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A high-throughput data mining of single nucleotide polymorphisms in Coffea species expresed sequence tags suggests differential homeologous gene expression in the allotetrapoloid Coffea arabica. Repositório Alice
VIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G..
Polyploidization constitutes a common mode of evolution in flowering plants. This event provides the raw material for the divergence of function in homeologous genes, leading to phenotypic novelty that can contribute to the success of polyploids in nature or their selection for use in agriculture. Mounting evidence underlined the existence of homeologous expression biases in polyploid genomes; however, strategies to analyze such transcriptome regulation remained scarce. Important factors regarding homeologous expression biases remain to be explored, such as whether this phenomenon influences specific genes, how paralogs are affected by genome doubling, and what is the importance of the variability of homeologous expression bias to genotype differences....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880492
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Análise da diversidade nucleotídica intra e interespecífica de Coffea spp. Repositório Alice
YANAGUI, K.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; INDEL; Coffea; Marcador; Polimorfismo.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880434
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Análise in silico da expressão gênica de citocromo p450 relacionada ao metabolismo de diterpenos em Coffea. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; ALVES, L. C.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Diterpenos; Cafestol; Caveol; Cyt P450.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880428
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Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. Repositório Alice
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P..
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; INDEL; Mapeamento; Genoma.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903595
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Análise in silico e in vivo da via de isoprenóides em café. Repositório Alice
TISKI, I.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; MARRACCINI, P. R.; VIEIRA, L. G. E..
Os diterpenos cafestol e caveol, presentes na fração lipídica em grãos de café, originam-se da via de síntese de isoprenóides. Estes compostos são sintetizados em todos os organismos, sendo abundantes em plantas com cerca de 10 mil componentes relatados. Apesar da diversidade de funções e estruturas todos os isoprenóides derivam de cinco comuns átomos de carbono, o isopentenil difosfato (IPP) e do isômero dimetilalil difosfato (DMAPP). Em vegetais superiores, duas vias localizadas em compartimentos intracelulares separados estão envolvidas na biossíntese de IPP e DMAPP. No citosol, IPP é derivado da via do ácido mevalônico (MVA) e no plastídeo, IPP é formado pela via do metileritritol fosfato (MEP ou não mevalonato). Com a disponibilidade das seqüências...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Coffee; Café; Análise; Analysis; In silico; In vivo; MEP; MVA..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906049
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Characterization and expression of two cDNA encoding 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase isoforms in coffee (Coffea arabica L.). Repositório Alice
TISKI, I.; MARRACCINI, P.; POT, D.; VIEIRA, L. G.; PEREIRA, L. F. P..
In higher plants there are two independent pathways for isoprenoid biosynthesis, located in the cytosol (mevalonic acid or MVA pathway) or in the plastids (methylerythritol phosphate ? MEP pathway). The 3-hydroxy-3-methyglutaryl-CoA reductase (HMGR) is the first committed step in the MVA pathway. Using the information available from the Brazilian Coffee Genome Project, we found 13 ESTs that originated two isoforms, CaHMGR1 and CaHMGR2, for the enzyme HMGR of Coffea arabica. A complementary DNA encoding the isoform CaHMGR1 was cloned, and its complete nucleotide sequence determined. The full-length cDNA of CaHMGR1 was 2242 bp containing a 1812-bp ORF encoding 604 amino acids. Bioinformatic analyses revealed that the deduced CaHMGR1 had extensive homology...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Sequence analysis; Expressed sequence tag (EST); Molecular characterization; Coffee; Ydroxy; Methyglutaryl-CoA reductase; Isoprenoids.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902481
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Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. Repositório Alice
PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A..
