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A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Repositório Alice
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C..
multicollinearity and high dimensionality problems, making it impossible to obtain stable estimates through the traditional method of estimation based on ordinary least squares. To overcome such challenges, dimensionality reduction methods have been proposed, because of their simple theory and easy application. We compared three dimensionality reduction methods: Principal Components Regression (PCR), Partial Least Squares (PLS), and Independent Components Regression (ICR). An important step for dimensionality reduction and prediction is selecting the number of components, as it affects the linear combinations of the explanatory variables. The linear combinations are inserted into the model to predict the response based on a reduced number of parameters. We...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Regression analysis; Genomics.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139234
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Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; SAFADI, T.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D..
Tipo: Separatas Palavras-chave: PRIOR INFORMATIVA.; Medicago Sativa..
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/906555
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Adaptabilidade e estabilidade via regressão não paramétrica em genótipos de café. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; FERREIRA, A.; FERRÃO, R. G.; CAMPANA, A. C. M.; BHERING, L. L.; CRUZ, C. D.; FERRAO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.
Resumo ? O objetivo deste trabalho foi avaliar uma metodologia de análise de adaptabilidade e estabilidade fenotípica de genótipos de café baseada em regressão não paramétrica. A técnica utilizada difere das demais, pois reduz a influência na estimação do parâmetro de adaptabilidade de algum ponto extremo, ocasionado pela presença de genótipos com respostas demasiadamente diferenciadas a determinado ambiente. Foram utilizados dados provenientes de um experimento sobre produtividade média de grãos de 40 genótipos de café (Coffea canephora), com delineamento em blocos ao acaso, com seis repetições. Os genótipos foram avaliados em cinco anos (1996, 1998, 1999, 2000 e 2001), em dois locais (Sooretama e Marilândia, ES) no total de dez ambientes. A metodologia...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Interação genótipo x ambiente; Melhoramento genético; Pontos extremos.; Coffea canephora; Análise Estatística..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/880565
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Adaptabilidade e estabilidade via regressão não paramétrica em genótipos de café. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; FERREIRA, A.; FERRÃO, R. G.; CAMPANA, A. C. M.; BHERING, L. L.; CRUZ, C. D.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.
Tipo: Separatas Palavras-chave: Interação genótipo x ambiente; Melhoramento genético; Pontos extremos.; Análise Estatística; Coffea Canephora..
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/886698
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Adaptability and stability evaluation of maize hybrids using Bayesian segmented regression models. Repositório Alice
OLIVEIRA, T. R. A.; CARVALHO, H. W. L. de; NASCIMENTO, M.; COSTA, E. F. N.; OLIVEIRA, G. H. F.; GRAVINA, G. A.; AMARAL JUNIOR, A. T.; CARVALHO FILHO, J. L..
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Milho; Citogenética Vegetal; Genética Vegetal; Variação Genética; Resposta da Planta; Crescimento; Corn; Hybrids.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1128612
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Adaptability and stability of cotton genotypes regarding fiber yield and quality traits. Repositório Alice
TEODORO, P. E.; FARIAS, F. J. C.; CARVALHO, L. P. de; RIBEIRO, L. P.; NASCIMENTO, M.; AZEVEDO, C. F.; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L..
The performance of textile processes and the quality of the products depends on the several cotton (Gossypium hirsutum L.) fiber quality traits, such as micronaire index, fiber length, and fiber strength. This research aims to recommend cotton genotypes for the Brazilian Cerrado based on fiber yield and fiber quality traits. Nineteen cotton cultivar variety trials were performed in the 2013?2014 and 2014?2015 crop seasons. Each trial was conducted as a randomized complete block design with 12 treatments and four replications. The evaluated traits were fiber yield, fiber length, fiber strength, and micronaire. For each trait, a modified Lin and Binns method was used to recommend the best genotypes for all environments (favorable and unfavorable). This...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Gossypium Hirsutum; Algodão; Fibra; Fiber quality; Micronaire; Cotton.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1118672
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Alteração no método centroide de avaliação da adaptabilidade genotípica Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; CRUZ, C. D.; CAMPANA, A. C.; TOMAZ, R. S.; FERREIRA, R. de P..
O objetivo deste trabalho foi alterar o método centroide de avaliação da adaptabilidade e estabilidade fenotípica de genótipos, para deixá-lo com maior sentido biológico e melhorar aspectos quantitativos e qualitativos de sua análise. A alteração se deu pela adição de mais três ideótipos, definidos de acordo com valores médios dos genótipos nos ambientes. Foram utilizados dados provenientes de um experimento sobre produção de matéria seca de 92 genótipos de alfafa (Medicago sativa) realizado em blocos ao acaso, com duas repetições. Os genótipos foram submetidos a 20 cortes, no período de novembro de 2004 a junho de 2006. Cada corte foi considerado um ambiente. A inclusão dos ideótipos de maior sentido biológico (valores médios nos ambientes) resultou em...
