SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; NORONHA, C. T.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..

2014

Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle.

Palavras-chave: Bos indicus; Candidate gene; Feed consuption.

Ano: 2014

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992509

SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

bitstream/item/147026/1/Souza-et-al-2016.pdf

Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.

Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240

SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp)....

Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency.

Palavras-chave: Expressão gênica; Regulação da expressão gênica; Allelic expression; Allele-specific expression; Bos Indicus; Gene expression regulation.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1125395

ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..

An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle.

Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455

OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..

Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...

An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle.

Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755

Análise de qualidade de RNA para estudo do perfil transcriptômico de animais extremos para eficiência alimentar da raça Nelore.

Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149

SERRA, V.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..

2013

Associação genômica com maciez de carne na raça Nelore.

Palavras-chave: RNA; Perfil transcriptômico; Raça Nelore.

Ano: 2013

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965648

REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; MOURÃO, G. B.; REDE BIFEQUALI.

As análises do genoma bovino, incluindo mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci), SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) e, mais recentemente, a genotipagem em larga escala, poderão contribuir para a seleção precoce de bovinos. A análise de associação genômica, utilizando dados da genotipagem de 470 animais no Illumina BovineHD BeadChip, identificou regiões associadas com força de cisalhamento medida 24 horas após o abate (P≤ 0,001) nos cromossomos 2, 10, 13, 16 e 21, em famílias de referência da raça Nelore. A análise dos genes localizados nessas regiões associadas com maciez de carne poderá permitir a identificação de genes de efeito maior, que poderão ser usados na seleção assistida por marcadores.

Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: SNP chip; Carne; Maciez; Raça Nelore; Cisalhamento.

Ano: 2012

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943050

Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle.

DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.

Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness.

Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; Systems biology.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630

DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.

Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle.

Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; System biology.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848

OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A..

Fatty acid (FA) content affects the sensorial and nutritional value of meat and plays a significant role in biological processes such as adipogenesis and immune response. It is well known that, in beef, the main FAs associated with these biological processes are oleic acid (C18:1 cis9, OA) and conjugated linoleic acid (CLA-c9t11), which may have beneficial effects on metabolic diseases such as type 2 diabetes and obesity. Here, we performed differential expression and co-expression analyses, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) and partial correlation with information theory (PCIT), to uncover the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in skeletal muscle associated with FA content. miRNA and mRNA expression data were...

Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content.

Palavras-chave: Ácido linoleico conjugado; Ácido oleico; Ácidos graxos; Genômica; Redes de co-expressão; Integrative genomics; MRNA; MiRNA; Bos Indicus; Gado de Corte; Beef cattle; Conjugated linoleic acid; Oleic acid.

Ano: 2019

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110820

CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; MOURAO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L..

bitstream/item/153206/1/artigo5-Cesar-BMCGenomics-2016.pdf

Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle.

Palavras-chave: Bos Indicus; Human health; Lipids.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060542

OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

2016

Erratum to: 'Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle'.

Palavras-chave: Bos indicus; Gene regulation; Residual feed intake; Bos indicus; Bos indicus.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056602

MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..

bitstream/item/156478/1/Genomic-structure-and-market-derived-gene-BMC-genomics.pdf

FABP1 and SLC2A5 expression levels affect feed efficiency-related traits.

Palavras-chave: Erratum; Beef cattle; Meat quality.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065244

DINIZ, W. J. S.; ROSA, K. O. da; TIZIOTO, P. C.; MOURÃO, G. B.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..

Improving the efficiency of production to reduce the environmental footprints is pivotal to the sustainability of livestock systems. Despite the advances in cattle feed efficiency (FE) measurement and identification of potential mechanisms involved, much is still unclear regarding the genetic and biological basis of this trait. Nevertheless, lipid and carbohydrate metabolism have been outlined as important in determining efficient and inefficient animals. To address the role of genes partaking in these processes and previously involved with residual feed intake (RFI), we carried out a liver expression profile in Nelore steers (n = 83). Six target genes (FABP1, FADS2, PPP1R26, RGS2, SLC2A5, and UCP2) were measured by qPCR analysis. A general linear mixed...

Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta.

Palavras-chave: Cattle feed efficiency; Relative growth rate; Average daily gain; Gene expression; Dry matter intake.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1127498

SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..

2016

Genome-enabled prediction of breeding values for feedlot average daily weight gain in nelore cattle.

Palavras-chave: RNA-seq; Bos indicus; Eficiência alimentar.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1054252

SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A.; ROSA, G. J. M.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P..

Nelore is the most economically important cattle breed in Brazil, and the use of genetically improved animals has contributed to increase beef production efficiency. The Brazilian beef feedlot industry has grown considerably in the last decade, so the selection of animals with higher growth rates on feedlot has become quite important. Genomic selection could be used to reduce generation intervals and improve the rate of genetic gains. The aim of this study was to evaluate the prediction of genomic estimated breeding values for average daily gain in 718 feedlot-finished Nelore steers. Analyses of three Bayesian model specifications (Bayesian GBLUP, BayesA, and BayesCπ) were performed with four genotype panels (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs,...

Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle.

Palavras-chave: Genomic selection; Bos taurus indicus; Growth.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1070097