Mapas genéticos com base em marcadores moleculares têm sido desenvolvidos em grande número de plantas como uma estratégia eficaz para seleção assistida pelo marcador. No presente estudo, marcadores AFLP e SSR foram utilizados para construção de um mapa genético em uma população F2 criada a partir da autofecundação do híbrido F1 do cruzamento entre Coffea arabica e Coffea canephora. Foram identificados 349 marcadores AFLP e 50 alelos SSR segregantes em 90 plantas F2. Para construção do mapa, apenas marcas em dose única e segregação 3:1 no F2 foram consideradas (248 marcadores AFLP e SSR 27 alelos, ou 68,9% dos marcadores polimórficos). Cento e sessenta e nove marcadores foram mapeados (155 AFLP e 14 SSR). Trinta e sete grupos ligação correspondentes a um...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Melhoramento genético; Café; Melhoramento genético; Seleção assistida; Marcador molecular.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903744
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Expressão genética; Café; Composto químico; Lipidio; Biossíntese; Coffea arabica; Gene; Gene expression; High performance liquid chromatography; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1068512
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVOMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Café; Gene expression; High performance liquid chromatography.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083355
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Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
Os ácidos clorogênicos (CGAs) são compostos químicos importantes de Coffea spp. para a qualidade da bebida, pois eles interferem na adstringência e podem alterar o aroma e sabor da bebida. Aproximadamente 310.000 ESTs de Coffea estão disponíveis e possibilitam o acesso à variabilidade nucleotídica da planta e o desenvolvimento de marcadores moleculares ligados à qualidade da bebida para as principais enzimas da via de biossíntese dos CGAs: PAL, C4H, 4CL, CQT e C3?H. Neste trabalho foram detectados polimorfismos dos tipos SNP, INDEL ou SSR dentro das sequências nucleotídidicas disponíveis no Projeto Genoma Café e no NCBI. As sequências de ESTs de CGAs foram clusterizadas pelo programa Codon Code Aligner, assim como a detecção de polimorfismos e validação...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNPs; SSRs; ESTs; CGAs; Polimorfismo; Marcador molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/986384
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Effects of shade on the development and sugar metabolism of coffee (Coffea arabica L.) fruits. Repositório Alice
GEROMEL, C.; FERREIRA, L. P.; DAVRIEUX, F.; GUYOT, B.; RIBEYRE, F.; SCHOLZ, M. B. dos S.; PEREIRA, L. F. P.; VAAST, P.; POT, D.; LEROY, T.; ANDROCIOLI FILHO, A.; VIEIRA, L. G. E.; MAZZAFERA, P.; MARRACCINI, P..
Coffee fruits grown in shade are characterized by larger bean size than those grown under full-sun conditions. The present study assessed the effects of shade on bean characteristics and sugar metabolism by analyzing tissue development, sugar contents, activities of sucrose metabolizing enzymes and expression of sucrose synthase-encoding genes in fruits of coffee (Coffea arabica L.) plants submitted to full-sun (FS) and shade (SH) conditions. Evolution of tissue fresh weights measured in fruits collected regularly from flowering to maturation indicated that this increase is due to greater development of the perisperm tissue in the shade. The effects of light regime on sucrose and reducing sugar (glucose and fructose) contents were studied in fresh and dry...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Fruit development; Gene expression; Shade; Sucrose synthase; Sugar metabolism.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880536
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Expression patterns of three a-expansin isoforms in Coffea arabica during fruit development. Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; SANTOS, T. B.; SERA, T.; POT, D.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P..
As a first step towards understanding the physiological role and regulation of the expansin gene (EXP) family in Coffea arabica fruits during growth and maturation, we identified 11 expansin genes, nine belonging to the expansin family (EXPA), one EXLA and one EXLB, through in silico analysis of expressed sequence tags (ESTs). Within the expansin family, three isoforms were selected for detailed examination based on their high expression in coffee fruits or because they were specifically induced during different fruit developmental stages, according to the EST information. The expression patterns were analysed in different fruit tissues (perisperm, endosperm and pericarp) of C. arabica cv. IAPAR-59 and C. arabica cv. IAPAR-59 Grau´ do, the latter being a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffee; Expasion isoforms; Fruit ripening; Grain quality; Perisperm.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880493
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Genome-wide association study reveals candidate genes influencing lipids and diterpenes contents in Coffea arabica L . Repositório Alice
SANT'ANA, G. C.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; FERREIRA, R. V.; PAGIATTO, N. F.; SILVA, B. S. R. da; NOGUEIRA, L. M.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, M. B. S.; OLIVEIRA, F. F. de; SERA, G. H.; PADILHA, L.; LABOUISSE, J-P.; GUYOT, R.; CHARMETANT, P.; CHARMETANT, P.; LEROY, T..
Lipids, including the diterpenes cafestol and kahweol, are key compounds that contribute to the quality of coffee beverages. We determined total lipid content and cafestol and kahweol concentrations in green beans and genotyped 107 Coffea arabica accessions, including wild genotypes from the historical FAO collection from Ethiopia. A genome-wide association study was performed to identify genomic regions associated with lipid, cafestol and kahweol contents and cafestol/kahweol ratio. Using the diploid Coffea canephora genome as a reference, we identified 6,696 SNPs. Population structure analyses suggested the presence of two to three groups (K = 2 and K = 3) corresponding to the east and west sides of the Great Rift Valley and an additional group formed by...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Quality of coffee beverages; Lipids; Green beans; Genomics; Genome.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1108734
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Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia. Repositório Alice
YUYAMA, P. M.; POT, D.; DEREEPER, A.; POINTET, S.; SILVA, J. B. G. D. da; SERA, G. H.; SERA, T.; CHARMETANT, P.; DOMINGUES, D. S.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P..
Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Etiópia; SNPs; Coffea arabica; Polimorfismo.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975219
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Identificação e caracterização molecular de genes envolvidos no metabolismo de diterpenos específicos do cafeeiro. Repositório Alice
FERREIRA, L. P.; PLENER, L.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; POT, D..
Apesar de pouco estudado, os lipídeos do café desempenham papel importante na qualidade da bebida e do aroma. Cerca de dez a vinte por cento da fração lipídica do café corresponde a diterpenos que além da provável relação com a qualidade também estão relacionados com a questão do café e a saúde. As espécies de Coffea são as únicas capazes de sintetizar os diterpenos cafestol, caveol e seus compostos derivados (16-O-metilcafestol, 16-O-metilcaveol). Visando um entendimento maior dos genes envolvidos na formação dos diterpenos de café, foi realizado um estudo in silico da expressão de três genes que codificam para as primeiras etapas da sua via de biossíntese ? copalil difosfato sintase (CPS), caureno sintase (KS) e caureno oxidase (KO). Posteriormente foi...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Coffee; Coffea; Expressão gênica; Maturação; Gene expression; Maturation..
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906314
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Identificação rápida de marcadores SSR polimórficos em Coffea arabica. Repositório Alice
FERREIRA, R. V.; SANTOS, M. A.; CHARMENTANT, P.; MARRACCINI, P.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Microssatélites; Bulk segregant analysis; Polimorfismo; Germoplasma.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880430
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Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Repositório Alice
LEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F. P.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de..
Coffea canephora breeding requires combining sustainable productivity with improved technological and cup quality characteristics. Beverage quality is a complex and subjective trait, and breeding for this trait is time consuming and depends on knowledge of the genetics of its components. A highly variable C. canephora progeny resulting from an intraspecific cross was assessed for 63 traits over 5 years. To identify quantitative trait loci (QTLs) controlling agronomic, technological, and quality-related traits, a genetic map comprising 236 molecular markers was constructed, and composite interval mapping was performed. Beverage quality was evaluated in relation to biochemical and cup tasting traits. QTLs were identified for almost half of the traits...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffee; QTL; Beverage quality; Cup tasting; Biochemical traits.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902238
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Improving the quality of African robustas: QTLs for yield- and quality-related traits in Coffea canephora. Repositório Alice
LEROY, T.; DE BELLIS, F.; LEGNATE, H.; KANANURA, E.; GONZALES, G.; PEREIRA, L. F.; ANDRADE, A. C.; CHARMETANT, P.; MONTAGNON, C.; CUBRY, P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; KOCHKO, A. de.
bitstream/item/183395/1/Leroy2011-Article-ImprovingTheQualityOfAfricanRo.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: QTL; Beverage quality; Yield; Cup tasting; Biochemical traits; Coffee.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/901944
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In silico and in vitro analysis of the isoprenoid pathway in coffee. Repositório Alice
TISKI, I.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E.; TAKAHASHI, E. K.; FERREIRA, L. P.; MARRACCINI, P.; POT, D.; LEROY, T.; BENASSI, M. T.; DIAS, R. C. E..
The most important lipids in coffee, the diterpenes khaweol and cafestol, are originated from the isoprenoid pathway. Despite their diversity in functions and structures, all isoprenoids derive from the common-five carbon building unit isopentenyl diphosphate (IPP) and its isomer dimethylallyl diphosphate (DMAPP). In higher plants, there are two independent pathways located in the cytosol (mevalonic acid or MVA pathway) and in the plastids (methylerythritol phosphate ? MEP ? or non mevalonic pathway). Throughout the data mining of the Brazilian Coffee Genome Project we studied the genes that code for the enzymes 3-hydroxy-3-methyglutaryl-CoA reductase (HMGR) and mevalonate diphosphate decarboxylase (MPDC) for the MVA pathway and 1-deoxy-D-xylulose...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Lipid in coffee; Coffee.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885763
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Molecular responses of coffee plants to drought stress. Repositório Alice
MARRACCINI, P.; VIEIRA, N. G.; DUARTE, K. E.; AQUINO, S. O.; CARNEIRO, F. A.; COSTA, T. S.; SUJII, P. S.; VINECKY, F.; ALEKCEVETCH, J. C.; ALVES, G. S. C.; LEROY, T.; BELLIS, F. de; FERRÃO, M. A. G.; DAMATTA, F. M.; POT, D.; SILVA, V. A.; RODRIGUES, G. C.; ANDRADE, A. C..
With the aim to investigate the molecular mechanisms underlying drought tolerance in coffee plants of C. canephora and C. arabica, qPCR experiments identified more than 80 candidate genes (CGs) presenting differential gene expression between drought-tolerant and drought-susceptible clones/cultivars cultivated under different (with or without) irrigation conditions.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tolerância à seca; Café; Water stress; Coffea; Drought tolerance.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979069
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