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A chromosome scale genome assembly of pensacola bahiagrass (paspalum notatum cv. pensacola) Repositório Alice
ARAKAKI, J. E.; VIGNA, B. B. Z.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MUDADU, M. de A.; RIOS, E.; FAVERO, A. P..
The development of new, cost-effective sequencing technologies, along with user-friendly computational tools, facilitates genomic studies of non-model species. Paspalum notatum is an important forage and turfgrass worldwide. Pensacola is a diploid (2n=20) cultivar with haploid genome size of 600Mb, estimated by flow cytometry. Pensacola is native to Argentina and has long narrow leaves, early flowering and cold tolerance. It is related to five ('Tiphi1', 'Tiphi 2', 'UF-Riata', 'Tifton 9' and 'Tifquick') of the 17 released cultivars and the most adopted cultivar in Southeastern Florida and South of Brazil, indicating its agro-economic importance. Here, we present a chromosome-scale genome assembly of Paspalum notatum cv. Pensacola. To obtain the PacBio HiFi...
Tipo: Resumo em anais e proceedings Palavras-chave: Gramínea Forrageira; Capim Pensacola; Genome.
Ano: 2023 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1160082
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A Genome-Wide Association Study of Meat Tenderness in Nelore Beef Cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P.; DECKER, J.; TAYLOR, J.; SCHNABEL, R.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; SONSTEGARD, T.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genome map; Tagging; Characterization.; Cattle..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/989023
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A genome-wide scan for selection signatures in Nellore cattle. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; SONSTEGARD, T. S.; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; SILVA, L. O. C. da; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; COUTINHO, L. L.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Brazilian Nellore cattle (Bos indicus) have been selected for growth traits for over more than four decades. In recent years, reproductive and meat quality traits have become more important because of increasing consumption, exports and consumer demand. The identification of genome regions altered by artificial selection can potentially permit a better understanding of the biology of specific phenotypes that are useful for the development of tools designed to increase selection efficiency. Therefore, the aims of this study were to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle using extended haplotype homozygosity methodology and BovineHD marker genotypes (>777 000 single nucleotide polymorphisms) as well as to identify corresponding...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Single nucleotid; Relative extended haplotype homozygosity; Single nucleotide polymorphisms; Bos Indicus; Beef cattle; Genotyping; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/998406
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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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A SNP in NEUROD1 is associated with production traits in Nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; NORONHA, C. T.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Candidate gene; Feed consuption.; Bos Indicus..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/992509
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Accuracy of genotype imputation in a Nellore Cattle population in Brazil. Repositório Alice
SILVA, F. de L.; ROSA, A. do N.; SIQUEIRA, F.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; ROSA, G. J. M..
Genome wide-association studies (GWAS) generally require large numbers of individuals that are both phenotyped and desenly genotyped for markers across the genome.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Nelore; Gado Nelore; Gado de corte; Cattle; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1028849
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Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240
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Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395
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Allelic and parental-specific expression on the KCNJ11 gene in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M.; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: KCNJ11; Gene; Cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/980666
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An overview of Phoneutria nigriventer spider venom using combined transcriptomic and proteomic approaches. Repositório Alice
DINIZ, M. R. V.; PAIVA, A. L. B.; GUERRA-DUARTE, C.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, U. de; BORGES, M. H.; YATES, J. R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. de.
Abstract. Phoneutria nigriventer is one of the largest existing true spiders and one of the few considered medically relevant. Its venom contains several neurotoxic peptides that act on different ion channels and chemical receptors of vertebrates and invertebrates. Some of these venom toxins have been shown as promising models for pharmaceutical or biotechnological use. However, the large diversity and the predominance of low molecular weight toxins in this venom have hampered the identification and deep investigation of the less abundant toxins and the proteins with high molecular weight. Here, we combined conventional and next-generation cDNA sequencing with Multidimensional Protein Identification Technology (MudPIT), to obtain an in-depth panorama of...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Proteômica; Transcriptoma; Phoneutria nigriventer; Proteomics; Transcriptomics.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102272
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Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.
Tipo: Separatas Palavras-chave: ABC; Blocos de haplótipos; Minerais; QTL; Nelore.; Bos Indicus; Bovino..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1002861
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Análise haplotípica do gene ASAP1 associado com maciez de carne em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; THOLON, P.; MUDADU, M. de A.; BRESSANI, F. A.; REDE BIFEQUALI; REGITANO, L. C. de A..
