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Dihaploid Coffea arabica genome sequencing and assembly. Repositório Alice
KOCHKO, A. de; CROUZILLAT, D.; RIGOREAU, M.; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; L'ANTHOENE, V. M.; VANDECASTEELE, C.; GUYOT, R.; PONCET, V.; TRANCHANT, C.; HAMON, P.; HAMON, S.; COUTURON, E.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; MUELLER, L.; STRICKLER, S. R.; ANDRADE, A.; PEREIRA, L. F. P.; MARRACCINI, P.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; MING, R.; WAI, J.; DOMINGUES, D. S.; PASCHOAL, A.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; ALBERT, V. A..
Coffea arabica which accounts for 70% of world coffee production is an allotetraploid with a genome size of approximately 1.3 Gb and is derived from the hybridization of C. canephora (710 Mb) and C. eugenioides (670 Mb). To elucidate the evolutionary history of C. arabica, and generate critical information for breeding programs, a sequencing project is underway to finalize a reference genome using a dihaploid line and a set of Menu Abstract: Dihaploid <em>Coffea arabica</Em> Genome Sequencing and Assembly (Plant and Animal Genome XXIII Conference) https://pag.confex.com/pag/xxiii/webprogram/Paper16983.html [25/02/2015 15:00:12] 30 C. arabica accessions.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Conferência; Café; Coffea arabica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040385
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Genetic characterization and relationships of Uganda wild, feral and cultivated Coffea canephora (Robusta) for future sustainable use. Repositório Alice
KIWUKA, C.; GOUDSMIT, E.; TOURNEBIZE, R.; BELLANGER, L.; CROUZILLAT, D.; KIGGUNDU, A.; ANTEN, N.; ANDRADE, A. C.; KOCHKO, A.; MUSOLI, P.; PONCET, V..
The ability of crops to adapt to environmental changes such as the predicted climate change strongly depends on the genetic variation that exists within the crops.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Climate change; Genetic variation; Coffea canephora; Genotype.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084899
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Targeting DREB subfamily genes AS candidates genes for drought tolerance polyformism in natural population of Coffea canephora. Repositório Alice
AQUINO, S.; MARRACCINI, P.; MARIAC, C.; ANDRADE, A. C.; CROUZILAT, D.; KIWUKA, C.; ANTEN, N.; KOCHKO, A.; PONCET, V..
Coffea canephora (Robusta) provides 33% worldwide coffee production, 80% and 22% of Ugandan and Brazilian coffee production, respectively, Abiotic stress such as temperature variations of drought periods, aggravated bu climate changes, are factors that affect this production.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Abiotic stress; Genetic diversity; Genetic resource; SNPs (single nucleotide polymorphism); Climate change.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084947
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The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis. Repositório Alice
DENOEUD, F.; CARRETERO-PAULET, L.; DEREEPER, A.; DROC, G.; GUYOT, R.; PIETRELLA, M.; ZHENG, C.; ALBERTI, A.; ANTHONY, F.; APREA, G.; AURY, J. M.; BENTO, P.; BERNARD, M.; BOCS, S.; CAMPA, C.; CENCI, A.; COMBES, M. C.; CROUZILLAT, D.; SILVA, C. da; DADDIEGO, L.; BELLIS, F. de; DUSSERT, S.; GARSMEUR, O.; GAYRAUD, T.; GUIGNON, V.; JAHN, K.; JAMILLOUX, V.; JOËT, T.; LABADIE, K.; LAN, T.; LECLERCQ, J.; LEPELLEY, M.; LEROY, T.; LI, L. T.; LIBRADO, P.; LOPEZ, L.; MUÑOZ, A.; NOEL, B.; PALLAVICINI, A.; PERROTTA, G.; PONCET, V.; POT, D.; PRIYONO; RIGOREAU, M.; ROUARD, M.; ROZAS, J.; TRANCHANT-DUBREUIL, C.; VANBUREN, R.; ZHANG, Q.; ANDRADE, A. C.; ARGOUT, X.; BERTRAND, B.; KOCHKO, A. de; GRAZIOSI, G.; HENRY, R. J.; JAYARAMA; MING, R.; NAGAI, C.; ROUNSLEY, S.; SANKOFF, D.; GIULIANO, G.; ALBERT, V. A.; WINCKER, P.; LASHERMES, P..
bitstream/item/116215/1/Science-2014-Denoeud-1181-4.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Plant genomics; Coffee.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1006370
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Towards a better understanding of the Coffea Arabica genome structure. Repositório Alice
MUELLER, L.; STRICKLER, S.; DOMINGUES, D.; PEREIRA, L.; ANDRADE, A.; MARRACCINI, P.; MING, R.; WAI, J.; ALBERT, V.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; GUYOT, R.; PONCET, V.; HAMON, P.; HAMON, S.; TRANCHANT, C.; COUTURON, E.; KOCHKO, A. de; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; MEROT-L'ANTHOENE, V.; VANDECASTEELE, C.; RIGOREAU, M.; CROUZILLAT, D.; PASCHOAL, A. R.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J..
An international consortium was initiated in 2012 with the goal to perform the sequencing of the Coffea arabica genome. This consortium includes 34 researchers, engineers and technicians coming from 13 institutions in six different countries. In December 2013 the first draft genome of a Coffea species was published in Science (Denoeud et al. 2014), it is the genome of the C. canephora species, a diploid and the second mainly cultivated species after C. arabica. This later species is the only tetraploid of the genus resulting from a recent spontaneous hybridization (± 0,5 Mya) between C. eugenioides, a wild species from East Africa, and C. canephora, whose genome was sequenced (Lashermes et al. 1999).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coffea arabica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041194
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