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A methodological framework to predict the individual and population‐level distributions from tracking data ArchiMer
Chambault, Philippine; Hattab, Tarek; Mouquet, Pascal; Bajjouk, Touria; Jean, Claire; Ballorain, Katia; Ciccione, Stéphane; Dalleau, Mayeul; Bourjea, Jerome.
Despite the large number of species distribution modelling (SDM) applications driven by tracking data, individual information is most of the time neglected and traditional SDM approaches commonly focus on predicting the potential distribution at the species or population‐level. By running classical SDMs (population approach) with mixed models including a random factor to account for the variability attributable to individual (individual approach), we propose an innovative five‐steps framework to predict the potential and individual‐level distributions of mobile species using GPS data collected from green turtles. Pseudo‐absences were randomly generated following an environmentally‐stratified procedure. A negative exponential dispersal kernel was...
Tipo: Text Palavras-chave: GPS tracking; Green turtles; Indian Ocean; Pseudo-absences; Shannon index; Spatial modelling.
Ano: 2021 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00682/79412/81963.pdf
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ATLAS des Résultats du traitement des images hyperspectrales et des données Lidar sur les plateformes récifales de La Réunion ArchiMer
Mouquet, Pascal; Bajjouk, Touria; Maurel, Laurence; Cebeillac, Alexandre; Le Goff, Ronan; Ropert, Michel.
Cet atlas présente les résultats de l'exploitation d’images hyperspectrales et de données Lidar à des fins de cartographie des plateformes récifales de la Réunion. Les méthodes mises en œuvres (traitement du signal, classification, démélangeage spectral, ...) ont permis de générer différents produits cartographiques à haute résolution parmi lesquels des images en réflectance et des fonds marins (jusqu'à des profondeurs supérieures à 30 m), un MNT bathymétrique haute résolution (40 cm) de la plate-forme récifale, des cartes de synthèse permettant d'appréhender qualitativement et quantitativement les taux de couverture en algues, sable, corail et herbier. En intégrant l'ensemble de ces informations, un indicateur surfacique, proxi de la "vitalité...
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00185/29653/28095.pdf
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Contrasted habitats and individual plasticity drive the fine scale movements of juvenile green turtles in coastal ecosystems ArchiMer
Chambault, Philippine; Dalleau, Mayeul; Nicet, Jean-benoit; Mouquet, Pascal; Ballorain, Katia; Jean, Claire; Ciccione, Stéphane; Bourjea, Jerome.
Background A strong behavioural plasticity is commonly evidenced in the movements of marine megafauna species, and it might be related to an adaptation to local conditions of the habitat. One way to investigate such behavioural plasticity is to satellite track a large number of individuals from contrasting foraging grounds, but despite recent advances in satellite telemetry techniques, such studies are still very limited in sea turtles. Methods From 2010 to 2018, 49 juvenile green turtles were satellite tracked from five contrasting feeding grounds located in the South-West Indian Ocean in order to (1) assess the diel patterns in their movements, (2) investigate the inter-individual and inter-site variability, and (3) explore the drivers of their daily...
Tipo: Text Palavras-chave: Chelonia mydas; Home range; Satellite tracking; Diel pattern; Tidal cycle.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00601/71269/69659.pdf
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Expédition pluridisciplinaire "Iles Eparses" 2010 - Rapport de mission Juan de Nova - Europa, 14 mai - 7 juin 2010 ArchiMer
Bourjea, Jerome; Mouquet, Pascal; Quod, Jean-pascal; Ciccione, Stephane.
This report shows the sum up of a pluridisciplinary field trip done in May 2010 in Europa and Juan de Nova, 2 French islands that are part of the French Eparses Islands in the south west Indian Ocean. The objectives of this field trip were to: - Sample 3 coral fish species (L. kasmira, E. merra et M. berndti) in the framework of a project aiming to understand the marine life connectivity between Marine Protected Areas of the South West Indian Ocean. This field trip allowed sampling more than 150 specimens of these 3 species as well as others fish samples for ongoing genetic studies within the region. - Realise the ground truth after acquisition of bathymetric Lidar and Hyperspectral data within the project of reef habitats mapping of the South West Indian...
