SABIIA - Sistema Aberto e Integrado de Informação em Agricultura (Sabiia)

TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; MAGALHAES, A. F. B.; ESPIGOLAN, R.; PERIPOLLI, E.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; LOURENÇO, D. A. L.; AGUILAR, I.; BALDI REY, F. S..

The objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) models in different scenarios of paternity uncertainty with different strategies of scaling the G matrix to match the A22 matrix, using simulated data for beef cattle. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). Paternity uncertainty scenarios using 0, 25, 50, 75, and 100% of multiple sires (MS) were studied. The simulated genome had a total length of 2,333 cM, containing 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over the 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic...

Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle.

Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Seleção Fenótipa; Citogenética Animal; Hereditariedade; Gado de Corte.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083177

PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..

Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...

Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits.

Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275

PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F..

Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels...

Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus)

Palavras-chave: Padroes ROH; Endogamia; Gado Nelore; Genoma; Genética Animal; Homozygosity.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101339

PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..

2017

Caracterização do desequilíbrio de ligação em uma população de bovinos da raça Nelore.

Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose; Pedigree.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072487

KLUSKA, S.; TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; BALDI REY, F. S..

Resumo: Tendo em vista a importância da estimação do desequilíbrio de ligação para a seleção genômica, o objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação de uma população de bovinos da raça Nelore participantes do programa de melhoramento da ANCP. Foram utilizadas informações de 9.459 animais genotipados com um painel de alta densidade, totalizando 735.044 SNP?s, antes do controle de qualidade. A estimação do desequilíbrio de ligação foi realizada através do programa SNP1101. Os valores de LD observados para os cromossomos autossômicos variaram de 0,18 a 0,25. Para marcadores distanciados até 1 Kb a média de r² foi de 0,53 e para marcadores distanciados entre 90 e 100 Kb 0,14. Para MAF a média variou de 0,23 a 0,25, considerando MAF mínimo de...

Genome wide association study for beef tenderness in Polled Nellore cattle.

Palavras-chave: Densidade de Marcadores; Marcador Genético; Seleção Genótipa; Cromossoma.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083353

Genome-wide association study provides insights into genes related with horn development in Nelore beef cattle.

PERIPOLLI, E.; SILVA, R. M. de O.; CASTRO, L. M. de; LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI, F..

2016

Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE)

Palavras-chave: Qualidade da carne; Gene candidate; Pecuária; Gado Nelore; Carne; Genoma.

Ano: 2016

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1048593

STAFUZZA, N. B.; SILVA, R. M. de O.; PERIPOLLI, E.; BEZERRA, L. A. F.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; MUNARI, D. P.; LOURENCO, D. A. L.; BALDI, F..

Abstract The causal mutation for polledness in Nelore (Bos taurus indicus) breed seems to have appeared first in Brazil in 1957. The expression of the polled trait is known to be ruled by a few groups of alleles in taurine breeds; however, the genetic basis of this trait in indicine cattle is still unclear. The aim of this study was to identify genomic regions associated with the hornless trait in a commercial Nelore population. A total of 107,294 animals had phenotypes recorded and 2,238 were genotyped/imputed for 777k SNP. The weighted single-step approach for genome-wide association study (WssGWAS) was used to estimate the SNP effects and variances accounted for by 1 Mb sliding SNP windows. A centromeric region of chromosome 1 with 3.11 Mb size (BTA1:...

Genome-wide detection of signatures of selection in indicine and Brazilian locally adapted taurine cattle breeds using wholegenome re-sequencing data.

Palavras-chave: Gado Nelore; Mutação; Bos Indicus.

Ano: 2018

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101347

PERIPOLLI, E.; REIMER, C.; HA, NGOC-THUY; GEIBEL. J.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SIMIANER, H.; SILVA, M. V. G. B..

bitstream/item/219647/1/34-Genome-wide.pdf

Ilhas de homozigose para identificação de genes relacionados com características de importância econômica na pecuária leiteira em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus)

Palavras-chave: Bos taurus indicus; Bos taurus taurus; Signatures of selection; Local adaptation; Next-generation sequencing.

Ano: 2020

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1128690

PERIPOLLI, E.; CHIAIA, H. L. J.; BERTON, M. P.; KLUSKA, S.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..

2017

Impacto nas acurácias dos valores genéticos para idade ao primeiro parto em diferentes cenários com paternidade incerta.

Palavras-chave: Autozigosidade; Características Leiteiras.

Ano: 2017

URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072319

TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F. A.; BALDI REY, F. S..

Resumo: O objetivo deste estudo foi investigar o impacto nas acurácias de predição utilizando os métodos BLUP e ssGBLUP em diferentes cenários considerando paternidade incerta utilizando dados de uma população de bovinos Nelore. Foram estudados dados de 18.526 registros de idade ao primeiro parto (IPP). Os componentes de variância foram estimados usando os métodos BLUP e ssGBLUP. A matriz de parentesco (A) foi criada com diferentes proporções de animais com pais desconhecidos (0, 25, 50, 75 e 100%). Todos os modelos incluíram grupos contemporâneos como efeitos fixos. Os valores genéticos e genômicos (EBV / GEBV) foram avaliados em cada cenário para quatro grupos: ALL = todos os animais da população, BULL = somente touros com dez ou mais progênies; GEN =...