ-GARCÍA, A. C.; SANTA-REGINA, I.; SALGUERO-GOMEZ, R.; SALGADO-NEGRET, B.; SALDAÑA, A.; SACK, L.; RYO, M.; RUSCH, G. M; RUMPF, S. B.; RUIZ-PEINADO, R.; RÜGER, N.; SOSINSKI JUNIOR, E. E.; SOLTIS, P.; SOLTIS, D.; SOMERS, B.; SONNIER, G.; SØRENSEN, M. V.; SOUDZILOVSKAIA, N. A.; YANAI, R.; YAMAJI, K.; YAMADA, T.; XIMENES, F.; PINHO, B. X.; WRIGHT, J.; WRIGHT, S. J.; WRIGHT, I. J.; WOMACK, C.; ZOTZ, G.; ZO-BI, I. C.; ZIZKA, G.; ZIRBEL, C. R.; ZIEMINSKA, K.; ZHENG, J.; ZHAO, Y. P.; ZELENÝ, D.; ZANNE, A. E.; ZHENG, J.; TNG, D. Y. P.; TJOELKER, M. G.; TISSUE, D.; TICHÝ, L.; THUILLER, W.; THORNTON, P. E.; THOMPSON, K.; THOMAS, E.; THOM, D.; THIFFAULT, N.; TEDERSOO, L.; BEEST, M. te.; TAVSANOGLU, C.; TAUUGOURDEAU, S.; TARIFA, R.; TAPPEINER, U.; TAKAGI, K.; TABARELLI, M.; SWENSON, N.; SWAINE, E.; SVOBODA, M.; SVITOK, M.; SVITKOVÁ, I.; TOBIAS, J.; TÖRÖK, P.; TARIN, T.; TORRES-RUIZ, J. M.; TÓTHMÉRÉSZ, B.; TREURNICHT, M.; TRIVELLONE, V.; TROLLIET, F.; TROTSIUK, V.; TSAKALOS, J. L.; TSIRIPIDIS, I.; TYSKLIND, N.; TORU UMEHARA, T.; USOLTSEV, V.; VADEBONCOEUR, M.; VAEZI, J.; VALLADARES, F.; VAMOSI, J.; BODEGOM, P. M. V.; BREUGEL, M. V.; CLEEMPUT, E. V.; WEG, M. V. de; MERWE, S. van der.; PLAS, F. van der.; SANDE, M. T. van der.; KLEUNEN, M. V.; MEERBEEK, K. V.; VANDERWEL, M.; VANSELOW, K. A.; VÅRHAMMAR, A.; VARONE, L.; VALDERRAMA, M. Y. V.; VASSILEV, K.; VELLEND, M.; VENEKLAAS, E. J.; VERBEECK, H.; VERHEYEN, K.; VIBRANS, A.; VIEIRA, I.; VILLACÍS, J.; VIOLLE, C.; VIVEK, P.; WAGNER, K.; WALDRAM, M.; WALDRON, A.; WALKER, A. P.; WALLER, M.; WALTHER, G.; WANG, H.; WANG, F.; WANG, W.; WATKINS, H.; WATKINS, J.; WEBER, U.; WEEDON, J. T.; WEI, L.; WEIGELT, P.; WEIHER, E.; WELLS, A. W.; WELLSTEIN, C.; ELIZABETH WENK, E.; WESTOBY, M.; WESTWOOD, A.; WHITE, P. J.; WHITTEN, M.; WILLIAMS, M.; WINKLER, D. E.; WINTER, K.; ZANINI, K. J.; YGUEL, B.; YANKOV, N.; SVENNING, J. C.; SUAREZ, M. L.; STRYDOM, T.; STOJANOVIC, D. B.; STERCK, F.; STEPHAN, J. G.; STEINBAUER, K.; STEGEN, J.; STAN, A. B.; SPERANDII, M. G.; SPASOJEVIC, M.; SOUZA, A. F.; WIRTH, C..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Data coverage; Data integration; Data representativeness; Plant traits; TRY plant trait database.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118247
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