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Application of single step genomic BLUP under different uncertain paternity scenarios using simulated data. Repositório Alice
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; MAGALHAES, A. F. B.; ESPIGOLAN, R.; PERIPOLLI, E.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; LOURENÇO, D. A. L.; AGUILAR, I.; BALDI REY, F. S..
The objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) models in different scenarios of paternity uncertainty with different strategies of scaling the G matrix to match the A22 matrix, using simulated data for beef cattle. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). Paternity uncertainty scenarios using 0, 25, 50, 75, and 100% of multiple sires (MS) were studied. The simulated genome had a total length of 2,333 cM, containing 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over the 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Seleção Fenótipa; Citogenética Animal; Hereditariedade; Gado de Corte.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083177
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Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F..
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Padroes ROH; Endogamia; Gado Nelore; Genoma; Genética Animal; Homozygosity.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101339
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Body chemical composition of lambs from seven genetic groups at three feeding levels. Repositório Alice
FUZIKAWA, I. H. de S.; HENRIQUE, W.; COSTA, F. S. de; AFERRI, G.; ALENCAR, M. M. de; ESTEVES, S. N.; PEREIRA, A. S. C..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Body constituents; Ether extract; Mineral.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075119
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Caracterização do desequilíbrio de ligação em uma população de bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
KLUSKA, S.; TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; BALDI REY, F. S..
Resumo: Tendo em vista a importância da estimação do desequilíbrio de ligação para a seleção genômica, o objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação de uma população de bovinos da raça Nelore participantes do programa de melhoramento da ANCP. Foram utilizadas informações de 9.459 animais genotipados com um painel de alta densidade, totalizando 735.044 SNP?s, antes do controle de qualidade. A estimação do desequilíbrio de ligação foi realizada através do programa SNP1101. Os valores de LD observados para os cromossomos autossômicos variaram de 0,18 a 0,25. Para marcadores distanciados até 1 Kb a média de r² foi de 0,53 e para marcadores distanciados entre 90 e 100 Kb 0,14. Para MAF a média variou de 0,23 a 0,25, considerando MAF mínimo de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Densidade de Marcadores; Marcador Genético; Seleção Genótipa; Cromossoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083353
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Efeito da restrição alimentar sobre o desempenho de novilhos Nelore. Repositório Alice
AFERRI, G.; LEME, P. R.; PEREIRA, A. S. C.; CORTE, R. R. P. da S.; SILVA, S. da L. e; BERNDT, A..
2008
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Ganho de peso compensatório; Ingestão de matéria seca..
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1016252
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Effect of dietary whole cottonseed vitamin e and days of finishing on sensory traits of meat from nellore bulls Repositório Alice
FERRINHO, A. M.; NASSU, R. T.; ALDAI, N.; UTEMBERG, B. L.; MENDONÇA, F. B.; FURLAN, M. L. N.; BALDI, F.; MUELLER, L. F.; BALIEIRO, J. C. de C.; PEREIRA, A. S. C..
The whole cottonseed is a residue from agroindustry rich in polyunsaturated fatty acids able to provide healthy meat, however this residue may affect the flavor. Then, the objective of this study was to evaluate the effect of replacing corn with whole cottonseed (30%) with or without vitamin E (500 IU vitamin E/kg of DM) and the finishing period (83, 104 and 111) on sensory attributes of beef from Nellore bulls (3x3 factorial design, n=54). Samples were evaluated by 12 trained panelists. There was significant interaction between the factors studied for tenderness. Diet effect was observed for all sensory traits except for off-aroma. Meat obtained from bulls fed whole cottonseed (WCS, WCSE) provided the juiciest meat and the most intense aroma and flavor....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Antioxidant; Lipids; Meat traits.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035440
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Effect of feed levels over empty body weight and their components of lambs from seven genetic groups. Repositório Alice
FUZIKAWA, I. H. de S.; HENRIQUE, W.; COSTA, F. S. de; AFERRI, G.; ALENCAR, M. M. de; ESTEVES, S. N.; PEREIRA, A. S. C..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Carcass; Nutrients requeriments; Viscera.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075120
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Genetic correlations between visual slaughter conformation scores and growth and reproductive traits in Canchim cattle. Repositório Alice
BORBA, L. H. F.; REY, F. S. B.; FEITOSA, F. L. B.; SILVA, L. O. C. da; PEREIRA, A. S. C.; ALENCAR, M. M. de.
We obtained heritability and (co)variance component estimates for slaughter conformation scores at 420 days of age (SCS420), age at calving (first, AFC; second, ASC), calving occurrence until 38 months of age (CP38), weight at 420 days of age (W420), and scrotal circumference at 420 days (SC420) in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) cattle. A total of 23,168 records of Canchim animals, including 12,493 females and 10,675 males, were analyzed. SCS420 indicated carcass structure, muscle development, and subcutaneous fat deposition. The slaughter conformation score of each animal was relative to the whole contemporary group; 1 corresponded to the lowest expression of the trait and 6 to the highest. Heritabilities, and genetic and residual correlation...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bayesian inference; Conformation score; Threshold model; Beef cattle; Heritability.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047612
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Impacto nas acurácias dos valores genéticos para idade ao primeiro parto em diferentes cenários com paternidade incerta. Repositório Alice
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F. A.; BALDI REY, F. S..
Resumo: O objetivo deste estudo foi investigar o impacto nas acurácias de predição utilizando os métodos BLUP e ssGBLUP em diferentes cenários considerando paternidade incerta utilizando dados de uma população de bovinos Nelore. Foram estudados dados de 18.526 registros de idade ao primeiro parto (IPP). Os componentes de variância foram estimados usando os métodos BLUP e ssGBLUP. A matriz de parentesco (A) foi criada com diferentes proporções de animais com pais desconhecidos (0, 25, 50, 75 e 100%). Todos os modelos incluíram grupos contemporâneos como efeitos fixos. Os valores genéticos e genômicos (EBV / GEBV) foram avaliados em cada cenário para quatro grupos: ALL = todos os animais da população, BULL = somente touros com dez ou mais progênies; GEN =...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Paternidade incerta; Avaliação genética; Parâmetro Genético; Gado Nelore.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083359
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