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Assessment of est-ssr markers for genetic analysis on coffee. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOIM, E. M.; PENA, G. F.; RIBEIRO, A. P.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S..
2009
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA markers; Coffea sp; UPGMA; AMOVA; Microsatellite markers.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880408
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Development and validation of SSR markers for Coffea arabica L. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
With the objective of developing new SSR markers for Coffea arabica, two enriched genomic libraries with probes (GT)15 and (AGG)10 were constructed. A total of 835 clones were sequenced and 756 presented good quality sequences. Redundant sequences were observed for 113 clones (14.94%). SSRs were found in 287 clones (38%). An estimated size of 417.5Kb of the C. arabica genome was sampled, with an average of one SSR per 1.46Kb. Dinucleotide repeats were more frequent than trinucleotides. Four repeat sequences, (AG/CT)n, (AC/GT)n, (AAG/CTT)n, and (AGG/CCT)n represented 61.1% of the total observed. A total of 96 SSR primers were designed and tested by PCR for two C. arabica genotypes. Ninety new SSR markers were validated for further genetic studies of C....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SSR marker; Enriched genomic library; Coffee; Molecular marker.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880403
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Diversidade genética de cafeeiro por meio de marcadores EST-SSR. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; RIBEIRO, A. P.; MOURA, E. F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genética entre diferentes genótipos de cafeeiro do programa de melhoramento genético da UFV/EPAMIG, por meio de marcadores EST-SSR. Foram avaliados 17 pares de primers SSR desenhados a partir das seqüências EST (Expressed Sequence Tags) do Projeto Brasileiro do Genoma Café. A diversidade genética foi avaliada por meio da análise de agrupamento UPGMA, gerado pela matriz de distância e similaridade genética de Jaccard. Os genótipos também foram agrupados, para avaliar a distância e diversidade entre e dentro das populações. Os 17 pares de primers EST-SSR apresentaram 100% de polimorfismo entre todos os genótipos avaliados, com um número médio de alelos por loco de 5,1. Embora grande parte das variedades...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores de DNA; Coffea; Agrupamento UPGMA; Amova.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906290
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Diversidade genética de Hemileia vastatrix utilizando marcador molecular AFLP. Repositório Alice
MAIA, T. A.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; MISSIO, R. F.; ZAMBOLIM, L..
Esse estudo teve como objetivo analisar a diversidade genética de 14 isolados de Hemileia vastatrix utilizando o marcador AFLP. Dentre eles, dois isolados do CIFC, Oeiras, Portugal biologicamente caracterizados como raça II, três do Brasil, caracterizados em 1986, como raça I, II e III, e nove provenientes de lavouras cafeeiras de Minas Gerais e Espírito Santo coletadas em 2006. As amplificações seletivas dos DNAs foram feitas utilizando quatro combinações de oligonucleotídeos iniciadores contendo três bases adicionais na extremidade 3?. As 93 bandas polimórficas analisadas geraram um dendrograma que dividiu os isolados em seis grupos. No grupo I foram agrupados os isolados de Portugal, Brasil (caracterizados como raças em 1986) e um isolado do Triângulo...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Diversidade genética; AFLP.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905677
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Efeito do desbaste seletivo nas estimativas de parâmetros genéticos em progênies de Pinus caribaea Morelet var. hondurensis. Repositório Alice
MORAES, M. L. T. de; MISSIO, R. F.; SILVA, A. M. da; CAMBUIM, J.; SANTOS, L. A. dos; RESENDE, M. D. V. de.
O objetivo deste trabalho foi estudar o efeito do desbaste seletivo sobre as estimativas de parâmetros genéticos em progênies de Pinus caribaea var. hondurensis. O teste de progênies foi instalado em junho de 1986, seguindo delineamento em látice quadrado 10 x 10, triplo, contendo dez árvores dispostas em parcelas lineares no espaçamento de 3,0 x 3,0m. Aos 12 anos após o plantio foi realizado um desbaste, com intensidade de 40%, tendo por base o Índice Multi-efeito, aplicado ao caráter DAP, deixando-se seis árvores por parcela, em todo o experimento. A coleta de dados foi realizada em quatro situações: A (antes do desbaste), B (árvores desbastadas), C (árvores remanescentes, aos 13 anos) e D (dois anos após o desbaste). Os caracteres analisados foram:...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Seleção; Melhoramento florestal; Teste de progênie.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/313312
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Estimates of genetic parameters and prediction of additive genetic values in Pinus kesya progenies. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; SILVA, A. M. da; DIAS, L. A. dos S.; MORAES, M. L. T. de; RESENDE, M. D. V. de.