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00018/12915/9872.pdf
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Glorieuses 2009. Mission pluridisciplinaire Tortues / Aires Marines Protegees. Rapport de mission du 23 mai au 5 juin 2009. Mission Ifremer/Kelonia/Cnrs/Arvam/Aamp ArchiMer
Bourjea, Jerome; Benhamou, Simon; Mouquet, Pascal; Quod, Jean-pascal.
Les objectifs de la missions étaient les suivants: Composante 1 « Tortue » : cette composante est divisée en deux volets : (i) Etude des Processus de navigation des tortues vertes dans le sud ouest de l'océan Indien. Sur la base de 12 tortues déplacées à 100 milles de leur plage de ponte, en direction du sud ouest, afin de disposer d'un point de lâcher éloigné des principales îles de la région (Comores, Mayotte, Madagascar, Seychelles), les processus de navigation et d’orientation en fonction du champs magnétique terrestre et des courants seront étudiées grâce à des balises Argos. Cette composante est très semblable au travail qui a été menée lors de la mission Glorieuses 2008. (ii) Importance des îles du Sud Ouest de l’océan Indien en tant qu’habitat de...
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00244/35517/34022.pdf
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HYSCORES : Cartographies hyperspectrales appliquées aux écosystèmes coralliens et à leur état de santé. ArchiMer
Ropert, Michel; Mouquet, Pascal; Bajjouk, Touria; Delacourt, Christophe.
En 2013, les résultats des travaux menés dans le cadre des projets "Spectrhabent-OI" (2009-2012), étendus au projet "Bioindication" (2012-2013) ont permis d'illustrer le potentiel important représenté par les nouvelles techniques d'imagerie aérienne hyperspectrale appliquées sur les plateformes récifales de l'île de La Réunion. L'objectif principal du projet HYSCORES (2015-2016) est de consolider ces premiers résultats dans une perspective de mise en œuvre opérationnelle de ces nouvelles méthodes dans le cadre de la DCE (directive-cadre européenne sur l’eau (2000/60/CE)). Pour cela 3 axes de recherche sont proposés : 1) l’étude et l'évaluation de la pertinence de l'indicateur VCH (vitalité corallienne hyperspectrale) proposé en 2012 ; 2) la capacité de...
Tipo: Text Palavras-chave: Océan Indien; La Réunion; Récifs coralliens; Télédétection; Hyperspectral; Imagerie; Cartographie; Indicateur; Vitalité corallienne; Recouvrements; Algue; Corail; Sable; Herbier.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00350/46122/45820.pdf
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HYSCORES : Cartographies hyperspectrales appliquées aux écosystèmes coralliens et à leur état de santé. Rapport intermédiaire de fin de campagne d'acquisition ArchiMer
Mouquet, Pascal; Ropert, Michel; Bajjouk, Touria; Delacourt, Christophe.
En 2013, les résultats des travaux menés dans le cadre des projets "Spectrhabent-OI" (2009-2012), étendus au projet "Bioindication" (2012-2013) ont permis d'illustrer le potentiel important représenté par les nouvelles techniques d'imagerie aérienne hyperspectrale appliquées sur les plateformes récifales de l'île de La réunion. Au-delà de l'apport de l'hyperspectral dans une dimension descriptive, il a été montré que la combinaison d'indices de couverture algale et corallienne permettait d'envisager l’élaboration d’un indice surfacique d'état, adapté aux plateformes récifales, appelé "vitalité corallienne hyperspectrale" (VCH). L'objectif principal du projet HYSCORES (2015-2016) est de consolider ces premiers résultats tout en évaluant les possibilités de...