A maciez da carne tem impacto importante na satisfação dos consumidores, portanto, o conhecimento da variação desta característica, assim como a prospecção de genes ou segmentos genômicos que influenciem a mesma, pode ajudar no desenvolvimento de critérios quantitativos e moleculares para seleção de bovinos de corte. A análise haplotípica com os SNPs do gene ASAP1 representados no Illumina BovineHD BeadChip mostram que estes marcadores estão associados com força de cisalhamento medida após 7 dias de maturação da carne nessa população da raça Nelore. A validação desses resultados em outras populações poderá contribuir para inclusão desses marcadores em programas de melhoramento da raça Nelore.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Gene candidato; Força de cisalhamento.; Bos Indicus..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943060
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Analysis of paspalum notatum transcriptome under drought condition. Repositório Alice
ARAKAKI, J. E.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; SANTOS, P. M.; FAVERO, A. P.; BORRA, R. C.; VIGNA, B. B. Z..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Paspalum Notatum; Forrageira Tropical; Forage; Greenhouses; Forage grasses.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101437
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Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a fase de...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Acabamento; Assinaturas de seleção; Deposição muscular; Desequilíbrio de ligação.; Gado de Corte..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943051
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Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
Resumo: O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a...
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Assinaturas de seleção; Deposição muscular; Desequilíbrio de ligação; Acabamento; Muscle deposition; Selection signatures.; Gado de Corte.; Linkage disequilibrium; Beef cattle; Finishing.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/946741
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Aplicações da bioinformática na agricultura. Repositório Alice
ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F..
Introdução. Infraestrutura computacional do LMB para suporte a projetos de bioinformática aplicada à agropecuária. Aplicações. A bioinformática e a cadeia produtiva do tambaqui. Bioinformática no desenvolvimento de vacinas: vacinologia reversa. Ferramentas de bioinformática. Machado: um framework de integração de dados genômicos. BDPFG: sistema web para recuperação de informação de pedigree, fenótipos e genótipos. Considerações finais.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Bioinformática; Banco de dados BDPFG; Ferramenta Machado; Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa; Transformação digital; Agricultura digital; Digital agriculture; Agricultura; Agriculture; Bioinformatics.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1126268
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Associação genômica com maciez de carne na raça Nelore. Repositório Alice
REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; MOURÃO, G. B.; REDE BIFEQUALI.
As análises do genoma bovino, incluindo mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci), SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) e, mais recentemente, a genotipagem em larga escala, poderão contribuir para a seleção precoce de bovinos. A análise de associação genômica, utilizando dados da genotipagem de 470 animais no Illumina BovineHD BeadChip, identificou regiões associadas com força de cisalhamento medida 24 horas após o abate (P≤ 0,001) nos cromossomos 2, 10, 13, 16 e 21, em famílias de referência da raça Nelore. A análise dos genes localizados nessas regiões associadas com maciez de carne poderá permitir a identificação de genes de efeito maior, que poderão ser usados na seleção assistida por marcadores.
Tipo: Separatas Palavras-chave: SNP chip; Maciez; Raça Nelore; Cisalhamento.; Carne..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/943050
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1056239
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Association of KCNJ11 gene variants with tenderness in Nelore breed. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; MEIRELLES, S. L. C.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; ROSA, A. do N.; MEDEIROS, S. R. de; SIQUEIRA, F.; FEIJO, G. L. D.; REGITANO, L. C. de A..
The KCNJ11 (potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 11) gene is located in BTA15, near a quantitative trait loci for meat tenderness. In this study, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were described in KCNJ11 and associated with Warner ? Bratzler shear force (WBSF) at different aging times: 1 d after slaughter (WBSF0), after 7 d (WBSF7) and 14 d (WBSF14) of aging. Fourteen steers of Nelore breed, characterized as extreme for the distribution of WBSF0 in a half-sib population of 500 progenies from 32 sires, were selected for sequencing.
Tipo: Separatas Palavras-chave: KCNJ11; Gene variants; Nelore breed; SNP.; Cattle; Meat..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/951696
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Calcium and potassium content in beef: influences on tenderness and associations with molecular markers in Nellore cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P. C.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. de A.; SOUZA, M. M. de; MUDADU, M. de A.; THOLON, P.; ROSA, A. do N.; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R. de; NASSU, R. T.; REGITANO, L. C. de A..
Calcium (Ca) and potassium (K) are essential nutrients in animal nutrition. Furthermore, the Ca content can influence meat tenderness because it is needed by the proteolytic system of calpains and calpastatins, major factors in postmortem tenderization of skeletal muscles. K content, which is needed for muscle contraction, can also affect meat tenderness. This study showed that K positively affects the Warner-Bratzler shear force (WBSF), measured at 14days of meat aging, which means that higher levels of K are related to lower meat tenderness. Additionally, a significant effect (P?0.015) of a SNP in the calcium-activated neutral protease 1 (CAPN1) gene on Ca content was observed. Metal content in beef can affect not only nutritional values but also meat...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Ionone; Shear force; Metal; Calpain; Calpastatin.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/983784
Registros recuperados: 82
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