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Comparative Study of Clustering Approaches Applied to Spatial or Temporal Pattern Discovery ArchiMer
Grassi, Kelly; Poisson-caillault, Emilie; Bigand, André; Lefebvre, Alain.
In the framework of ecological or environmental assessments and management, detection, characterization and forecasting of the dynamics of environmental states are of paramount importance. These states should reflect general patterns of change, recurrent or occasional events, long-lasting or short or extreme events which contribute to explain the structure and the function of the ecosystem. To identify such states, many scientific consortiums promote the implementation of Integrated Observing Systems which generate increasing amount of complex multivariate/multisource/multiscale datasets. Extracting the most relevant ecological information from such complex datasets requires the implementation of Machine Learning-based processing tools. In this context, we...
Tipo: Text Palavras-chave: Clustering; Pattern discovery; Time series; Multi-Level Spectral Clustering; English Channel.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00643/75481/76326.pdf
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High resolution overview of phytoplankton spectral groups and hydrological conditions in the eastern English Channel using unsupervised clustering ArchiMer
Lefebvre, Alain; Poisson-caillault, Emilie.
As we move towards shipboard-underway and automated systems for monitoring water quality and assessing ecological status, there is a need to evaluate how effective the existing monitoring systems are, and how we could improve them. Considering the existing limitations for processing numerous and complex data series generated from automated systems, and because of processes involved in phytoplankton blooms, this paper proposes a data-driven evaluation of an unsupervised classifier to optimize the way we track phytoplankton, including harmful algal blooms (HABs), and to identify the main associated hydrological conditions. We used in situ data from a portable flow-through automatic measuring system coupled with a multi-fixed-wavelength fluorometer...
Tipo: Text Palavras-chave: Clustering; Spectral fluorescence; Phaeocystis globosa; English Channel Ferry Box; MSFD; Marine Strategy Framework Directive.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00479/59043/61793.pdf
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MAREL Carnot. Bilan d’une surveillance à haute fréquence en zone côtière sous influence anthropique (Boulogne-sur-Mer). Bilan de l’année 2015 Rapport N°10 ArchiMer
Lefebvre, Alain; Poisson-caillault, Emilie.
Installée dans la rade de Boulogne-sur-Mer et inaugurée le 25 novembre 2004, la station MAREL Carnot mesure toutes les 20 minutes la salinité, la température de l’eau et de l’air, la fluorescence, la turbidité, la concentration en oxygène dissous, le pourcentage de saturation en oxygène, le P.A.R., l’humidité relative, la direction et la vitesse du vent, la hauteur d’eau et toutes les 12 heures, la concentration en nitrate, en phosphate et en silicium. Ce rapport vise à présenter les principaux éléments utiles à l’utilisateur des données afin de pouvoir adapter son étude en fonction de la disponibilité des données, de leur qualité et bien entendu de son objectif. Les résultats des paramètres fluorescence, turbidité, concentration en oxygène, température de...
Tipo: Text Palavras-chave: Manche orientale; Boulogne-sur-Mer; Haute fréquence temporelle; MAREL; Hydrologie; Fluorescence..
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00340/45160/44557.pdf
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MAREL Carnot : Rapport n° 12 : Bilan d’une surveillanceà haute fréquence en zone côtière sous influence anthropique (Boulogne-sur-Mer). Bilan 2017 ArchiMer
Lefebvre, Alain; Poisson-caillault, Emilie; Grassi, Kelly.
Installée dans la rade de Boulogne-sur-Mer et inaugurée le 25 novembre 2004, la station MAREL Carnot mesure, toutes les 20 minutes, la salinité, la température de l’eau et de l’air, la fluorescence, la turbidité, la concentration en oxygène dissous, le pourcentage de saturation en oxygène, le P.A.R., l’humidité relative, la direction et la vitesse du vent, la hauteur d’eau et, toutes les 12 heures, la concentration en nitrate, en phosphate et en silicium. Ce rapport vise à présenter les principaux éléments utiles à l’utilisateur des données afin de pouvoir adapter son étude en fonction de la disponibilité des données, de leur qualité et, bien entendu, de son objectif. Les résultats des paramètres fluorescence, turbidité, concentration en oxygène,...
Tipo: Text Palavras-chave: Manche orientale; Boulogne-sur-Mer; Haute fréquence temporelle; MAREL; Hydrologie; Fluorescence.
Ano: 2018 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00441/55258/56751.pdf
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MAREL Carnot : Rapport n°11. Bilan d’une surveillance à haute fréquence en zone côtière sous influence anthropique (Boulogne-sur-Mer). Opérations lors de l’année 2016 ArchiMer
Lefebvre, Alain; Poisson-caillault, Emilie.
Installée dans la rade de Boulogne-sur-Mer et inaugurée le 25 novembre 2004, la station MAREL Carnot mesure toutes les 20 minutes la salinité, la température de l’eau et de l’air, la fluorescence, la turbidité, la concentration en oxygène dissous, le pourcentage de saturation en oxygène, le P.A.R., l’humidité relative, la direction et la vitesse du vent, la hauteur d’eau et toutes les 12 heures, la concentration en nitrate, en phosphate et en silicium. Ce rapport vise à présenter les principaux éléments utiles à l’utilisateur des données afin de pouvoir adapter son étude en fonction de la disponibilité des données, de leur qualité et bien entendu de son objectif. Les résultats des paramètres fluorescence, turbidité, concentration en oxygène, température de...
Tipo: Text Palavras-chave: Manche orientale; Boulogne-sur-Mer; Haute fréquence temporelle; MAREL; Hydrologie; Fluorescence..
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00437/54869/56363.pdf
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Which DTW Method Applied to Marine Univariate Time Series Imputation ArchiMer
Phan, Thi-thu-hong; Poisson-caillault, Emilie; Lefebvre, Alain; Bigand, Andre.
Missing data are ubiquitous in any domains of applied sciences. Processing datasets containing missing values can lead to a loss of efficiency and unreliable results, especially for large missing sub-sequence(s). Therefore, the aim of this paper is to build a framework for filling missing values in univariate time series and to perform a comparison of different similarity metrics used for the imputation task. This allows to suggest the most suitable methods for the imputation of marine univariate time series. In the first step, the missing data are completed on various mono-dimensional time series. To fill a missing sub-sequence (gap) in a time series, we first find the most similar sub-sequence to the sub-sequence before (resp. after) this gap according a...
Tipo: Text Palavras-chave: Univariate time series; Missing data; Dynamic Time Warping (DTW); Derivative DTW (DDTW); Dynamic Time Warping-D (DTW-D); Adaptive Feature Based DTW (AF-BDTW); Similarity measures.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00435/54681/56096.pdf
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