Tipo: Text Palavras-chave: Océan Indien; La Réunion; Récifs coralliens; Hyperspectral; Imagerie; Cartographie; Indicateur; Vitalité corallienne; Recouvrements; Algues; Corail; Sable; Herbiers.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00320/43144/42694.pdf
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Predictive modelling of seabed habitats: case study of subtidal kelp forests on the coast of Brittany, France ArchiMer
Meleder Tard, Vona; Populus, Jacques; Guillaumont, Brigitte; Perrot, Thierry; Mouquet, Pascal.
Predictive modelling to map subtidal communities is an alternative to "traditional" methods, such as direct sampling, remote sensing and acoustic survey, which are neither time- nor cost-effective for vast expanses. The principle of this modelling is the use of a combination of environmental key parameters to produce rules to understand species distribution and hence generate predictive maps. This study focuses on subtidal kelp forests (KF) on the coast of Brittany, France. The most significant key parameters to predict KF frequency are (1) the nature of the substrate, (2) depth, (3) water transparency, (4) water surface temperature and (5) hydrodynamics associated with the flexibility of algae in a flow. All these parameters are integrated in a spatial...
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00006/11758/9273.pdf
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Projet Bio indication à La Réunion. Contribution au développement d’indicateurs adaptés aux platiers récifaux de La Réunion. Rapport final 2012 ArchiMer
Le Goff, Ronan; Ropert, Michel; Bajjouk, Touria; Bein, Aymeric; Cambert, Harold; Cebeillac, Alexandre; Cuet, Pascale; Delacourt, Christophe; Duval, Magali; Maurel, Laurence; Mouquet, Pascal; Nicet, Jean Benoit; Populus, Jacques; Quod, Jean-pascal; Talec, Pascal; Turquet, Jean; Vermenot, Coralie; Zubia, Mayalen.
Le présent document est le rapport final du projet "Bio-Indication à la Réunion ; contribution à la définition d’indicateurs adaptés aux platiers récifaux de la Réunion". Ce projet comprend deux volets : Volet 1 : définition d’indicateurs d’enrichissement en nutriments (dystrophie) adaptés aux platiers récifaux réunionnais. Une importante phase d’acquisition de données de terrain portant sur les algues, les cyanobactéries, le corail, la faune associée et les caractéristiques hydrologiques des différents secteurs retenus a été menée entre fin 2010 et fin 2011 sur une année hydrologique complète afin d’essayer de bâtir des indicateurs d’état DCE adaptés aux masses d’eau récifales de la Réunion, et plus précisément des indicateurs de dystrophie. Ce volet...
Tipo: Text Palavras-chave: Habitats benthiques des platiers récifaux réunionnais; Indicateurs d’enrichissement en nutriments ou de dystrophie; Algues; Corail; Cartographie; Zone intertropicale; La Réunion; Océan Indien; DCE.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00209/32022/30459.pdf
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Projet Bio indication à La Réunion : contribution au développement d’indicateurs récifs coralliens à La Réunion - Rapport intermédiaire - Convention 2010 - Action 17 ArchiMer
Le Goff, Ronan; Ropert, Michel; Scolan, Pierre; Bajjouk, Touria; Liabot, Pierre Olivier; Mouquet, Pascal; Zubia, Mayalen; Cambert, Harold; Quod, Jean-pascal; Turquet, Jean.
Le présent document présente les travaux réalisés en 2010 dans le cadre du projet « Bio Indication à La Réunion ; contribution à la définition d’indicateur récifs coralliens à La Réunion ». Suite à la récupération et à l’analyse des données « milieu marin » déjà disponibles à La Réunion et aux premiers travaux des groupes d’experts thématiques créés dans le cadre de la mise en place de la DCE, il est apparu que les indicateurs d’état faisant le plus cruellement défaut localement étaient ceux permettant de suivre et qualifier les niveaux dystrophie se traduisant par des développements de macro algues en zone lagonaire. Décision a donc été prise de remanier profondément le projet initial ou plus précisément ses deux premiers volets « eutrophisation » et «...
