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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149
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AnotaSNP: software para organização de informações de anotação de genes em estudos de associação genômica ampla. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento apresenta o manual do software anotaSNP, que tem por objetivo apoiar pesquisadores na análise de experimentos envolvendo estudos de associação genótipo-fenótipo.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estudos de associação genômica ampla; Anotação de SNP; Computer software; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1009333
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Armazenamento de dados de genotipagem e fenotipagem para estudos de genética animal. Repositório Alice
OLIVEIRA, G. B. de; HIGA, R. H..
O que propomos é um banco de metadados que possa conter as informações de marcadores, fenótipos e genótipos de diferentes especies e armazenados em diferentes repositórios, garantido assim o acesso e centralização das informações e sua utilização pelos pesquisadores de melhoramento genético animal.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Banco de dados genérico; Armazenamento de dados genéticos; Generic database; Generic data storage.; Melhoramento Genético Animal.; Single nucleotide polymorphism; Animal breeding.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1031147
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Avaliação da longevidade de adultos da joaninha predadora Cryptolaemus montrouzieri criada com a dieta extrato de levedura Bionis® YE MF e açúcar, no substrato grão de milho estourado. Repositório Alice
SILVA, A. P. da; SANCHES, N. F.; OLIVEIRA, G. B. de; FANCELLI, M.; NASCIMENTO, A. S. do.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Joaninha; Açúcar; Milho.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115738
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Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF) para suporte a estudos de associação genômica ampla e seleção genômica em programas de melhoramento animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; OLIVEIRA, G. B. de.
Este documento complementa os trabalhos previamente desenvolvidos, apresentando um modelo de dados para armazenamento de dados de genótipos, fenótipos e pedigree de animais de interesse agropecuário para suporte tanto a experimentos de GWAS quanto a programas de melhoramento genético animal, Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos(BDGF).
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Associação genômica; Genome-wide association studies.; Genótipo; Fenótipo; Melhoramento Animal.; Genotype; Phenotype; Genetic improvement.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1022327
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Banco de dados de genótipos para melhoramento genético animal. Repositório Alice
OLIVEIRA, G. B. de; DIAS, V. F.; PODESTÁ, E. V.; CORRÊA, J. L.; HIGA, R. H..
Neste trabalho, propomos um de banco de dados e sistemas associados para armazenar genótipos baseado no Sistema de Gerenciamento de Banco de Dados (SGBD) PostgreSQL, linguagem de programação C ,Python e a ferramenta Django para o desenvolvimento da interface.
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Banco de dados.; Melhoramento Genético Animal.; Genetic improvement.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/996261
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Banco de dados de genótipos para suporte à seleção genômica em programas de melhoramento animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; DIAS, V. F.; CORREA, J. L.; OLIVEIRA, G. B. de.
Escopo. Modelo de dados. Descrição de genótipos. Descrição das tabelas. Entrada e saída de dados. Análise de desempenho. Análise de desempenho.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Melhoramento genético; Genótipos; Banco de dados; Genotype; Genetic improvement.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/980977
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Estudo da estabilidade da linamarase de manihot esculenta crantz sob armazenamento. Repositório Alice
FROIS, J. C.; OLIVEIRA, L. A. de; OLIVEIRA, G. B. de.
A linamarase é uma β-glicosidase que pode ser obtida, dentre outras fontes, da mandioca. Ela é responsável pela hidrólise dos glicosídeos cianogênicos linamarina e lotaustralina, que se supõe estão envolvidos em processos de defesa da planta.
Tipo: Parte de livro Palavras-chave: Mandioca; Manihot Esculenta.; Cassava..
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1000507
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Evidence of miRNA regulation of intramuscular fat deposition in beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, G. B. de; CESAR, A. S. M.; FELÍCIO, A. M.; KAPPELER, B. I. G.; POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Gado de Corte.; Beef cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1057034
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Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; REECY, J. M.; POLETI, M. D.; OLIVEIRA, P. S. N.; OLIVEIRA, G. B. de; MOREIRA, G. C. M.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. L.; KOLTES, J. E.; Fritz-Waters, E.; KRAMER, L.; GARRICK, D.; BEIKI, H.; GEISTLINGER, L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L..
Background: Integration of high throughput DNA genotyping and RNA-sequencing data allows for the identification of genomic regions that control gene expression, known as expression quantitative trait loci (eQTL), on a whole genome scale. Intramuscular fat (IMF) content and carcass composition play important roles in metabolic and physiological processes in mammals because they influence insulin sensitivity and consequently prevalence of metabolic diseases such as obesity and type 2 diabetes. However, limited information is available on the genetic variants and mechanisms associated with IMF deposition in mammals. Thus, our hypothesis was that eQTL analyses could identify putative regulatory regions and transcription factors (TFs) associated with...
Tipo: Artigo de periódico Palavras-chave: Expressão gênica; EQTL; Ácidos graxos; Doenças metabólicas; Expression quantitative trait loci; Gene expression; Fatty acids; Mammals; Metabolic diseases.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102203
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miRNAs related to fatty acids composition in Nellore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; TIZIOTO, P. C.; POLETI, M. D.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tipo: Separatas Palavras-chave: Gene regulation.; Bos Indicus.; Adipogenesis..
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1066405
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Preferência de Cryptolaemus montrouzieri (Col.: Coccinellidae) sobre ninfas de Maconellicoccus hirsutus (Hemip.: Pseudococcidae) e ovos de Ceratitis capitata (Dip.: Tephritidae). Repositório Alice
SILVA, D. M. da; SILVA, U. T. F. da; NASCIMENTO, A. S. do; SANCHES, N. F.; OLIVEIRA, G. B. de; GAMA, F. de C.; PARANHOS, B. A. J..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Joaninha; Praga de Planta.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115991
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Produção de pimenta-longa (Piper aduncum L. e Piper hispidinervum C. DC.) no Ceará. Infoteca-e
PEREIRA, R. de C. A.; RODRIGUES, T. H. S.; OLIVEIRA, G. B. de; BEZERRA, M. G. A..
bitstream/item/79963/1/PRODUCAODEPIMENTA-LONGA.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pimenta-longa.
Ano: 2012 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/951724
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Software para recuperação automatizada de anotações funcionais em estudos de associação genômica ampla. Repositório Alice
ALMEIDA, R. C. de; OLIVEIRA, G. B. de; HIGA, R. H..
Tipo: Anais e Proceedings de eventos Palavras-chave: Associação genômica ampla; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genômica animal.; Computer software; Single nucleotide polymorphism..
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/981928
Registros recuperados: 15
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