Tipo: Separatas Palavras-chave: ANÁLISE GRÁFICA; INTERAÇÃO GENÓTIPO; AMBIENTE; MEDICAVO SATIVA..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/49243
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Artificial neural networks classify cotton genotypes for fiber length. Repositório Alice
CARVALHO, L. P. de; TEODORO, P. E.; BARROSO, L. M. A.; FARIAS, F. J. C.; MORELLO, C. de L.; NASCIMENTO, M..
Fiber length is the main trait that needs to be improved in cotton. However, the presence of genotypes x environments interaction for this trait can hinder the recommendation of genotypes with greater length fibers. The aim of this study was to evaluate the adaptability and stability of the fibers length of cotton genotypes for recommendation to the Midwest and Northeast, using artificial neural networks (ANNs) and Eberhart and Russell method. Seven trials were carried out in the states of Ceará, Rio Grande do Norte, Goiás and Mato Grosso do Sul. Experimental design was a randomized block with four replications. Data were submitted to analysis of adaptability and stability through the Eberhart & Russell and ANNs methodologies. Based on these methods,...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Inteligência artificial; Algodão; Gossypium Hirsutum; Gossypium Hirsutum Marie Galante; Genótipo; Cotton; Artificial intelligence; Genotype-environment interaction.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099791
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Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression for leaf rust resistance prediction in Arabica coffee. Repositório Alice
SILVA, G. N.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; CRUZ, C. D.; CAIXETA, E. T.; CARNEIRO, P. C. S.; ROSADO, R. D. S.; PESTANA, K. N.; ALMEIDA, D. P. de; OLIVEIRA, M. da S..
The objective of this work was to evaluate the use of artificial neural networks in comparison with Bayesian generalized linear regression to predict leaf rust resistance in Arabica coffee (Coffea arabica). This study used 245 individuals of a F2 population derived from the self-fertilization of the F1 H511-1 hybrid, resulting from a crossing between the susceptible cultivar Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistant parent Híbrido de Timor (UFV 443-03). The 245 individuals were genotyped with 137 markers. Artificial neural networks and Bayesian generalized linear regression analyses were performed. The artificial neural networks were able to identify four important markers belonging to linkage groups that have been recently mapped, while the...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Inteligência artificial; Predição.; Marcador molecular; Coffea Arábica; Hemileia Vastatrix.; Artificial intelligence; Genetic markers; Prediction..
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069618
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Association between responses obtained using adaptability and stability methods in alfalfa. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CIRILLO, M. A.; FERREIRA, A.; PETERNELLI, L. A.; FERREIRA, R. de P..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Genotype × environment interaction; Multiple centroid method; Eberhart and Russell (1966).; Correspondence analysis..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/973556
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Bayesian approach increases accuracy when selecting cowpea genotypes with high adaptability and phenotypic stability. Repositório Alice
BARROSO, L. M. A.; TEODORO, P. E.; NASCIMENTO, M.; TORRES, F. E.; SANTOS, A. dos; CORRÊA, A. M.; SAGRILO, E.; CORRÊA, C. C. G.; SILVA, F. A.; CECCON, G..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Interação genótipo x ambiente.; Vigna Unguiculata..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1041259
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Bayesian model combining linkage and linkage disequilibrium analysis for low density-based genomic selection in animal breeding. Repositório Alice
SILVA, F. F.; JEREZ, E. A. Z.; RESENDE, M. D. V. de; VIANA, J. M. S.; AZEVEDO, C. F.; LOPES, P. S.; NASCIMENTO, M.; LIMA, R. O. de; GUIMARÃES, S. E. F..
We combined linkage (LA) and linkage disequilibrium (LDA) analyses (emerging the term ?LALDA?) for genomic selection (GS) purposes. The models were fitted to a simulated dataset and to a real data of feed conversion ratio in pigs. Firstly, the significant QTLs (quantitative trait locus) were identified through LA-based mixed models considering the QTL-genotypes as random effects by means of genotypic identity by descent matrix. This matrix was calculated at the positions of significant QTLs (based on LA) allowing to include the QTL-genotype effects additionally to SNP (single nucleotide polymorphism) markers (based on LDA) and additive polygenic effects in several GS models (Bayesian Ridge Regression ? BRR; Bayes A ? BA; Bayes B ? BB; Bayes C ? BC and...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: X.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093541
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Caracterização do Banco Ativo de Germoplasma de nim da Embrapa Tabuleiros Costeiros. Infoteca-e
SILVA, A. V. C. da; MUNIZ, E. N.; LEDO, A. da S.; NASCIMENTO, A. L. S.; NASCIMENTO, M..
bitstream/item/219049/1/BP-150-20-Ana-Veruska-v2.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Banco de Germoplasma; Nim; Genética Vegetal.