The objeetive ofthis study was to seleet Pinus kesya prog enies by lhe estimation of g enetic p arameters using lhe method of restricted maximum likelihood (Remi) and prediction of additive genetic values by the best linear unbiased prediction (Blup ). The Pinus kesya progeny tesl was installed in randomized b/oeks. which consist ed of 30 progenies and three replications. Tlze twenty-year-old trees were evaluated for lhe traits diameter at breast heiglit (DBH), height (HT) and st em form (FOR). The DBH, HT and FOR means \Vere, respectively, 21.89 em, 21.89111 and 1.56 and their respective mean herit ability estimares of progenies were 0.58, 0.39 and 0.66. DBH presented the highest coefficient of additive genetic variation (17.89%). Tlze selection ofthe 80...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Pinus kesya; Parâmetro genético; Progênie.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/316274
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Estimativas de parâmetros genéticos e predição de ganhos com seleção em Jatropha curcas L. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; FREITAS, R. G. de; RESENDE, M. D. V. de; DIAS, L. A. dos S..
2009
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Jatropha curcas; Pinhão manso; Melhoramento genético; Parâmetro genético.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662216
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Genetic characterization of an elite coffee germplasm assessed by gSSR and EST-SSR markers. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; DIAS, L. A. S.; SAKIYAMA, N. S..
Coffee is one of the main agrifood commodities traded worldwide. In 2009, coffee accounted for 6.1% of the value of Brazilian agricultural production, generating a revenue of US$6 billion. Despite the importance of coffee production in Brazil, it is supported by a narrow genetic base, with few accessions. Molecular differentiation and diversity of a coffee breeding program were assessed with gSSR and EST-SSR markers. The study comprised 24 coffee accessions according to their genetic origin: arabica accessions (six traditional genotypes of C. arabica), resistant arabica (six leaf rust-resistant C. arabica genotypes with introgression of Híbrido de Timor), robusta (five C. canephora genotypes), Híbrido de Timor (three C. arabica x C. canephora), triploids...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Microsatellite marker; Coffea; Discriminant analysis; Genetic diversity.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903366
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Genetic evaluation of Jatropha curcas: an important oilseed for biodiesel production. Repositório Alice
FREITAS, R. G.; MISSIO, R. F.; MATOS, F. S.; RESENDE, M. D. V. de; DIAS, L. A. S..
Jatropha curcas, internationally and locally known, respectively, as physic nut and pinhão manso, is a highly promising species for biodiesel production in Brazil and other countries in the tropics. It is rustic, grows in warm regions and is easily cultivated. These characteristics and high-quality oil yields from the seeds have made this plant a priority for biodiesel programs in Brazil. Consequently, this species merits genetic investigations aimed at improving yields. Some studies have detected genetic variability in accessions in Africa and Asia. We have made the first genetic evaluation of J. curcas collected from Brazil. Our objective was to quantify genetic diversity and to estimate genetic parameters for growth and production traits and seed oil...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Oil content; Genetic diversity; Heritability; Clustering; Genetic correlation.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/897234
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Mapa parcial de ligação gênica em Coffea arabica L. Repositório Alice
QUEIROZ, T. F. N.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; MISSIO, R. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Em uma população F2 de 215 indivíduos, originária do cruzamento entre cafeeiros "Híbrido de Timor" (H445-46) e "Catuaí" (2143-235) foram analisados 102 marcadores RAPD. Com estes, foi confeccionado um mapa parcial em que 89 marcadores se posicionaram em 14 grupos de ligação. Treze marcadores não se ligaram a nenhum grupo formado. Houve distorção de segregação para 54 marcas. O mapa cobriu parte do genoma, mas novas marcas devem ser encontradas para saturação dos intervalos e formação de novos grupos.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Mapa de ligação genética; Marcadores moleculares RAPD.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905697
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Melhoramento de Pinus caribaea no Brasil. Repositório Alice
MORAES, M. L. T. de; SILVA, J. M. da; MISSIO, R. F.; AGUIAR, A. V. de..
2008
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pinus caribaea; Melhoramento genético.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/315122
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Polymorphic information content of SSR markers for Coffea spp. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; SAKIYAMA, N. S..
Thirty-three coffee SSR primers from enriched genomic library with (GT)15 and (AGG)10 repeats were analyzed in 24 coffee tree accessions. Twenty-two primers were polymorphic among accessions; the number of alleles ranged from 2 to 13, with the mean number of 5.1 alleles per primer. PIC values ranged from 0.08 to 0.79. The highest mean PIC values were found for C. canephora (0.46), and the lowest values for C. arabica (0.22) and triploids (0.22) accessions. The polymorphic SSR markers used in this study were useful for genetic fingerprinting in the coffee tree, especially in the C. canephora and the leaf rust resistant arabica cultivars.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SSR; Arabica coffee; Molecular mrkers; Genomic DNA libraries enriched.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880497
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