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00036/14741/12049.pdf
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PROJET BON ETAT II : Actualisation de l’état des lieux du SDAGE, Volet "eaux côtières réunionnaises" ArchiMer
Ropert, Michel; Duval, Magali; Maurel, Laurence; Vermenot, Coralie; Mouquet, Pascal; Nicet, Jean Benoit; Talec, Pascal; Le Goff, Ronan.
Le projet "Bon Etat II : actualisation de l’état des lieux du SDAGE, volet eaux côtières réunionnaises" a pour objectif : - de réexaminer le découpage des masses d’eau littorales pour la DCE à La Réunion, - de parachever la définition de l’ensemble des suivis des réseaux du contrôle de surveillance de la DCE à La Réunion, ce qui comprend l’identification et la bancarisation des données déjà acquises localement, et utiles à la DCE (et notamment des données acquises en zones coralliennes aujourd’hui stockées dans le logiciel CoReMo3), la définition (ou l’adaptation) d’indicateurs pertinents, le positionnement des points de suivi au sein des masses d’eau, et la fixation des fréquences de suivi, - de réactualiser l’état des lieux du SDAGE réalisé, également à...
Tipo: Text
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27943/26235.pdf
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Projet EPICURE : Étude des Peuplements Ichtyologiques et des CommUnautés RécifalEs à partir d’indicateurs spatiaux et de l’approche fonctionnelle, des bancs du Geyser, de la Zélée et de l’Iris. Programme du Xème FED régional « Gestion durable du patrimoine naturel de Mayotte et des îles Eparses ArchiMer
Roos, David; Dupont, Priscilla; Gaboriau, Matthias; Bigot, Lionel; Durville, Patrick; Mulochau, Thierry; Pinault, Mathieu; Wickel, Julien; Urbina-barreto, Isabel; Mouquet, Pascal; Maurel, Laurence; Cantou, Michel; Fallourd, Sophie; Guilbert, Antonin; Hoarau, Jean-marc; Aumond, Yoann; Huet, Jerome; Evano, Hugues; Sabathe, Yoann; Giannasi, Paul; Adami, Paul; Mercky, Yann; Jac, Cyrielle; Sucre, Elliott; Pelletier, Dominique; Claverie, Thomas.
For the first time ever at such a spatial scale, the EPICURE project is using the complementary exosystemic, functional and fisheries approaches to analyze and compare the partially exploited fish‐populating structure of the Geyser, Zélée, and Iris banks. This project focuses on three main points, which are 1) a habitat map of the three banks and an assessment of the live coral coverage as a proxy of the Geyser bank’s health, 2) a description of fish assemblages and a functional analysis relative to habitat type and time and 3) an estimate of the abundance index in structure size of the main exploited stocks. Overall, 42 habitats over 268 km² were mapped on the Geyser bank with 534 field verifications. On the Zélée bank, 24 habitats were mapped over 183...
Tipo: Text Palavras-chave: Peuplements ichtyologiques; Communautés récifales; Indicateurs populationnels; Approche fonctionnelle; Stocks halieutiques; Cartographie; Habitats; Bancs récifaux; Geyser; Iris; Zélée; Canal du Mozambique; Fish populating; Reef community; Population index; Functional approach; Fisheries stocks; Habitat map; Reef bank; Geyser; Zélée; Iris; Mozambican channel.
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00434/54549/55924.pdf
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Spectrhabent-OI - Acquisition et analyse de la librairie spectrale sous-marine ArchiMer
Mouquet, Pascal; Quod, Jean-pascal.
An underwater spectral library has been acquired at four different study sites in the Southwest Indian Ocean (Glorioso Islands, Banc du Geyser, Mayotte and Reunion). More than 600 different targets were collected (corals, algae, seagrass and mineral substrates) with a portable spectroradiometer in an underwater housing. The physical and biological parameters affecting the measurements were analyzed. Spectral data were formatted and processed in order to identify radiometric discrimination criteria between the different target types. The results will be used to develop a hyperspectral data processing chain.
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00005/11647/8305.pdf
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