Ano: 2020 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1127958
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Combined index of genomic prediction methods applied to productivity traits in rice. Repositório Alice
SUELA, M. M.; LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e.
A cultura do arroz tem grande importância nacional e mundial por ser um dos cereais mais produzidos e consumidos no mundo, caracterizando-se como o principal alimento de mais da metade da população mundial. Em função de sua importância alimentar, desenvolver métodos eficientes que visam a predição e a seleção de indivíduos geneticamente superiores, quanto a características da planta, é de extrema importância para os programas de melhoramento. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar e comparar a eficiência do método Delta-p, G-BLUP, BayesCpi, BLASSO e o índice Delta-p/G-BLUP, índice Delta-p/BayesCpi e índice Delta-p/BLASSO, na estimação de valores genômicos e dos efeitos de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) em dados fenotípicos...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Predição genômica; Ganho genético; Genomic prediction; Genetic gain; Bayesian alphabet; Molecular bases; Regression; Índice de Seleção; Selection index.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110881
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Comparison of dimensionality reduction methods to predict genomic breeding values for carcass traits in pigs. Repositório Alice
AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F.; GLÓRIA, L. S..
A significant contribution of molecular genetics is the direct use of DNA information to identify genetically superior individuals. With this approach, genome-wide selection (GWS) can be used for this purpose. GWS consists of analyzing a large number of single nucleotide polymorphism markers widely distributed in the genome; however, because the number of markers is much larger than the number of genotyped individuals, and such markers are highly correlated, special statistical methods are widely required. Among these methods, independent component regression, principal component regression, partial least squares, and partial principal components stand out. Thus, the aim of this study was to propose an application of the methods of dimensionality reduction...
Tipo: Separatas Palavras-chave: Quadrados mínimos parciais; Componente de regressão independente; Componente principal de regressão; Componente principal parcial; Partial least squares; Independent component regression; Principal component regression; Partial principal component.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1030362
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Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Repositório Alice
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R..
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Marcadores SNP; Regressão Bayesiana; Statistics; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084055
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Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa. Repositório Alice
NASCIMENTO, M.; ROCHA, G. S. da; PINTO, D. S.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; SILVA, F. F. e..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Interação genótipo x ambiente; Melhoramento de planta.; Alfafa; Medicago Sativa..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/975475
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Cuidado ao negligenciar pressuposições básicas do modelo de ANOVA na seleção de genótipos de alfafa. Repositório Alice
PONTES, D. S.; ROSADO, R. D. S.; CRUZ, C. D.; NASCIMENTO, M.; FERREIRA, R. de P.; VILELA, D..
Evento online. SIMFIT. Edição especial.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Estrutura de covariância; Medida repetida; Alfafa; Melhoramento Vegetal; Medicago Sativa.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1135242
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Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. Repositório Alice
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C..
The principal component regression (PCR) and the independent component regression (ICR) are dimensionality reduction methods and extremely important in genomic prediction. These methods require the choice of the number of components to be inserted into the model. For PCR, there are formal criteria; however, for ICR, the adopted criterion chooses the number of independent components (ICs) associated to greater accuracy and requires high computational time. In this study, seven criteria based on the number of principal components (PCs) and methods of variable selection to guide this choice in ICR are proposed and evaluated in simulated and real data. For both datasets, the most efficient criterion and that drastically reduced computational time determined...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Melhoramento Genético Vegetal; Produtividade; Arroz; Genomics; Plant breeding; Yields; Rice.
Ano: 2022 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139185
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Discrimination of varietal groups and hybrids of coffea canephora species using multivariate analysis. Repositório Alice
OLIVEIRA, G. F.; MIRANDA, T. L. R.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T.; SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; SILVA, F. L. da.
Coffee growing is one of the most important agricultural activities in the world market. Among the commercially relevant species, there is Coffea canephora,which can be divided into the varietal groups Conilon and Robusta. These varietal groups have complementary agronomic interests. Because of this, hybrids are obtained through the crosses between these groups. Given the difficulty in differentiating between two varietal groups genotypes in the field, the correct discrimination is essential for the definition of crosses in breeding programs. In this context, the objective was to apply a discriminant analysis (DA) to define functions to differentiate between varietal groups and hybrids of canephora, as well as to identify the most relevant phenotypic...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Café Robusta; Discriminant analysis; Coffea; Multivariate analysis.
Ano: 2021 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1139353
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